Vertailin Omikronin ja muiden varianttien muita kuin S-proteiinisubstituutioita. Siis Orf1a, Orf1b, Orf3a, E, M, Oref6, Orf7a, Orf7b, Orf8 ja N proteiini.

 Omikron järjestelee niitä  polyoproteiiniaan  koodaavia geenejä ja muita struktuurigeenejäkin tavalla, joka tekee näsitä viruksen työvälineistä siten  viruksen mieleisiä.

Kaikilla  varianteilla on  tämä työkalupakki, kutsun niitä osai työkaluiksi.

Deltyavirus on varsin tehokkasti konservoinut omat työkalunsa, joten niillä kyllä on helppo tehdä ne yli toistasataa  AY-varianttia. 

Toistaiseksi Omikron vaikuttaa aika  alkuluomisen "toohun ja voohun" vaiheessa olevalta ( alkuluomisen touhut ja   vouhotukset) . Jos se selviää yli tämän alkkukaaostilanteensa ja pystyy konservoimaatn nämä aseensa , se voi tulla tosiaankin moni  varianteja muodostavaksi. Saa nähdä.  Sen takia otin vertailun vuoksi  muitakin varianttejä tähän, niiten Orf1 ja Orf2. Kaikilla ei ole näissä substituutioita. Se ei tarkoita etteiu niilä olisi polyproteiinia, vaan se tarkoittaa että polyproteiini muistuttaa  lähinnä sitä Wuhanin alkutyyppiä.  Mitä tulee Spike-aluee jäljessä seuraavaan peräkaneettiin struktuurigeenejä,  näyttää siltä että  virukset moduloivat näitä eri tekijöitä siten että saavat pintaepitoopit sopiviksi. Joskus ei näyt Orf3a- proteiinia muta sen sijaan voi nähdä E-proteiinin substituution. Tosin vain harvoin E mutatoituu.  Hyvin ahrvoin tapaa  Orf6 mutaatiota.  Orf7a ja 7b sekä orf8 ovat useimmiten  pari mutaatiota sisältävää.  Membraaniproteiinissa on useimjiten yksi mutaatio, voi olla joisskin enemmän.  N-proteiini  on  tärkeä hännänhuippu ja joka virus koettaa näemmä  konservoida siitä tehokkaan. 

Asettan orf-välihin yhden alaviiva (_) paitsi  spikin substituutioiden kohdalle (______) pelkän pitkän viivan.  Ensimmäiset orfit Orf1a ja Orf1B tuotavat niitä nosn-strukturellejä proteiineja  nsp joita on  16. Orf 1a tuottaa niitä  11 ja  sitten frame shift- kehysvaihdon tapahduttua  syntyy myös  12-16  Jos kehysvaihto on päällä, syntyy kaikkia  kaiketi 1-16 mutta ei  sitä vaihdekohtaa 11. Delta pitää Orf1a melko stabiilina, muta  vaihtelee tavattomasti Orf1b hahmoa, tosin siinä on perushahmo 3-4  aminohappoa  miltei aina sama. 

Toinen vertailu kaikkien relevanttien varianttien  epitooppien kesken:

Vertaan ORF1a ja ORF1b sekä muiden orfienmutaaatioita keskenään, 

Mutaatiomotiiveja löytyy joka variantista.:

Alfa ja alalinjaesimerkki Q.1. :

 Orf1a_ Orf1b (____ spike subst kohta) (Post-spike organisaatio:Orf3a, E, M, Orf 7a, orf7b, orf8, N.

ALFA

IDT_  L (____) *_ ICL_LRKF.

ALFA alalinja Q.1:

IDT del_ L (___ _) *_ ICL_LRKF.

BETA , B.1.351:  Orf1a_Orf1b (Spike subst) Orf3a-Eprot-Orf8_Nprot

INR del_ L (____ ) HL_L_L_I

GAMMA  parent B.1.1.28.

L (spike subst ) L_KR.

GAMMA alalinja.P.1.

LQ del_ LD (____ ) LK_RKK.

THETA, P.3. :

GFNPEF_LV (___) QL_KR

ZETA, P.2.a

FV_L ? (spikesubst) L_SKRI

DELTA : Orf1a_OrfIb (spikesubst)-Orf3A_M_Orf7a_Orf7b_Orf8 _N prot.

SLSLIAA_LSLV (___) L_AI_I_T_GCMY

DELTA alalinja  AY.4.2:Orf1a_Orf1b (spikesubt) Orf3a_M_Orf7a_Orf7b_Orf8  myös del._Nprot:

SLSVLIA_LSLV (______) L_T_AI_I_L del._ GMCY.

DELTA alalinja AY.122 Eur.lineage: Orf1a_Orf1b (Spiksubst) Orf3a_M_Orf7a_Orf7b_Orf8_Nprot.

NSLSLIA_LSLV (_______)L_T_TA_I_L del_GMCY

LAMBDA , C.37,  B.1.1.1.37:

ISVPIS del._L (_______) L_LKRC.

LAMBDA alalinja. C.37.1:

ISVPIS_L (____) T_L_LKRC.

Mu-variantti  : Orf1a - Orf1b (Spikesubst) Orf3a_Orf8_Nprot:

AIIR_SL (____) H del_KSFL_I

OMIKRON  alku muoto : Orf.1a_Orf1b ( spike subst )

ITIH del.V_LV_____I_ET_L_Ldel. RK

Omikron alalinja BA.1:

RI del,TIH del,V._LV (____) I _GET_L_L del.KRR.

Omikron alalinja  BA.2:

RISFIFIH del._LCVI (_____)I _I_ET_L_L del.KRR.

Omikron alalinja  BA.3:

RSIIHV del ._LV (______)I_ET_L _L del. KRR.

 Tästä ei käy selville deleetioitten sisältämät  aminohapot. Ei myöskään , mihin  nsp-proteiiniin   alkupään  aminohapot sijoittautuvat.  Niistä saa muutamia artikkeleita erikseen  netistä. Tässä voi olla huolimattomuusvirheitä. Näitä on tosi hankala mielestäni koota kokoon.