Global Incident Map esittää tänään tiedon West Bankilta: kolme kuolemantapausta tähän pandemisen viruksen myöhäiskiertoon.
Käsitettävästi on vielä kyse vanhan A H1N1 muodon jälkiaalloista. Tuskin nyt uutta mutaatiota tai geenin vaihtoa on tapahtunut.
http://outbreaks.globalincidentmap.com/home.php
Visar inlägg med etikett A H1N1 pandeminen virus. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett A H1N1 pandeminen virus. Visa alla inlägg
fredag 21 december 2012
fredag 7 januari 2011
lördag 18 december 2010
Miksi influenssa voi olla lievä tai vaikea?
Medicina (B Aires). 2010;70(6):518-523. Molecular characterization of severe and mild cases of influenza A (H1N1) 2009 strain from Argentina.
Baumeister E, Palacios G, Cisterna D, Solovyov A, Hui J, Savji N, Bussetti AV, Campos A, Pontoriero A, Jabado OJ, Street C, Hirschberg DL, Rabadan R, Alonio V, Molina V, Hutchison S, Egholm M, Lipkin WI.
Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas, ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Buenos Aires, Argentina.
Suomennosta abstraktista
Kun maailmanlaajuinen pandeminen ensi aalto riehui 2009 oli yleinen mortaliteetti ( case fatality rate) 0.4%, mutta Argentiinassa vastaava indikaattori oli 4.5% . Tätä selviteltäessä analysoitiin 34 näytettä sekä lievää muotoa että vaikeaa muotoa influenssaa.
While worldwide pandemic influenza A(H1N1) pdm case fatality rate (CFR) was 0.4%, Argentina's was 4.5%. A total of 34 strains from mild and severe cases were analyzed.
Koko genomisekvenssi selvitettiin 26 viruksesta ja muista 8 viruksesta tehtiin osittaiset sekvenssit.
A full genome sequencing was carried out on 26 of these, and a partial sequencing on the remaining eight.
Tutkijat eivät löytäneet mitään tietellistä näyttöä siitä, että korkea CFR indeksi johtuisi suoranaisesta viruksen muuntumisesta.
We observed no evidence that the high CFR can be attributed to direct virus changes.
Ei havaittu tapahtuneen uudelleen järjestäytymisiä( antigeenin vaihtumisia, antigen shift) geneettisessä materiaalissa, ei mutaatioita, jotka olisivat yhteydessä antiviruslääkeresistenssiin, eikä pistemutaatioita ( genetic drift), jotka osaltaan vaikuttaisivat virulenssiin
No evidence of re-assortment, mutations associated with resistance to antiviral drugs, or genetic drift that might contribute to virulence was observed.
Viimeiset ukrainalaiset ja norjalaiset raportit vaikeista tapauksissa olivat liittyneet mutaatioon D225G ( aspartaatti 225 glysiiniksi) . Tätä ei havaittu argentiinalaisissa viruskannoissa. Niissä taas havaittiin S206T, eli HA reseptorin sitoutumiskohdan ympäristössä seriini 260 oli muuttunut threoniiniksi, mitä on myös maailmanlaajuisesti osoitettu.
Although the mutation D225G associated with severity in the latest reports from the Ukraine and Norway is not observed among the Argentine strains, an amino acid change in the area (S206T) surrounding the HA receptor binding domain was observed, the same previously established worldwide.
PMID: 21163739 [PubMed - as supplied by publisher]
A influenssaviruksen NS1 proteiini
Helsingissä on vertailtu kolmen eri influenssa A viruksen NS1 proteiinin ominaisuuksia, kertoo lähde PubMed hakusanalla A H1N1
J Biol Chem. 2010 Dec 16. [Epub ahead of print]
Differential effects of NS1 proteins of human pandemic H1N1/2009, avian highly pathogenic H5N1 and low pathogenic H5N2 influenza A viruses on cellular pre-mRNA polyadenylation and mRNA translation.
Kainov DE, Mueller KH, Theisen LL, Anastasina M, Kaloinen M, Muller CP. University of Helsinki, Finland;
Suomennosta abstraktista:
Abstract
TAUSTA: Influenssa A viruksen NS1 nonstrukturelli proteiini aiheuttaa blokeerautumisen isäntäkehon antivirusvasteen kehittymisessä . Sen se tekee estämällä solun pre-mRNA rakenteen polyadenyloitumisen.
The non-structural protein NS1 of influenza A virus blocks the development of host antiviral responses by inhibiting polyadenylation of cellular pre-mRNA.
Tämä paha virusproteiini NS1 edistää myös viruksen omien proteiinien synteesiä stimuloimalla mRNA translaatiota, siis viruksen oman mRNA koodin kirjoittamista proteiinikielelle.
NS1 also promotes the synthesis of viral proteins by stimulating mRNA translation.
Tutkijat tarkastelivat rekombinanttimuotoja viimevuoden pandemisesta H1N1 viruksesta ja kahdesta lintuviruksesta: hyvin patogeenisesta lintuviruksesta(HPAIV) H5N1 ja matalapatogeenisesta (LPAIV) H5N2 lintuviruksesta. He totesivat, että eri virukset vaikuttivat eri tavoilla mainittuihin kahteen isäntäsolun prosessiin.
Here, we show that recombinant NS1 proteins of human pandemic H1N1/2009, avian highly pathogenic H5N1 and low pathogenic H5N2 influenza strains differentially affected these two cellular processes:
Lintuviruksesta peräisin olevat NS1-proteiinit stimuloivat reportteri-mRNA:n translaatiota soluttomassa tutkimusmiljöössä päinvastoin kuin ihmisen pandeminen virus AH1N1.
NS1 of the two avian strains, in contrast to NS1 of H1N1/2009, stimulated translation of reporter mRNA in cell-free translation system;
Lintuinfluenssaviruksen H5N1 proteiini NS1 oli tehokas estäjä kehon solun pre-mRNA molekyylin polyadenylaatiolle, päinvastoin kuin H5N2- ja H1N1- peräiset NS1 proteiinit.
NS1 of H5N1 was an effective inhibitor of cellular pre-mRNA polyadenylation in A549 cells, unlike NS1 of H5N2 and H1N1/2009.
Tutkijat pystyivät identifioimaan ne NS1-proteiinin avainasemassa olevat aminohapot, jotka vaikuttivat sen aktiivisuuksiin mainituissa kahdessa perustavassa soluprosessissa.
We identified key amino acids in NS1 that contribute to its activity in these two basic cellular processes.
Täten he saivat tunnistettua influenssaviruksien NS1-proteiinissa lajispesifisiä eroja, mitä tulee pre-mRNAsäikeen polyadenylaatioon ja mRNA koodin translaatioon.
Thus, we identified strain-specific differences between influenza virus NS1 proteins in pre-mRNA polyadenylation and mRNA translation.
PMID: 21163951 [PubMed - as supplied by publisher]
J Biol Chem. 2010 Dec 16. [Epub ahead of print]
Differential effects of NS1 proteins of human pandemic H1N1/2009, avian highly pathogenic H5N1 and low pathogenic H5N2 influenza A viruses on cellular pre-mRNA polyadenylation and mRNA translation.
Kainov DE, Mueller KH, Theisen LL, Anastasina M, Kaloinen M, Muller CP. University of Helsinki, Finland;
Suomennosta abstraktista:
Abstract
TAUSTA: Influenssa A viruksen NS1 nonstrukturelli proteiini aiheuttaa blokeerautumisen isäntäkehon antivirusvasteen kehittymisessä . Sen se tekee estämällä solun pre-mRNA rakenteen polyadenyloitumisen.
The non-structural protein NS1 of influenza A virus blocks the development of host antiviral responses by inhibiting polyadenylation of cellular pre-mRNA.
Tämä paha virusproteiini NS1 edistää myös viruksen omien proteiinien synteesiä stimuloimalla mRNA translaatiota, siis viruksen oman mRNA koodin kirjoittamista proteiinikielelle.
NS1 also promotes the synthesis of viral proteins by stimulating mRNA translation.
Tutkijat tarkastelivat rekombinanttimuotoja viimevuoden pandemisesta H1N1 viruksesta ja kahdesta lintuviruksesta: hyvin patogeenisesta lintuviruksesta(HPAIV) H5N1 ja matalapatogeenisesta (LPAIV) H5N2 lintuviruksesta. He totesivat, että eri virukset vaikuttivat eri tavoilla mainittuihin kahteen isäntäsolun prosessiin.
Here, we show that recombinant NS1 proteins of human pandemic H1N1/2009, avian highly pathogenic H5N1 and low pathogenic H5N2 influenza strains differentially affected these two cellular processes:
Lintuviruksesta peräisin olevat NS1-proteiinit stimuloivat reportteri-mRNA:n translaatiota soluttomassa tutkimusmiljöössä päinvastoin kuin ihmisen pandeminen virus AH1N1.
NS1 of the two avian strains, in contrast to NS1 of H1N1/2009, stimulated translation of reporter mRNA in cell-free translation system;
Lintuinfluenssaviruksen H5N1 proteiini NS1 oli tehokas estäjä kehon solun pre-mRNA molekyylin polyadenylaatiolle, päinvastoin kuin H5N2- ja H1N1- peräiset NS1 proteiinit.
NS1 of H5N1 was an effective inhibitor of cellular pre-mRNA polyadenylation in A549 cells, unlike NS1 of H5N2 and H1N1/2009.
Tutkijat pystyivät identifioimaan ne NS1-proteiinin avainasemassa olevat aminohapot, jotka vaikuttivat sen aktiivisuuksiin mainituissa kahdessa perustavassa soluprosessissa.
We identified key amino acids in NS1 that contribute to its activity in these two basic cellular processes.
Täten he saivat tunnistettua influenssaviruksien NS1-proteiinissa lajispesifisiä eroja, mitä tulee pre-mRNAsäikeen polyadenylaatioon ja mRNA koodin translaatioon.
Thus, we identified strain-specific differences between influenza virus NS1 proteins in pre-mRNA polyadenylation and mRNA translation.
PMID: 21163951 [PubMed - as supplied by publisher]
fredag 17 december 2010
fredag 25 december 2009
Peramivir
Peramivir
Systemaattinen (IUPAC) nimi
(1S,2S,3S,4R)-3-[(1S)-1-acetamido-2-ethyl-butyl]-4- (diaminomethylideneamino)-2-hydroxy-cyclopentane- 1-carboxylic acid
CAS number 229614-55-5
ATC code none, PubChem 151164
Kemiallinen kaava C15H28N4O4
Mol. mass 328.40722 g/mol
Bioavailability 100% (IV)
Metabolism ?
Puoliintumisaika 7.7 to 20.8 t jos munuaistoiminta on normaalia.
Erittyy munuaisten kautta.
Ei tiedetä miten lääke suhtautuu raskauteen. Metabolisia teitä ei tunneta tarpeeksi.
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Peramivir.svg
PERAMIVIR on kokeellinen antiviruslääke, jonka on kehitellyt BioCryst Pharmaceuticals influenssan hoitoon. Se on laillistettu ensiapukäyttöön tietyillä sairaalapotilailla, joilla tiedetään olevan epäilty A H1N1 2009 influenssa.
PERAMIVIR on neuraminidaasi-inhibiittori, joka toimii transitiotilan analogisena neuraminidaasi-estäjänä influenssan neuraminidaasille ja sen takia pystyy estämään uusia viruksia purkautumasta infektoituneista solusita. PERAMIVIRIN kehittelyä ovat tukeneet
US Department of Health and Human Services osana USA:n hallituksen ponnisteluista inlfuenssapandemian uhkaa vastaan.
Tällä lääkkeellä on pitkä historia. Sen tablettimuoto hylättiin, koska biologinen saatavuus siitä oli huono (Johnson and Johnson). Mutta BioCryst Pharmaceuticals kehitteli injisoitavan muodon yhteistyössä E-Korean Green Cross Pharmaceuticals ja Japanin Shionogi Pharmaceuticals yhtiöitten kanssa. Lääke on nyt III vaiheen tutkimuksissa.
Lisänä netistä:
Resistenssitietoutta ennen pandemisen A h1n1 viruksen ilmestymistä
http://www.smittskyddsinstitutet.se/rav/metoder/influensa/diagnostik-och-resistensbestamning-betraffande-influensa-och-fagelinfluensa/
Systemaattinen (IUPAC) nimi
(1S,2S,3S,4R)-3-[(1S)-1-acetamido-2-ethyl-butyl]-4- (diaminomethylideneamino)-2-hydroxy-cyclopentane- 1-carboxylic acid
CAS number 229614-55-5
ATC code none, PubChem 151164
Kemiallinen kaava C15H28N4O4
Mol. mass 328.40722 g/mol
Bioavailability 100% (IV)
Metabolism ?
