Leta i den här bloggen

tisdag 3 mars 2020

ORF1ab, COVID-19:n pitempi polyproteiini ORF1ab (7096 aminohappoa). Tästä saa kaikkia nsp-muotoja nsp1-nsp16, paitsi nsp11.

  1.  YP_009724389.1 orf1ab polyprotein [Wuhan seafood market pneumonia virus]. 
  2. Aminohappoketju on   7096 aminohappoa,  Kun virus on sanut toteutettua, translatoitua proteiinikielelle virus RNA:nsa  (29903 nt)  avulla ihmisen soluissa, siitä tulee ensin  työkaluja  valmisitava polyproteiinipari pp1a ja pp1ab ( ORF1a ja ORF1ab avulla).  Tästä aminohappotulkinnasta ORFI ab voidaan erottaa kaikki nuo allaolevat nsp tekijät, joita on 16 kpl.  Numeroita 12, 13, 14, 15, 16  ei ole asetettu näkyviin nimilistaan, muta ne ovat peräkanaa numero 10 jälkeen.  Erikseen on astettu 11 rakenne, joka on ORF1a:n viimeinen, mutta puuttuu pitkästä pätkästä (ORF1ab), josta tulee  suoraan -  nsp10  jälkeen  nsp12. Tekstissä näkyy tarkemmin  miten  pätkä pätkältä proteiinit pääsevät translatoitumaan esiin.

     CDS             1..7096
                         /gene="orf1ab"
                         /locus_tag="GU280_gp01"
                         /coded_by="join(NC_045512.2:266..13468,
                         NC_045512.2:13468..21555)"
                         /ribosomal_slippage
                         /note="pp1ab; translated by -1 ribosomal frameshift"
                         /db_xref="GeneID:43740578"
    Status: PROVISIONAL Asetan aminohappoaseman  tähän sulkeisiin perään)
  3. YP_009725297.1 leader protein  (nsp1, 1..180)**
  4. YP_009725298.1 nsp2, (181..818)**
  5. YP_009725299.1 nsp3, (819..2763)**
  6. YP_009725300.1 nsp4. (2764..3263)**
  7. YP_009725301.1 3C-like proteinase (nsp5, 3264..3569)**
  8. YP_009725302.1 nsp6.( 3570..3859)**
  9. YP_009725303.1 nsp7,( 3860..3942)**
  10. YP_009725304.1 nsp8, (3943..4140)**
  11. YP_009725305.1 nsp9, (4141..4253)**
  12. YP_009725306.1 nsp10, (4254..4392)*
  13. YP_009725307.1 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12, 4393..5324 )*
  14. YP_009725308.1 helicase (nsp13, 5325..5925) *
  15. YP_009725309.1 3'-to-5' exonuclease (nsp14, 6926..6452)*
  16. YP_009725310.1 endoRNAse (nsp15, 6453 .. 6798) *
  17. YP_009725311.1 2'-O-ribose methyltransferase (nsp16, 6799..7096)*
  18. YP_009725295.1 orf1a polyprotein [Wuhan seafood market pneumonia virus]  (Pelkka lyhyt pätkä antoi nsp proteiineja vain  nsp10 asti ja sitten jakso päättyi lyhyeen nsp11 peptidimuotoon, joka puuttuu pitkän ORF1ab:n  tuotteista)   Sen kohdalla on tapahtunut ribosomaalinen  raaminvaihto framshift  tai toisaalta frame slippage, raamin välttö . Tästä huomaa että proteiineja nsp1-10 tulee kahdesta lähteestä:  Laitan kaksi tähteä** merkiksi. Ja jos tulee translaatiota  vain  yhdestä lähteestä, yksi tähti* .
      Nsp11 on  vain  ORF1a lähteestä
     ja nsp12, nsp13, nsp14, nsp15, nsp16 tulevat  vain  ORF1ab lähteestä. (Kun  näitä alkutekijöitä ja työkaluja alkaa olla translatoituneena pääsee RNA:sta translatoitumaan edelleen S, E,M ja N sekä muutama lisäproteiini ja välillä kirjoitetaan esiin   myös virusRNA:ta kun sitä  on mahdollinen alkaa  jo käsitellä muokatuissa suojakalvoissa ja pakata valmistuneisiin aineksiin  uusiksi virioneiksi) Näitä  erilaisia funktioita tapahtuu organisoidusti paralleelisti ja samaan aikaan virus aivo huolehtii että isäntäsolun koneistot toimivat sen eduksi ja lopulta isäntäsolu näivettyy, mitokondriat kuolevat ja solun oma genomi säätyy kohti solukuolemaa tuottamatta harmia poistuville virioneille. Poltetun maan taktiikalla virus jättää solun  hajoamistilaan. 
    Status: PROVISIONAL
  19. YP_009725312.1 nsp11

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar