Omicron BA.2 (alias B.1.1.529.2)

 

Omicron  BA.2    (B.1.1.529.2),

Tämä  BA2 linja  lie tunnistettu  alkaneeksi ilmentymään   4. tammikuuta 2021 aikoihin, mutta käyrä on madellut pohjalukemia , kunnes alkoi nousta jokseenkin jyrkkää  linjaa ja on edelleen nousussa, mutta  sekvenssejä on saatu analysoitua  vasta 27 021, mikä on  vain osa  BA.1 linjan  näytemääristä  joita kaksin ,  kolmin verroin enemmän.    Tämä BA.2 poikkeaa  edellisistä  substituutiokokoomuksien  ja deleetioitten  suhteen. samantapaisiakin jaksoja  löytyy.

 Substituutiot  Orf1a ja Orf1b alueella  sekä  muiden struktuurigeenien orfien   alueella on  omanlaisensa. ( Useimmissa deltavarianttien  Orf1a substituutioissa on ollut mukana T3255I substituutio, niin myös näissä omikroneissa.)

Orf 1a, Ib substituutiot:

R, I, S, F, I, F, I, H, deletio;L,C,V,I. 

Tarkemmin määriteltynä Orf1a substituutiot ja deletio: S135R, T842I, G1307S, L3027F T3090I, L3201F, T3255I, P3395H, deletio3675/3677. 

Orf1b Substituutiot: P314L, R1315C, I1566V, T2163I.

 Struktuurigeenien mutaatiot   (E,M, OrF8, N):

I; ET; L; LL.deletio,K,R,R.

Tarkemmin määriteltynä kohdat:

E proteiini: T9I ; 

 M proteiini: Q19E, A63T ;

ORF8: S84L; 

N proteiini: P13L, del31/33, R203K, G204R, S413R.

Spike (S) -substituutiot ja deletiot:

I, S, del (-P,-P,-A), D,G,

D,F,P,F,A,

N,S,N,K,N,K,A,R,R,

Y,H,

G,Y,K,H,

K,Y,

H,K.

Vastaavat substituutiot yksityiskohtaisesti: 

T19I,  L24S,del (-P,-P,-A),

 G142D, 

V214G, (onko EPE insertiota??)

G339D, S371F,  S373P, S375F,T376A,

D405N, R408S, K417N (95,3:ssa) ,N440K (84,5%:ssa), S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, 

N501Y, Y505H,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K, D796Y,  '

Q954H, N969K..

 

Kerrotaan ,että tätä varianttia esiintyy Tanskassa runsaasti ja että tämä lisääntyisiä täällä Pohjoismaissa. Kuitenkin omicronvarianteista näyttää olevan lisääntyvin  tällä hetkellä BA.1.1 alalinja, ja runsaimmin on katsottu BA.1 linjan sekvenssejä. BA-2 sekvenssejä on katsottu   runsaat 55,000 ja BA.1 sekvenssejä yli 600,000.  ja BA.1.1 sekvenssejä yli  300,000. BA.3 sekvenssejä vain  muutamia satoja. 

Koetan saada  ensi viikolla tarkemman  käsityksen eri  varianttien leviämisvauhdista ja myös mahdollisesta patogeenisuudesta.  Näyttää pohditun kovasti  näiden kolmen päävariantin juuria ja katsotaan, että ainakaan toisistaan ne eivät johdu ja kuitenkin ovat yhtä kaukana  muista  VOC varianteista kuin ne yleensäkin Vocit  tapaavat olla  juuriltaan toisitaan kaukana.  Väki alkaa olla  sitä ieltä että pandemian sopisi loppua jo ja restriktioiden väistyä, mutta asiantuntijat eivät haluaisi vielä päästää väkeä vapaille laitumille näin varhain keväällä.   Päivitystä 12.2. 2022.

Omicronvariantti BA.1.1. (B.1.1.529.1.1) ja (+)R346K-substituution esiintymän runsautta

BA.1.1, (B.1.1.529.1.1),  Tämä on  BA.1 alalinja.

Tämä variantti on omikron BA.1-viruksen alalinjaa BA.1.1  ja erot BA.1:n kanssa ovat pieniä. En löydä  kuin muutamia aminohappoeroja.  Tästä variantista  katsotaan ensimmäiset  juuret löytyneiksi  jo marraskuussa 2020, mutta  käyrä on  matanut aivan näkymättömiä  pohjalukemia viime aikoihin asti, jolloin  variantti rehahti niin, että siitä on  saatu katsottua  223 324 sekvenssiä.  Tämänkin  käyrä nousi terävänä piikkinä, mutta on jo  kääntänyt  huippunsa  nousun yhtä terävään laskusuuntaan, Korkeimmillaan huippu on käväissyt yli 30 prosentissa  kumulatiivisen prevalenssin kartoilla.  Tuohon  sekvenssijoukkoon laskettu viimeinen näyte on päivältä 27.1. 2022.

Orf1a ja Orf1b substituutiot ja deletiot: Vaikuttavat  samanlaiselta  kokoomukselta kuin BA.1:ssä.

R, deletio, I, T, I, H, deletio,V_L V. (motiivi)

Myös  muiden struktuuriproteiinien (E, M, ORF8, N)  substituutio ja  deletioprofiili  vaikuttaa samanlaisestla kuin BA.1:llä.

I; GET; L; L del; KR (motiivi)  joten  en tässä toista sitä. Jos havaitsen myöhemmin eroja BA.1:n  näihin orf-muutoksiin, niin korjaan sitten tiedon. 

Spike (S)  proteiinin aminohapot:  

 

S-proteiinin (OrF2)  substituutio-ja deletioprofiili näyttää tällaiselta aminohappojen kasvavassa numerojärjestyksessä:

 

V, deletio (-H,-V) , I, D,deletio (-V,-Y,-Y), I, deletio (-L) ,(ins.+EPE), 

D,  K L, P, F,

N,K,S,

N,K, A,R,S,R,

Y, H, K,

G,Y,K,H,  (Furiinipilkkoutumiskohta tässä lähistöllä)

K,Y,

H, K.

F.

 

Vastaavat substituutiot yksityiskohtqaisesti:

A67V, (-H69,-V70), T95I,

 G142D,  (-V143,-Y144,-Y145), 

N211I, (-L212), ( insertio +EPE215),

G339D,  (+)R346K  ( 98,1%:ssa), S371L,  S373P, S375F,

K417N (60,1%:sa),N440K 64,8 5:ssa) , G446S (65,9 %:ssa) 

S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S (87,6%:ssa) , Q498R, 

N501Y, Y505H, T547K,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K, D796Y,

 Q954H, N969K.

 L981F (98%:ssa)

 Muistiin  31.1.2022. Näyttää siltä että näihin kokoomuksiin voi tulla  lisämutoksia ja lisää voi tulla alalinjojakin esiin.

12.2. 2022 asetan lisää ne substituutiot, joiden  frekvenssi on yli  50%:sta  näytteistä.  Esimerkiksi on  mutaatio R346K ilmoitettu VOC-virusluettlossa seurattaviin  Omicron (+) R346K  mutaatioihin.  Varsinaisessa omicron variantissa BA.1  sen esiintyvyys on alle 0,5% ja tapauksina  alle 3000, sillä  BA.1 varianttia on esiintynyt näiohin aikoihin  yli 655,000, kun taas  BA.1.1 varianttia on  jonkin verran yli 300 000. , joten  + varianttia on runsaasti, Sen kliinistä merkitystä on jo ehditty  tutkia Syyrian hamsterissa ja todettu, että sitä sisältävistä viruksista tulee tulehdusta  alempiin hengitysteihin, joten  arvio on että variantista tulee hankaluuksia.

 

 

Omicronvariantti BA.1 ( B.1.1. 529.1)

 

BA.1

BA.1  johdetaan havaituksi jotenkin jo 2020, 15 syyskuuta. Käyrä aloitetaan nimittäin siltä ajalta, vaikka  variantin  rehahtama on  tapahtunut vasta  nyt viime vuoden lopussa.  Sekvenssejä on katsottu 503 343 kappaletta  eiliseen mennessä.  Viimeinen katsottu sekvenssi on 28.tammikuutta 2022. Käyrä nousee jyrkällä piikillä tuossa vuodenvaihteessa ja nöyttöääyli 50% ja sitten  6n   laske04t  nyt  myös jyrkkää laskua jonnekin 30 ja 40 prosentin välille  kumulatiivisen prevalenssin käyrissä maailmanlaajuisesti.  

POLYPROTEIININ 1ab substituutioista: 

Tämän variantin ORF1a ja Orf1b  omaavat seuraavat  substituutiot:

 R,I, deletio,T, I, H, deletio,V; L, V.

 

Yksityiskohtaisemmin:Orf1a substituutiot ja deletiot

K856R, S2083I, (deletio 2084/2084), A2710T,  T3255I, P3395H (deletio 3674/3676) , I3758V.

Yksityiskohtaisemmin Orf1b substituutiot: 

P314L, I1566V. 

Muiden kuin S-piikin  struktuuriproteiinien  (E, M, Orf8, N) substituutioista:

S-proteiinin jälkeen tulevat struktuuriproteiinit omaavat seuraavat  substituutiot ja deleetiot:

I;  G, E,T;  L;  L,deletio,K,R.

Näistä tarkempi luettelo: 

E-proteiinin mutaatio: T9I.

M-proteiinin mutaatiot:D3G,  G19E, A63T.

Orf8 mutaatio: S84L.

N-proteiinin mutaatio ja deleetio:

P13L, deletio 31/33, R203K, G204R.

 

 

S-proteiinin (ORF2)  substituutio-ja deletioprofiili näyttää tällaiselta aminohappojen kasvavassa numerojärjestyksessä:

 

V, deletio (-H,-V) , I,

 D,deletio (-V,-Y,-Y), 

I, deletio (-L),(ins.+EPE), 

D, (K, alle 0,5%:ssa), L, P, F,

(N  53,4%:ssa),( N440K 55,6%:ssa),(G446S 56%:ssa),

N, K, A, R, S, R,

Y, H, K,

G,Y,K,H,  (Furiinipilkkoutumiskohta tässä lähistöllä)

K (81,7 %:ssa) ,Y,

K,

H, K, F.

 

Vastaavat substituutiot yksityiskohtqaisesti:

A67V, (-H69,-V70), T95I, 

G142D,  (-V143,-Y144,-Y145), 

N211I, (-L212), ( insertio +EPE215),

G339D, (0,5%:ssa +R346K),  S371L,  S373P, S375F,

(K417N, vain 53,4%:ssa)  

(N440K, vain 55,6%:ssa) 

(G446S, vain 56,6%:ssa )

S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, 

N501Y, Y505H, T547K,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K (81,7 %:ssa), D796Y,

N856K, 

 Q954H, N969K, L981F. 

Päivitetty 12.2.2022. 

 

Omicronvariantti BA.3 ( alias B.1.1.529.3)

 

 BA.3, (BA.1.1.529.3)

BA.3 havaittiin  18.11.2021 ensi kerran ja viimeinen näyte on sekvensoitu 20. tammikuuta 2022. Sekvenssejä on  254  ja niitten maailmanlaajuinen esiintymä on alle puoli prosenttia.

Tässä  variantissa  polyproteiinin   Orf1a ja Orf1b alueella  ovat  vain  nämä  substituutit: H ja L. Ne vastaavat substituutioita P3395H ja  vastaavasti P314L.

Spike-substaatioitten jälkeen tulee struktuuriproteiinien  substituutiot ja deleetio: I, L, del, L,K,R. (motiivi) 

Ne vastaavat seuraavia kohtia:

 E-proteiini: T9I; 

Orf8: S84L. 

N-proteiini: P13L,  Deletio 31/33, R203K, G204R.

Spike alueella  ilmenee seuraavat  mutaatiot:V, del, I, I, del, G,Y, K, H,Y,H,K. Siis lie vain 10 substituutiota   BA3-variantin S-proteiinissa. 

Kohta G,Y,H,K oli kaikissa neljässä variantissa ja muutama muukin  kohta  on  samanlainen.

Tarkennettuna nämä  Spike mutaatiot (10)  ja deleetioalueet  (2)  ovat: 

 A67V, T95I, del69/780, 

N211I, del212/212,

 D614G, H655Y, N679K, P681H, 

D796Y, 

Q954H, N969K.

Tälle variantille on tyypillistä  muutama samankaltaisuus BA.1 variantin alku ja loppupään kanssa ja  keskikohta, jossa on  aminohapposubstituutioita  300- ja 400 alkuisilla numeroilla  ei  esiinny , vaan tilalla on ne wuhan  referenssiaminohapot.  

Tietoja olen keränyt WHO VOC-varianttien linkin kautta.. Tämän BA3:n käyrä alkoi näkyä marraskuulta ja sitten on hieman madellen  esiintynyt pientä lainetta  ja nyt näyttää laskevan kohti nollaa.  Esiintymä ei ole päässyt 0,0 prosenttia korkeampiin näyttämiin, mutta  variantissa on  tarkkailtavia  substituutioita ja kyllä se Sars-2  omikron virus on, vaikka minimalistisella  motiivilla. .

Artikkeleita A-vitamiinista ja Covid-19 taudista

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7883262/

 A-vitamiini kuuluu rasvaliukoisiin vitamiineihin A,D, E, K ja  niitä tulee saada ravinnossa suositellut määrät. Artikkeli, joka valaisee  niiden merkitystä ja eri ravintolähteitä: 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8149275/

 Covid-19 kuluttaa monien voimia ja moni laihtuu hyvin paljonkin taudin  takia . Ravinnon  osuus on tärkeä, jo profylaktisesti , vastustuskyvyn pitämisessä hyvänä ja sitten taudin läpikäymisessä ja  haittavaikutusten minimoimisessa ja kudosten ja voimien palauttamisessa. 

 

D-vitamiini- ja K-vitamiinistatus ja Covid-19

 https://academic.oup.com/ofid/article/8/10/ofab408/6330610

B6-vitamiinista ja Covid-19 taudista

 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fnut.2020.562051/full

Ajatuksia Sinkistä ja Covid-19 taudista

 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.699389/full

Seleniumista on jotain hyötyä virustulehduksissa , myös Covid-19 tautia vastaan

 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32992282/

. 2020 Oct;37:101715.

doi: 10.1016/j.redox.2020.101715. Epub 2020 Sep 10.

Selenium and selenoproteins in viral infection with potential relevance to COVID-19

Jinsong Zhang  ¹ , Ramy Saad  ² , Ethan Will Taylor  ³ , Margaret P Rayman  ⁴

Affiliations

• PMID: 32992282
• PMCID: PMC7481318
• DOI: 10.1016/j.redox.2020.101715

Free PMC article

Abstract

Selenium is a trace element essential to human health largely because of its incorporation into selenoproteins that have a wide range of protective functions. Selenium has an ongoing history of reducing the incidence and severity of various viral infections; for example, a German study found selenium status to be significantly higher in serum samples from surviving than non-surviving COVID-19 patients. Furthermore, a significant, positive, linear association was found between the cure rate of Chinese patients with COVID-19 and regional selenium status. Moreover, the cure rate continued to rise beyond the selenium intake required to optimise selenoproteins, suggesting that selenoproteins are probably not the whole story. Nonetheless, the significantly reduced expression of a number of selenoproteins, including those involved in controlling ER stress, along with increased expression of IL-6 in SARS-CoV-2 infected cells in culture suggests a potential link between reduced selenoprotein expression and COVID-19-associated inflammation. In this comprehensive review, we describe the history of selenium in viral infections and then go on to assess the potential benefits of adequate and even supra-nutritional selenium status. We discuss the indispensable function of the selenoproteins in coordinating a successful immune response and follow by reviewing cytokine excess, a key mediator of morbidity and mortality in COVID-19, and its relationship to selenium status. We comment on the fact that the synthetic redox-active selenium compound, ebselen, has been found experimentally to be a strong inhibitor of the main SARS-CoV-2 protease that enables viral maturation within the host. That finding suggests that redox-active selenium species formed at high selenium intake might hypothetically inhibit SARS-CoV-2 proteases. We consider the tactics that SARS-CoV-2 could employ to evade an adequate host response by interfering with the human selenoprotein system. Recognition of the myriad mechanisms by which selenium might potentially benefit COVID-19 patients provides a rationale for randomised, controlled trials of selenium supplementation in SARS-CoV-2 infection.

Keywords: COVID-19; Ebselen; Redox-active selenium species; SARS-CoV-2; Selenium; Selenoproteins.

 

Vertailin Omikronin ja muiden varianttien muita kuin S-proteiinisubstituutioita. Siis Orf1a, Orf1b, Orf3a, E, M, Oref6, Orf7a, Orf7b, Orf8 ja N proteiini.

 Omikron järjestelee niitä  polyoproteiiniaan  koodaavia geenejä ja muita struktuurigeenejäkin tavalla, joka tekee näsitä viruksen työvälineistä siten  viruksen mieleisiä.

Kaikilla  varianteilla on  tämä työkalupakki, kutsun niitä osai työkaluiksi.

Deltyavirus on varsin tehokkasti konservoinut omat työkalunsa, joten niillä kyllä on helppo tehdä ne yli toistasataa  AY-varianttia. 

Toistaiseksi Omikron vaikuttaa aika  alkuluomisen "toohun ja voohun" vaiheessa olevalta ( alkuluomisen touhut ja   vouhotukset) . Jos se selviää yli tämän alkkukaaostilanteensa ja pystyy konservoimaatn nämä aseensa , se voi tulla tosiaankin moni  varianteja muodostavaksi. Saa nähdä.  Sen takia otin vertailun vuoksi  muitakin varianttejä tähän, niiten Orf1 ja Orf2. Kaikilla ei ole näissä substituutioita. Se ei tarkoita etteiu niilä olisi polyproteiinia, vaan se tarkoittaa että polyproteiini muistuttaa  lähinnä sitä Wuhanin alkutyyppiä.  Mitä tulee Spike-aluee jäljessä seuraavaan peräkaneettiin struktuurigeenejä,  näyttää siltä että  virukset moduloivat näitä eri tekijöitä siten että saavat pintaepitoopit sopiviksi. Joskus ei näyt Orf3a- proteiinia muta sen sijaan voi nähdä E-proteiinin substituution. Tosin vain harvoin E mutatoituu.  Hyvin ahrvoin tapaa  Orf6 mutaatiota.  Orf7a ja 7b sekä orf8 ovat useimmiten  pari mutaatiota sisältävää.  Membraaniproteiinissa on useimjiten yksi mutaatio, voi olla joisskin enemmän.  N-proteiini  on  tärkeä hännänhuippu ja joka virus koettaa näemmä  konservoida siitä tehokkaan. 

Asettan orf-välihin yhden alaviiva (_) paitsi  spikin substituutioiden kohdalle (______) pelkän pitkän viivan.  Ensimmäiset orfit Orf1a ja Orf1B tuotavat niitä nosn-strukturellejä proteiineja  nsp joita on  16. Orf 1a tuottaa niitä  11 ja  sitten frame shift- kehysvaihdon tapahduttua  syntyy myös  12-16  Jos kehysvaihto on päällä, syntyy kaikkia  kaiketi 1-16 mutta ei  sitä vaihdekohtaa 11. Delta pitää Orf1a melko stabiilina, muta  vaihtelee tavattomasti Orf1b hahmoa, tosin siinä on perushahmo 3-4  aminohappoa  miltei aina sama. 

Toinen vertailu kaikkien relevanttien varianttien  epitooppien kesken:

Vertaan ORF1a ja ORF1b sekä muiden orfienmutaaatioita keskenään, 

Mutaatiomotiiveja löytyy joka variantista.:

Alfa ja alalinjaesimerkki Q.1. :

 Orf1a_ Orf1b (____ spike subst kohta) (Post-spike organisaatio:Orf3a, E, M, Orf 7a, orf7b, orf8, N.

ALFA

IDT_  L (____) *_ ICL_LRKF.

ALFA alalinja Q.1:

IDT del_ L (___ _) *_ ICL_LRKF.

BETA , B.1.351:  Orf1a_Orf1b (Spike subst) Orf3a-Eprot-Orf8_Nprot

INR del_ L (____ ) HL_L_L_I

GAMMA  parent B.1.1.28.

L (spike subst ) L_KR.

GAMMA alalinja.P.1.

LQ del_ LD (____ ) LK_RKK.

THETA, P.3. :

GFNPEF_LV (___) QL_KR

ZETA, P.2.a

FV_L ? (spikesubst) L_SKRI

DELTA : Orf1a_OrfIb (spikesubst)-Orf3A_M_Orf7a_Orf7b_Orf8 _N prot.

SLSLIAA_LSLV (___) L_AI_I_T_GCMY

DELTA alalinja  AY.4.2:Orf1a_Orf1b (spikesubt) Orf3a_M_Orf7a_Orf7b_Orf8  myös del._Nprot:

SLSVLIA_LSLV (______) L_T_AI_I_L del._ GMCY.

DELTA alalinja AY.122 Eur.lineage: Orf1a_Orf1b (Spiksubst) Orf3a_M_Orf7a_Orf7b_Orf8_Nprot.

NSLSLIA_LSLV (_______)L_T_TA_I_L del_GMCY

LAMBDA , C.37,  B.1.1.1.37:

ISVPIS del._L (_______) L_LKRC.

LAMBDA alalinja. C.37.1:

ISVPIS_L (____) T_L_LKRC.

Mu-variantti  : Orf1a - Orf1b (Spikesubst) Orf3a_Orf8_Nprot:

AIIR_SL (____) H del_KSFL_I

OMIKRON  alku muoto : Orf.1a_Orf1b ( spike subst )

ITIH del.V_LV_____I_ET_L_Ldel. RK

Omikron alalinja BA.1:

RI del,TIH del,V._LV (____) I _GET_L_L del.KRR.

Omikron alalinja  BA.2:

RISFIFIH del._LCVI (_____)I _I_ET_L_L del.KRR.

Omikron alalinja  BA.3:

RSIIHV del ._LV (______)I_ET_L _L del. KRR.

 Tästä ei käy selville deleetioitten sisältämät  aminohapot. Ei myöskään , mihin  nsp-proteiiniin   alkupään  aminohapot sijoittautuvat.  Niistä saa muutamia artikkeleita erikseen  netistä. Tässä voi olla huolimattomuusvirheitä. Näitä on tosi hankala mielestäni koota kokoon.

Vertailin Sars2 virusvarianttien S-proteiinisubstaatioitten aminohappokokoomuksia laadullisesti.

 

SVT.se kertoo omikronin varianteista nyt :

Omikron esiintyy nyt vasta seuraavissa muodoissa

’Omikron nolla’ (omikronin alkuluomismuoto, jo sta seuraavat hahmottuivat esiin)

BA.1 omikron,

BA.2 omikron,

BA.3 omikron.

Varianttien epitooppikokoomuksessa on hieman eroa. Olen katsonut tänään aminohappolaatuja epitoopeissa, en niinkään sitä mistä aminohaposta uusi epitooppi on tehty vaan mikä pinnalla näkyy. Vertailen edeltäneisiin VOC ja VOI varianteeihin myös:

Alfa variantin spike-substituutiot: D I HH Y G

Beta-variantin substituutiot: D V K Y G N

Gamma-variantin  substituutiot: SS T I K FF YYY G N

"Delta parent" substituutiot: K GG N RRR

Delta-alalinjan AY.4.2. substituutiot: D V I H K GG N RRR

Lambda-variantin  substituutiot: V I Q G NN

Mu-variantin  substituutiot: S I H KK Y G NN

"Omikron parent": A D SS L EE HHH KKKKKKK FF YYY PP G NN RR

Omikron  alalinjan BA.1 substituutiot: A DD S VLII EE HHH KKKKKKK FF YY PP G N RR

Omikron alalinjan  BA.2. substituutiot: AA DDD SS I EE HHH KKKK FF YYY PP G NNN RR

Omikron alalinjan BA.3 substituutiot: A DD S VII EE HHH KKKK YYY PP G NN RR

(epitooppeja uusissa substituutioissa laadullisesti ryhmiteltynä

Lisäksi omikroneissa on 215 EPEmerkkaan mukaan, ja olen asettanut  nuo aminohapot myös esiin. 

Tässä luettelossa en ole otanut mukaan deleetioitten  sisältämien aminohappojen nimiä ja laatuja. Pitä tuntea aminohappojen ominaisuuksia, että näkee mikä on se laadullinen muutos, mitä omikroneissa on tapahtunut aiempiin verrattuna. Niistäkin asiosita löytyy jo vertailevia artikkeleita.

Uutinen Tanskasta:

Ny omikronvariant tar över i Danmark

En ny variant av omikronviruset håller på bli dominerande i Danmark. I Sverige har 481 fall upptäckts, enligt Folkhälsomyndigheten. Den nya varianten, som går under namnet BA.2, stod för 45 procent av de danska smittofallen under vecka 2, en dryg fördubbling jämfört med hur det såg ut runt nyår. Liknande tendenser syns även i Norge och Storbritannien, rapporterar Svenska Dagbladet. I Sverige har hittills 481 fall bekräftats och andelen ökar, skriver Dagens Nyheter med hänvisning till Folkhälsomyndigheten.

 

 

Tässä artikkelissa  punnitaan Spike ja RBD- syunstituutioiden merkitystä ACE2 reseptoriaffiniteetille. 

 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1477893921002751?via%3Dihub

 

Highly mutated SARS-CoV-2 Omicron variant sparks significant concern among global experts – What is known so far?

Author links open overlay panelSujanPoudelAngelaIshakJavierPerez-FernandezEfrainGarciaDarwin A.León-FigueroaLuccioRomaníD. KatterineBonilla-AldanaAlfonso J.Rodriguez-Morales

Vertailua delta ja omikron variantin S-proteiinin ja RBD alueen kesken

 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34914115/

 We used computational studies to examine the Delta and Omicron variants in this study and found that the Omicron variant had a higher affinity for human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) than the Delta variant due to a significant number of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD), indicating a higher potential for transmission. Based on docking studies, the Q493R, N501Y, S371L, S373P, S375F, Q498R, and T478K mutations contribute significantly to high binding affinity with human ACE2. In comparison to the Delta variant, both the entire spike protein and the RBD in Omicron include a high proportion of hydrophobic amino acids such as leucine (L) and phenylalanine (F) These amino acids are located within the protein's core and are required for structural stability. We observed a disorder-order transition in the Omicron variant between spike protein RBD regions 468-473, and it may be significant in the influence of disordered residues/regions on spike protein stability and binding to ACE2. A future study might investigate the epidemiological and biological consequences of the Omicron variant.

Keywords: B.1.1.529; B.1.617.2; COVID-19; Omicron variant; SARS-CoV-2; delta variant.

Omikron variantista PubMed uutisia 24.1.2022 haku

242 results

Page

of 25

Select search result to email or save

1

Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines.

Araf Y, Akter F, Tang YD, Fatemi R, Parvez MSA, Zheng C, Hossain MG. J Med Virol. 2022 Jan 12. doi: 10.1002/jmv.27588. Online ahead of print. PMID: 35023191 Review.

there is very limited information on the current situation of the Omicron variant, such as genomics, transmissibility, efficacy of vaccines, treatment, and management. This review focused on the genomics, transmission, and effectiveness of vaccines against the Omicron variant, which will be helpful for further investigation of a new variant of SARS-CoV-2.

2

Probable Transmission of SARS-CoV-2 Omicron Variant in Quarantine Hotel, Hong Kong, China, November 2021.

Gu H, Krishnan P, Ng DYM, Chang LDJ, Liu GYZ, Cheng SSM, Hui MMY, Fan MCY, Wan JHL, Lau LHK, Cowling BJ, Peiris M, Poon LLM. Emerg Infect Dis. 2022 Feb;28(2):460-462. doi: 10.3201/eid2802.212422. Epub 2021 Dec 3.

We sequenced complete SARS-CoV-2 genomes from case-patients A and B (Appendix) and confirmed that these genomes were VOC Omicron (Pango lineage B.1.1.529) (Figure, panel A). Viral sequences from these 2 case-patients differed by only 1 nt. Viral sequence from case-patient A was highly similar to those of the first few reported Omicron cases identified in South Africa and Botswana

(Appendix Table 1). Because many countries have just reported detection of this VOC(https://www.gisai/hcov19-variantsExternal Link), the actual genetic diversity of this virus lineage requires further investigations.

The long branch of Omicron clade in the phylogenetic tree is attributed to the large number of mutations (Figure, panel A).

 Nonsynonymous mutations were identified in the spike (S)‒encoding (n = 35) and other viral protein‒encoding (n = 22) regions (Figure, panel B). Among the nonsynonymous mutations in the S protein, 43% (n = 15) were also identified in other VOCs/variants of interest, and 31% (n = 11) were found only in VOCs (Alpha, n = 6; Beta, n = 4; Gamma, n = 5; Delta, n = 4). Some of the point mutations and deletions found in other regions are not novel and can also be found in other variants at different frequencies (Appendix Table 2). Among these non-S mutations, NSP4-T492I, NSP6-S106del, NSP6-G107del, NSP12-P323L, N-P13L, N-R203K, and N-G204R are commonly found in SARS-CoV-2 variants.

3

Omicron Variant (B.1.1.529): Infectivity, Vaccine Breakthrough, and Antibody Resistance.

Chen J, Wang R, Gilby NB, Wei GW. J Chem Inf Model. 2022 Jan 24;62(2):412-422. doi: 10.1021/acs.jcim.1c01451. Epub 2022 Jan 6. PMID: 34989238 Free PMC article.

The essential infectivity and antibody resistance of the SARS-CoV-2 variant are determined by its mutations on the spike (S) protein receptor-binding domain (RBD). However, a complete experimental evaluation of Omicron might take weeks or even months. Here, w …

4

SARS-CoV-2 Omicron variant shows less efficient replication and fusion activity when compared with Delta variant in TMPRSS2-expressed cells.

Zhao H, Lu L, Peng Z, et al.  Emerg Microbes Infect. 2022 Dec;11(1):277-283. doi: 10.1080/22221751.2021.2023329. PMID: 34951565 Free PMC article.

Camostat potently inhibited the Delta variant but not the Omicron variant, while bafilomycin A1 and chloroquine could inhibit both Omicron and Delta variants. ...Collectively, our results suggest that Omicron variant infection is not enhanced by TMPRSS …

The World Health Organization classified the Omicron variant as a VOC only 2 days after being notified by the South African scientists, mainly based on the unusually large number of amino acid mutations in the spike protein and the rapid increase in South Africa. It is worrisome that the Omicron variant may transmit more easily and may replace the Delta variant which has dominated the World up to November 2021. Here, we found that the replication and fusion activity of the Omicron variant is much less dependent on TMPRSS2, while the replication and fusion of the Delta variant is greatly enhanced in VeroE6/TMPRSS2 cells.

Conformational change of the spike protein is essential in mediating the viral and cellular membrane fusion [19], which in turn allows the viral genome to reach the cytoplasm via a fusion pore. After cleavage of the S1/S2 junction by furin, the S2’ site can be cleaved by either the cell surface TMPRSS2 or the endosomal cathepsin B/L. A single-cell sequencing study showed that TMPRSS2 is highly expressed in alveolar type I and type II cells of the lung [20]. The enhancement of viral replication of the Delta variant by TMPRSS2 corroborates with previous animal studies showing more extensive infection of alveolar pneumocytes for the Delta variant [21]. In the current study, we showed that in contrast to the Delta variant, Omicron variant was not effective in using TMPRSS2 for viral replication. Our results suggest that the Omicron variant may have poorer replication in the lungs when compared with the Delta variant. Indeed, there are preliminary epidemiological studies showing that the Omicron variant may have the milder disease [22].

Although there is a marked difference in the dependence of TMPRSS2 on viral replication, there is no difference in the S2’ cleavage site between the Omicron and Delta variants. The difference in TMPRSS2 dependence may be related to the furin cleavage site, in which the Omicron variant is P681H and the Delta variant is P681R. Using a pseudovirus system, Peacock et al. have demonstrated that the TMPRSS2-mediated entry is much greater in pseudovirus carrying the polybasic furin cleavage site at the S1/S2 junction than those with the polybasic cleavage site deletion [23]. We showed that the Omicron variant is much less fusogenic when compared with the Delta variant. In addition to the replication difference in TMPRSS2 dependence, the poorer fusion activity of the Omicron variant can be attributed to the difference in the S1/S2 junction furin cleavage site. Previous studies have demonstrated that the Delta variant exhibited higher fusion activity than the wild type virus or the Alpha variant that contains P681H mutation [21,24,25]. Since syncytia formation is found in postmortem lung specimens of deceased COVID-19 patients, the fusion activity may be associated with disease severity [26].

In addition to being a protease that cleaves the spike protein for activation, TMPRSS2 also plays a role as an interferon antagonist. Overexpression of TMPRSS2 can reverse the restriction of SARS-CoV-2 replication by NCOA7, an interferon-stimulated gene [27]. It would be important to further assess how this innate immune role of TMPRSS2 will affect viral replication.

Although both VeroE6/TMPRSS2 and Calu3 exhibit high levels of TMRPSS2 expression, there was a difference in the replication of the Omicron variant between these two cell lines. While the Omicron variant could replicate to a level similar to Delta variant at 48 and 72 hpi in VeroE6/TMPRSS2 cells, the viral load of the Omicron variant remained significantly lower than the Delta variant at 48 and 72 hpi in Calu3 cells. This may be because the endocytosis is not an entry pathway for SARS-CoV-2 in Calu3 cells. Hoffmann et al. have shown that chloroquine, an endosomal acidification inhibitor, did not inhibit SARS-CoV-2 replication in Calu3 cells [28]. In Figure 3, we demonstrated that chloroquine could inhibit the replication of SARS-CoV-2, suggesting that the virus can enter VeroE6/TMPRSS2 cells by endosomal pathway.

At the time of writing, the Omicron variant has already affected over 90 countries worldwide. Our in vitro study provides a rapid phenotypic characterization of the Omicron variant which is important for the urgent public health risk assessment. It remains to be confirmed in animal models whether the difference in TMPRSS2 dependence will lead to the difference in disease severity or tissue tropism.

5

Omicron variant showed lower neutralizing sensitivity than other SARS-CoV-2 variants to immune sera elicited by vaccines after boost.

Ai J, Zhang H, Zhang Y et al.  Emerg Microbes Infect. 2022 Dec;11(1):337-343. doi: 10.1080/22221751.2021.2022440. PMID: 34935594 Free article.

ABSTRACTThe emerging new VOC B.1.1.529 (Omicron) variant has raised serious concerns due to multiple mutations, reported significant immune escape, and unprecedented rapid spreading speed. ...Post booster vaccination, 100% samples showed positive neutralization activity ag …

6

Omicron thwarts some of the world's most-used COVID vaccines.

Dolgin E. Nature. 2022 Jan;601(7893):311. doi: 10.1038/d41586-022-00079-6. PMID: 35027748 No abstract available.

7

Decreased severity of disease during the first global omicron variant covid-19 outbreak in a large hospital in tshwane, south africa.

Abdullah F, Myers J, Basu D, et al.  Int J Infect Dis. 2021 Dec 28;116:38-42. doi: 10.1016/j.ijid.2021.12.357. Online ahead of print. PMID: 34971823 Free PMC article.

METHODS: 466 hospital COVID-19 admissions since 14 November 2021 were compared to 3962 admissions since 4 May 2020, prior to the Omicron outbreak. Ninety-eight patient records at peak bed occupancy during the outbreak were reviewed for primary indication for admission, cli …

8

A living WHO guideline on drugs for covid-19.

Agarwal A, Rochwerg B et al.

Following the publication of a previous conditional recommendation for casirivimab- imdevimab, pre-clinical evidence has emerged suggesting that this monoclonal antibody combination lacks neutralisation activity against the omicron variant in vitro. Sotrovimab has been rep …

9

Highly mutated SARS-CoV-2 Omicron variant sparks significant concern among global experts - What is known so far?

Poudel S, Ishak A, Perez-Fernandez J, Garcia E, León-Figueroa DA, Romaní L, Bonilla-Aldana DK, Rodriguez-Morales AJ. Travel Med Infect Dis. 2022 Jan-Feb;45:102234. doi: 10.1016/j.tmaid.2021.102234. Epub 2021 Dec 8. PMID: 34896326 Free PMC article. No abstract available.

10

COVID infection severity in children under 5 years old before and after Omicron emergence in the US.

Wang L, Berger NA, Kaelber DC, Davis PB, Volkow ND, Xu R. medRxiv. 2022 Jan 13:2022.01.12.22269179. doi: 10.1101/2022.01.12.22269179. Preprint. PMID: 35043116 Free PMC article.

IMPORTANCE: Pediatric SARS-CoV-2 infections and hospitalizations are rising in the US and other countries after the emergence of Omicron variant. ...DESIGN SETTING AND PARTICIPANTS: This is a retrospective cohort study of electronic health record (EHR) data of 79,59 …Conclusions and relevance: For children under age 5, first time SARS-CoV-2 infections occurring when the Omicron predominated (prevalence >92%) was associated with significantly less severe outcomes than first-time infections in similar children when the Delta variant predominated.

 

Long COVID ja/tai reaktivoitunut EBV

 https://dx.doi.org/10.3390%2Fpathogens10060763.

Klassista tietoa EBV viruksesta ja B-soluista

. 2012 Jan;91(1):65-9.

doi: 10.1016/j.ejcb.2011.01.014. Epub 2011 Mar 29.

Human B cells on their route to latent infection--early but transient expression of lytic genes of Epstein-Barr virus

Markus Kalla  ¹ , Wolfgang Hammerschmidt

Affiliations

• PMID: 21450364
• DOI: 10.1016/j.ejcb.2011.01.014

Abstract

Epstein-Barr virus (EBV) is a human tumor virus and a paradigm of herpesviral latency. Mature naïve or memory B cells are EBV's preferred targets in vitro and in vivo. Upon infection of any B cell with EBV, the virus induces cellular proliferation to yield lymphoblastoid cell lines (LCLs) in vitro and establishes a latent infection in them. In these cells a 'classical' subset of latent viral genes is expressed that orchestrate and regulate cellular activation and proliferation, prevent apoptosis, and maintain viral latency. Surprisingly, little is known about the early events in primary human B cells infected with EBV. Recent analyses have revealed the initial but transient expression of additional viral genes that do not belong to the 'classical' latent subset. Some of these viral genes have been known to initiate the lytic, productive phase of EBV but virus synthesis does not take place early after infection. The early but transient expression of certain viral lytic genes is essential for or contributes to the initial survival and cell cycle entry of resting B cells to foster their proliferation and sustain a latent infection. This review summarizes the recent findings and discusses the presumed function(s) of viral genes expressed shortly but transiently after infection of B-lymphocytes with EBV.