Puoliintumisaika 7.7 to 20.8 t jos munuaistoiminta on normaalia.
Erittyy munuaisten kautta.
Ei tiedetä miten lääke suhtautuu raskauteen. Metabolisia teitä ei tunneta tarpeeksi.
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Peramivir.svg
PERAMIVIR on kokeellinen antiviruslääke, jonka on kehitellyt BioCryst Pharmaceuticals influenssan hoitoon. Se on laillistettu ensiapukäyttöön tietyillä sairaalapotilailla, joilla tiedetään olevan epäilty A H1N1 2009 influenssa.
PERAMIVIR on neuraminidaasi-inhibiittori, joka toimii transitiotilan analogisena neuraminidaasi-estäjänä influenssan neuraminidaasille ja sen takia pystyy estämään uusia viruksia purkautumasta infektoituneista solusita. PERAMIVIRIN kehittelyä ovat tukeneet
US Department of Health and Human Services osana USA:n hallituksen ponnisteluista inlfuenssapandemian uhkaa vastaan.
Tällä lääkkeellä on pitkä historia. Sen tablettimuoto hylättiin, koska biologinen saatavuus siitä oli huono (Johnson and Johnson). Mutta BioCryst Pharmaceuticals kehitteli injisoitavan muodon yhteistyössä E-Korean Green Cross Pharmaceuticals ja Japanin Shionogi Pharmaceuticals yhtiöitten kanssa. Lääke on nyt III vaiheen tutkimuksissa.
Lisänä netistä:
Resistenssitietoutta ennen pandemisen A h1n1 viruksen ilmestymistä
http://www.smittskyddsinstitutet.se/rav/metoder/influensa/diagnostik-och-resistensbestamning-betraffande-influensa-och-fagelinfluensa/
Zanamavir resistenssiä on havaittu A H1N1 viruksissa
Hurt AC, Holien JK, Parker M, Kelso A, Barr IG. Zanamivir-resistant influenza viruses with a novel neuraminidase mutation.J Virol. 2009 Oct;83(20):10366-73. Epub 2009 Jul 29. WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Influenza, 10 Wreckyn St., North Melbourne, Victoria 3051, Australia.
Neuraminidaasin estäjäjiä ZANAMAVIR ja OSELTAMIVIR markkinoidaan influenssan hoitoon ja estoon ja niitä on kasoittan varastoituna moniin maihin pandemiassa käytettäväksi.
Vaikka tuoreissa katsauksissa oin havaittu melkoista lisääntymistä OSELTAMIVIR-resistentissä kausiluontoisessa A H1N1 influenssaviruksessa Euroopan, USA:n, Oceanian ja E-Afrikan alueilla, niin näihin asti ei ole merkittävästi raportoitu ZANAMAVIR-resistenssiä A H1N1 influenssaviruksissa tai muissakaan ihmisinfluenssaviruksissa.
Tässä artikkelissa tutkijat kertovat ottaneensa selvää OSELTAMIVIR- ja ZANAMAVIR-resistenssisstä kiertävissä kausiluontoisissa A H1N1- viruskannoissa, joita tavataan Australiassa ja kaakkois-Aasiassa. Kun analysoitiin 391 influenssa A H1n1 virusta 2006- 2008 väliseltä ajalta Australaasiasta ja Kaakkois-Aasiasta löydettiin yhdeksän virusta(2.3%) , jotka osoittivat huomattavsti alentunutta ZANAMAVIR-herkkyyttä ja niissä oli jo aiemmin kuvattu Gln136Lys (Q136K) neuraminidaasimutaatio.
Mutaatiolla ei ole mitään vaikutusta OSELTAMIVIR-herkkyyteen, muta se aiheutti noin 300-kertaisen ja 70 kertaisen alenemisen ZANAMAVIR- ja vastaavasti PERAMIVIR-herkkyydessä.
Q136K mutaation osuus ZANAMIVIR-resistenssissä varmistettiin käyttämällä käänteistä geneettistä tekniikkaa. Mielenkiintoista oli, että mutaatiota ei havaittu niissä primääreissä kliinisissä näytteissä, joista mutantti-isolaatit oli kasvatettu, mikä viittaisi siihen, että reistenttejä viruksia joko ilmenee hyvin pieni määrä primäärisissä näytteissä tai niitä muodostuu MDCK-solulinjojen viljelmien aikana.
Kun verrattiin herkkiin A H1N1 viruksiin niin Q136K-mutatoituneet kannat olivat parempikuntoisia viruksia kuin luonnolliset kannat MDCK soluissa, mutta niiden infektiivisyys ja tarttuvaisuus oli samanlaista ferretti koe-eläimissä.
Neuraminidaasin estäjäjiä ZANAMAVIR ja OSELTAMIVIR markkinoidaan influenssan hoitoon ja estoon ja niitä on kasoittan varastoituna moniin maihin pandemiassa käytettäväksi.
Vaikka tuoreissa katsauksissa oin havaittu melkoista lisääntymistä OSELTAMIVIR-resistentissä kausiluontoisessa A H1N1 influenssaviruksessa Euroopan, USA:n, Oceanian ja E-Afrikan alueilla, niin näihin asti ei ole merkittävästi raportoitu ZANAMAVIR-resistenssiä A H1N1 influenssaviruksissa tai muissakaan ihmisinfluenssaviruksissa.
Tässä artikkelissa tutkijat kertovat ottaneensa selvää OSELTAMIVIR- ja ZANAMAVIR-resistenssisstä kiertävissä kausiluontoisissa A H1N1- viruskannoissa, joita tavataan Australiassa ja kaakkois-Aasiassa. Kun analysoitiin 391 influenssa A H1n1 virusta 2006- 2008 väliseltä ajalta Australaasiasta ja Kaakkois-Aasiasta löydettiin yhdeksän virusta(2.3%) , jotka osoittivat huomattavsti alentunutta ZANAMAVIR-herkkyyttä ja niissä oli jo aiemmin kuvattu Gln136Lys (Q136K) neuraminidaasimutaatio.
Mutaatiolla ei ole mitään vaikutusta OSELTAMIVIR-herkkyyteen, muta se aiheutti noin 300-kertaisen ja 70 kertaisen alenemisen ZANAMAVIR- ja vastaavasti PERAMIVIR-herkkyydessä.
Q136K mutaation osuus ZANAMIVIR-resistenssissä varmistettiin käyttämällä käänteistä geneettistä tekniikkaa. Mielenkiintoista oli, että mutaatiota ei havaittu niissä primääreissä kliinisissä näytteissä, joista mutantti-isolaatit oli kasvatettu, mikä viittaisi siihen, että reistenttejä viruksia joko ilmenee hyvin pieni määrä primäärisissä näytteissä tai niitä muodostuu MDCK-solulinjojen viljelmien aikana.
Kun verrattiin herkkiin A H1N1 viruksiin niin Q136K-mutatoituneet kannat olivat parempikuntoisia viruksia kuin luonnolliset kannat MDCK soluissa, mutta niiden infektiivisyys ja tarttuvaisuus oli samanlaista ferretti koe-eläimissä.
tisdag 1 december 2009
Nukleokapsidiproteiini NP ja Geeni 5.
NUKLEOKAPSIDIPROTEINI Geeni 5 tuote.
Norjalaisen viruksen NP netistä. Vertaan Meksikossa ilmenneesseen keväiseen virukseen.
/organism="Influenza A virus (A/Norway/3206-3/2009(H1N1))"
/strain="A/Norway/3206-3/2009(H1N1)"
/serotype="H1N1"
/isolation_source="gender:M; age:adult; post mortem lung
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/269978856
/country="Norway: Oslo"
/collection_date="01-Sep-2009"
Protein 1..498
/product="nucleocapsid protein"
/gene="NP"
/coded_by="CY052020.1:18..1514"
ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetdgerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrri dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds
ALLA: (A/California/04/2009(H1N1)
/collection_date="01-Apr-2009"
Protein 1..498
ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetggerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrrv dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds
KOMMENTINI:
Löydän vain kaksi aminohappomuutosta näiden kesken. .
Kalifornian G16 ja V200 on norjalaisessa D ja i(isoleusiini)
G 16 D ja V 100 (I).
Siis nukleokapsidiproteiini NP vaikuttaa olevan aika stabiili.
Koskeeko muutos NLS1 tai NLS2 kohtaa, jotka määräävät tumaan pääsynopeuden?
NLS1 kohdassa on tärkeä R8, arginiini asemassa 8. Sekä norjalaisessa että keväisessä viruksessa on 8Arg.
Mitä NLS2 kohtaan tulee: Aminohappo 214 on ehkä NP:ssa eräs kaikkein tärkein aminohappotähde . A, B ja C-influenssavirusten NP proteiineissa on kaikissa siinä joko R(arginiini) tai K(lysiini).
Norjalaisessa ja kevään kalifornialaisessa AH1N1 viruksessa on NP-proteiinissa R214 molemmilla viruksilla, joten tumaanpääsy lie hyvä.
NLS2 lienee haettava 198-216 jaksolta.krg indrnfwrge ngrrtr, tämä on molemmissa sama.
Norjalaisen viruksen NP netistä. Vertaan Meksikossa ilmenneesseen keväiseen virukseen.
/organism="Influenza A virus (A/Norway/3206-3/2009(H1N1))"
/strain="A/Norway/3206-3/2009(H1N1)"
/serotype="H1N1"
/isolation_source="gender:M; age:adult; post mortem lung
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/269978856
/country="Norway: Oslo"
/collection_date="01-Sep-2009"
Protein 1..498
/product="nucleocapsid protein"
/gene="NP"
/coded_by="CY052020.1:18..1514"
ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetdgerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrri dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds
ALLA: (A/California/04/2009(H1N1)
/collection_date="01-Apr-2009"
Protein 1..498
ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetggerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrrv dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds
KOMMENTINI:
Löydän vain kaksi aminohappomuutosta näiden kesken. .
Kalifornian G16 ja V200 on norjalaisessa D ja i(isoleusiini)
G 16 D ja V 100 (I).
Siis nukleokapsidiproteiini NP vaikuttaa olevan aika stabiili.
Koskeeko muutos NLS1 tai NLS2 kohtaa, jotka määräävät tumaan pääsynopeuden?
NLS1 kohdassa on tärkeä R8, arginiini asemassa 8. Sekä norjalaisessa että keväisessä viruksessa on 8Arg.
Mitä NLS2 kohtaan tulee: Aminohappo 214 on ehkä NP:ssa eräs kaikkein tärkein aminohappotähde . A, B ja C-influenssavirusten NP proteiineissa on kaikissa siinä joko R(arginiini) tai K(lysiini).
Norjalaisessa ja kevään kalifornialaisessa AH1N1 viruksessa on NP-proteiinissa R214 molemmilla viruksilla, joten tumaanpääsy lie hyvä.
NLS2 lienee haettava 198-216 jaksolta.krg indrnfwrge ngrrtr, tämä on molemmissa sama.
måndag 30 november 2009
Matrixproteiini M2 muuntelee.
MATRIX PROTEIINI M1, M2.
Geeni 7 tuote.
Norjalaisen viruksen M1 proteiini: Sen C-terminaalinen jakso( samanlainen kuin esim katalonialaisen)
/collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..252
/product="matrix protein 1"
Region 2..157
/region_name="Flu_M1"
/note="Influenza Matrix protein (M1); pfam00598"
/db_xref="CDD:109646"
Region 158..252
/region_name="Flu_M1_C"
/note="Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain;
smart00759"
/db_xref="CDD:128998"
CDS 1..252
/gene="M1"
/coded_by="CY052001.1:11..769"
ORIGIN
1 mslltevety vlsiipsgpl kaeiaqrles vfagkntdle almewlktrp ilspltkgil
61 gfvftltvps erglqrrrfv qnalngngdp nnmdravkly kklkreitfh gakevslsys
121 tgalascmgl iynrmgtvtt eaafglvcat ceqiadsqhr shrq//matttn plirhenrmv
181 lasttakame qmagsseqaa eamevanqtr qmvhamrtig thpsssaglk ddllenlqay
241 qkrmgvqmqr fk
Norjalaisen viruksen M2 proteiinista annetaan kaksi hieman poikkeavaa versiota.
//
10 20 30 40 50 60 70 80
....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|
gi 81936884 1 MSLLTEVETPIKSGWECRCNDSSDLLVAIASITGILHLILWIFDRLFFKCAYRRFRHGLKRGPSTGGIPESMREEYRQEQ 80
gi 82053560 1 MSLLTEVETPTRNEWECRCSDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPATAGVPESMREEYRQEQ 80
90
....*....|....*..
gi 81936884 81 QSDVNVDNGHFVNIELE 97
gi 82053560 81 QSAVDVDDGHFVNIELE 97
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=109647
Vertaan Tukholmalaiseen virukseen , sen M2 proteiiniin.
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele
Tämä on kuin kolmas versio ja sekamuoto kaikista kolmesta.
1..97
/organism="Influenza A virus (A/Stockholm/36/2009(H1N1))"
/strain="A/Stockholm/36/2009"
/serotype="H1N1"
/host="Homo sapiens; gender: F; age: 50"
/db_xref="taxon:657983"
/segment="7"
/country="Sweden: Stockholms Lan"
/collection_date="29-May-2009"
/note="in country transmission via family member returning
from USA"
Protein 1..97
/product="matrix protein 2"
Region 1..97
/region_name="Flu_M2"
/note="Influenza Matrix protein (M2); pfam00599"
/db_xref="CDD:109647"
CDS 1..97
/gene="M2"
/coded_by="join(GQ365365.1:33..58,GQ365365.1:747..1014)"
ORIGIN
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele
JOHTOPÄÄTÖKSENI.
M2 muuntelee suhteellisen runsaasti.
Geeni 7 tuote.
Norjalaisen viruksen M1 proteiini: Sen C-terminaalinen jakso( samanlainen kuin esim katalonialaisen)
/collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..252
/product="matrix protein 1"
Region 2..157
/region_name="Flu_M1"
/note="Influenza Matrix protein (M1); pfam00598"
/db_xref="CDD:109646"
Region 158..252
/region_name="Flu_M1_C"
/note="Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain;
smart00759"
/db_xref="CDD:128998"
CDS 1..252
/gene="M1"
/coded_by="CY052001.1:11..769"
ORIGIN
1 mslltevety vlsiipsgpl kaeiaqrles vfagkntdle almewlktrp ilspltkgil
61 gfvftltvps erglqrrrfv qnalngngdp nnmdravkly kklkreitfh gakevslsys
121 tgalascmgl iynrmgtvtt eaafglvcat ceqiadsqhr shrq//matttn plirhenrmv
181 lasttakame qmagsseqaa eamevanqtr qmvhamrtig thpsssaglk ddllenlqay
241 qkrmgvqmqr fk
Norjalaisen viruksen M2 proteiinista annetaan kaksi hieman poikkeavaa versiota.
//
10 20 30 40 50 60 70 80
....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|
gi 81936884 1 MSLLTEVETPIKSGWECRCNDSSDLLVAIASITGILHLILWIFDRLFFKCAYRRFRHGLKRGPSTGGIPESMREEYRQEQ 80
gi 82053560 1 MSLLTEVETPTRNEWECRCSDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPATAGVPESMREEYRQEQ 80
90
....*....|....*..
gi 81936884 81 QSDVNVDNGHFVNIELE 97
gi 82053560 81 QSAVDVDDGHFVNIELE 97
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=109647
Vertaan Tukholmalaiseen virukseen , sen M2 proteiiniin.
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele
Tämä on kuin kolmas versio ja sekamuoto kaikista kolmesta.
1..97
/organism="Influenza A virus (A/Stockholm/36/2009(H1N1))"
/strain="A/Stockholm/36/2009"
/serotype="H1N1"
/host="Homo sapiens; gender: F; age: 50"
/db_xref="taxon:657983"
/segment="7"
/country="Sweden: Stockholms Lan"
/collection_date="29-May-2009"
/note="in country transmission via family member returning
from USA"
Protein 1..97
/product="matrix protein 2"
Region 1..97
/region_name="Flu_M2"
/note="Influenza Matrix protein (M2); pfam00599"
/db_xref="CDD:109647"
CDS 1..97
/gene="M2"
/coded_by="join(GQ365365.1:33..58,GQ365365.1:747..1014)"
ORIGIN
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele
JOHTOPÄÄTÖKSENI.
M2 muuntelee suhteellisen runsaasti.
Nyt tulee vaikea ja sekava artikkeli.
Compare H5N1 and Pandemic H1N1 PB2 aminoacids
November 25, 2009
Tässä vertailen vanhaa A H5N1 lintuinfuenssan PB2 aminohapposekvenssiä nykynorjalaiseen ihmisten pandemisen viruksen PB2 proteiinin aminohappojärjestykseen. Erot ovat hyvin suuria. (PubMed lähde)
source 1..759
/organism="Influenza A virus
(A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1))"
/strain="A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)"
/db_xref="taxon:93838"
/segment="segment 1"
Protein 1..759
/product="polymerase"
/calculated_mol_wt=85842
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2;
pfam00604"
/db_xref="CDD:109652"
ORIGIN LINTUUN tarttunut H5N1
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamKypitad
61 krimemiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdInpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlTitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtSsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Tvsadplasl lemchstqig gIrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaMglris ssfsfggftf krtNgssvkK eeevltgnlq tlkiKvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iePidnvmgm igilpdmtps AemslrgVrv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqQgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweTv kiqwsqdptm lynkmefeSf qslvpkaArs Qysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappePsr mqfssltvnv rgsgMrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtAgvesav lrgflilgRe dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvliMqgd vvlvmkrkrd Fsiltdsqta tkrirmain
NORJALAINEN ( em artikkelissa mainitun viruksen PB2 aminohapot)
ORIGIN IHMISEEN tarttunut pandeminen virus H1N1
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamRypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdTnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlAitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtGsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Avsadplasl lemchstqig gVrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaIglris ssfsfggftf krtSgssvkN eeevltgnlq tlkiRvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg ieSidnvmgm igilpdmtps TemslrgIrv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqRgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweIv kiqwsqdptm lynkmefePf qslvpkaTrs Rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeQsr mqfssltvnv rgsgLrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtSgvesav lrgflilgKe dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvliGqgd vvlvmkrkrd Ssiltdsqta tkrirmain
Kovin paljon on eroja lintuinfluenssan H5N1 PB2 ja ihmisiin tuleen pandemisen H1N1 PB2 proteiinin aminohappojärjestyksen kesken. Havaitsen näin yhden kerran katsomalla , että
linnusta ihmisen influenssavirukseen on tapahtunut seuraavat mutaatioaskeleet norjalaiseen virukseen nähden:
K54R, (I) isoleusiini147 T, S125G, T271A, (I)isoleusiini292V,
M 315 isoleusiini(I), N 334S, K340N, K355R, P453S, A471T, V477(I),
Q508R, T534X , T559(I), S579P, A588T, Q591R, P628 Q, M655 L,
A684 S, R699 K, M727 G, F741 S.
627 on molemmissa jo E. joten tämä kuvattu lintuvirus on sen osalta jo lajirajan ylittävässä muodossaan.
Aika paljon eroja on kuitenkin tuon vanhan lintuviruksen AH5 N1 ja ihmisissä liikkuvan pandemisen sikainfluenssan kesken.
http://labvirus.wordpress.com/2009/09/05/co-transmission-of-h5n1-with-pandemic-h1n1-in-egypt/
Tarkemmin PB2 polymeraasialayksikön rakenteesta
PB2 polymerase subunit. Aminoacid sequences. November 25, 2009
Vertaan nyt NORJASSA olevaa virusta ja keväällä HOUSTONISSA ollutta pandemista virusta H1N1(2009). Löydän 2 eroavaisuutta niiden PB2-proteiinin kesken.
Influenza A virus (A/Norway/3364-2/2009(H1N1))”
Protein 1..>759
/product="polymerase PB2"
CDS 1..759
/gene="PB2"
/coded_by="CY051995.1:12..>2289"
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkN eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain
Vertaan tätä johonkin varhaiseen amerikkalaiseen Houstonin virukseen.
Influenza A virus (A/Houston/1OS/2009(H1N1))"
13-May-2009"
Protein 1..759
/product="polymerase PB2"
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkK eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain
Kommenttini:
NORJALAINEN on myöhempi, joten asetan sen aminohapon paikanumeron jälkeen ja Houstonin viruksen aminohapon eteen.
K340N, T524X
Houstonin lysiini (K) 340 on norjalaisessa asparagiini (N).
Norjalaisessa on merkintä X, mikä tarkoitaa että siinä kohtaa voi olla ”mikä tahansa aminohappo”. Houstonilaisessa toukokuussa oli threoniini (T) asemassa 524.
LISÄNÄ VANHEMPI HAVAINTO:
REASSORTEMENT, uudelleen järjstäytyminen on havaittu yleisesti tapahtuvan PB2-proteiinin aminohapossa 627 ja sen on havaittu olevan tärkeä determinantti heterospesifisten kompleksien replikaation tehokkuudessa.
E627 on jo näissä molemmissa pandemisisisa H1N1 viruksissa ( Houston ja Norja)
Aiemmin lintuviruksessa oli lysiini(K) ja nyt näyttää sikainfluensaviruksessa olevan glutamiinihappo(E). Siis K627E on tapahtunut aikanaan ja samalla lajirajan ylitys on virukselle helpottunut nykyiseen tilanteeseen.
Lähteenä ovat PubMed uutisten virus sekvenssit.
Keskiviikko, 25. marraskuuta 2009
Vertaan nyt NORJASSA olevaa virusta ja keväällä HOUSTONISSA ollutta pandemista virusta H1N1(2009). Löydän 2 eroavaisuutta niiden PB2-proteiinin kesken.
Influenza A virus (A/Norway/3364-2/2009(H1N1))”
Protein 1..>759
/product="polymerase PB2"
CDS 1..759
/gene="PB2"
/coded_by="CY051995.1:12..>2289"
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkN eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain
Vertaan tätä johonkin varhaiseen amerikkalaiseen Houstonin virukseen.
Influenza A virus (A/Houston/1OS/2009(H1N1))"
13-May-2009"
Protein 1..759
/product="polymerase PB2"
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkK eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain
Kommenttini:
NORJALAINEN on myöhempi, joten asetan sen aminohapon paikanumeron jälkeen ja Houstonin viruksen aminohapon eteen.
K340N, T524X
Houstonin lysiini (K) 340 on norjalaisessa asparagiini (N).
Norjalaisessa on merkintä X, mikä tarkoitaa että siinä kohtaa voi olla ”mikä tahansa aminohappo”. Houstonilaisessa toukokuussa oli threoniini (T) asemassa 524.
LISÄNÄ VANHEMPI HAVAINTO:
REASSORTEMENT, uudelleen järjstäytyminen on havaittu yleisesti tapahtuvan PB2-proteiinin aminohapossa 627 ja sen on havaittu olevan tärkeä determinantti heterospesifisten kompleksien replikaation tehokkuudessa.
E627 on jo näissä molemmissa pandemisisisa H1N1 viruksissa ( Houston ja Norja)
Aiemmin lintuviruksessa oli lysiini(K) ja nyt näyttää sikainfluensaviruksessa olevan glutamiinihappo(E). Siis K627E on tapahtunut aikanaan ja samalla lajirajan ylitys on virukselle helpottunut nykyiseen tilanteeseen.
Lähteenä ovat PubMed uutisten virus sekvenssit.
Keskiviikko, 25. marraskuuta 2009
Entä polymeraasialayksiköt PB2 ja PB1?
Miten tärkeitä viruksen muuttuvuudessa on RNA-polymeraasin alayksiköt PB2 ja PB1 eli virusgeenituotteet geenistä 1 ja geenistä 2 ja niiden suhteet?
Relevance of PB2 & PB1 reassortements in influenza viruses
November 25, 2009
PB2 ja PB1 kombinaatioista
LÄHDE: Li OT, Chan MC, Leung CS, Chan RW, Guan Y, Nicholls JM, Poon LL. Full factorial analysis of mammalian and avian influenza polymerase subunits suggests a role of an efficient polymerase for virus adaptation. PLoS One. 2009 May 21;4(5):e5658. State Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Department of Microbiology, The University of Hong Kong, Hong Kong SAR, China.
Kaikista A- influenssaviruksen sisärakenteen geenisegmenteistä (PB2, PB1, PA, NP ja NS) on lintuviruksen PB1 segmentti ainoa, joka aikanaan teki uudelleenjärjestäytymisen ( reassortement) ihmisen H2N2 ja H3N2 pandemisiksi kannoiksi. Tästä ollaan päätelty, että viruksen polymeraasialayksikköjen geenien uudelleen järjestäytyminen lämminveristen ja lintujen influenssavirusten kesken saattaisi vaikuttaa virusten siirtymisissä lajista toiseen.
Tutkijat testasivat oletustaan lintujen H5N1 ja lämminveristen H1N1 virusten PB2, PB1, PA ja NP geeneillä ja niiden toisiinsa suhtautumisella.
