Leta i den här bloggen

söndag 13 november 2022

Suomessa asiantuntija toteaa, ettei saatu mitään laumasuojaa koronapandemiavirusta kohtaan.

Tampere www.aamulehti.fi 13.11.2022 Sitaatti:

Laumasuoja koronaa vastaan jäi saavuttamatta – Uuden rokotetutkimus­yhtiön tutkimusjohtaja Arto Palmu kertoo, miksi näin kävi

Keväällä toimintansa aloittaneen ja Tampereella pääkonttoriaan pitävän uuden rokotetutkimusyhtiön FVR:n tutkimusjohtajan Arto Palmun mukaan yhtiö käy jo keskusteluja uusista Suomessa tehtävistä rokotetutkimuksista usean toimijan kanssa.

Uuden kansallisen rokotetutkimusyhtiön FVR:n tutkimusjohtaja Arto Palmu sanoo rokotekehityksen elävän nyt uutta kukoistuskautta. Siksi yhtiöllä on hyvät mahdolli­suudet myydä suomalaista rokotetutkimusosaamista maailmalle. Kuva: Pete Aarre-Ahtio / Aamulehti

7:00 | Päivitetty 21:34

Aamulehti

Kun koronavirus alkoi levitä Suomessa keväällä 2020, puhuttiin paljon siitä, kuinka nopeasti laumasuoja saavutetaan. Enää laumasuojasta ei puhuta.

Uuden kansallisen rokotetutkimusyhtiön, Suomen rokotustutkimus FVR:n tutkimusjohtajan Arto Palmun mukaan epidemian alussa nähtiin nopeasti, että laumaimmuniteettiin ei päästäisi nopeasti, varsinkin kun yhteiskuntaa suljettiin laajoilla rajoitustoimilla.

”Epidemia Suomessa pysyi hyvin maltillisena kunnes vuodenvaihteessa 2021–2022 tilanne muuttui. Omikron-variantin myötä tauti alkoi levitä vauhdilla.”

Laumasuoja tarkoittaa, että kun riittävän iso joukko ihmisiä on tullut immuuniksi, tauti ei enää tartu herkästi ihmisestä toiseen.

”Koronassa immuniteetti ei ole niin vahva, että se estäisi tartuntoja. Rokottamisesta ja sairastetusta taudista saadaan henkilökohtaista suojaa vakavaa tautia vastaan. Itse tosin uskon, että alun perin rokotteet ehkäisivät myös tartuntoja, mutta varianttien kehittyminen muutti tilanteen. Siksi riskiryhmien rokottaminen on yhä välttämätöntä.”

Kaikki suomalaiset kattava uusi rokotuskierros ei ole vielä tarpeen, sillä suurella osalla suomalaisia on rokotusten ja sairastetun taudin ansiosta vahva suoja vakavaa tautia vastaan.

Kuka?

Arto Palmu Ikä: 55 vuotta. Kotipaikka: Kangasala. Siviilisääty: Naimisissa 30 vuotta. Kolme aikuista lasta. Työ: Tutkimusjohtaja maaliskuussa 2022 toimintansa aloittaneessa kansallisessa rokotetutkimusyhtiössä: FVR – Suomen rokotetutkimus. FVR on aputoiminimi Rokotetutkimuskeskus Finvac oy:lle, joka syntyi, kun Tampereen yliopiston ja THL:n rokotetutkimustoiminta yhdistettiin. Ura: Opiskeli lääketiedettä Tampereen yliopistossa. Valmistui lääketieteen lisensiaatiksi 1993. Erikoistui terveydenhuollon erikoislääkäriksi 2003. Tutkimuspäällikkönä THL:ssä 1995–2022. Tampereen yliopiston epidemiologian yliassistentti ja vt. professori 2003–2008.Tunnustuksia: Suomen epidemiologian seura valitsi Vuoden 2020 epidemiologiksi. Nimitettiin Kangasalan lukion kunniaylioppilaaksi 2021. Harrastukset: Pyrkii pelaamaan tennistä kaksi kertaa viikossa. Pelaa myös sulkapalloa ja lentopalloa. 9-vuotias Lenni-koira (chihuahuan ja toy terrierin risteytys) pitää huolen siitä, että etäpäivinäkin tulee pidettyä taukoja.
Pääkonttori TampereellaPalmu aloitti FVR:n tutkimusjohtajana huhtikuun alussa. Yhtiön pääkonttori on Tampereen Tammelassa radanvarressa sijaitsevassa Technopolis Asemakeskus -rakennuksessa.Uuteen yhtiöön liitettiin kymmenen Tampereen yliopiston rokotetutkimuskeskuksen eri puolilla Suomea sijaitsevaa tutkimusklinikkaa. Niissä tehtäviä myyntilupaan tähtääviä kliinisiä rokotetutkimuksia johtaa FVR:n lääketieteellinen johtaja Mika Rämet.

THL:stä yhtiöön liitettiin Palmun johtama RWE-yksikkö. Se arvioi laajoissa vaikuttavuustutkimuksissa infektiotautien tautitaakkaa, rokotteiden hyötyjä ja haittoja sekä kansanterveydellistä merkitystä. Palmun mukaan kliinisten rokotetutkimusten ja tosielämän näyttöihin perustuvien vaikuttavuustutkimusten yhdistelmällä on erinomaiset mahdollisuudet menestyä, sillä rokotekehitys elää uutta kukoistuskauttaan. ”Käymme tällä hetkellä keskusteluja usean toimijan kanssa. Kaikki on vielä alkuvaiheessa, mutta selkeästi on nähtävissä, että kysyntää FVR:n tarjoamille palveluille on.”

Lue lisää: Uusi rokotetutkimusyhtiö aloittaa pian toimintansa Tampereella – näitä rokotteita aluksi tutkitaan

Lue lisää: Tampereen yliopiston rokotetutkimuskeskus voi siirtyä osaksi kansallista yhtiötä – Rehtorin mukaan kyseessä on strateginen liike

Lue lisää: Rokotetutkimuskeskuksen johtaja kummeksuu Tampereen yliopiston rehtorin näkemyksiä yhtiöittämisestä: ”Emme tee tutkimusta voiton takia”

Ristiriita THL:ssä Yksi syy Tampereen yliopiston ja THL:n rokotetutkimuksen yhdistämisen taustalla oli se, että THL ristiriitaisesti paitsi teki kaupallista rokotetutkimusta, myös arvioi rokotteita ja teki selvityksiä niiden ottamisesta kansalliseen rokotusohjelmaan. Oikeuskansleri antoi 2019 lausunnon, jonka mukaan toiminnot pitäisi eriyttää toisistaan. Uusi rokotetutkimusyhtiö on kaupalliseen rokotetutkimukseen erikoistunut valtion erityistehtäväyhtiö. Sen omistajaohjauksesta vastaa sosiaali- ja terveysministeriö (STM). Suomen valtio omistaa yhtiöstä 51 prosenttia ja Tampereen korkeakoulusäätiö 49 prosenttia. Valtion omistajaohjauksen taustalla on Palmun mukaan se, että myös valtio kokee rokotetutkimuksen tärkeäksi terveysturvallisuuteen liittyväksi toiminnaksi. ”Haluttiin, että tutkimusta tehdään Suomessa ja että Suomessa on vahva alan toimija.” Valtion pääomasijoitus yhtiöön sen perustamisvaiheessa oli 6,7 miljoonaa euroa. ”Valtion rahoitus on siinä. Ei meillä ole piikki auki, vaan työ rahoitetaan omalla toiminnalla. Alkuvaiheessa tavoite on vakiinnuttaa toiminta ja aloittaa sen jälkeen oma tutkimus- ja kehittämistoiminta.”

Arto Palmun mukaan uuden yhtiön osakeyhtiömuotoa ei valittu sen takia, että päätarkoitus olisi voiton tuottaminen. Tarkoitus on tuottaa tutkimuksesta lisäarvoa. Yhtiömuotoisella ratkaisulla haetaan joustavuutta, jotta markkinoilla voitaisiin toimia ketterämmin. Kuva: Pete Aarre-Ahtio / Aamulehti

Harvojen käsissä. Rokotekehitys on keskittynyt yhä harvempien isojen lääkevalmistajien käsiin maailmassa. ”Uusien rokotteiden kehittämisen hintalappu on niin kova, että aikaisemmin rokotteita valmistaneet julkiset toimijat ovat kaikonneet markkinoilta. Ne eivät pysty sellaiseen riskinottoon, että sijoitetaan satoja miljoonia tuotteeseen, josta ei välttämättä ikinä saa omiaan pois.” Maailmassa on satoja bioteknologiayrityksiä ja yliopistoja, joissa uusia rokoteaihioita kehitetään. ”Kun projekti etenee ensimmäisiin kliinisiin kokeisiin, isot rokotevalmistajat ostavat usein tuotteen ja lisenssit ja alkavat viemään tutkimusta eteenpäin.” Yleensä nämä yritykset ostavat kehitteillä olevan rokotteen myyntilupaan tarvittavan tutkimusnäytön kliinisiin tutkimuksiin erikoistuneilta toimijoilta. Tähän markkinaan FVR aikoo päästä käsiksi. Palmun mukaan Suomella ja FVR:llä on valttikortti, jonka kaltaista harvalla maailmassa on: hyvät suomalaiset terveysrekisterit ja osaamista tehdä niiden avulla laajoja rokotteiden vaikuttavuustutkimuksia. Klinikoilla tehdyissä kokeissa osoitetaan, että valmiste on turvallinen ja tehokas ja että se vähentää tautia rokotetuilla. Vaikuttavuustutkimuksilla voidaan jatkaa tästä askel pitemmälle ja osoittaa laajemmin ne hyödyt ja mahdolliset haitat, joita rokotteesta saadaan. Vaikuttavuustutkimukset pyritään tekemään rokotteen saavilla vapaaehtoisilla samanlaisessa tarkkaan säädetyssä kokeellisessa tutkimusasetelmassa kuin tutkimusklinikoille tehtävät myyntilupaan tähtäävät tutkimukset. Palmun mukaan laajempi lisänäyttö rokotteiden arkivaikutuksesta kiinnostaa rokotteiden valmistajia. ”Sitä me yritämme rokotevalmistajille myydä.”
Ainutlaatuiset terveystiedot. Vaikuttavuustutkimuksissa avainasemassa ovat ainutlaatuiset suomalaisten terveystietoja sisältävät terveysrekisterit. Keskeisiä rekistereitä on kymmenkunta. Ne ovat koko maan laajuisia, erittäin kattavia ja ajantasaisia. Niiden tietoja voidaan yhdistää toisiinsa.
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

Yksitoista päivää sitten asetettuja uusia linjamääritelmiä ja koodeja GITHUB-listana.

 Pango designations v1.16 Latest

What's changed:

Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

BQ.1 ryhmä kasvaa variaatioissaan : tässä BQ.1.26 on saanut määritelmänsä.

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1315

Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: ,

Ruotsissa on pienehkö klusteri myös erästä varianttia, jota on USA:ssa BA.5.2.41.

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1328

 GITHUB asia tuli  nettiin 8 tuntia siten ja se sai jo  käsitelynsä ja  designaation 2 tuntia siten, koska linja on niin selväpiirteinen. 

BA.5.2 + orf1b:1050N + C29762T sublineage with S:444R and Orf1a:S2797F circulating in Sweden 67 sequences with a saltation cluster in USA #1328

Closed
FedeGueli opened this issue Nov 13, 2022 · 2 comments 

Countries : mainly Sweden but also Germany, Denmark and USA.

In USA it seems to have done a saltation jump ( @shay671, @ryhisner) outside the spike :

ORF1a:I238V (T724G), T1001I,(C3267T) E1801Q (G5666C),
Orf1b:S2324G (A20437G)
ORF3a:Q213K ( C26029A)
ORF10:Y26H (T29633C)
Nuc: A977G,C21306, T24073C , C16092T, C16329T
 

InfrPopGen commented Nov 13, 2022

Thanks for submitting. We've added lineage BA.5.2.41 with 30 newly designated sequences, and 0 updated designations. Defining mutation A22893G (S:K444R) (following C8655T (ORF1a:S2797F)).