Copyright © 2011 Elsevier GmbH. All rights reserved.

Similar articles

• Regulation and dysregulation of Epstein-Barr virus latency: implications for the development of autoimmune diseases.

  Niller HH, Wolf H, Minarovits J. Autoimmunity. 2008 May;41(4):298-328. doi: 10.1080/08916930802024772. PMID: 18432410 Review.  Epstein-Barr virus (EBV) is a human herpesvirus hiding in a latent form in memory B cells in the majority of the world population. Although, primary EBV infection is asymptomatic or causes a self-limiting disease, infectious mononucleosis, the virus is associated with a wide variety of neoplasms developing in immunosuppressed or immunodeficient individuals, but also in patients with an apparently intact immune system.
• The lytic phase of epstein-barr virus requires a viral genome with 5-methylcytosine residues in CpG sites.

  Kalla M, Göbel C, Hammerschmidt W. J Virol. 2012 Jan;86(1):447-58. doi: 10.1128/JVI.06314-11. Epub 2011 Oct 26. PMID: 22031942 Free PMC article.Our data suggest that unmethylated virion DNA is part of EBV's strategy to prevent the viral lytic phase in newly infected B cells, allowing it to establish its characteristic latent infection in them
• First Days in the Life of Naive Human B Lymphocytes Infected with Epstein-Barr Virus.

  Pich D, Mrozek-Gorska P, Bouvet M, Sugimoto A, Akidil E, Grundhoff A, Hamperl S, Ling PD, Hammerschmidt W. mBio. 2019 Sep 17;10(5):e01723-19. doi: 10.1128/mBio.01723-19. PMID: 31530670 Free PMC article..IMPORTANCE The preferred target of Epstein-Barr virus (EBV) is human resting B lymphocytes. We found that their infection induces a well-coordinated, time-driven program that starts with a substantial increase in cell volume, followed by cellular DNA synthesis after 3 days and subsequent rapid rounds of cell divisions on the next day accompanied by some DNA replication stress (DRS). Two to 3 days later, the cells decelerate and turn into stably proliferating lymphoblast cell lines. With the aid of 16 different recombinant EBV strains, we investigated the individual contributions of EBV's multiple latent genes during early B-cell infection and found that many do not exert a detectable phenotype or contribute little to EBV's prelatent phase. The exception is EBNA2 that is essential in governing all aspects of B-cell reprogramming. EBV relies on EBNA2 to turn the infected B lymphocytes into proliferating lymphoblasts preparing the infected host cell for the ensuing stable, latent phase of viral infection. In the early steps of B-cell reprogramming, viral latent genes other than EBNA2 are dispensable, but some, EBNA-LP, for example, support the viral program and presumably stabilize the infected cells once viral latency is established.
• Immunodominance of lytic cycle antigens in Epstein-Barr virus-specific CD4+ T cell preparations for therapy.

  Adhikary D, Behrends U, Boerschmann H, Pfünder A, Burdach S, Moosmann A, Witter K, Bornkamm GW, Mautner J. PLoS One. 2007 Jul 4;2(7):e583. doi: 10.1371/journal.pone.0000583. PMID: 17611619 Free PMC article. Review.
• Patterns of Epstein-Barr virus latent and replicative gene expression in Epstein-Barr virus B cell lymphoproliferative disorders after organ transplantation.

  Rea D, Fourcade C, Leblond V, Rowe M, Joab I, Edelman L, Bitker MO, Gandjbakhch I, Suberbielle C, Farcet JP, et al. Transplantation. 1994 Aug 15;58(3):317-24. PMID: 8053055

EBV, viruksen latenssiproteiini LMP1 ja epigenetiikka

https://dx.doi.org/10.3390%2Fpathogens10060763.

 LONG Covid muistuttaa  reaktivoitunutta  EBV-virusinfektiota.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20005943/

 (1)

. 2010 Feb;95(2):73-83.

doi: 10.1016/j.ygeno.2009.12.001. Epub 2009 Dec 18.

EBV transformation and cell culturing destabilizes DNA methylation in human lymphoblastoid cell lines

D Grafodatskaya  ¹ , S Choufani, J C Ferreira, D T Butcher, Y Lou, C Zhao, S W Scherer, R Weksberg

Affiliations

• PMID: 20005943
• DOI: 10.1016/j.ygeno.2009.12.001

Free article

Abstract

Recent research suggests that epigenetic alterations involving DNA methylation can be causative for neurodevelopmental, growth and metabolic disorders. Although lymphoblastoid cell lines have been an invaluable resource for the study of both genetic and epigenetic disorders, the impact of EBV transformation, cell culturing and freezing on epigenetic patterns is unknown. We compared genome-wide DNA methylation patterns of four white blood cell samples, four low-passage lymphoblastoid cell lines pre and post freezing and four high-passage lymphobastoid cell lines, using two microarray platforms: Illumina HumanMethylation27 platform containing 27,578 CpG sites and Agilent Human CpG island Array containing 27,800 CpG islands. Comparison of genome-wide methylation profiles between white blood cells and lymphoblastoid cell lines demonstrated methylation alterations in lymphoblastoid cell lines occurring at random genomic locations. These changes were more profound in high-passage cells. Freezing at low-passages did not have a significant effect on DNA methylation. Methylation changes were observed in several imprinted differentially methylated regions, including DIRAS3, NNAT, H19, MEG3, NDN and MKRN3, but not in known imprinting centers. Our results suggest that lymphoblastoid cell lines should be used with caution for the identification of disease-associated DNA methylation changes or for discovery of new imprinted genes, as the methylation patterns seen in these cell lines may not always be representative of DNA methylation present in the original B-lymphocytes of the patient.

2009 Elsevier Inc. All rights reserved. 

(2) 

. 2009 Jun;19(3):158-64.

doi: 10.1016/j.semcancer.2009.02.012. Epub 2009 Feb 24.

Epigenetic dysregulation of the host cell genome in Epstein-Barr virus-associated neoplasia

Hans Helmut Niller  ¹ , Hans Wolf, Janos Minarovits

Affiliations

• PMID: 19429479
• DOI: 10.1016/j.semcancer.2009.02.012

Abstract

Epstein-Barr virus (EBV), a human herpesvirus, is associated with a wide variety of malignant tumors. The expression of the latent viral RNAs is under strict, host-cell dependent transcriptional control. This results in an almost complete transcriptional silencing of the EBV genome in memory B-cells. In tumor cells, germinal center B-cells and lymphoblastoid cells, distinct viral latency promoters are active. Epigenetic mechanisms contribute to this strict control. In EBV-infected cells, epigenetic mechanisms also alter the expression of cellular genes, including tumor suppressor genes. In Nasopharyngeal Carcinoma, the hypermethylation of certain cellular promoters is attributed to the upregulation of DNA methyltransferases by the viral oncoprotein LMP1 (latent membrane protein 1) via JNK/AP1-signaling. The role of other viral latency products in the epigenetic dysregulation of the cellular genome remains to be established. Analysis of epigenetic alterations in EBV-associated neoplasms may result in a better understanding of their pathogenesis and may facilitate the development of new therapies.

 

 

 

Israelissa on tavattu Omikronin alalinjaa BA.2.

 https://www.jpost.com/breaking-news/article-692495

 Yleisin kiertävä omikron-laji on ollut BA.1.

BA.2 on osoitanut hitaasti nousevaa käyrää kylläkin. 

Some 20 cases of a new sub-variant that developed from the original Omicron variant have been discovered in Israel, KAN reported on Thursday evening.

The sub-variant, known as BA2, was discovered during genetic sequencing of sample COVID patients. It contains more mutations than the original Omicron and may be more violent. However, the danger posed by the new sub-variant is still uncertain, and the Health Ministry's coronavirus outreach headquarters clarified that there was no evidence that BA2 behaved differently than Omicron.

BA2 was first seen in China a few weeks ago, and is suspected to have originated in India. It has also been observed in Denmark, Australia, Canada and Singapore, Kan reported.

Scientists quoted in KAN's report said they were concerned about this new development.

Over the past 10 days, Israel has continuously hit a new record of virus carriers, increasing from 12,000 a day to 48,000, with experts believing that the real number of those infected is likely to be much higher.

 Tarkistan  WHO-linkin kautta PANGO listoja tänään.

BA.2 on tosiaan näinä taukopäivinä noussut ad 8%  kyrään esim.  varianttikäyrässään . Maailmanlaajuinen kumulatiivinen prevalenssi on kuitenkin vieläa alle 0,5%. 

Tanska on  tämän variantin  predominantti edustaja:  4400 näytettä /  282 469:stä  positiivisesta näytteestä tätä lajia eli 2 %.  Ruotsissa on  tätä lajia 115 näytettä 134 433:sta näytteestä  ja se antaa 0% .

Israelista on tähän taulukkoon ilmoitettu  11 näytettä  kokonaisnäytemäärästä 37 042.  Suomi ei ole listassa BA.2 variantin kohdalla. 

Variantin käyrä  alkoi nousta  terävää kulmaa 19.12 kohdalla ja muutti sitten tylppään kulmaan nousun  tammikuun alussa. piikkiportain nousua 8% tasoon ja siten taas on terävä lasku. tällä hetkellä käyrä on 6% tasolla. pienen  terävän laskun  jälkeen.

 Vertaan tämän hetkiseen BA.1 variantin  käyrään: Huomaan,  että sille on merkattu havaituksi alalinja BA.1.1., josta tosin ei sen enempää tietoa tai käyrää. 

BA.3 on määritelty ja siitä on 36  havaintoa. Sen käyrä matelee siellä 0.0% asteikon pohjalukemilla  edelleen. 

Laskin  piikkiproteiinien substituutioiden ja deleetioiden määrät:

BA.1. 26 substituutiota. Deleetiokohtia mainitaan  3.

BA.2. 28 substituutiota.  Yksi deleetiokohta mainitaan.

BA.3. 24. substituutiota.  Kolme deleetiokohtaa.

Hahmoltaan BA.3 muistuttaa enemmän BA.1 varianttia.

WHO esittää kaksi uutta lääkettä Covid-19 hoitoon

 https://www.who.int/news/item/14-01-2022-who-recommends-two-new-drugs-to-treat-covid-19

 BARICITINIB

Januskinaasin estäjä  . Suositeltu käytettäväksi kortikosteroidien kanssa.

 SOTROVIMAB, 

vaihtoehtoislääke  casirivimab-imdevimab nimisille monoklonaalisille  vasta-aineille.

WHO recommends two new drugs to treat COVID-19

14 January 2022

Statement

Geneva

Reading time: 1 min (365 words)

WHO has recommended two new drugs for COVID-19, providing yet more options for treating the disease. The extent to which these medicines will save lives depends on how widely available and affordable they will be.

The first drug, baricitinib, is strongly recommended for patients with severe or critical COVID-19. It is part of a class of drugs called Janus kinase (JAK) inhibitors that suppress the overstimulation of the immune system. WHO recommends that it is given with corticosteroids.

Baricitinib is an oral drug, used in the treatment of rheumatoid arthritis. It provides an alternative to other arthritis drugs called Interleukin-6 receptor blockers, recommended by WHO in July 2021.

WHO has also conditionally recommended the use of a monoclonal antibody drug, sotrovimab, for treating mild or moderate COVID-19 in patients who are at high risk of hospitalization. This includes patients who are older, immunocompromised, having underlying conditions like diabetes, hypertension, and obesity, and those unvaccinated.

Sotrovimab is an alternative to casirivimab-imdevimab, a monoclonal antibody cocktail recommended by WHO in September 2021. Studies are ongoing on the effectiveness of monoclonal antibodies against Omicron but early laboratory studies show that sotrovimab retains its activity.

The panel of experts developing the guidelines also looked at two other drugs for severe and critical COVID-19: ruxolitinib and tofacitinib. Given their uncertain effects, WHO made a conditional recommendation against their use.

Today’s recommendations, forming the eighth update of WHO’s living guidelines on therapeutics and COVID-19, are based on evidence from seven trials involving over 4,000 patients with non-severe, severe, and critical COVID-19.

WHO is in discussions with manufacturers to secure global supply capacity and equitable and sustainable access to the newly recommended therapeutics. The Access to COVID-19 Tools Accelerator (ACT-A) Therapeutics pillar has been engaging with pharmaceutical companies to seek comprehensive access plans for low- and middle-income countries, so that these treatments can be rapidly deployed everywhere, not just in rich countries. The ACT-A is also looking to expand licensing scope to make the products more affordable.

The two newly recommended drugs - baricitinib and sotrovimab - have been invited for WHO Prequalification, which assesses the quality, efficacy and safety of priority health products to increase access in lower income countries.