- YP_009724389.1 orf1ab polyprotein [Wuhan seafood market pneumonia virus].
- Aminohappoketju on 7096 aminohappoa, Kun virus on sanut toteutettua, translatoitua proteiinikielelle virus RNA:nsa (29903 nt) avulla ihmisen soluissa, siitä tulee ensin työkaluja valmisitava polyproteiinipari pp1a ja pp1ab ( ORF1a ja ORF1ab avulla). Tästä aminohappotulkinnasta ORFI ab voidaan erottaa kaikki nuo allaolevat nsp tekijät, joita on 16 kpl. Numeroita 12, 13, 14, 15, 16 ei ole asetettu näkyviin nimilistaan, muta ne ovat peräkanaa numero 10 jälkeen. Erikseen on astettu 11 rakenne, joka on ORF1a:n viimeinen, mutta puuttuu pitkästä pätkästä (ORF1ab), josta tulee suoraan - nsp10 jälkeen nsp12. Tekstissä näkyy tarkemmin miten pätkä pätkältä proteiinit pääsevät translatoitumaan esiin.
CDS 1..7096 /gene="orf1ab" /locus_tag="GU280_gp01" /coded_by="join(NC_045512.2:266..13468, NC_045512.2:13468..21555)" /ribosomal_slippage /note="pp1ab; translated by -1 ribosomal frameshift" /db_xref="GeneID:43740578"
Status: PROVISIONAL Asetan aminohappoaseman tähän sulkeisiin perään) -
YP_009725297.1 leader protein (nsp1, 1..180)**
-
YP_009725298.1 nsp2, (181..818)**
-
YP_009725299.1 nsp3, (819..2763)**
-
YP_009725300.1 nsp4. (2764..3263)**
-
YP_009725301.1 3C-like proteinase (nsp5, 3264..3569)**
-
YP_009725302.1 nsp6.( 3570..3859)**
-
YP_009725303.1 nsp7,( 3860..3942)**
-
YP_009725304.1 nsp8, (3943..4140)**
-
YP_009725305.1 nsp9, (4141..4253)**
-
YP_009725306.1 nsp10, (4254..4392)*
-
YP_009725307.1 RNA-dependent RNA polymerase (nsp12, 4393..5324 )*
-
YP_009725308.1 helicase (nsp13, 5325..5925) *
-
YP_009725309.1 3'-to-5' exonuclease (nsp14, 6926..6452)*
-
YP_009725310.1 endoRNAse (nsp15, 6453 .. 6798) *
-
YP_009725311.1 2'-O-ribose methyltransferase (nsp16, 6799..7096)*
-
YP_009725295.1 orf1a polyprotein [Wuhan seafood market pneumonia virus] (Pelkka lyhyt pätkä antoi nsp proteiineja vain nsp10 asti ja sitten jakso päättyi lyhyeen nsp11 peptidimuotoon, joka puuttuu pitkän ORF1ab:n tuotteista) Sen kohdalla on tapahtunut ribosomaalinen raaminvaihto framshift tai toisaalta frame slippage, raamin välttö . Tästä huomaa että proteiineja nsp1-10 tulee kahdesta lähteestä: Laitan kaksi tähteä** merkiksi. Ja jos tulee translaatiota vain yhdestä lähteestä, yksi tähti* .
Nsp11 on vain ORF1a lähteestä
ja nsp12, nsp13, nsp14, nsp15, nsp16 tulevat vain ORF1ab lähteestä. (Kun näitä alkutekijöitä ja työkaluja alkaa olla translatoituneena pääsee RNA:sta translatoitumaan edelleen S, E,M ja N sekä muutama lisäproteiini ja välillä kirjoitetaan esiin myös virusRNA:ta kun sitä on mahdollinen alkaa jo käsitellä muokatuissa suojakalvoissa ja pakata valmistuneisiin aineksiin uusiksi virioneiksi) Näitä erilaisia funktioita tapahtuu organisoidusti paralleelisti ja samaan aikaan virus aivo huolehtii että isäntäsolun koneistot toimivat sen eduksi ja lopulta isäntäsolu näivettyy, mitokondriat kuolevat ja solun oma genomi säätyy kohti solukuolemaa tuottamatta harmia poistuville virioneille. Poltetun maan taktiikalla virus jättää solun hajoamistilaan.
Status: PROVISIONAL - YP_009725312.1 nsp11
Leta i den här bloggen
tisdag 3 mars 2020
ORF1ab, COVID-19:n pitempi polyproteiini ORF1ab (7096 aminohappoa). Tästä saa kaikkia nsp-muotoja nsp1-nsp16, paitsi nsp11.
Prenumerera på:
Kommentarer till inlägget (Atom)
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar