Leta i den här bloggen

måndag 14 juni 2021

Koronavirusrokotusten aikaa.

 Kun  tiedot koronavirus Sars-2:n genomista alkoivat tulla, katselin sitä rakeennetta geeni geeniltä  2020 vuoden aikana, mutta  kun  etsi erilaisiaterapiamuotoja  viruksen moninaista  työkaluarsenaalia  vastaan , huomaa lopulta , että lähtökohta  tiedon hankkimiseen pitää sittenkin  keskittää  rokotuksen kehittelyn ja  rokotekohteen etsintään.  Tähän taan olennaisesti liittyy  ajan mittaan tulevien  virusvarianttien  tutkiminen ja niitä koskevien artikkeleiden löytäminen.  Nyt kun rokotteistakin alkaa seuloutua  tehokkaimpia  ja relevanteimpia esiin, eri  kansat  koettavat hankkia  kukin mahdollisuuksiensa mukaan rokotesuojaa.  Sain  oman  mRNA- perusteisen  rokotteeni Ruotsin puolella  viime kuun alkupäivinä ja  toisen anoksen tulen saamaan juhannuksen aikoihin. Tämä on sitä Pfizerin rokotetta. 

COVAX- ohjelmassa koetetaan saada  kaikille valtioille 20%:inen  rokotekattavuus.  Skandinaviassa lienee nyt rokotettujen määrät  ainakin  40% ellei jo ylikin.  

Nyt viime päivinä olen katsellut  varianttien luokittelua VOC, VOI, VUI,  VHC. Very High Concern- ryhmään ei tällä hetkellä lueta  mitään nykyvarianteista.  Vaikutavimmat VOC- ryhmäläiset  on alettu nietä kreikkalaisin krijaimin Alfa,Beta, Gamma ja Delta. Lisäksi on  tarkkailtavien  variantein joukossa  epsilonista Kappaan asti merkattuja  linjoja. 

thl.fi  ja CDC  antavat  tarkkoja luetteloja näistä varianteista

Varianttien nimityksistä  PANGOLIN järjestelmässä on pitkä luettelonsa joista  osa  on jo hiipuneita variantteja.  Tällaisen listan löytin tänään.https://gifhub.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/lineage-notes.txt

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/lineage_notes.txt

Sitten  löysin erään varianttipuun, jossa A =  The Root of the pandemic. Etsin yhden variantin merkitystä, ja  näin löysin Brasilialaisten VOC varianttien  kaavakuvan ja puun. Brasiliassa on ollutkovin  suuri kuolemanaalto. Myös Venäällä on nyt menossa    paha kuolemanaalto  pandemiasta. 

 

www.isbtweb.org/fileadmin/user_upload/Silvano_Wendel_SARS-CoV-2_Variants_in_Brazil_TTID_meeting_SW_Final_Mar_2021.pdf

Monissa maissa on  parin kolmen aallon jälkeistä   rauhallisempaa vaihetta kuten  nyt Skandinaviassa ,jossa eräitä rajoittavia sääntöjä jo voidaan  asteittan helpottaa. Yhteiskunnan liikkuvuus ja ekonomiset rattaat alkavat pikku hiljaa normalisoitua.

Olen ollut pitkiä  ajanjaksoja  näinä pandemian päivinä Tanskan puolellatyttäreni ja tyttärentyttäreni luona.Hil

jaiseloa. Maskin käyttöä ulkona kaupassa käydessä tai  tarhaan  lasta viedessä. Emme ole  olleet missään erityisessä  monipäisten joukkojen tilaisuuksissa pandemian aikana. Joulukirkossa käytiin  Tanskan suomalaisten kanssa.

måndag 22 februari 2021

Suomessa on muokattu Tartuntatautilakia ja uusi laki asettuu voimaan tänään 22.2. 2021.

H5N8 A-influenssaviruksen alaluokan lintuvirus tarttunut kanoista ihmiseen Venäjällä

 Tätä lintuvirusta esiintyy monin paikoin eri maissa,esim Tanskassa. Nyt on tulut TIETO VENÄJÄLTÄ, että  siipikarjasta on tarttunut ihmisiin ( n=7)  tätä virusta. 
Otan esiin netistä  tietoja edellisistä purkauksista ja  H5N8 viruksen luonteesta. 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5037296/
Voi olla , että rokote tulee olemaan tässäkin paras keino jos pandemia tulee. Saattaa olla resistenssiäperinteisille  influenssaviruslääkkeille.

Muistiin 22.2. 2021. 


Ps.  nyt kun on coronaviruspandemia ja kolmatta aaltoa ollaan odottamassa, kirjoitan  covid-19 ja Satrs-2  asiasta vain Facebookiin   uutisvirtaan. Vaikka saattaisi olla hyvä ottaa tietoja talteen myös tähän blogiin.

torsdag 15 oktober 2020

INO1 entsyymi. Inositolin synteesi linkkiytynee galaktoosin metaboliaan.

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2788023/

 

 

Ihmisellä  geeni tunnetaan nimellä ISYNA1, sijainti19p13.11. 

Tämä on inositolia sisältävien yhdisteiden  metaboliassa tahtia rajoittava  entsyymi. Sen tehtävät on konvertoida glukoosi-6-fosfaattia myoinositoli-1-fosfaatiksi  (MIP) , siitä taas impaasi-entsyymit voivat  saada aikaan   myoinositolia mI. Sanon tätäsokeria "haisokeriksi"!. Hai käyttää tätä sokeria energiansa  kehittämiseen. Myös ihmisaivojen   harmaissa soluissa on inositolilipidien   kehittämää energia järjestelmää .  Glukoosin aueella toimii  ATP ja GTP, galaktoosin alueella UTP ja tämä  inositoli  alkaa CTP alueella synteesejään.  mutta   metabolinen tie yhtyy lopulta  jälleen ATP ja GTP  teihin, joitten  toimintaa   tämä  vahvistaa. 

 

fredag 18 september 2020

Esimerkki Israelin nykyisestä pandemisesta vaiheesta

 i24news kertoo tänään, että Israelissa on pandemian alusta lähtien  todettuja  Covid-19 infektioita 166794. Täysin toipuneiksi katsotaan  120 727 eli yli 72%. C

ovid-19 tautiin kuolleita on todettu 1169 tai toisen tiedon mukaan 1147.  Tästä luvusta laskettuna mortaliteetti Israelissa on 0,687 %. Tarkistan vielä tuosta toisesta luvusta: 0,7%.  Viime tiistaina tehtiin koronavirustestauksia siellä 57 165 kpl.  Torstaina uusia tautitapauksia oli 5238, toisen tiedon mukaan 5523. Vakavassa tilassa on 577 henkilöä. Intuboituina on 149. Armeijasta ilmoitettiin  833 sotilasta ja  IDF siviilivirkmiestä  tartunnan saaneiksi, heillä tauti on aktiivissa vaiheessa ja lieväasteista. Lisäksi  koti-karanteeniin on määrätty 11 845 sotilasta. Koska Israelissa on   vuoden  suurimpiin ja väkirikkaimpiin  juhlatilaisuuksiin perinteisesti kuuluva aika meneillään, valtion johdon taholta on määrätty täysi 3 viikon  lockdown tila valtioon ja virkavalta  valvoo käskyn noudatusta. Tämä juhla-aika perinteisesti sisältää myös  Lehtimajanjuhlan johon on aiemmin tulvinut  koko maailmasta turisteja viettämään suuria joukkotilaisuuksia väkirikkaissa  kaupungeissa. 

Tänään on Uudenvuoden alku. Siirrytään vuodesta 5780 vuoteen 5781. ROSH HASHANA.

Siunattua Uutta Vuotta!

onsdag 9 september 2020

5`UTR ja 3`UTR koronaviruksissa SARS Cov ja MERS CoV

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/

Epub 2015 Feb 28.

The structure and functions of coronavirus genomic 3' and 5' ends

Affiliations
Free PMC article

Abstract

Coronaviruses (CoVs) are an important cause of illness in humans and animals. Most human coronaviruses commonly cause relatively mild respiratory illnesses; however two zoonotic coronaviruses, SARS-CoV and MERS-CoV, can cause severe illness and death. Investigations over the past 35 years have illuminated many aspects of coronavirus replication. The focus of this review is the functional analysis of conserved RNA secondary structures in the 5' and 3' of the betacoronavirus genomes. The 5' 350 nucleotides folds into a set of RNA secondary structures which are well conserved, and reverse genetic studies indicate that these structures play an important role in the discontinuous synthesis of subgenomic RNAs in the betacoronaviruses. These cis-acting elements extend 3' of the 5'UTR into ORF1a. The 3'UTR is similarly conserved and contains all of the cis-acting sequences necessary for viral replication. Two competing conformations near the 5' end of the 3'UTR have been shown to make up a potential molecular switch. There is some evidence that an association between the 3' and 5'UTRs is necessary for subgenomic RNA synthesis, but the basis for this association is not yet clear. A number of host RNA proteins have been shown to bind to the 5' and 3' cis-acting regions, but the significance of these in viral replication is not clear. Two viral proteins have been identified as binding to the 5' cis-acting region, nsp1 and N protein. A genetic interaction between nsp8 and nsp9 and the region of the 3'UTR that contains the putative molecular switch suggests that these two proteins bind to this region.

Keywords: Coronaviruses; RNA binding proteins; RNA secondary structure; Virus replication; cis-Acting sequences. 

 

 

 

 

 

 



fredag 17 juli 2020

Pub Med luetuimpia artikkeleita 10 listan ensimmäistä 17.7. 2020. rokoteuutiset päälimmäisinä

1,000 results


 



Jackson LA, Anderson EJ et a. .." The candidate vaccine mRNA-1273 is a lipid nanoparticle–encapsulated, nucleoside-modified messenger RNA (mRNA)–based vaccine that encodes the SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein stabilized in its prefusion conformation. The S glycoprotein mediates host cell attachment and is required for viral entry3; it is the primary vaccine target for many candidate SARS-CoV-2 vaccines.4-7We conducted a first-in-human phase 1 clinical trial in healthy adults to evaluate the safety and immunogenicity of mRNA-1273. Here we report interim results of the trial"






SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls.
Le Bert N, Tan AT, Kunasegaran K, Tham CYL, Hafezi M, Chia A, Chng MHY, Lin M, Tan N, Linster M, Chia WN, Chen MI, Wang LF, Ooi EE, Kalimuddin S, Tambyah PA, Low JG, Tan YJ, Bertoletti A. Nature. 2020 Jul 15. doi: 10.1038/s41586-020-2550-z. Online ahead of print. PMID: 32668444.
Abstract
Memory T cells induced by previous pathogens can shape the susceptibility to, and clinical severity of, subsequent infections1. Little is known about the presence of pre-existing memory T cells in humans with the potential to recognize SARS-CoV-2. Here, we first studied T cell responses to structural (nucleocapsid protein, NP) and non-structural (NSP-7 and NSP13 of ORF1) regions of SARS-CoV-2 in COVID-19 convalescents (n=36). In all of them we demonstrated the presence of CD4 and CD8 T cells recognizing multiple regions of the NP protein. We then showed that SARS-recovered patients (n=23) still possess long-lasting memory T cells reactive to SARS-NP 17 years after the 2003 outbreak, which displayed robust cross-reactivity to SARS-CoV-2 NP. Surprisingly, we also frequently detected SARS-CoV-2 specific T cells in individuals with no history of SARS, COVID-19 or contact with SARS/COVID-19 patients (n=37). SARS-CoV-2 T cells in uninfected donors exhibited a different pattern of immunodominance, frequently targeting the ORF-1-coded proteins NSP7 and 13 as well as the NP structural protein. Epitope characterization of NSP7-specific T cells showed recognition of protein fragments with low homology to "common cold" human coronaviruses but conserved amongst animal betacoranaviruses. Thus, infection with betacoronaviruses induces multispecific and long-lasting T cell immunity to the structural protein NP. Understanding how pre-existing NP- and ORF-1-specific T cells present in the general population impact susceptibility and pathogenesis of SARS-CoV-2 infection is of paramount importance for the management of the current COVID-19 pandemic.






Potently neutralizing and protective human antibodies against SARS-CoV-2.
Zost SJ, Gilchuk P, Case JB, Binshtein E, Chen RE, Nkolola JP, Schäfer A, Reidy JX, Trivette A, Nargi RS, Sutton RE, Suryadevara N, Martinez DR, Williamson LE, Chen EC, Jones T, Day S, Myers L, Hassan AO, Kafai NM, Winkler ES, Fox JM, Shrihari S, Mueller BK, Meiler J, Chandrashekar A, Mercado NB, Steinhardt JJ, Ren K, Loo YM, Kallewaard NL, McCune BT, Keeler SP, Holtzman MJ, Barouch DH, Gralinski LE, Baric RS, Thackray LB, Diamond MS, Carnahan RH, Crowe JE Jr. Nature. 2020 Jul 15. doi: 10.1038/s41586-020-2548-6.
 Online ahead of print. PMID: 32668443The COVID-19 pandemic is a major threat to global health1 for which there are limited medical countermeasures2,3. Moreover, we currently lack a thorough understanding of mechanisms of humoral immunity4. From a larger panel of human monoclonal antibodies (mAbs) targeting the spike (S) glycoprotein5, we identified several that exhibited potent neutralizing activity and fully blocked the receptor-binding domain of S (SRBD) from interacting with human ACE2 (hACE2). Competition-binding, structural, and functional studies allowed clustering of the mAbs into classes recognizing distinct epitopes on the SRBD as well as distinct conformational states of the S trimer. Potent neutralizing mAbs recognizing non-overlapping sites, COV2-2196 and COV2-2130, bound simultaneously to S and synergistically neutralized authentic SARS-CoV-2 virus. In two mouse models of SARS-CoV-2 infection, passive transfer of either COV2-2196 or COV2-2130 alone or a combination of both mAbs protected mice from weight loss and reduced viral burden and inflammation in the lung. In addition, passive transfer of each of two of the most potently ACE2 blocking mAbs (COV2-2196 or COV2-2381) as monotherapy protected rhesus macaques from SARS-CoV-2 infection. These results identify protective epitopes on SRBD and provide a structure-based framework for rational vaccine design and the selection of robust immunotherapeutics.





A perspective on potential antibody-dependent enhancement of SARS-CoV-2.
Arvin AM, Fink K, Schmid MA, Cathcart A, Spreafico R, Havenar-Daughton C, Lanzavecchia A, Corti D, Virgin HW. Nature. 2020 Jul 13. doi: 10.1038/s41586-020-2538-8. Online ahead of print. PMID: 32659783    Review.The possibility of antibody-dependent enhancement (ADE) of disease is a general concern for the development of vaccines and antibody therapies because the mechanisms that underlie antibody protection have the theoretical potential to amplify viral infections or trigger immunopathology. Observations relevant to the risks of ADE of disease require careful review at this critical point in the SARS-CoV-2 pandemic. At present, no clinical findings, immunologic assays or biomarkers are known to differentiate any severe viral infection from immune-enhanced disease, whether by antibodies, T cells or intrinsic host responses. In vitro systems and animal models do not predict the risk of ADE of disease, in part because protective and potentially detrimental antibody-mediated mechanisms are the same, and designing animal models depends on understanding how antiviral host responses may become harmful in people. The implications of our lack of knowledge are twofold. First, comprehensive studies are urgently needed to define clinical correlates of protective immunity against SARS-CoV-2. Second, since we cannot predict ADE of disease reliably after either vaccination or treatment with antibodies, regardless of what virus is the causative agent, it will be essential to depend on careful analysis of safety in humans as immune interventions for COVID-19 disease move forward.















Extrapulmonary manifestations of COVID-19.
Gupta A, Madhavan MV, Sehgal K, Nair N, Mahajan S, Sehrawat TS, Bikdeli B, Ahluwalia N, Ausiello JC, Wan EY, Freedberg DE, Kirtane AJ, Parikh SA, Maurer MS, Nordvig AS, Accili D, Bathon JM, Mohan S, Bauer KA, Leon MB, Krumholz HM, Uriel N, Mehra MR, Elkind MSV, Stone GW, Schwartz A, Ho DD, Bilezikian JP, Landry DW. Nat Med. 2020 Jul;26(7):1017-1032. doi: 10.1038/s41591-020-0968-3. Epub 2020 Jul 10. PMID: 32651579
  Review. Although COVID-19 is most well known for causing substantial respiratory pathology, it can also result in several extrapulmonary manifestations. These conditions include thrombotic complications, myocardial dysfunction and arrhythmia, acute coronary syndromes, acute kidney injury, gastrointestinal symptoms, hepatocellular injury, hyperglycemia and ketosis, neurologic illnesses, ocular symptoms, and dermatologic complications. Given that ACE2, the entry receptor for the causative coronavirus SARS-CoV-2, is expressed in multiple extrapulmonary tissues, direct viral tissue damage is a plausible mechanism of injury. In addition, endothelial damage and thromboinflammation, dysregulation of immune responses, and maladaptation of ACE2-related pathways might all contribute to these extrapulmonary manifestations of COVID-19. Here we review the extrapulmonary organ-specific pathophysiology, presentations and management considerations for patients with COVID-19 to aid clinicians and scientists in recognizing and monitoring the spectrum of manifestations, and in developing research priorities and therapeutic strategies for all organ systems involved.





Ageing hallmarks exhibit organ-specific temporal signatures.
Schaum N, Lehallier B, Hahn O, Pálovics R, Hosseinzadeh S, Lee SE, Sit R, Lee DP, Losada PM, Zardeneta ME, Fehlmann T, Webber JT, McGeever A, Calcuttawala K, Zhang H, Berdnik D, Mathur V, Tan W, Zee A, Tan M; Tabula Muris Consortium, Pisco AO, Karkanias J, Neff NF, Keller A, Darmanis S, Quake SR, Wyss-Coray T. Nature. 2020 Jul 15. doi: 10.1038/s41586-020-2499-y. Online ahead of print. PMID: 32669715








Ticagrelor and Aspirin or Aspirin Alone in Acute Ischemic Stroke or TIA.
Johnston SC, Amarenco P, Denison H, Evans SR, Himmelmann A, James S, Knutsson M, Ladenvall P, Molina CA, Wang Y; THALES Investigators. N Engl J Med. 2020 Jul 16;383(3):207-217. doi: 10.1056/NEJMoa1916870. PMID: 32668111