Leta i den här bloggen
Visar inlägg med etikett TBEV. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett TBEV. Visa alla inlägg

söndag 13 november 2016

FLAVIVIRUSTAXONOMIAA

https://flavivirus.wordpress.com/taxonomy-2/
Otan tähän sitaatin koko tunnetusta  ryhmästä ja katson missä siellä piilee nykyään  leviävä ZIKA-virus.

Flavivirus

o Aroa virus
Bussuquara virus
Iguape virus
Naranjal virus
o Dengue virus group
o Dengue virus
Dengue virus 1
Dengue virus 2
Dengue virus 3
Dengue virus 4
o Japanese encephalitis virus group
o Japanese encephalitis virus
Japanese encephalitis virus strain JAOARS982
Japanese encephalitis virus strain Nakayama
Japanese encephalitis virus strain SA(V)
Japanese encephalitis virus strain SA-14
Koutango virus
o Murray Valley encephalitis virus
Alfuy virus
Murray valley encephalitis virus (strain MVE-1-51)
o St. Louis encephalitis virus
St. Louis encephalitis virus (strain MS1-7)
Usutu virus
o West Nile virus
Kunjin virus
West Nile virus crow/New York/3356/2000
West Nile virus H442
West Nile virus SA381/00
West Nile virus SA93/01
West Nile virus SPU116/89
West Nile virus strain 385-99
West Nile virus strain PT5.2
West Nile virus strain PT6.16
West Nile virus strain PT6.39
West Nile virus strain PT6.5
West Nile virus strain PTRoxo
o Kokobera virus group
o Kokobera virus
New Mapoon virus
Stratford virus
o unclassified Kokobera virus group
CY1014 virus
o Modoc virus group
Cowbone Ridge virus
Jutiapa virus
Modoc virus
Sal Vieja virus
San Perlita virus
o mosquito-borne viruses
o Ilheus virus
Rocio virus
Sepik virus
o Ntaya virus group
Bagaza virus
Israel turkey meningoencephalomyelitis virus
Ntaya virus
o Tembusu virus
Sitiawan virus
Yokose virus
o Rio Bravo virus group
Apoi virus
Bukalasa bat virus
Carey Island virus
Dakar bat virus
Entebbe bat virus
Rio Bravo virus
o Saboya virus
Potiskum virus
o Seaborne tick-borne virus group
Meaban virus
Saumarez Reef virus
Tyuleniy virus
o Spondweni virus group
o Zika virus
Spondweni virus
o Tick-borne encephalitis virus TBEV- group
o Kyasanur forest disease virus
Alkhurma hemorrhagic fever virus
o Langat virus
Langat virus (strain TP21)
Langat virus (strain Yelantsev)
o Louping ill virus
Louping ill virus (strain 31)
Louping ill virus (strain K)
Louping ill virus (strain Negishi 3248/49/P10)
Louping ill virus (strain Norway)
Louping ill virus (strain SB 526)
Omsk hemorrhagic fever virus
Phnom Penh bat virus
o Powassan virus
Deer tick virus
Tick-borne powassan virus (strain lb)
o Royal Farm virus
Karshi virus
o Tick-borne encephalitis virus TBEV
Kumlinge virus
Negishi virus
Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)
Tick-borne encephalitis virus (STRAIN SOFJIN)
Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE)
Turkish sheep encephalitis virus
Yaounde virus
o Yellow fever virus group
Banzi virus
Bouboui virus
Edge Hill virus
Uganda S virus
Wesselsbron virus
o Yellow fever virus
Yellow fever virus 17D
Yellow fever virus 1899/81
Yellow fever virus isolate Angola/14FA/1971
Yellow fever virus isolate Ethiopia/Couma/1961
Yellow fever virus isolate Ivory Coast/1999
Yellow fever virus isolate Ivory Coast/85-82H/1982
Yellow fever virus isolate Uganda/A7094A4/1948
Yellow fever virus strain French neurotropic vaccine
Yellow fever virus strain Ghana/Asibi/1927
Yellow fever virus Trinidad/79A/1979
o unclassified Flavivirus
Aedes flavivirus
Batu Cave virus
Cacipacore virus
Calbertado virus
Cell fusing agent virus
Chaoyang virus
Chimeric Tick-borne encephalitis virus/Dengue virus 4
Culex flavivirus
Culex theileri flavivirus PoMoFlav_A131
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A103
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A126
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A128
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A136
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A153
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A155
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A163
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A91
Culicinae flavivirus PoMoFlav_A95
Flavivirus Aedes/MO-Ac/ITA/2009
Flavivirus Anopheles/PV-Am/ITA/2009
Flavivirus CbaAr4001
Flavivirus FSME
Gadgets Gully virus
Greek goat encephalitis virus
Jugra virus
Kadam virus
Kamiti River virus
Kedougou virus
Montana myotis leukoencephalitis virus
Mosquito flavivirus
Ngoye virus
Nounane virus
Phlebotomus flavivirus Alg_F19
Phlebotomus flavivirus Alg_F8
Quang Binh virus
Russian Spring-Summer encephalitis virus
Sokoluk virus
Spanish sheep encephalitis virus
T’Ho virus
Tai forest virus B31
Tamana bat virus
Tick-borne flavivirus
Wang Thong virus
Flavivirus sp.
Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW (2009).
   GenBank. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D26-31.
   Epub 2008 Oct 21.

