EXOSOMIT EXO-11 (ESCRT- riippumaton)

 Huomasin Sars-2 proteiinien interaktioproteiiniluettelossa muutamia  ribosomaalista RNA.ta käsitteleviä proteiineja,jotka kuuluvat  exosomaaliseen  kompleksiin   EXO-9 ja EXO-11.

Viruksen nsp8 tekee interaktion seuraaviin   ribosomaalista RNA:ta prosessoivaan EXO-kompleksin proteiineihin:

EXOSC-2 (Rrp4), EXOSC-3 (Rrp40) , EXOSC5(Rrp46) ja EXOSC8(Rrp43) .

EXO-9 on  on kompleksin inaktiivinen  osa ja siinä on perifeerinen osa, jossa on kuuden proteiinin muodostama  hexameerinen rengas ja kolmen proteiinin muodostama trimeerinen lakiosa. .Hexameeriseen  renkaaseen kuuluvat: EXOSC4-EXOSC-9-EXOSC5-EXOSC8 ja EXOSC6-EXOSC7. Trimeerinen  CAP-osa sijaitsee renkaan päällä (trimeerisenä CAP-proteiinina)  ja se   muodostuu proteiineista EXOSC1, EXOSC2 ja EXOSC3.

Kompleksin  EXO-11 inaktiivinosan ydin (Core)    assosioituu  katalyyttiseen alayksikköön, jonka muodostavat  EXOSC10 ( Rrp6) ja DIS3(Rrp44),joka on  3´-5 exoribonukleaasi ja siinä on myös endonukleaasidomeeni. DIS3;n  sijasta voi toimia myös  DIS3-kaltainen DIS3L exosomaali 3´-5´exoribonukleaasi.   Dis3 on rRNA;ta  prosessoiva proteiini44, mitoottinen kontrolliproteiini. 

Exosomin katalyyttinen RRP6, EXOSC10 tekee interaktiota  TRAMP-like -kompleksin  kanssa, sen helikasiin MTREX. 

Aktivoituminen tapahtuu sytoplasmassa tai nukleaarisissa rRNA-exosomikompleksimuodostumissa.  Näyttää siltä, että  virusten osuus näiden exosomaalisten  muodostumien hyödyntämisessä on viruskohtaista ja vaatii joka viruksen suhteen oman tutkimuksensa.  Tunnetaan muutamia , ainakin vihjeellisiä interaktioproteiineja  myös uudelta Sars-2 virukselta, joista tässä mainitsen  neljä löytämääni EXOSC-proteiinia, ribosomaalista RNA:ta  prosessoivaa proteiinia   Normaali toiminta tällä  exosomaalisella prosessorilla on puhdistaa soluata   kirjoa geneettisen koodin valmistuksessa syntyvä jätettä, tarpeetonta  ja  virhemateriaa . Sen toiminta onhieman  kuin analogiaa solussa  proteiinijätettä puhdistavalle  proteosomaaliselle silppurille.   Tämä  exosomiprosessori taas varmistaa, että  väärää  ja mahdollisesti  geneettisesti  toistettavissa olevaa materiaalia ei jää.  Luonnollista on,  että virukset eivät pidä itseään jätteenä,  vaan itse asiana ja suhtautuvat jokainen  jollain  tavalla tällaiseen prosessoriin eli taaplaa tyylillään. . Olen koettanut löytää  sellaistakin proteosomaalista kykyä, jossa  tämä sisäinen silppuri erottaisi  esim retroviraalit provirukset pois genomin  stabiliteetin suojelumotiivilla. Se on motiivi moniin geneettisiin  strategioihin, joiss varsinaisesti ihmisen aivotoiminta ei motivoi eikä edes tiedä  näistä kehonsa valtavista   elämänvoimista.   Toisaalta  ihmiskuntaelämänvoima joka on yleisgeneettinen,  voi toimia kuin  virusyhteiskunnassakin  koko lajiyhteiskunnan  elämän varmistamiseksi.

Satuin lukemaan Sinkkisormiproteiinien ryhmää Zinc finger  CCHC . Siihen ryhmään kuuluu 25 proteiinia joista kaksi on transkriptitekijää.  Katsoinniitä systemaattisesti 1-25. Tässä ryhmässä  olivat ZCCHC7 ja ZCCHC8 exosomien suhteen mielenkiintoisia.

Niitä kuului vaihtoehtoisen exosomin aktivoitumiseen assosioituvaan kompleksiin.

Seuraavat geenitiedot ovat GeneGards lähteestä:

ZCCHC7' Alias AIR1, TRAMP-like complex RNA-binding factor ZCCHC7. Alias HSPC086, FLJ22611. Zinc finger CCHC domain  containing protein 7.  

ATP-dependent exosome regulating complex consisting of a helicase (MTREX), an oligo adenylate polymerase (TENT4B or TENT4A) and  a substrate specific RNA-binding factor /(ZCCHC7 or ZCCHC8). Several TRAMP-like  complexes exist with specific compositions and are associated with nuclear or nucleolar RNA-exosomes. 

.

ZCCHC8. TRAMP-like complex RNA-binding factor ZCCHC8. Alias DKZF p434E2220, PFBMFT5, Zinc finger  CCHC domain containing protein 8. A scaffold protein, which serves as an accessory factor to a nucleolar RNA exosome complex. But forms a trimeric human nuclear  exosome targeting complex with MTR4 and the  RNA-binding factor RBM7, where promotes the exosomal degradation of non-coding promotor-upstream transcripts, enhancer RNAs and 3´-extended products of histone-and small nuclear RNA transcription. The Complex recruits exosome to degrade the  intronic RNA through its interaction with both exosome and with spliceosome. Conains N-terminal Zn-knucle  with G4 and proline rich domain. 

LISÄYS   päivältä 10.1.2022

Löytyi hyvä artikkeli EXOSOMIEN merkityksestä ja miten virukset saattavat kaapata  ja hyödyntää  exosomiteitä .

Viruses. 2021 Feb; 13(2): 256.

Published online 2021 Feb 8. doi: 10.3390/v13020256