 

Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

Eräs uusi sars-Cov-2 alavariantti Ruotsista. 11 sekvenssiä. CP.5

 CP.5  alias BA.5.2.6., jolla on myös spike-mutaatio C1247F. Tälle on ilmentynyt alalinjaehdokas, jolla on kaksi  spikemutaatiota lisäksi: T250I, N417T, nukleokapsidimutaatio G200S sekä ORF7a mutaatio Q90R.

CP.5 (BA.5.2.6 + S:C1247F) Sublineage with S:T250I, S:N417T, N:G200S, & ORF7a:Q90R in Sweden (11 seq) BA.5
#1326 opened Nov 12, 2022 by ryhisner
 
Sitaattia tästä GITHUB-asiasta  #1326, joka on tullut nettiin 16 tuntia sitten. 

ryhisner commented Nov 12, 2022

Description
Sub-lineage of: BA.5.2.6
Earliest sequence: 2022-10-4, Sweden, Orebro — EPI_ISL_15288391
Most recent sequence: 2022-10-26, Sweden, Orebro — EPI_ISL_15725064
Countries circulating: Sweden (All)
Number of Sequences: 11
GISAID Query: Spike_T250I, Spike_K417T, Spike_C1247F, Spike_R346T
CovSpectrum Query: Nextcladepangolineage:BA.5.2.6* & S:T250I & S:K417T
Substitutions on top of BA.5.2.6:
Spike: T250I, K417T, C1247F
N: G200S
ORF7a: Q90R
Nucleotide: C22311T, A22812C, A27662G, T28022C, G28871A

USHER Tree
https://nextstrain.org/fetch/raw.githubusercontent.com/ryhisner/jsons/main/BA.5.2.6%20%2B%20C1247F%20(CP.5)%20%2B%20T250I%20%2B%20K417T%20%2B%20N_G200S%20%2B%20ORF7aQ90R%20-%20subtreeAuspice1_genome_2249e_1c490.json

image

Evidence
S:K417T has never gone well together with S:L452R or S:R346T. The number of sequences with K417T and L452R—just 111 sequences in 2022—is far lower than you’d expect from their overall frequency. The same goes for K417T and R346T, for which there have only ever been 208 sequences. Up until now, it had seemed like K417T was straight-up incompatible with R346T + L452R; there had only ever been one sequence with all three mutations through October 3—and even that one sequence was very suspect and may have resulted from contamination. But since October 4, 11 sequences with all three mutations have showed up in Sweden. I have no idea why K417T has been so incompatible with R346T and L452R up to this point. I assume there is some interaction between these residues. I’d be curious to know if anyone with some knowledge of the RBD structure has any ideas.

I also have no idea why, in this lineage, R346T, L452R, and K417T have, for apparently the first time, coexisted and transmitted, though S:T250I seems to be the only new mutation that could possibly ameliorate whatever detrimental interaction existed between those three mutations previously.



@InfrPopGen

.


 
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

lördag 12 november 2022

Erikoinen BA.2.3 saltaatiolinja havaittu (nimetty: DD.1). Kolme nukleotidien tuplamuutosta spikeproteiinissa

 Alalinjojen koodauksessa ollaan jo  DD.1  linjassa alias BA.1.1.529.2.3.21.1 

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1287

BA.2.3 Saltation lineage with several mutations (inc Spike R346T, Y449N, N460K, N481K and Q493L) from Philippines and Australia #1287

Näitä sekvenssejä havaittiin 7 kappaletta Flippiineiltä ja  kaksi Australiasta.  Vain yhdestä linjasta on todettu piikkiproteiinista  kolmet   tuplamutaatiot aiemmin (XBB.1.3). 

