mat_peptide 4254..4392
/product="nsp10"
/note="formerly known as growth-factor-like protein (GFL);
produced by both pp1a and pp1ab" /collection_date="17-Jan-2020"
Protein <1 ..="">139
/product="orf1ab polyprotein"
1> mat_peptide 1..139
/product="nsp10"
/note="formerly known as growth-factor-like protein (GFL);
produced by both pp1a and pp1ab"
CDS 1..4405
/gene="orf1a"
/coded_by="MT049951.1:266..13483"
/note="pp1a"
ORIGIN
1 agnatevpan stvlsfCafa vdaakaykdy lasggqpitn CvkmlCtCtg tgqaitvtpe
61 anmdqesfgg asCClyCrCH idHpnpkgfC dlkgkyvqip ttCandpvgf tlkntvCtvC
121 gmwkgygCsC dqlrepmlq
(CxxxCxxxCxCxxxCCxxCxCHxDHxxCDxxxCxxxCxxCxxxCxC, sinkkisormikonfiguraatiot muuttueet)
//https://swissmodel.expasy.org/interactive/3xFkkB/models/03 kertoo tarkemmin.
4254 agnatev
4261 panstvlsfc afavdaakay kdylasggqp itncvkmlct htgtgqaitv tpeanmdqes
4321 fggascclyc rchidhpnpk gfcdlkgkyv qipttcandp vgftlkntvc tvcgmwkgyg
4381 cscdqlrepm lq
Vanha SARS 2003 vain 119 aminohappoa pitkä. Siis 20 aminohappoa lyhempi kuin
nykyinen nsp10. lyhennystä
on sekä alusta että lopusta.
Region 4242..4361 nsp10, RNA synthesis protein , 2 Zn++ binding motifs (CCHCC CCHCC)
4242 tvlsfcafa vdpakaykdy
4261 lasggqpitn CvkmlCtHtg tgqaitvtpe anmdqesfgg asCClyCrCH idHpnpkgfC
4321 dlkgkyvqip ttCandpvgf tlrntvctvc g
Alkupäästä ja loppupäästä uudempi versio on pitempi. ja sinkkisormirakenne myös monimutkaisempi.
löydän keskivaiheilta yhden aminohapon muutoksen arginiinista lysiiniksi.
SARS 4343 R arginiini vaihtunut uudessa COVID-19 viruksessa lysiiniksi 4366K.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar