Omicronvariantti BA.1 ( B.1.1. 529.1)

 

BA.1

BA.1  johdetaan havaituksi jotenkin jo 2020, 15 syyskuuta. Käyrä aloitetaan nimittäin siltä ajalta, vaikka  variantin  rehahtama on  tapahtunut vasta  nyt viime vuoden lopussa.  Sekvenssejä on katsottu 503 343 kappaletta  eiliseen mennessä.  Viimeinen katsottu sekvenssi on 28.tammikuutta 2022. Käyrä nousee jyrkällä piikillä tuossa vuodenvaihteessa ja nöyttöääyli 50% ja sitten  6n   laske04t  nyt  myös jyrkkää laskua jonnekin 30 ja 40 prosentin välille  kumulatiivisen prevalenssin käyrissä maailmanlaajuisesti.  

POLYPROTEIININ 1ab substituutioista: 

Tämän variantin ORF1a ja Orf1b  omaavat seuraavat  substituutiot:

 R,I, deletio,T, I, H, deletio,V; L, V.

 

Yksityiskohtaisemmin:Orf1a substituutiot ja deletiot

K856R, S2083I, (deletio 2084/2084), A2710T,  T3255I, P3395H (deletio 3674/3676) , I3758V.

Yksityiskohtaisemmin Orf1b substituutiot: 

P314L, I1566V. 

Muiden kuin S-piikin  struktuuriproteiinien  (E, M, Orf8, N) substituutioista:

S-proteiinin jälkeen tulevat struktuuriproteiinit omaavat seuraavat  substituutiot ja deleetiot:

I;  G, E,T;  L;  L,deletio,K,R.

Näistä tarkempi luettelo: 

E-proteiinin mutaatio: T9I.

M-proteiinin mutaatiot:D3G,  G19E, A63T.

Orf8 mutaatio: S84L.

N-proteiinin mutaatio ja deleetio:

P13L, deletio 31/33, R203K, G204R.

 

 

S-proteiinin (ORF2)  substituutio-ja deletioprofiili näyttää tällaiselta aminohappojen kasvavassa numerojärjestyksessä:

 

V, deletio (-H,-V) , I,

 D,deletio (-V,-Y,-Y), 

I, deletio (-L),(ins.+EPE), 

D, (K, alle 0,5%:ssa), L, P, F,

(N  53,4%:ssa),( N440K 55,6%:ssa),(G446S 56%:ssa),

N, K, A, R, S, R,

Y, H, K,

G,Y,K,H,  (Furiinipilkkoutumiskohta tässä lähistöllä)

K (81,7 %:ssa) ,Y,

K,

H, K, F.

 

Vastaavat substituutiot yksityiskohtqaisesti:

A67V, (-H69,-V70), T95I, 

G142D,  (-V143,-Y144,-Y145), 

N211I, (-L212), ( insertio +EPE215),

G339D, (0,5%:ssa +R346K),  S371L,  S373P, S375F,

(K417N, vain 53,4%:ssa)  

(N440K, vain 55,6%:ssa) 

(G446S, vain 56,6%:ssa )

S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, 

N501Y, Y505H, T547K,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K (81,7 %:ssa), D796Y,

N856K, 

 Q954H, N969K, L981F. 

Päivitetty 12.2.2022.