Luonnehdittiin kaikki 16 mahdollista virus-ribonukleoproteiinin(vRNP) chimeeristä kombinaatiota lintuviruksesta H5N1 ja lämminveristen viruksesta H1N1.
Sitten osoitettiin että sellainen rekombinantti-vRNP, jossa oli lämminveristen influenssaviruksen (H1N1) PB2 ja lintuviruksen (H5N1)PB1, omasi vahvimman polymeraasiaktiivisuuden ihmissoluissa kaikissa tutkituissa lämpötiloissa.
Lisäksi tällä mainitulla tavalla spesifiset PB2&PB1 kombinaatiot omaavat virukset saattoivat kasvaa tehokkaasti soluviljelmissä, varsinkin kuumissa lämpötiloissa (, ilmasto, kuume!). Nämä virukset olivat vahvoja proinflammatoristen sytokiinien ja kemokiinien indusoijia ihmisen primääreissä makrofageissa ja pneumosyyteissä.
Nämä virukset, joissa oli juuri tämä spesifinen PB2-PB1 kombinaatio, pystyivät myös kehkeyttämään adaptatiivisia mutaatioita ( sopeutumisia) uuteen tilanteeseen.
Näistä tuloksista voidaan päätellä, että juuri viruksen polymeraasin aktiivisuus saattaa olla ihmiskunnan terveyden suhteen relevantti tekijä influenssan syntymisessä.
Relevance of PB2 & PB1 reassortements in influenza viruses
November 25, 2009
PB2 ja PB1 kombinaatioista
LÄHDE: Li OT, Chan MC, Leung CS, Chan RW, Guan Y, Nicholls JM, Poon LL. Full factorial analysis of mammalian and avian influenza polymerase subunits suggests a role of an efficient polymerase for virus adaptation. PLoS One. 2009 May 21;4(5):e5658. State Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Department of Microbiology, The University of Hong Kong, Hong Kong SAR, China.
Kaikista A- influenssaviruksen sisärakenteen geenisegmenteistä (PB2, PB1, PA, NP ja NS) on lintuviruksen PB1 segmentti ainoa, joka aikanaan teki uudelleenjärjestäytymisen ( reassortement) ihmisen H2N2 ja H3N2 pandemisiksi kannoiksi. Tästä ollaan päätelty, että viruksen polymeraasialayksikköjen geenien uudelleen järjestäytyminen lämminveristen ja lintujen influenssavirusten kesken saattaisi vaikuttaa virusten siirtymisissä lajista toiseen.
Tutkijat testasivat oletustaan lintujen H5N1 ja lämminveristen H1N1 virusten PB2, PB1, PA ja NP geeneillä ja niiden toisiinsa suhtautumisella.
Luonnehdittiin kaikki 16 mahdollista virus-ribonukleoproteiinin(vRNP) chimeeristä kombinaatiota lintuviruksesta H5N1 ja lämminveristen viruksesta H1N1.
Sitten osoitettiin että sellainen rekombinantti-vRNP, jossa oli lämminveristen influenssaviruksen (H1N1) PB2 ja lintuviruksen (H5N1)PB1, omasi vahvimman polymeraasiaktiivisuuden ihmissoluissa kaikissa tutkituissa lämpötiloissa.
Lisäksi tällä mainitulla tavalla spesifiset PB2&PB1 kombinaatiot omaavat virukset saattoivat kasvaa tehokkaasti soluviljelmissä, varsinkin kuumissa lämpötiloissa (, ilmasto, kuume!). Nämä virukset olivat vahvoja proinflammatoristen sytokiinien ja kemokiinien indusoijia ihmisen primääreissä makrofageissa ja pneumosyyteissä.
Nämä virukset, joissa oli juuri tämä spesifinen PB2-PB1 kombinaatio, pystyivät myös kehkeyttämään adaptatiivisia mutaatioita ( sopeutumisia) uuteen tilanteeseen.
Näistä tuloksista voidaan päätellä, että juuri viruksen polymeraasin aktiivisuus saattaa olla ihmiskunnan terveyden suhteen relevantti tekijä influenssan syntymisessä.
Muuttuuko PA alayksikkö( Geeni 3. tuote?)
Polymeraasi PA. Muuttuuko tämä helposti vai ei?
Polymerase (PA) of A H1N1 (gene 3): No changes?
November 29, 2009
Norjan uusimmassa A H1N1 viruksessa on PA( geni 3) muuttumaton verrataessa
19 huhtikuuta eristettyyn meksikolaiseen virukseen.
Presiis sama aminohapposekvenssi. (PubMed lähteestä otetut sekvenssit)
/country="Mexico"
/collection_date="19-Apr-2009"
Protein 1..716
/product="polymerase PA"
Region 21..716
/region_name="Flu_PA"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA;
pfam00603"
/db_xref="CDD:109651"
CDS 1..716
/gene="PA"
/coded_by="GQ379813.1:1..2151"
ORIGIN
1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk
Polymerase (PA) of A H1N1 (gene 3): No changes?
November 29, 2009
Norjan uusimmassa A H1N1 viruksessa on PA( geni 3) muuttumaton verrataessa
19 huhtikuuta eristettyyn meksikolaiseen virukseen.
Presiis sama aminohapposekvenssi. (PubMed lähteestä otetut sekvenssit)
/country="Mexico"
/collection_date="19-Apr-2009"
Protein 1..716
/product="polymerase PA"
Region 21..716
/region_name="Flu_PA"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA;
pfam00603"
/db_xref="CDD:109651"
CDS 1..716
/gene="PA"
/coded_by="GQ379813.1:1..2151"
ORIGIN
1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk
RNA polymeraasi PA alayksikkö( Geeni 3)
Influenssavirusken RNA-polymeraasin yksi alayksikkö, PA ja en olennaiset toiminnot. Influenzavirus RNA polymerase subunit PA, N-terminal
Marraskuu 29. November 29, 2009
LÄHDE: Koyu Hara,† Florian I. et al. Amino Acid Residues in the N-Terminal Region of the PA Subunit of Influenza A Virus RNA Polymerase Play a Critical Role in Protein Stability, Endonuclease Activity, Cap Binding, and Virion RNA Promoter Binding University of Oxford, Oxford, United Kingdom May 23, 2006.
Tutkijat selvittivät tässä PA alayksikön N-terminaalisen jakson merkitystä virulenssissa. He käyttivät puhdistettua rekombinanttia influenssa virusta A/PR/8/34 PA. Sen N-terminaali muodosti 25 kDa domaanin. Sitten tutkijat johtivat tälle evolutionaalisesti ottaen hyvin konservatiiviselle alueelle pistemutaatioita alaniinista. Ne olivat merkitseviä viruksen virulenssille. Jos alaniinimutaatioita asettui L109- F117 jaksolle, siitä seurasi PA proteiinin hajominen, silppuroituminen, millä oli tietysti seuraamuksena polymeraasin huonompi aktiivisuus.
Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.
Tutkijat selvittivät kolme eri PA:proteiinin pistemutaatiota alaniinin(A) asettamisella virusproteiinin sekvenssiin tiettyihin kohtiin. Lysiini(K) 102, aspartaatti(D) 108 ja lysiini (K)134 muutettiin alaniiniksi (A).
K102A, D108A ja K134A.
(VRT. Allaoleva PA rakenne on norjalaisesta viruksesta. HUOM. Siinä ei ole mitään alaniinimutaatioita noissa kohdissa tietystikään.. Se on evolutionaalisesti stabiili ja siis varmaan "hyvin toimivaa laatua" viruksen arsenaalissa.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1563815/?tool=pmcentrez&report=abstract
="Norway: Akershus" collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..716 /product="polymerase PA"
Numerointi alkaa N- terminaaliseta päädystä:
........1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
......61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
....121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
....181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
....241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
....301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
....361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
...421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
..481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
..541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
,601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
.661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk
Sekvenssi päättyy C-terminaaliseen osaan.
Huom. Virus on aikamoinen proteiinin kehrääjä ja ottaa tämän valkuaisen ihmiskehosta.
1. Norjalaisessa A H1N1 viruksen PA proteiinissa on konservatiivinen jakso
109L -117F. Siinä ei ole alaniinimutaatioita (A).
Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.
Jos tässä jaksossa olisi alaniinimutaatioita, PA- peptide alkaisi hajota ubikitiinitietä silppuroituen.
2. K102 A mutaatiota EI ole "kunnon virusproteiinissa" , vaan jäljellä norjalaisessa on K102
Tällainen mutaatio, jos se esiintyisi, vaikuttaisi transkription ja replikaation vähenemistä viruksessa keho-olosuhteissa, in vivo. K102A mutaatio johtaisi sekä cap jaksoon sitoutumisen että viruksen RNA-promoottoriin sitoutumisen aktiivisuuden vähenemistä ja tästä seuraisi estymää sekä virustranskriptioon että replikaatioon.
3. D108A mutaatiota ei ole norjalaisessa , vaan siinä on jäljellä D108.
4. K134A-mutaatiota ei ole norjalaisessa, vaan K134 havaitaan.
Nämä kaksi jälkimmäistä mainittua (tiedemiesten kokeellisesti tekemää) mutaatiota estäisivät selektiivisesti transkriptiota. Molemmat mutaatiot estivät täydellisesti endonukleaasiaktiivisuuden in vitro, mikä selittää selektiivisen transkriptiodefektin.
5. Näistä löydöistä voidaan päätellä, että viruksen PA-proteiinin N-terminaalisessa jaksossa on moninaisia polymeraasifunktioita, joista mainitaan proteiinin stabiilius, endonukleaasiaktiivisuus, Cap-jaksoon kiinnittyminen ja promoottoriin sitoutuminen.
These results suggest that the N-terminal region of PA is involved in multiple functions of the polymerase, including protein stability, endonuclease activity, cap binding, and promoter binding.
Kommenttini:
Siis näissä strategisissa kohdissa ei meksikolaisessa eikä norjalaisessa viruksssa ollut mitään mutaatioita, "viruksen vikaa" , joka olisi heikentänyt viruksen sisätekijöitten virulenssia.
Ei tunneta lääkettä, millä nykyään voitaisiin tähän PA proteiinin N-terminaaliin vaikuttaa ja heikentää virusta. Mutta kuten huomataan, tämä kohta PA-proteiinissa on todella kiinnostava ja terapeuttisen strategian luomisen haaste. Silloin kun keino keksitään, ollaan siirrytty johonkin uuteen menelmään influenssan hoidossa.
Marraskuu 29. November 29, 2009
LÄHDE: Koyu Hara,† Florian I. et al. Amino Acid Residues in the N-Terminal Region of the PA Subunit of Influenza A Virus RNA Polymerase Play a Critical Role in Protein Stability, Endonuclease Activity, Cap Binding, and Virion RNA Promoter Binding University of Oxford, Oxford, United Kingdom May 23, 2006.
Tutkijat selvittivät tässä PA alayksikön N-terminaalisen jakson merkitystä virulenssissa. He käyttivät puhdistettua rekombinanttia influenssa virusta A/PR/8/34 PA. Sen N-terminaali muodosti 25 kDa domaanin. Sitten tutkijat johtivat tälle evolutionaalisesti ottaen hyvin konservatiiviselle alueelle pistemutaatioita alaniinista. Ne olivat merkitseviä viruksen virulenssille. Jos alaniinimutaatioita asettui L109- F117 jaksolle, siitä seurasi PA proteiinin hajominen, silppuroituminen, millä oli tietysti seuraamuksena polymeraasin huonompi aktiivisuus.
Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.
Tutkijat selvittivät kolme eri PA:proteiinin pistemutaatiota alaniinin(A) asettamisella virusproteiinin sekvenssiin tiettyihin kohtiin. Lysiini(K) 102, aspartaatti(D) 108 ja lysiini (K)134 muutettiin alaniiniksi (A).
K102A, D108A ja K134A.
(VRT. Allaoleva PA rakenne on norjalaisesta viruksesta. HUOM. Siinä ei ole mitään alaniinimutaatioita noissa kohdissa tietystikään.. Se on evolutionaalisesti stabiili ja siis varmaan "hyvin toimivaa laatua" viruksen arsenaalissa.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1563815/?tool=pmcentrez&report=abstract
="Norway: Akershus" collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..716 /product="polymerase PA"
Numerointi alkaa N- terminaaliseta päädystä:
........1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
......61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
....121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
....181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
....241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
....301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
....361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
...421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
..481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
..541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
,601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
.661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk
Sekvenssi päättyy C-terminaaliseen osaan.
