Nukleokapsidiproteiini NP ja Geeni 5.

NUKLEOKAPSIDIPROTEINI Geeni 5 tuote.
Norjalaisen viruksen NP netistä. Vertaan Meksikossa ilmenneesseen keväiseen virukseen.


/organism="Influenza A virus (A/Norway/3206-3/2009(H1N1))"
/strain="A/Norway/3206-3/2009(H1N1)"
/serotype="H1N1"
/isolation_source="gender:M; age:adult; post mortem lung
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/269978856
/country="Norway: Oslo"
/collection_date="01-Sep-2009"
Protein 1..498
/product="nucleocapsid protein"
/gene="NP"
/coded_by="CY052020.1:18..1514"
ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetdgerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrri dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds

ALLA: (A/California/04/2009(H1N1)
/collection_date="01-Apr-2009"
Protein 1..498

ORIGIN
1 masqgtkrsy eqmetggerq dateirasvg rmiggigrfy iqmctelkls dydgrliqns
61 itiermvlsa fderrnkyle ehpsagkdpk ktggpiyrrv dgkwmrelil ydkeeirrvw
121 rqanngedat aglthimiwh snlndatyqr tralvrtgmd prmcslmqgs tlprrsgaag
181 aavkgvgtia melirmikrg indrnfwrge ngrrtrvaye rmcnilkgkf qtaaqrammd
241 qvresrnpgn aeiedlifla rsalilrgsv ahksclpacv yglavasghd feregyslvg
301 idpfkllqns qvvslmrpne npahksqlvw machsaafed lrvssfirgk kviprgklst
361 rgvqiasnen vetmdsntle lrsrywairt rsggntnqqk asagqisvqp tfsvqrnlpf
421 eratvmaafs gnnegrtsdm rtevirmmes akpedlsfqg rgvfelsdek atnpivpsfd
481 msnegsyffg dnaeeyds

KOMMENTINI:
Löydän vain kaksi aminohappomuutosta näiden kesken. .
Kalifornian G16 ja V200 on norjalaisessa D ja i(isoleusiini)
G 16 D ja V 100 (I).
Siis nukleokapsidiproteiini NP vaikuttaa olevan aika stabiili.

Koskeeko muutos NLS1 tai NLS2 kohtaa, jotka määräävät tumaan pääsynopeuden?

NLS1 kohdassa on tärkeä R8, arginiini asemassa 8. Sekä norjalaisessa että keväisessä viruksessa on 8Arg.

Mitä NLS2 kohtaan tulee: Aminohappo 214 on ehkä NP:ssa eräs kaikkein tärkein aminohappotähde . A, B ja C-influenssavirusten NP proteiineissa on kaikissa siinä joko R(arginiini) tai K(lysiini).
Norjalaisessa ja kevään kalifornialaisessa AH1N1 viruksessa on NP-proteiinissa R214 molemmilla viruksilla, joten tumaanpääsy lie hyvä.

NLS2 lienee haettava 198-216 jaksolta.krg indrnfwrge ngrrtr, tämä on molemmissa sama.