Leta i den här bloggen

tisdag 3 mars 2020

COVID-19, ORF1a (ainoastaan), pp1a on 4405 aminohappoa); nsp11 on 13 aminohappoa.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/YP_009725295.1

ORF1a on tosi isorakenteinen sekin (4405 aminohappoa)  vaikka ORF1ab on vielä pitempi.

            COMPLETENESS: full length.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..4405
                     /organism="Severe acute respiratory syndrome coronavirus
                     2"
                     /isolate="Wuhan-Hu-1"
                     /host="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:2697049"
                     /country="China"
                     /collection_date="Dec-2019"
     Protein         1..4405
                     /product="orf1a polyprotein"
                     /calculated_mol_wt=489861
     mat_peptide     4393..4405
                     /product="nsp11"
                     /note="produced by pp1a only"
                     /protein_id="YP_009725312.1"
                     /calculated_mol_wt=1326
     CDS             1..4405
                     /gene="orf1ab"
                     /locus_tag="GU280_gp01"
                     /coded_by="NC_045512.2:266..13483"
                     /note="pp1a"
                     /db_xref="GeneID:43740578"
(ORF1 alkupäästä voi mudoostua useita tekijöitä  tähän nsp11 muotoona sti, jmuta tässä luettelossa on otettu esiin vain nsp 11, viimeinen pätkä)nämä ovat kaikki tools, työkaluja (nsp) joita  virus tarvitsee.  vasta  ORF1ab isommasta muodosta  saadaan esiin  rakenteet kuten S, E, M, N  ja lisäproteiinit,  joilla on omat orfinsa).

nsp11 [Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2]

ORF1a viimeinen pätkä on nsp11 ja se on  vin 13 aminohappoa pitkä.  (SADAQSFLNGFAV)
 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/1802476820

FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..13
                     /organism="Severe acute respiratory syndrome coronavirus
                     2"
                     /isolate="Wuhan-Hu-1"
                     /host="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:2697049"
                     /country="China"
                     /collection_date="Dec-2019"
     Protein         1..13
                     /product="nsp11"
                     /note="produced by pp1a only"
                     /calculated_mol_wt=1326
     Precursor       1..13
                     /derived_from="YP_009725295.1:4393..4405"
ORIGIN      
        1 sadaqsflng fav
//


Inga kommentarer:

Skicka en kommentar