Navigation

Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , , , , , , ,

lördag 16 maj 2009

TBEV, Flavivirus, punkkienkefaliittivirus

Tri Golojova Irina(2006) kirjoittaa väitöskirjansa osaksi TBEV, punkkienkefaliittiviruksesta, joka on flavivirus.

Vuonna 2006 julkaistiin tämä väitöskirja, jossa kahta Eestissä esiintyvää virusta tutkittiin. Toinen on jyrsijävälitteinen ja toinen punkkivälitteinen tauti, vaikka sekin käyttää esim. jyrsijää kiertokulussaan.
LÄHDE: Golovljova Irina Viral zoonoses in Estonia.
(1)  Hantaviruses and (2)  tick-borne encephalitis virus identification, prevalence, serology and genetic relationship. Karolinska Institutet 2006. ISBN: 91-7140-664-6

Otan tähän ensin punkkienkefaliitin TBEV, joka on joka kesän uhka täällä Pohjoismaissa ulkona liikkujille.
TBEV punkkienkefaliittivirus (tick borne encephalitis virus) on jyrsijöistä riippuva omalla tavallaan?

VIRUS: TBEV saa nimensä englantilaisista sanoista tick borne, punkkisyntyinen.

VEKTORI: Punkki taas kuuluu hyönteisiin Arthropoda, joten se on myös ARBOvirus ,”arthropod-borne virus”, hyönteissyntyinen, ja välittyy ihmiseen kroonisesti infektoituneesta hyönteisestä, tässä: punkista.

TAUTI: Punkkiperäinen aivotulehdus (TBE), punkkienkefaliitti, jota TBEV (TBE virus) aiheuttaa, on selkeästi tunnistettavissa oleva vakava terveysongelma Eestissäkin. 1990-luvun alussa kuolleisuus tähän punkkienkefaliittiin nousi Eestissä jatkuvasti, varsinkin vuonna 1997 ja pysyttelee vielä nykyään eräänä korkeimmista koko Euroopassa. Ennen tätä väitöskirjaa tiedettiin vain hyvin vähän siitä, millä tavalla punkkienkefaliittivirus suorittaa kiertokulkunsa Eestissä ja miksi kuolleisuus juuri Eestissä on niin korkea. Sen takia tämän väitöskirjan toisena tarkoituksena oli eristää ja analysoida eestiläisiä TBEV kantoja.

VIRUKSEN ALATYYPIT: Tutkimustulokset osoittivat, että kaikkia tunnettuja alatyyppejä siis kolmea TBEV alatyyppiä esiintyy Eestissä sikerminä.

