Miten määräytyy prioriteettitasot eri varianteissa? Esimerkkinä BF. 10 ja RBD avainmutaatioitten lista

 BF.10 on ilmentänyt uutta alavarianttia, jota   punnitaan GITHUB-asioissa  (#1200)

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1200

Useita sars-cov-2 variantteja löytyy vielä ja muutamia ihan lähimailta Ruotsista, esim BA.5.2.20 alavarianttia

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1251

Tämä on pieni klusteri ja sillä ei ole vielä designaatiota, mutta se kuuluu BA.5 ryhmään ja  on BA.5.2.20 alalinjan  alalinja.  (GITHUB asia #1251 on käsittelynalainen, klusteri vielä pieni)

Sublineage of BA.5.2.20 with S:N148S, S:K150E, S:N334K, S:K444T, & ORF1a:E726K (9 seq) #1251

Open

  r.h. opened this issue 7 days ago · 0 comments 

 

Evidence
It looks like a mini-saltation from BA.5.2.20 led to this lineage, most likely from a long-term infection in one individual. One of the nine sequences is placed earlier in the tree, without K444T, but it has zero RBM coverage, so it almost certainly belongs with the other eight, meaning all nine sequences here are identical. This suggests rapid growth, though numbers are too small to be sure about anything yet.

Six of the sequences here are from Stockholm, but three of the most recent four have been from Skane. Skane appears to be a county in the extreme south of Sweden, over 300 miles away from Stockholm, so it seems there has already been some geographic spread here.

Sublineage of BA.5.2.20 with S:N148S, S:K150E, S:N334K, S:K444T, & ORF1a:E726K (9 seq) yesterday

 

Löytyy muutamia lisämääritelmiä Sars-Cov-2 alavarianteille. . CA-, CB-, CD-, CE-, CF- ja CG- linjoille alalinjat

 Asetan tähän ensin CA koodin saaneet  linjan BA.2.75.2 linjan  alavariantit .1 ja .2. 

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CA.1			10	0	Alias of B.1.1.529.2.75.2.1, USA lineage, defined by S:604I and S:452R, pango-designation issue #1063
CA.2			9	0	Alias of B.1.1.529.2.75.2.2, international lineage, defined by S:S494P

CB koodin on saanut BA.2.75.9 linjan   alalinja BA.2.75.9.1

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CB.1			20	0	Alias of B.1.1.529.2.75.9.1, England, defined by S:486V

Seuraavan koodinimen CC sai  BA.5.3.1.1.1.2 alalinja .1. Tällä  BA.5-lajilla oli niin paljon alalinjoja, että jo BA.5.3.1.1.1 merkattiin BE.  Mutta kun se alkoi saada alalinjoja, niille   otettiin käyttöön  CC.

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CC.1			43	0	Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.2.1, Germany lineage, defined by S:N450D

Seuraava listassa oleva vapaa koodi oli CD ja sen sai  linja BA.5.2.31  ja kuten näkyy,  sillä on havaittu kaksi alalinjaa .1 ja .2  tähän mennessä. PANGO-listoihin merkattujen  puolella.

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CD.1			23	0	Alias of B.1.1.529.5.2.31.1, US lineage, defined by S:G446D, S:A688T
CD.2			42	0	Alias of B.1.1.529.5.2.31.2, US lineage, defined by S:A435S

 Koodin CE sai linjan BA.5.2. alalinja tämän taulukon  mukaan. Tunnuksena  on uusi  mutaatiokohta,  ja sitä haluttaneen  tarkkailla. Tuossa kohdassa R346 on ollut monia eri aminohapposubstituutioita, mutta ei Isoleusiinia ennen.    Kaikkien niitten lajittelu ja määrittely  on aikaa vaativa  laaja työ. Yleensä on 50 kpl  raja että  variantti  pääsee näin pitkälle tauluun, paitsi jos joitain muita erityisen painavia syitä. Esim esiintymä usealla mantereella samaan aikaan, vaikka olisi vain 6  sekvenssiä tai jos on  havaittu erityinen kasvuetu, tai erityisiä tai  useita tai  uudenlaisia  mutaatiokombinaaioita. Hyvin monet huonostikasvavat  pikkuklusterit GITHUB seurannassa katsotaan  merkityksettömiksi  ja katoavaksi , mutta ne ovat  kuitenkin tietokoneella muistissa, vaikka ei tule näihin taulukoihin. Saattaahan  vuoden tai parin päästä yhtäkkiä samankaltainen  pulpahtaa jostain esiin ja asia aktivoidaan uudestaan.  Maailman miljardeilla ihmisillä kyllä riittää erillisia  sekvenssejä jos kaikki  saataisiin  tietokonekäsittelyyn. Käytännössä se on mahdotonta. Pitää odottaa  purkaksen  taphtuminen ja kliininen merkitys ja testata ja monitoroida ja prioritoida.  Kliininen tieto   on erittäin  merkitsevä. Kliinistä puolta ei nämä listat anna mutenkuin  epäsuorasti: niillä, jotka listaan tulee, on jo tietty kliininen  merkitys.

Lineage	Most comon countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CE.1			63	0	Alias of B.1.1.529.5.2.33, UK lineage, defined by S:R346I

Ilmenee jo  CF koodikin! Sen on saanut linja  BA.5.2.27 ja CF.1 on sen ensimmäinen alalinja. koko omikronnimellään tämä esiintyykin alla: B.1.1.529.5.2.27.1 ja kuten näkyy tässä  pienessä USA:n Meksikon klusterissa  on märittelyyn riittänyt vain 6  sekvenssiä.  Näillä oli aluksi toinen linjanimi, muta havaittiin, että  se olikin tuon  BA.5.2.27 alalinja, joten  lopetettiin kokonaan tuo BA.5.2.15 linja ja siirrettiin nämä sen toisen linjan   alaiseksi mutta varmuuden vuoksi antamalla  linjalle  koodinimi ja täten pitämässlä tämä linja  sen alaisena  itseäisesti.   

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CF.1			6	0	Alias of B.1.1.529.5.2.27.1, US and Mexico lineage, defined by S:K97T, originally designated as BA.5.2.15 from issue #1054

Seuraava koodinimi olisi CG. Onko se jo käytössä?  Onko niitä  1 vai kaksi vai useampi? Löytyy yksi.

Tämän CG koodin on saanut linja BA.5.2.26 ja sille on nyt tullut yksi "lapsilinja", CG.1.  ( Tarkistin tietysti myös, olisiko jo käytössä linja  "CH" mutta ei näy olevan vielä tänään listoilla, joten  päätän  tämän luettelon tähän alalinjaan BA.5.2.26.1 eli CG.1 ja sitä varianttilinjaa  sanotaan Saksan , Puolan ja Tanskan linjaksi.

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
CG.1			37	0	Alias of B.1.1.529.5.2.26.1, mainly found in Germany, Poland and Denmark, from pango-designation issue #1126