Huom. Virus on aikamoinen proteiinin kehrääjä ja ottaa tämän valkuaisen ihmiskehosta.
1. Norjalaisessa A H1N1 viruksen PA proteiinissa on konservatiivinen jakso
109L -117F. Siinä ei ole alaniinimutaatioita (A).
Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.
Jos tässä jaksossa olisi alaniinimutaatioita, PA- peptide alkaisi hajota ubikitiinitietä silppuroituen.
2. K102 A mutaatiota EI ole "kunnon virusproteiinissa" , vaan jäljellä norjalaisessa on K102
Tällainen mutaatio, jos se esiintyisi, vaikuttaisi transkription ja replikaation vähenemistä viruksessa keho-olosuhteissa, in vivo. K102A mutaatio johtaisi sekä cap jaksoon sitoutumisen että viruksen RNA-promoottoriin sitoutumisen aktiivisuuden vähenemistä ja tästä seuraisi estymää sekä virustranskriptioon että replikaatioon.
3. D108A mutaatiota ei ole norjalaisessa , vaan siinä on jäljellä D108.
4. K134A-mutaatiota ei ole norjalaisessa, vaan K134 havaitaan.
Nämä kaksi jälkimmäistä mainittua (tiedemiesten kokeellisesti tekemää) mutaatiota estäisivät selektiivisesti transkriptiota. Molemmat mutaatiot estivät täydellisesti endonukleaasiaktiivisuuden in vitro, mikä selittää selektiivisen transkriptiodefektin.
5. Näistä löydöistä voidaan päätellä, että viruksen PA-proteiinin N-terminaalisessa jaksossa on moninaisia polymeraasifunktioita, joista mainitaan proteiinin stabiilius, endonukleaasiaktiivisuus, Cap-jaksoon kiinnittyminen ja promoottoriin sitoutuminen.
These results suggest that the N-terminal region of PA is involved in multiple functions of the polymerase, including protein stability, endonuclease activity, cap binding, and promoter binding.
Kommenttini:
Siis näissä strategisissa kohdissa ei meksikolaisessa eikä norjalaisessa viruksssa ollut mitään mutaatioita, "viruksen vikaa" , joka olisi heikentänyt viruksen sisätekijöitten virulenssia.
Ei tunneta lääkettä, millä nykyään voitaisiin tähän PA proteiinin N-terminaaliin vaikuttaa ja heikentää virusta. Mutta kuten huomataan, tämä kohta PA-proteiinissa on todella kiinnostava ja terapeuttisen strategian luomisen haaste. Silloin kun keino keksitään, ollaan siirrytty johonkin uuteen menelmään influenssan hoidossa.
RNA polymeraasi ( PB2, PB1, PA) on essentielli virukselle
Kolmealayksikköinen virusRNA-polymeraasi. Influenza virus RNA polymerase in focus
November 29, 2009
LÄHDE: Naito T, Kawaguchi A, Nagata K.Uirusu. [Function of influenza virus RNA polymerase on the structural basis] [Article in Japanese]2009 Jun;59(1):1-11.Department of Infection Biology, Graduate School of Comprehensive Human Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8575, Japan.
(Suomennosta) Kun on tutkittu soluttomissa RNA-synteesijärjestelmissä ja käänteisellä transkriptiotekniikalla influenssaviruksen genomin replikaation ja transkription molekulaarista mekanismia ollaan tutkimassa seikkoja, jotka ovat viruksen elämänsyklin kaikkein välttämättömintä , essentielliä prosessia.
Äskettäin ollaan havaittu sellaistakin, että tämä mekanismi osallistuu myös viruksen isäntä elimistöjen kirjon määräytymiseen.
Kun myös otetaan huomioon, että aiemmin kehitetyille antiviruslääkkeille resistenttien virusten määrä lisääntymistään lisääntyy, on mitä tarpeellisinta perustaa lääkkeitten järkiperäinen seulontastrategia, jossa etsitään myös uusia molekulaarisia kohteita tulevaisuutta varten.
Voisi olla käänteentekevä löytö, jos voidaan määritellä virustekijöitten kolmiulotteiset rakenteet, virusgenomin replikaatioon ja transkriptioon osallistuvien virustekijöitten (PB1, PB2, PA) yksityiskohtaiset funktiot ja suunnitella uusia antiviraalisia metodeja.
Tässä katsauksessaan tiedemiehet tekevät yhteenvedon siitä kertyvästä tiedosta, mitä on olemassa virustekijöiten kolmiulotteisesta rakenteesta ja he pohtivat näihin rakenteisiin perustuvia virusfunktioita. (Kertailen nyt jatkossa näitä eri tekijöitä ja niitten mutaatioita).
November 29, 2009
LÄHDE: Naito T, Kawaguchi A, Nagata K.Uirusu. [Function of influenza virus RNA polymerase on the structural basis] [Article in Japanese]2009 Jun;59(1):1-11.Department of Infection Biology, Graduate School of Comprehensive Human Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8575, Japan.
(Suomennosta) Kun on tutkittu soluttomissa RNA-synteesijärjestelmissä ja käänteisellä transkriptiotekniikalla influenssaviruksen genomin replikaation ja transkription molekulaarista mekanismia ollaan tutkimassa seikkoja, jotka ovat viruksen elämänsyklin kaikkein välttämättömintä , essentielliä prosessia.
Äskettäin ollaan havaittu sellaistakin, että tämä mekanismi osallistuu myös viruksen isäntä elimistöjen kirjon määräytymiseen.
Kun myös otetaan huomioon, että aiemmin kehitetyille antiviruslääkkeille resistenttien virusten määrä lisääntymistään lisääntyy, on mitä tarpeellisinta perustaa lääkkeitten järkiperäinen seulontastrategia, jossa etsitään myös uusia molekulaarisia kohteita tulevaisuutta varten.
Voisi olla käänteentekevä löytö, jos voidaan määritellä virustekijöitten kolmiulotteiset rakenteet, virusgenomin replikaatioon ja transkriptioon osallistuvien virustekijöitten (PB1, PB2, PA) yksityiskohtaiset funktiot ja suunnitella uusia antiviraalisia metodeja.
Tässä katsauksessaan tiedemiehet tekevät yhteenvedon siitä kertyvästä tiedosta, mitä on olemassa virustekijöiten kolmiulotteisesta rakenteesta ja he pohtivat näihin rakenteisiin perustuvia virusfunktioita. (Kertailen nyt jatkossa näitä eri tekijöitä ja niitten mutaatioita).
Mutatoituuko nykyinen pandeminen virus koko ajan?
Kiertävät A H1n1 virukset, Circulating A H1N1 types
Marraskuu 30, 2009,November 30, 2009
LÄHDE: Fereidouni S, Beer M, Vahlenkamp T, Starick E. Differentiation of two distinct clusters mong currently circulating influenza A(H1n1)v viruses, March-September 2009. Euro Surveill. 2009 Nov 19;14(46). pii: 19409. Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald-Insel Riems, Germany.
Saksalaiset ovat tehneet analyysiä pandemisista A H1N1 viruksista maaliskuusta syyskuuhun 2009 kuluneelta ajalta ja siitä jaksosta on havaittu kaksi hyvin lähityyppistä, mutta selvästi kuitenkin toisistaan erottuvaa virusryvästä kiertämässä useimpia influenssan kynsissä olevia maita samaan aikaan.
Luonteenomaisimmat erot sijoittuvat niihin geeneihin, jotka koodaavat viruksen kahta pintaproteiinia (HA, geeni 4 ja NA, geeni 6) hemagglutiniinia ja neuraminidaasia ja neljää viruksen sisäproteiinia: PB2 polymeraasialayksikköä( geeni 1) , nukleoproteiinia NP (geeni 5) , matrixproteiinia M (geeni 7) ja nonstrukturellia NS1 proteiinia ( geeni 8). Fylogeneettista johtopäätöstä osoitettiin a.o. geenien analyysein ja sekvenssiketjukonstruktioin.
VRT. kuvaa:Kertausta influenssaviruksen kahdeksasta geenistä :
http://www.aaas.org/news/releases/2009/images/0522us_swine_flu_chart1.jpg
Geeni 1. Proteiini PB2 ja geeni 3 ja sen koodaama proteiini PA: (alkujaan linnusta sikakantaan siirtynyt influenssavirus ja 1998 viruksen kaltaista) (Kts.” Punainen sika”)
Geeni 2. proteiini PB1 , linnuista alunperin ihmiseen 1968 ja sitten sikakantaan 1998 , tyypiltään. (”Sininen sika”)
Geeni: 4. HA; Geeni 5. NP; Geeni 8. NS
Näitten tie on kulkenut linnuista 1918 kohti sikakantaa ja kyse on klassillisesta sikainfluenssavirustyypistöä (”Keltainen sika”)
Geeni 6. NA; Geeni 7. MA
Näitten tie on kulkenut lintuviruksesta 1979 sikakantaan ja esiintyy euraasialaisessa sikainfluenssaviruksessa. (”Kts. Vihreä sika)
Punaisen , sinisen ja keltaisen sikainfluenssaviruksen kesken on tapahtunut kolminkertainen uudelleenjärjestymä näisllä väriellä merkatuissa geeneissä.
Tästä kuvasta näkee, että A H1N1 designissa on vanhan ihmis-influenssan ominaisuuksia geenissä PB1.
Muissa geeneissä taas ei ole tunnusmerkkejä siitä, että niitä olisi esiintynyt ihmiskunnassa. Joten hyvin painotetusti virus on ihmiskunnassa pandeminen( novel).
http://www.fao.org/AG/AGAInfo/programmes/en/empres/AH1N1/Background.html
Marraskuu 30, 2009,November 30, 2009
LÄHDE: Fereidouni S, Beer M, Vahlenkamp T, Starick E. Differentiation of two distinct clusters mong currently circulating influenza A(H1n1)v viruses, March-September 2009. Euro Surveill. 2009 Nov 19;14(46). pii: 19409. Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald-Insel Riems, Germany.
Saksalaiset ovat tehneet analyysiä pandemisista A H1N1 viruksista maaliskuusta syyskuuhun 2009 kuluneelta ajalta ja siitä jaksosta on havaittu kaksi hyvin lähityyppistä, mutta selvästi kuitenkin toisistaan erottuvaa virusryvästä kiertämässä useimpia influenssan kynsissä olevia maita samaan aikaan.
Luonteenomaisimmat erot sijoittuvat niihin geeneihin, jotka koodaavat viruksen kahta pintaproteiinia (HA, geeni 4 ja NA, geeni 6) hemagglutiniinia ja neuraminidaasia ja neljää viruksen sisäproteiinia: PB2 polymeraasialayksikköä( geeni 1) , nukleoproteiinia NP (geeni 5) , matrixproteiinia M (geeni 7) ja nonstrukturellia NS1 proteiinia ( geeni 8). Fylogeneettista johtopäätöstä osoitettiin a.o. geenien analyysein ja sekvenssiketjukonstruktioin.
VRT. kuvaa:Kertausta influenssaviruksen kahdeksasta geenistä :
http://www.aaas.org/news/releases/2009/images/0522us_swine_flu_chart1.jpg
Geeni 1. Proteiini PB2 ja geeni 3 ja sen koodaama proteiini PA: (alkujaan linnusta sikakantaan siirtynyt influenssavirus ja 1998 viruksen kaltaista) (Kts.” Punainen sika”)
Geeni 2. proteiini PB1 , linnuista alunperin ihmiseen 1968 ja sitten sikakantaan 1998 , tyypiltään. (”Sininen sika”)
Geeni: 4. HA; Geeni 5. NP; Geeni 8. NS
Näitten tie on kulkenut linnuista 1918 kohti sikakantaa ja kyse on klassillisesta sikainfluenssavirustyypistöä (”Keltainen sika”)
Geeni 6. NA; Geeni 7. MA
Näitten tie on kulkenut lintuviruksesta 1979 sikakantaan ja esiintyy euraasialaisessa sikainfluenssaviruksessa. (”Kts. Vihreä sika)
Punaisen , sinisen ja keltaisen sikainfluenssaviruksen kesken on tapahtunut kolminkertainen uudelleenjärjestymä näisllä väriellä merkatuissa geeneissä.
Tästä kuvasta näkee, että A H1N1 designissa on vanhan ihmis-influenssan ominaisuuksia geenissä PB1.