W-TBEV, Western TBEV, läntinen punkkienkefaliittivirus

S-TBEV, Siperian TBEV, siperialainen punkkienkefaliittivirus

FE-TBEV, FarEastern TBEV , Kauko-Idän punkkienkefaliittivirus

Fylogeneettisessä analyysissä havaittiin S-T13EV ja W-T13EV alatyyppien sikermiä (cluster) ja ne ovat myös kantoja, joita esiintyy Latviassa ja Liettuassa. Tämä osoittaa, että TBEV-variantit muodostavat geografisia sikermiä.

S-TBEV alatyypeissä näyttivät balttialaiset kannat muodostavan omaa linjaansa.Tämä uusi linja on taas erotettavissa selvästi Siperian ja Kauko-Idän punkkienkefaliittivirukset käsittävästä lnjasta. Tutkijat pystyivät myös havaitsemaan erään aivan tyypillisen merkitsijäkohdan näissä balttilaisissa S-T13EV kannoissa ja se oli E-proteiinisekvenssin asemassa 175 oleva aminohappo.

Sitä vastoin alatyypeissä FE-T13EV balttilaiset kannat Eestistä ja Latviasta eivät ryhmity yhteen em paikallisten kantojen kanssa, vaan niillä on lähin yhteinen alkulähde sama kuin kauko-Idän ja Uralin kannoilla.

LÄHDE: Characterization of tick-borne encephalitis virus from Estonia. Golovljova I, Vene S, Sjolander KB, Vasilenko V, Plyusnin A, Lundkvist AJ Med Virol, 2004; 74(4): 580-8

  • Mitä PubMed lähteestä löytää?
Näyttää olevan väliaikatietoa TBE rokotteen tehosta punkkienkefaliittiin

  • LÄHDE: Sumilo D, Asokliene L, Avsic-Zupanc T, Bormane A, Vasilenko V, Lucenko I, Golovljova I, Randolph SE. Behavioural responses to perceived risk of tick-borne encephalitis: vaccination and avoidance in the Baltics and Slovenia. Vaccine. 2008 May 19;26(21):2580-8. Epub 2008 Apr 3.Oxford, UK.

Punkkienkefaliitti lisääntyi huomattavasti Baltiassa ja Sloveniassa 1990 luvun alussa, mutta sitten väheni paikoitellen.TBE-insidenssin ja rokotteen suhteen tehtiin analyysejä 1970-2005 ja täsmärokoteohjelmaa suositeltiin
Uusi kuvaus TBE:stä (PubMed)ja yhteenveto

  • LÄHDE: Lindquist L, Vapalahti O.Tick-borne encephalitis. Lancet. 2008 May 31;371(9627):1861-71.Department of Medicine and Clinic for Infectious Diseases, Karolinska Institute

TBEV ( Tick borne encephalitis virus) on flavivirus, jota Ixodes spp. punkit ( ticks) välittävät laajalti Länsi-Euroopasta aina Japanin itä rajoille asti. TBEV aiheuttaa akuuttia meningoenkefaliittia, johon voi liittyy myeliitti. Sairastumisen kuva riippuu iästä ja sairastuvuus on suurin aikuisilla, joista puolet kehittää enkefaliitin (aivotulehduksen). Kolmasosa potilaista saa pitkäaikaiset jälkiseuraamukset (sequelae) ja niihin liittyy usein kognitiivinen dysfunktio (cognitive dysfunction) ja huomattava elämänlaadun alenema ( impairment of Quality of Life, QoL). Tautia puhkeaa siellä täällä paikoittaisissa endeemisissä eurooppalaisissa alueissa, missä ilmasto ja ekologiset olosuhteet sopivat viruksen kiertokululle. Ilmaston muutos ja nykyaikaiset vapaa-ajanviettotavat altistavat yhä useampia ihmisiä punkinpuremille ja tästä johtuukin taudintapausten lisääntymä, vaikka on tehokkaita rokotteita olemassa. Serologinen diagnoosi on tavallisesti suoraan varmentava. Taudille ei ole mitään spesifistä hoitoa ja pääasiallinen estohoito on immunisaatio ( rokottaminen).
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , ,
Prenumerera på: Inlägg (Atom)