Tällä tuplamutaatiolla tarkoitetaan     aminohapponuutoksina  kahta peräkkäistä mutaatiota   jostain alkuperäisen  Wuhan variantin  aminohapposekvenssistä (wt , wild type referenssi).

 Nämä  kolme  muutosta kolme päivää sitten  designaationsa saaneessa   DD.1  linjassa  ovat  

V213 G ja jatkomuutos  E aminohapoksi. ( Siis  V213E havaitaan)

G339D jatkomuutos  komuutos N aminohapoksi. (G339N havaitaan)

Q493 R ja jatkomuutos L-aminohapoksi.    (Q493L havaitaan).

cvejris commented Nov 3, 2022

This lovely lineage has double nucleotide changes at three Spike AAs. The order of mutations (wt→BA.2→this):
213: V→G→E
339: G→D→N
493: Q→R→L
Among all designed BA.2 lineages, 3 DNCs are present only in XBB.1.3
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

fredag 11 november 2022

WHO raportti viikolta 42

 

WHO sitaatti 11.11.2022


5ituation rapports https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---9-november-2022



SARS-CoV-2 variants of concern and Omicron subvariants under monitoring


Geographic spread and prevalence of VOCs
Globally, from 7 October to 7 November 2022, 114 781 SARS-CoV-2 sequences were shared through GISAID. Among
these, 114 340 sequences were the Omicron variant of concern (VOC), accounting for 99.6% of sequences reported
globally in the past 30 days.
During epidemiological week 42 (17 to 23 October 2022), among Omicron sister lineages, BA.5 and its descendent
lineages continued to be dominant globally, accounting for 74.5% of sequences submitted to GISAID. A comparison
of sequences submitted to GISAID during week 41 (10 to 16 October 2022) to week 42 shows a rise in sequence
prevalence from 5.8% to 7.3% for BA.2 and its descendent lineages, while BA.4 descendent lineages declined slightly
from 5.2% to 4.1%. Unassigned sequences (presumed to be Omicron) account for 11.9% of sequences submitted to
GISAID as of week 42.
The global variant circulation indicates a replacement of previously dominating BA.5 descendent lineages by the most
recently emerging variants BQ.1 and BA.5 + R346X. Among the variants under monitoring and during week 42 as
compared to week 41, BQ.1 (BA.5.3.1.1.1.1) and its descendent lineages and BA.5 + R346X are the lineages that have
had the largest increases. BQ.1 rose from 9.4% to 13.4%. BA.5 with additional mutations (R346X, K444X, V445X,
N450D and/or N460X) rose from 20.8% to 22.9%, mainly due to BA.5 + R346X. BA.2.75 showed a rise in sequence
prevalence from 3.5% to 4.3%. XBB and its descendent lineages rose from 1.1% to 2.0%. BA.2.3.20 is rising slowly,
with a prevalence of <1%.
WHO will continue to closely monitor the XBB and BQ.1 lineages as part of Omicron and requests countries to
continue to be vigilant, to monitor and report sequences, as well as to conduct independent and comparative
analyses of the different Omicron sublineages. The TAG-VE is working to improve variant risk assessment and work
towards more quantitative indicators that can be used for such assessment.
Additional resources
• Tracking SARS-CoV-2 Variants
• TAG-VE statement on Omicron sublineages BQ.1 and XBB
• COVID-19 new variants: Knowledge gaps and research
• Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health
• VIEW-hub: repository for the most relevant and recent vaccine data


Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: ,

tisdag 1 november 2022

Eräs uusi mutaatio pisti silmään: L834M fuusiopeptidin (FP) alueessa

 

Sublineage of BF.7 with S:I834M, ORF1a:H374Y, & ORF1b:H604Y (72 seq) #1265
Open
ryhisner opened this issue 2 days ago · 0 comments