Muissa geeneissä taas ei ole tunnusmerkkejä siitä, että niitä olisi esiintynyt ihmiskunnassa. Joten hyvin painotetusti virus on ihmiskunnassa pandeminen( novel).
http://www.fao.org/AG/AGAInfo/programmes/en/empres/AH1N1/Background.html
onsdag 17 juni 2009
Pandeminen A/H1N1 , lääkkeet ja rokotekehittely
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/1-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/2-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu-and-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/3-swedish-medical-journal-about-pandemic-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/5-swedish-medical-journal-about-antivirasl-in-pandemic-ah1n1/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/6swedish-medical-journal-about-resistance-against-antivirals/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/2-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu-and-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/3-swedish-medical-journal-about-pandemic-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/5-swedish-medical-journal-about-antivirasl-in-pandemic-ah1n1/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/6swedish-medical-journal-about-resistance-against-antivirals/
lördag 13 juni 2009
A H1N1 M2 proteiini ja amantadiini
VERTAILEN M2 proteiinia eri viruksilla kuten ihmisen pandeminen, A H1N1, sikainfluenssa H3N2 ja kanan A H5N1 ja Ihmiseen tarttunut A H5N1. Näyttää siltä että virukset jotka tulevat ihmispuolelle tulevat enemmän resistenteiksi amantadiinille asteittain. Mihin asia perustuu?
M2 proteiinin EKTODOMEENI on 24 aminohappoa, N-terminaali.
1-24
MSLLTEVETP
TRSEWECRCS
DSSD-
Transmembraanidomaani (TM) on 19 kpl aminohappoa
25-44
-PLVIAA
NIIGILHLIL
WITD-
Sytoplasminen C-terminaalinenpääty on 53 aminohappoa
45-97
-RLFFKC
IYRRFKYGLK
RGPSTEGVPE
SMREEYQQEQ
QSAVDVDDGH
FVNIELE"
Tämä 1- 97 sekvenssi M2 proteiinista on eräästä uudesta A H1N1 viruksesta ihmiseltä.
Amantadiinin ANTIVIRAALI VAIKUTUS kohdistuu vain neljään kohtaan M2 proteiinissa. . Amantadiinin ne vaikutukset, joille M2 voi olla altis, oletetaan tapahtuvan trans-Golgin alueella. Jos siinä kohtaa nimittäin pH ei pysyttele tarpeeksi matalana, muodostuva HA ei pääse muuttumaan funktiokelvolliseksi trimeeriksi, vaan aggrekoituu. Amantadiinin lisääminen infektion loppuvaiheeseen aiheuttaa sen takia prematuran konformationaalisen muutoksen HA rakenteessa. Trimeeri aggrekoituu , eikä kunnollisia virioneja muodostu.
Amantadiinin lisääminen infektion alkuvaiheessa vaikuttaa estäen M1 proteiinin dissosioitumista irti RNP. partikkelista, nukleokapsidista NC, jolloin M1-vRNP ei irtoa ja vRNP ei pääse ilmenemään tuman puolella. Jonikanavan tulisi nimittäin pitää yllä tiettyä edellytystä matalaan pH miljööseen ( protoneja H+), jossa miljöössä M1 dissosioituu RNP nukleokapsidista (NC) ja vapautuu siirtymään tumaan.
Mutta jos M2-proteiinin TM jaksossa on jokin mutaatio, amantadiinin vaikutukset estyvät.
M2-proteiini muodostuu siten, että se saa posttranslationaalisia muokkauksia, fosforylaatiota ja palmitylaatiota sytoplamiseen C-päätyyn, ja N-terminaalisiin cysteiineihin 17C ja 19C muodostuu disulfidisilta. Asylaatio ja disulfidisilta ei kuitenkaan vaikuta viruksen elinkykyyn eikä jonikanava-aktiviteettiin. Sanotaan, että TM- osa on alfa-helix ja siihen liittyy ne seikat, jotka muodostavat amantadiiniresistenssin. Amantadiinin sijoittumista alueelle Val -27 ja Ser-31 on raportoitu ja siinä se aiheuttaa steerisen blokin joninkanavan sisällä .
TM osan aminohapot ovat 20-44. (MUTTA Huomaa näissä H1N1 viruksissa on Seriini -31 mutatoitunut ja siinä on useimminkin N, asparagiini-31. Siis mutaatio S 31 N. Näyttää myös Valiinin Val (V) kohdalle tulevan jotain muuta joissain viruksissa, kuten isoleusiinia (V 27 I). Löysin konventionellin amantadiinille herkän jonikanavan erään kanan lintuinfluenssaviruksesta A H5N1. Siis mallia V-27 ja S-31.
Lisäksi Histidiini -37 (H-37) on virukselle olennainen jonikanavan funktiossa. Se näyttää olevan kaikissa viruksissa sama.
LÄHDE:
av Karl Maramorosch, Frederick A. Murphy, Aaron J … – 1999 – Medical – 487 sidor
ION CHANNEL PROTEIN The M2 protein is a 97-amino acid (aa) protein encoded by a … effect of amantadine and rimantadine on influenza virus infection
fredag 12 juni 2009
A (H1N1) influenssaviruksen genomi
Olen vuosien aikana katsonut tätä influenssaviruksen genomia useankin kerran. Jollain tavalla minusta välillä tuntuu epäoikeudenmukaiseltakin, että juuri tästä genomista on valtava tietämys ja siitä on suunnaton tutkimus menossa, ja samaan aikaan jokin klassisesti tuhansia , tai satoja tuhansia tai miljoonia ihmisiä totunnaisesti aina tappava virus jatkaa samoja ratojaan aivan kuin tämän influenssaviruksen suuressa varjossa aivan huomaamatta, eikä niille lukuisille fataaleille viruksille liikene sitten kansainvälisiä resursseja esim. rokotekehittelyyn tarpeeksi, kun influenssa-asia nielee kuin haikala kaikki varat.
Toisaalta asia on käsitettävä, koska harva virus kykenee olemaan potentiaalisti niin paha kuin influenssavirus kaikkein pahimmassa muodosaan voisi olla. Preventiivisesti ottaen asia on kyllä oikeudenmukaista. ESIM. Ebola on kyllä paha ja tappava, mutta se on endeeminen. Influenssavirus taas voi päästä aivan kaikkiin ilmasto-olosuhteisiin maapallolla kunnioittamatta mitään endeemisyyden ideaakaan- ellei nyt sitten reservoaarina.
Sitten toinen asia, vaikuttaa siltä, että influenssaa saa mikä tahansa elävä. Kohta voi jo odottaa että kukkakin aivastaa. Tarkoitan, että ehkä kasveissakin voi olla tätä virusta , ainakin kuin reservoaarissa, jos se oikein yrittää kehittyä. Mutta ihminen, ihmiskunta, on sen genomille täysi välttämättömyys. Sen genomin täytyy mennä ihmisen DNA genomin viereen ottamaan mallia ja sitten replikoitumaan. Vasta kun se on kehrännyt maapallolta parin kolmen pandemisen aallon kanssa tarpeeksi materiaalia genominsa piristykseksi, se katoaa jonnekin taas. Sen aivotrusti katoaa jonnekin. Siinä on jotain hämähäkkimäisen tapaista katoamista maisemasta yhtäkkiä.
Tämä virus intelligenssi on kiinnostava,voi sanoa. Viruksissa on jotain hienoa. Ainakin se, että ne panevat ihmiset ajattelemaan enemmän. Viruksista ihminen kehittyy ja kehittää tietokoneensa ja globaalin kommunikaationsa aivan huippuunsa.
INFLUENSSA A viruksen genomissa on 8 segmenttiä ja ne esiintyvät erillisinä. Virus pakkaa joka palan erikseen hyvin täydellisesti. Jokainen geeni on RNA-rihma, negatiivinen yksittäinen rihma, joka on nukleotidiketju, jonka 5´ ja 3´ pää on kiinnitetty polymeraasikompleksiin, aivan kuin helminauha kiinnitetään lukkoonsa. Rihmassa on NP (nukleoproteiini) "helmiä" ja rihma kiertää näitä NP-helmien nauhaa helixmäisesti.
( Kahdeksan segmenttiä: PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS)
Tämä helminauha ei esiinny aukinaisena ympyränä ikäänkuin olisi kaulassa, vaan ikäänkuin pienimpään tilavuuteen helixmäisesti kiertyneenä, mitä nyt noilta NP-helmiltä saa kiertymää aikaan. Tämä on vRNP partikkeli nimeltään. itse asiassa se näyttää hieman sauvamaiselta.
Toiseen päätyyn kuitenkin muodosotuu pieni rinkula.
"Lukon"lähellä olevassa kompleksissa on entsyymejä ä PB2, PB1 ja PA valmiina proteiinina ns. polymeraasikompleksina, eväänä mukana äiti-virukselta ja vRNA 5´-pää kiinnittyy PB2 ja NP proteiiniin, kuin tosiaan helminauhan lukkoon.
http://www.nature.com/emboj/journal/v17/n19/images/7591278f8.jpg
Helminauha voi tietysti aueta, kun on aika toimia ja nauha liukuu kuin lukkoalueen entsyymirenkaan läpi kuin kohesiinirenkaassa kai.
Polymeraasipaketti järjestää siten, että entsyymit napsaavat solun mRNA:lta alukkeen (CAP-primer), leikkavat sen irti ja kiinnittävät sen helminauhaketjussa olevan RNA:n 3´-päähän ja siitä sitten onkin hyvä lähteä tikittämään mRNA molekyyliä polymeraaseilla esiin cis-asemasta ja peräleijaksi asetetaan polyadenylaatiota lähettiRNA:n elämän pitkittämiseksi. Samalla pääsee RNA ikäänkuin oikenemaan mikä varmasti provosoi kaikenlaista mishmatch etc korjaantumista jokaiseen nukleotidiin ja "vironolosuhteiden nälkäajan ketju" rikastuu ja priistyy tumanesteissä ja sitten voi tuottua myös antigenomi, tässä tapauksessa (+) cRNA:n.
Kun virus on saanut pukattua omaa mRNA:ta tekemään uusia alkuproteiineja, niitä alkaa virrata tuma-alueelle ja cRNA alkaa trans-asemasta tuottaa sitten uutta virionia ihka tuoreilla polymeraasi-entsyymeillä. ( Tietysti toiset mRNA:t tuottavat myös runsaasti sytoplasmaan loppuvaiheen tuotteita, jotka lähetetään solukalvoon tekemään pesää uusille viruspartikkeleille, sitä virionkapselin massiivaa; M proteiinia, HA, NA proteiineja)
Apurina replikaation ja transkription alalla toimii NS, jolla onkin paljon tekemistä. Sen tulee katsoa, että missään vaiheessa virusRNA, vaikka juosteet olisivatvRNP partikkelissa lähekkäin, lähellä, ei anna dsRNA signaalia. NS leipoutuu vRNP partikkeleihin tuollaisissa strategisissa kohdissa ja niin solun virussensorit eivät huomaa ollenkaan viruksen olemassa oloa ja se pääsee kuin näkymättömänä tumaan aivan lojaalia tietä, tumakalvon aukoista, poruksista, itse solun importiinien avulla, sillä NS kiinnittää myös importiineja käsittäen NLS ja NoLS kohtia, jotka vievät sitä suoraan tumaan ja tumajyväseen.
Kun virus syntetisoi monipuolisesti genomia ja antigenomia tulee välillä dsRNA muotoa, jonka sitten NS-kiinnittää itseeensä "neutraloi", eikä Interferonijärjestelmä pysty heräämään. Interferonit heräisivät dsRN:sta ja herättäisivät sata antiviraalia geeniä. Siis itse asiassa solun mahtavan tehokas DNA genomi nukahtaa ikuiseen uneen ja säätyy nopeasti aivan kokonaan hajoamaan samalla, kun sitten solun integraatio kaikin puolin hajoaa ja uudet virionit lähtevät eteenpäin valmistettua tietä.
Jokainen virusgeenisegmentti vaikuttaa apoptoottisesti ihmisDNA:han, toiset enemmän toiset vähemmän. Yksi geeneistä on oikein erikoistunut ihmissolun mitokondrian hävittämiseen. (PB1-F2) .'
Eri virus make-upit , mitä influenssa virus esittää ovat eri asteisesti virulentteja tämän seikan suhteen. Virulenssin määrääviä seikkoja on monta, esim tapa jolla virus kokoaa 8 segmenttiään. Virulenssiin vaikuttaa jos se on yhtä ja samaa alkuperää esim kokonaan lintuvirus. Ne ovat kovin apoptoosia aiheuttavia geenisegmenttejä kaikki.
Tällä hetkellä on lintuviruksesta tullut vain kaksi geenisegmenttiä tähän uuteen pandemiseen virukseen: PB2 ja PA: Helminauhan lukko-osan tekijöitä molemmat.
Samoin ihmisperäinen PB1 kuuluu siihen helminauhan lukkoon.
