Omicron BA.2 (alias B.1.1.529.2)

 

Omicron  BA.2    (B.1.1.529.2),

Tämä  BA2 linja  lie tunnistettu  alkaneeksi ilmentymään   4. tammikuuta 2021 aikoihin, mutta käyrä on madellut pohjalukemia , kunnes alkoi nousta jokseenkin jyrkkää  linjaa ja on edelleen nousussa, mutta  sekvenssejä on saatu analysoitua  vasta 27 021, mikä on  vain osa  BA.1 linjan  näytemääristä  joita kaksin ,  kolmin verroin enemmän.    Tämä BA.2 poikkeaa  edellisistä  substituutiokokoomuksien  ja deleetioitten  suhteen. samantapaisiakin jaksoja  löytyy.

 Substituutiot  Orf1a ja Orf1b alueella  sekä  muiden struktuurigeenien orfien   alueella on  omanlaisensa. ( Useimmissa deltavarianttien  Orf1a substituutioissa on ollut mukana T3255I substituutio, niin myös näissä omikroneissa.)

Orf 1a, Ib substituutiot:

R, I, S, F, I, F, I, H, deletio;L,C,V,I. 

Tarkemmin määriteltynä Orf1a substituutiot ja deletio: S135R, T842I, G1307S, L3027F T3090I, L3201F, T3255I, P3395H, deletio3675/3677. 

Orf1b Substituutiot: P314L, R1315C, I1566V, T2163I.

 Struktuurigeenien mutaatiot   (E,M, OrF8, N):

I; ET; L; LL.deletio,K,R,R.

Tarkemmin määriteltynä kohdat:

E proteiini: T9I ; 

 M proteiini: Q19E, A63T ;

ORF8: S84L; 

N proteiini: P13L, del31/33, R203K, G204R, S413R.

Spike (S) -substituutiot ja deletiot:

I, S, del (-P,-P,-A), D,G,

D,F,P,F,A,

N,S,N,K,N,K,A,R,R,

Y,H,

G,Y,K,H,

K,Y,

H,K.

Vastaavat substituutiot yksityiskohtaisesti: 

T19I,  L24S,del (-P,-P,-A),

 G142D, 

V214G, (onko EPE insertiota??)

G339D, S371F,  S373P, S375F,T376A,

D405N, R408S, K417N (95,3:ssa) ,N440K (84,5%:ssa), S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, 

N501Y, Y505H,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K, D796Y,  '

Q954H, N969K..

 

Kerrotaan ,että tätä varianttia esiintyy Tanskassa runsaasti ja että tämä lisääntyisiä täällä Pohjoismaissa. Kuitenkin omicronvarianteista näyttää olevan lisääntyvin  tällä hetkellä BA.1.1 alalinja, ja runsaimmin on katsottu BA.1 linjan sekvenssejä. BA-2 sekvenssejä on katsottu   runsaat 55,000 ja BA.1 sekvenssejä yli 600,000.  ja BA.1.1 sekvenssejä yli  300,000. BA.3 sekvenssejä vain  muutamia satoja. 

Koetan saada  ensi viikolla tarkemman  käsityksen eri  varianttien leviämisvauhdista ja myös mahdollisesta patogeenisuudesta.  Näyttää pohditun kovasti  näiden kolmen päävariantin juuria ja katsotaan, että ainakaan toisistaan ne eivät johdu ja kuitenkin ovat yhtä kaukana  muista  VOC varianteista kuin ne yleensäkin Vocit  tapaavat olla  juuriltaan toisitaan kaukana.  Väki alkaa olla  sitä ieltä että pandemian sopisi loppua jo ja restriktioiden väistyä, mutta asiantuntijat eivät haluaisi vielä päästää väkeä vapaille laitumille näin varhain keväällä.   Päivitystä 12.2. 2022.