Comments

@ryhisner

ryhisner commented 2 days ago

Description

Sub-lineage of: BF.7
Earliest sequence: 2022-8-16, Germany — EPI_ISL_14695826
Most recent sequence: 2022-10-20, Denmark — EPI_ISL_15551009
Countries circulating: Denmark (41), Germany (17), France (3), Netherlands (3), Switzerland (2), Belgium (1), Czech Republic (1), Poland (1), Scotland (1), Spain (1), USA (1)
Number of Sequences: 72
GISAID Query: Spike_I834M, NSP2_H194Y, NSP12_H613Y
CovSpectrum Query: S:I834M & ORF1a:H374Y & ORF1b:H604Y
Substitutions on top of BA.:
Spike: I834M
ORF1a: H374Y
ORF1b: H604Y
Nucleotide: C1385T, C15277T, C24064G

USHER Tree
https://nextstrain.org/fetch/ (I will put a permalink here for the Usher tree once GISAID stops malfunctioning and it is possible to download multiple sequences again.)

image

It’s worth noting that 29 of the 72 sequences in this sublineage, including a majority of those with collection dates after October 10, also have ORF7a:P48L. Fifty of the 72 sequences here have collection dates in October.

Evidence
In the past few weeks this branch of BF.7 has grown faster than BF.7 overall, both within Denmark and in Europe overall. S:I834M involves a C->G nucleotide mutation, which is the rarest type, and S:834 is part of the fusion peptide (FP), near the border between its two parts, FP1 and the fusion-peptide proximal region (FPPR). It has been proposed that the FPPR helps to stabilize the RBD in the down conformation: “The FP forms a short helix and tucks in a pocket formed by two neighboring S protomers. The structured FPPR clashes with the CTD1 if the RBD moves up and thus appears to help clamp the prefusion S trimer in the closed, RBD-down conformation. It has also been suggested to function as a pH-dependent switch domain that modulates the RBD position.” (Zhang, et al, “Structures of SARS-CoV-2 Spike protein” https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.08.010)

Genomes

Genomes EPI_ISL_14694427, EPI_ISL_14695826, EPI_ISL_14977608, EPI_ISL_14979444, EPI_ISL_15020780, EPI_ISL_15056605, EPI_ISL_15063518, EPI_ISL_15100064, EPI_ISL_15100933, EPI_ISL_15130174, EPI_ISL_15252539, EPI_ISL_15263398, EPI_ISL_15265186, EPI_ISL_15267684, EPI_ISL_15267899, EPI_ISL_15268001, EPI_ISL_15311217, EPI_ISL_15316676, EPI_ISL_15316704, EPI_ISL_15316772, EPI_ISL_15347070, EPI_ISL_15366633, EPI_ISL_15374260, EPI_ISL_15374867, EPI_ISL_15379912, EPI_ISL_15383909, EPI_ISL_15383917, EPI_ISL_15384070, EPI_ISL_15405973, EPI_ISL_15406304, EPI_ISL_15420784, EPI_ISL_15430357, EPI_ISL_15430513, EPI_ISL_15430762, EPI_ISL_15430840, EPI_ISL_15430884, EPI_ISL_15431494, EPI_ISL_15431804, EPI_ISL_15433661, EPI_ISL_15448296, EPI_ISL_15451184, EPI_ISL_15451834, EPI_ISL_15452835, EPI_ISL_15453424, EPI_ISL_15453435, EPI_ISL_15453496, EPI_ISL_15453651, EPI_ISL_15467036, EPI_ISL_15467089, EPI_ISL_15467544, EPI_ISL_15476727, EPI_ISL_15480139, EPI_ISL_15480465, EPI_ISL_15499803, EPI_ISL_15518711, EPI_ISL_15519228, EPI_ISL_15521321, EPI_ISL_15522821, EPI_ISL_15523223, EPI_ISL_15536518, EPI_ISL_15550181, EPI_ISL_15550665, EPI_ISL_15550889, EPI_ISL_15550909, EPI_ISL_15551009, EPI_ISL_15551393, EPI_ISL_15551539, EPI_ISL_15551668, EPI_ISL_15552156, EPI_ISL_15552679, EPI_ISL_15552733, EPI_ISL_15553373
@thomasppeacock thomasppeacock added the BA.5 label 2 days ago
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:
Prenumerera på: Inlägg (Atom)