Kaikki massiiviset rakenteelliset ja nonstrukturellit proteiinit ovat eri sikaviruksista, joten ihmiskeho on sen massiivalle vastaanottavainen. (HA, NP, NA, M, NS)
PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS
Toisaalta asia on käsitettävä, koska harva virus kykenee olemaan potentiaalisti niin paha kuin influenssavirus kaikkein pahimmassa muodosaan voisi olla. Preventiivisesti ottaen asia on kyllä oikeudenmukaista. ESIM. Ebola on kyllä paha ja tappava, mutta se on endeeminen. Influenssavirus taas voi päästä aivan kaikkiin ilmasto-olosuhteisiin maapallolla kunnioittamatta mitään endeemisyyden ideaakaan- ellei nyt sitten reservoaarina.
Sitten toinen asia, vaikuttaa siltä, että influenssaa saa mikä tahansa elävä. Kohta voi jo odottaa että kukkakin aivastaa. Tarkoitan, että ehkä kasveissakin voi olla tätä virusta , ainakin kuin reservoaarissa, jos se oikein yrittää kehittyä. Mutta ihminen, ihmiskunta, on sen genomille täysi välttämättömyys. Sen genomin täytyy mennä ihmisen DNA genomin viereen ottamaan mallia ja sitten replikoitumaan. Vasta kun se on kehrännyt maapallolta parin kolmen pandemisen aallon kanssa tarpeeksi materiaalia genominsa piristykseksi, se katoaa jonnekin taas. Sen aivotrusti katoaa jonnekin. Siinä on jotain hämähäkkimäisen tapaista katoamista maisemasta yhtäkkiä.
Tämä virus intelligenssi on kiinnostava,voi sanoa. Viruksissa on jotain hienoa. Ainakin se, että ne panevat ihmiset ajattelemaan enemmän. Viruksista ihminen kehittyy ja kehittää tietokoneensa ja globaalin kommunikaationsa aivan huippuunsa.
INFLUENSSA A viruksen genomissa on 8 segmenttiä ja ne esiintyvät erillisinä. Virus pakkaa joka palan erikseen hyvin täydellisesti. Jokainen geeni on RNA-rihma, negatiivinen yksittäinen rihma, joka on nukleotidiketju, jonka 5´ ja 3´ pää on kiinnitetty polymeraasikompleksiin, aivan kuin helminauha kiinnitetään lukkoonsa. Rihmassa on NP (nukleoproteiini) "helmiä" ja rihma kiertää näitä NP-helmien nauhaa helixmäisesti.
( Kahdeksan segmenttiä: PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS)
Tämä helminauha ei esiinny aukinaisena ympyränä ikäänkuin olisi kaulassa, vaan ikäänkuin pienimpään tilavuuteen helixmäisesti kiertyneenä, mitä nyt noilta NP-helmiltä saa kiertymää aikaan. Tämä on vRNP partikkeli nimeltään. itse asiassa se näyttää hieman sauvamaiselta.
Toiseen päätyyn kuitenkin muodosotuu pieni rinkula.
"Lukon"lähellä olevassa kompleksissa on entsyymejä ä PB2, PB1 ja PA valmiina proteiinina ns. polymeraasikompleksina, eväänä mukana äiti-virukselta ja vRNA 5´-pää kiinnittyy PB2 ja NP proteiiniin, kuin tosiaan helminauhan lukkoon.
http://www.nature.com/emboj/journal/v17/n19/images/7591278f8.jpg
Helminauha voi tietysti aueta, kun on aika toimia ja nauha liukuu kuin lukkoalueen entsyymirenkaan läpi kuin kohesiinirenkaassa kai.
Polymeraasipaketti järjestää siten, että entsyymit napsaavat solun mRNA:lta alukkeen (CAP-primer), leikkavat sen irti ja kiinnittävät sen helminauhaketjussa olevan RNA:n 3´-päähän ja siitä sitten onkin hyvä lähteä tikittämään mRNA molekyyliä polymeraaseilla esiin cis-asemasta ja peräleijaksi asetetaan polyadenylaatiota lähettiRNA:n elämän pitkittämiseksi. Samalla pääsee RNA ikäänkuin oikenemaan mikä varmasti provosoi kaikenlaista mishmatch etc korjaantumista jokaiseen nukleotidiin ja "vironolosuhteiden nälkäajan ketju" rikastuu ja priistyy tumanesteissä ja sitten voi tuottua myös antigenomi, tässä tapauksessa (+) cRNA:n.
Kun virus on saanut pukattua omaa mRNA:ta tekemään uusia alkuproteiineja, niitä alkaa virrata tuma-alueelle ja cRNA alkaa trans-asemasta tuottaa sitten uutta virionia ihka tuoreilla polymeraasi-entsyymeillä. ( Tietysti toiset mRNA:t tuottavat myös runsaasti sytoplasmaan loppuvaiheen tuotteita, jotka lähetetään solukalvoon tekemään pesää uusille viruspartikkeleille, sitä virionkapselin massiivaa; M proteiinia, HA, NA proteiineja)
Apurina replikaation ja transkription alalla toimii NS, jolla onkin paljon tekemistä. Sen tulee katsoa, että missään vaiheessa virusRNA, vaikka juosteet olisivatvRNP partikkelissa lähekkäin, lähellä, ei anna dsRNA signaalia. NS leipoutuu vRNP partikkeleihin tuollaisissa strategisissa kohdissa ja niin solun virussensorit eivät huomaa ollenkaan viruksen olemassa oloa ja se pääsee kuin näkymättömänä tumaan aivan lojaalia tietä, tumakalvon aukoista, poruksista, itse solun importiinien avulla, sillä NS kiinnittää myös importiineja käsittäen NLS ja NoLS kohtia, jotka vievät sitä suoraan tumaan ja tumajyväseen.
Kun virus syntetisoi monipuolisesti genomia ja antigenomia tulee välillä dsRNA muotoa, jonka sitten NS-kiinnittää itseeensä "neutraloi", eikä Interferonijärjestelmä pysty heräämään. Interferonit heräisivät dsRN:sta ja herättäisivät sata antiviraalia geeniä. Siis itse asiassa solun mahtavan tehokas DNA genomi nukahtaa ikuiseen uneen ja säätyy nopeasti aivan kokonaan hajoamaan samalla, kun sitten solun integraatio kaikin puolin hajoaa ja uudet virionit lähtevät eteenpäin valmistettua tietä.
Jokainen virusgeenisegmentti vaikuttaa apoptoottisesti ihmisDNA:han, toiset enemmän toiset vähemmän. Yksi geeneistä on oikein erikoistunut ihmissolun mitokondrian hävittämiseen. (PB1-F2) .'
Eri virus make-upit , mitä influenssa virus esittää ovat eri asteisesti virulentteja tämän seikan suhteen. Virulenssin määrääviä seikkoja on monta, esim tapa jolla virus kokoaa 8 segmenttiään. Virulenssiin vaikuttaa jos se on yhtä ja samaa alkuperää esim kokonaan lintuvirus. Ne ovat kovin apoptoosia aiheuttavia geenisegmenttejä kaikki.
Tällä hetkellä on lintuviruksesta tullut vain kaksi geenisegmenttiä tähän uuteen pandemiseen virukseen: PB2 ja PA: Helminauhan lukko-osan tekijöitä molemmat.
Samoin ihmisperäinen PB1 kuuluu siihen helminauhan lukkoon.
Kaikki massiiviset rakenteelliset ja nonstrukturellit proteiinit ovat eri sikaviruksista, joten ihmiskeho on sen massiivalle vastaanottavainen. (HA, NP, NA, M, NS)
PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS
WHO julisti H1N1 pandemiseksi (6) 11.6.2009
http://www.who.int/en/
12.6.2006
WHO:n sanoma 11.kesäkuuta
Suomennosta: LÄHDE: Statement to the press by WHO Director-General Dr Margaret Chan
11 June 2009 World now at the start of 2009 influenza pandemic
"Hyvät Naiset ja Herrat,
Huhtikuun lopussa WHO julisti hälytystilan uuden A influenssaviruksen takia.Tämä erityinen H1N1 kanta ei ole aiemmin kiertänyt ihmiskuntaa. Virus on aivan uusi. Virus on tarttuvainen ja leviää helposti ihmisestä toiseen ja maasta toiseen. Tänään on noin 30 000 varmistettua tapausta raportoitu yhteensä 74 eri maasta. Tässä on vain osa asiaa. Muutamaa poikkeusta huomioonottamatta niissä maissa, joissa on esiintynyt suuri määrä sairaustapauksia tilanteen valvonta ja näytteitten otto on hyvä. Leviämistä maasta toiseen ei enää voida jäljittää selkeästi ihmisten tartuntaketjua määrittämällä. Jatkoleviäminen on katsottava väistämättömäksi tapahtumaksi. Olen neuvotellut johtavien influenssa-asiantuntijoiden, virologien ja kansanterveysviranomaisten kanssa. Kansainvälisten terveyttä koskevien säädösten (International Health Regulations) käynnistämien proseduurien mukaisesti olen konsultoinut Poikkeustilakomiteaa (Emergency Committee) , joka on tätä tarkoitusta varten perustettu. Saatavilla olevan näytön ja niihin tutustuneitten asiantunijoitten en arvion perusteella on influenssapandemian tieteelliset kriteerit täyttyneet
Olen sen takia päättänyt kohottaa influenssapandemian hälytystasolta (5) pandemiatasoon (6). Nyt 11. kesäkuuta 2009 maailma on vuoden 2009 influenssapandemiansa alussa. (START).
Olemme nyt pandemian varhaispäivissä Virus leviää tiukan ja huolellisen kontrollin alaisena. EI KOSKAAN ole havaittu pandemiaa näin varhain eikä näin tarkasti seurattu juuri tapahtuvalla ajalla aivan varhaisista alkuhetkistä alkaen. Nyt maailmassa saadaan niittää pandemiavalmiuden etuja, joihin ollaan investoitu viime kuluneen viiden vuoden aikana. Meillä on etumatkaa. Tämä antaa meille vahvan aseman. Mutta samalla se haastaa meitä tietojemme ollessa rajallisia ja tieteellisen epävarmuuden vallitessa saamaan lisää neuvoja ja uusia vakuuksia
Hyvän monitoroinnin , perusteellisten tutkimusten ja eri maitten suoran raportoinnin ansiosta olemme saaneet muutamia varhaisia pikakäsityksiä viruksen leviämisestä ja sen mahdollisesti aiheuttamasta tautikirjosta.
Tiedämme myös , että varhaisen siellä täällä esiintyvän viruksen tavat voivat muuttua äkisti. Virus tekee säännöt ja tämäkin H1N1 kaikkien influenssavirusten tapaan voi muuttaa sääntöjään sen suuremmitta sävelittä milloin tahansa.
Globaalisti ottaen meillä on hyvät syymme uskoa tämän pandemian ainakin varhaispäivinään pysyttelevän asteeltaan kohtalaisen vakavana. Kokemuksesta tiedämme vakavuusasteen vaihtelevan maasta toiseen monista tekijöistä johtuen. Nykytietämyksen mukaan potilaitten valtaenemmistöllä on ollut lieviä oireita ja toipuminen on ollut nopeaa ja täydellistä usein ilman mitään lääkehoitoakin.
Kautta mailman on menehtyneitten luku ollut pieni. Joka ainoa näistä kuolemista on kuitenkin traaginen ja meidän on koottava voimia kohdatessamme niitä yhä lisää. Kuitenkaan emme odota mitään vaikeiden tai fataalien infektioiden äkillistä ja kohtalokasta lisääntymistä.
Tiedämme uuden H1N1 viruksen infektoivan nuorta väkeä. Miltei kaikilla laajemman ja pitkäaikaisemman purkauksen alueilla pääosa infektoituneesta väestöstä on ollut alle 25 vuotiaita.
Joissain maissa noin 2% infektoituneista on saanut vakavamman taudin, jossa esiintyy nopea paheneminen kohti henkeä uhkaavaa keuhkokuumetta.
Useimmat vaikeat tai fataalit infektiot ovat kohdanneet aikuisia, jotka ovat 30-50 vuoden ikäisiä.
Tällainen tautimalli on merkitsevästi kausiluontoisesta influenssaepidemiasta poikkeava, missä useimmat menehtymiset kohtaavat iäkästä väestöä.
Monesti, tosin ei jokaisessa tapauksessa, vakava sairastuminen on tapahtunut siinä väestössä, jolla on jokin krooninen perussairaus . Alustaviin rajallisiin tietoihin pohjautuen voidaan sanoa, että näihin sairauksiin kuuluu hengitysteiden taudit, varsinkin astma, sydän-ja verenkiertoelinten taudit, diabetes, autoimmuunit sairaudet ja ylipaino.
Samalla on tärkeä huomauttaa noin kolmasosan tai puolien vaikeaa ja fataalia infektiomuotoa sairastaneista olleen aiemmin terveitä nuoria ja keski-ikäisiä.
Sanomattakin on selvää, että raskaana olevien komplikaatioriski nousee. Tälläinen riskien lisääntyminen nostaa myös sellaisen viruksen merkitystä, mikä ensisijaisesti infektoi nuoria ikäluokkia.
Lopuksi vaikka ei mitenkään pienimpänä huolena on se, ettei tiedetä edeltä, miten virus käyttäytyy kehitysmaissa esiintyvissä olosuhteissa. Tällä hetkellä suurin osa tapauksista on havaittu ja tutkittu eri maista jokseenkin hyvien olosuhteiden vallitessa.
Sallinette minun painottaa kahta seikkaa näistä monista. Ensinnäkin 99 % kaikesta äitikuolleisuudesta ilmenee kehitysmaissa, mikä on merkitsijä kehnosta äitiyshuollosta ja synnytysten hoidosta. Toiseksi noin 85% kroonisten tautien rasituksesta keskittyy matalan ja keskitason tuloja omaaviin maihin.
Vaikkakin pandemialla vaikuttaa olevan vain kohtalainen vaikeusaste näissä suhteellisen hyvin toimeentulevissa maissa, on järkevää olettaa ankeampaa kuvaa viruksen levittyä niille alueille, missä resursseja on rajoitetusti, terveyspolitiikka kehnompaa ja kaikenlaista taustalla olevaa lääketieteellistä ongelmatiikka on riittämiin.
Herrat ja Rouvat,
Eräs pandemioille luonteenomainen piirre on niitten nopea leviäminen maailman kaikkiin osiin. Viime vuosisadalla tämä leviäminen tapasi viedä 6-9 kuukautta silloinkin, kun kaikki kansainvälinen liikenne käytti laivoja ja junia.
Maitten tulisi varustautua havaitsemaan influenssatapauksia tai tulisi valmistua niitten esiintymisiin lähiaikoina. Niiden maitten, joissa influenssa-aalto on jo huippunsa ohittanut, pitäisi valmistautua toisen infketioaallon tulemiseen.
Kaikkien maiden terveysministeriöihin on toimitettu ohjeita spesifisistä suoja- ja varmuustoimenpiteistä. Varuillaan oloa odotetaan niiltä mailta, joissa ei vielä ole influenssatapauksia tai ehkä vain jokin harva tapaus.
Laaja-alaisia tartuntoja esiintyessä valtioitten pitäisi keskittyä potilaittensa asianmukaiseen hoitoon. Potilaiden testaamisia ja tutkimisia pitäisi prioritoida intensiiviresursseiksi välttäen joutumatta resurssipulaan kapasiteettien nopeasti revähdettyä.
WHO on keskustellut tiiviisti influenssarokotteen valmistajien kanssa. Ymmärtääkseni kausiluontoisen influenssan rokotteen tuotanto alkaa olla kohta jo tehty valmiiksi ja täydellä kapasiteetilla voidaan sitten varmistaa suurin mahdollinen pandemisen rokotteen toimitus tulevina kuukausina.
Rokotteiden saatavuuden ohella on myös useita ei –lääkkeellisiä interventioita ,jotka voivat suoda jotain suojaa virusta vastaan.
WHO ei edelleenkään aseta matkustamisille mitään rajoitussuosituksia eikä rajojen sulkemisia.
Influenssapandemiat olivat ne sitten kohtalaisia tai vakavia ovat merkittäviä tapahtumia, koska koko ihmiskuntaon miltei maailmanlaajuisesti infektioaltista.
Olemme kaikki samassa veneessä ja yhdessä tulemme tästä selviämäänkin.
Kiitos."
12.6.2006
WHO:n sanoma 11.kesäkuuta
Suomennosta: LÄHDE: Statement to the press by WHO Director-General Dr Margaret Chan
11 June 2009 World now at the start of 2009 influenza pandemic
"Hyvät Naiset ja Herrat,
Huhtikuun lopussa WHO julisti hälytystilan uuden A influenssaviruksen takia.Tämä erityinen H1N1 kanta ei ole aiemmin kiertänyt ihmiskuntaa. Virus on aivan uusi. Virus on tarttuvainen ja leviää helposti ihmisestä toiseen ja maasta toiseen. Tänään on noin 30 000 varmistettua tapausta raportoitu yhteensä 74 eri maasta. Tässä on vain osa asiaa. Muutamaa poikkeusta huomioonottamatta niissä maissa, joissa on esiintynyt suuri määrä sairaustapauksia tilanteen valvonta ja näytteitten otto on hyvä. Leviämistä maasta toiseen ei enää voida jäljittää selkeästi ihmisten tartuntaketjua määrittämällä. Jatkoleviäminen on katsottava väistämättömäksi tapahtumaksi. Olen neuvotellut johtavien influenssa-asiantuntijoiden, virologien ja kansanterveysviranomaisten kanssa. Kansainvälisten terveyttä koskevien säädösten (International Health Regulations) käynnistämien proseduurien mukaisesti olen konsultoinut Poikkeustilakomiteaa (Emergency Committee) , joka on tätä tarkoitusta varten perustettu. Saatavilla olevan näytön ja niihin tutustuneitten asiantunijoitten en arvion perusteella on influenssapandemian tieteelliset kriteerit täyttyneet
Olen sen takia päättänyt kohottaa influenssapandemian hälytystasolta (5) pandemiatasoon (6). Nyt 11. kesäkuuta 2009 maailma on vuoden 2009 influenssapandemiansa alussa. (START).
Olemme nyt pandemian varhaispäivissä Virus leviää tiukan ja huolellisen kontrollin alaisena. EI KOSKAAN ole havaittu pandemiaa näin varhain eikä näin tarkasti seurattu juuri tapahtuvalla ajalla aivan varhaisista alkuhetkistä alkaen. Nyt maailmassa saadaan niittää pandemiavalmiuden etuja, joihin ollaan investoitu viime kuluneen viiden vuoden aikana. Meillä on etumatkaa. Tämä antaa meille vahvan aseman. Mutta samalla se haastaa meitä tietojemme ollessa rajallisia ja tieteellisen epävarmuuden vallitessa saamaan lisää neuvoja ja uusia vakuuksia
Hyvän monitoroinnin , perusteellisten tutkimusten ja eri maitten suoran raportoinnin ansiosta olemme saaneet muutamia varhaisia pikakäsityksiä viruksen leviämisestä ja sen mahdollisesti aiheuttamasta tautikirjosta.
Tiedämme myös , että varhaisen siellä täällä esiintyvän viruksen tavat voivat muuttua äkisti. Virus tekee säännöt ja tämäkin H1N1 kaikkien influenssavirusten tapaan voi muuttaa sääntöjään sen suuremmitta sävelittä milloin tahansa.
Globaalisti ottaen meillä on hyvät syymme uskoa tämän pandemian ainakin varhaispäivinään pysyttelevän asteeltaan kohtalaisen vakavana. Kokemuksesta tiedämme vakavuusasteen vaihtelevan maasta toiseen monista tekijöistä johtuen. Nykytietämyksen mukaan potilaitten valtaenemmistöllä on ollut lieviä oireita ja toipuminen on ollut nopeaa ja täydellistä usein ilman mitään lääkehoitoakin.
Kautta mailman on menehtyneitten luku ollut pieni. Joka ainoa näistä kuolemista on kuitenkin traaginen ja meidän on koottava voimia kohdatessamme niitä yhä lisää. Kuitenkaan emme odota mitään vaikeiden tai fataalien infektioiden äkillistä ja kohtalokasta lisääntymistä.
Tiedämme uuden H1N1 viruksen infektoivan nuorta väkeä. Miltei kaikilla laajemman ja pitkäaikaisemman purkauksen alueilla pääosa infektoituneesta väestöstä on ollut alle 25 vuotiaita.
Joissain maissa noin 2% infektoituneista on saanut vakavamman taudin, jossa esiintyy nopea paheneminen kohti henkeä uhkaavaa keuhkokuumetta.
Useimmat vaikeat tai fataalit infektiot ovat kohdanneet aikuisia, jotka ovat 30-50 vuoden ikäisiä.
Tällainen tautimalli on merkitsevästi kausiluontoisesta influenssaepidemiasta poikkeava, missä useimmat menehtymiset kohtaavat iäkästä väestöä.
Monesti, tosin ei jokaisessa tapauksessa, vakava sairastuminen on tapahtunut siinä väestössä, jolla on jokin krooninen perussairaus . Alustaviin rajallisiin tietoihin pohjautuen voidaan sanoa, että näihin sairauksiin kuuluu hengitysteiden taudit, varsinkin astma, sydän-ja verenkiertoelinten taudit, diabetes, autoimmuunit sairaudet ja ylipaino.
Samalla on tärkeä huomauttaa noin kolmasosan tai puolien vaikeaa ja fataalia infektiomuotoa sairastaneista olleen aiemmin terveitä nuoria ja keski-ikäisiä.
Sanomattakin on selvää, että raskaana olevien komplikaatioriski nousee. Tälläinen riskien lisääntyminen nostaa myös sellaisen viruksen merkitystä, mikä ensisijaisesti infektoi nuoria ikäluokkia.
Lopuksi vaikka ei mitenkään pienimpänä huolena on se, ettei tiedetä edeltä, miten virus käyttäytyy kehitysmaissa esiintyvissä olosuhteissa. Tällä hetkellä suurin osa tapauksista on havaittu ja tutkittu eri maista jokseenkin hyvien olosuhteiden vallitessa.
Sallinette minun painottaa kahta seikkaa näistä monista. Ensinnäkin 99 % kaikesta äitikuolleisuudesta ilmenee kehitysmaissa, mikä on merkitsijä kehnosta äitiyshuollosta ja synnytysten hoidosta. Toiseksi noin 85% kroonisten tautien rasituksesta keskittyy matalan ja keskitason tuloja omaaviin maihin.
Vaikkakin pandemialla vaikuttaa olevan vain kohtalainen vaikeusaste näissä suhteellisen hyvin toimeentulevissa maissa, on järkevää olettaa ankeampaa kuvaa viruksen levittyä niille alueille, missä resursseja on rajoitetusti, terveyspolitiikka kehnompaa ja kaikenlaista taustalla olevaa lääketieteellistä ongelmatiikka on riittämiin.
Herrat ja Rouvat,
Eräs pandemioille luonteenomainen piirre on niitten nopea leviäminen maailman kaikkiin osiin. Viime vuosisadalla tämä leviäminen tapasi viedä 6-9 kuukautta silloinkin, kun kaikki kansainvälinen liikenne käytti laivoja ja junia.
Maitten tulisi varustautua havaitsemaan influenssatapauksia tai tulisi valmistua niitten esiintymisiin lähiaikoina. Niiden maitten, joissa influenssa-aalto on jo huippunsa ohittanut, pitäisi valmistautua toisen infketioaallon tulemiseen.
Kaikkien maiden terveysministeriöihin on toimitettu ohjeita spesifisistä suoja- ja varmuustoimenpiteistä. Varuillaan oloa odotetaan niiltä mailta, joissa ei vielä ole influenssatapauksia tai ehkä vain jokin harva tapaus.
Laaja-alaisia tartuntoja esiintyessä valtioitten pitäisi keskittyä potilaittensa asianmukaiseen hoitoon. Potilaiden testaamisia ja tutkimisia pitäisi prioritoida intensiiviresursseiksi välttäen joutumatta resurssipulaan kapasiteettien nopeasti revähdettyä.
WHO on keskustellut tiiviisti influenssarokotteen valmistajien kanssa. Ymmärtääkseni kausiluontoisen influenssan rokotteen tuotanto alkaa olla kohta jo tehty valmiiksi ja täydellä kapasiteetilla voidaan sitten varmistaa suurin mahdollinen pandemisen rokotteen toimitus tulevina kuukausina.
Rokotteiden saatavuuden ohella on myös useita ei –lääkkeellisiä interventioita ,jotka voivat suoda jotain suojaa virusta vastaan.
WHO ei edelleenkään aseta matkustamisille mitään rajoitussuosituksia eikä rajojen sulkemisia.
Influenssapandemiat olivat ne sitten kohtalaisia tai vakavia ovat merkittäviä tapahtumia, koska koko ihmiskuntaon miltei maailmanlaajuisesti infektioaltista.
Olemme kaikki samassa veneessä ja yhdessä tulemme tästä selviämäänkin.
Kiitos."
Prenumerera på:
Inlägg (Atom)