Leta i den här bloggen
Visar inlägg med etikett Anellovirus. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett Anellovirus. Visa alla inlägg

söndag 22 december 2013

ANELLOVIRUS , Torque teno-virusta löytyy kontaminoidusta juomavedestä

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23412718
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: ,

Selvittelynalainen virus ANELLOVIRUS

otin  tämän kirjan sen takia lainaan joululoman ajaksi, koska  en tiedä tästä aiheesta yhtään mitään.
TT Viruses-The Still Elusive Human Pathogens  on kirjan nimi. Tämä kuuluu Springerin sarjaan Current Topics in Microbiologys and Immunology. ISBN 978-3-540-70971-8.

 Katsauksen toimittajat ovat Ethel-Michele de Villiers, Harald zur Hausen Editors.  Kirja on julkaistu 2009.

 Fylogeneettistä ja taksonomista  pohdintaa: Aiemmin ja nykyään. Miten ANELLOVIRUS suku luotiin?

TT-viruksia luonnehdittiin ensimmäisen kerran  1997. Tämän ryhmän virusten määrä alkoi sitten paisua tutkimusten myötä kymmenessä vuodessa, niin että Geenipankissa oli  huhtikuuhun 2008 mennessä jo  yli 200 täydellistä sekvenssiä identifioituna ihmisistä ja useista Nämä kaikki olivat  viruksia joilla oli rengasmuotoinen DNA-genomi.  eläinlajeista.

Sellaisia syklisen ssDNA:n omaavia viruksia  on luonnehdittu monista ( ei- ihmis-)  isännistä, eläimistä, kasveista, bakteereista jo kauan ennenkuin löytyi inäitä anelloviruksia.ESIM:

  •  Virukset jotka infektoivat bakteereita  ryhmitetään kahteen virusperheeseen: 
INOVIRIDAE ( Suku Inovirus ja suku Plectrovirus)
ja MICROVIRIDAE ( suvut Bdellomicrovirus, Chlamydiamicrovirus, Microvirus ja Spiromicrovirus) (2005)
Inovirukiksilla ja microviruksilla on monopartiitti genomi.
  • Virukset jotka infektoivat kasveja 
GEMINIVIRIDAE (neljä sukua: Genera  Begomovirus, Curtovirus, Mastrevirus, Topocuvirus
Näillä  on monopartiitti tai bipartiitti genomi ja ambisense organisaatio).
NANOVIRIDAE (kaksi sukua:  Genera Babuvirus, Nanovirus)
(Näillä on genomissa 6- 10 osaa ja se esiintyy unisense organisaatiossa).
  • CIRCOVIRIDAE perheen jäsenet infektoivat  eläimiä kuten lintuja tai sikalajeja ja ne jaetaan taksonomisesti kahteen sukuun.
Genus Circovirus:  Tähän kuuluu esim sian circovirus , porcine circovirus 1, PCV-1.
Genus  Gyrovirus , kuten  kananpojan anemiavirus, Chicken anaemia virus CAV (2005).


  • Genus  ANELLOVIRUS

Jo varhain kun oli löydetty näitä anelloviruksia, havaittiin niiden  biofysikaalinen ja molekulaarinen  eroavuus muista yllämainituista ryhmistä  ja näin  alettiin  luoda niille omaa perhettä. Mutta koska niitä vielä oli suhteellisen rajoitetusti, luotiin  yksinäinen Genus, suku Anellovirus, joka oli  tarkemmin luokittelematon edelleen. Tämä tapahtui  vuonna 2001.
Anello sana otettiin latinasta ja se tarkoitaa rengasta. Täten se erottui musita  syklisen DNA:n omaavista  viruksista ( circoviridae) . Siihen aikaan tiedettiin olevan seuravat anelloviirukset: TTV ja TTMV.
TT virus, joka sai  nimensä potilastapauksesta  (ja sanoista transfusion transmitted) sai  nimen Torque teno virus (TTV) .  Torque  tulee myös latinasta ja tarkoitaa kaulaketjua ja teno tarkoittaa ohutta.  Tällä  kuvataan  sen DNA- genomin ohutta syklistä yksisäikeistä  hahmoa. 
 Vastaavasti  TT-viruksen kaltainen minivirus  sai nimen Torque teno mini virus (TTMV). 
Anellovirusisolaatteja  alettiin tästedes merkata  TTV:n kaltaisiksi tai TTMV:n kaltaisiksi isolaateiksi. 
Näin  saatiin  alkuun virusperheen  ANELLOVIRUSES  luokittelu. (2005)  Vaikkakin  pidettiin asianmukaisempana luoda  ensin  GENUS  ANELLOVIRUS, koska  muista TTV:n kaltaisista viruksista ei ollut vielä  koossa  tietoa  paljoakaan. Saatiin kuitenkin identifioitua   laaja-alaista  geneettistä diversiteettiä myös TTV:n TTMV:n ja eläimistä eristettyjen viruskantojen kesken. 

  • Mikä on  tilanne  2009?

  Anellovirusten diversiteetti on jatkuvassa evoluutiossa. 
Löydetään uusit TTV:n kaltaisia  muotoja. 
Looginen nimitys olisi nyt ANELLOVIRIDAE
ja siinä seuraavat 9- 10 sukua niemttynä tilapäisesti vaikka näin:
Alfatorquevirus
Beetatorquevirus
Gammatorquevirus
jne 
Tyyppilajeja tunnetaan yli 40.  Tarkempaa nimitystä luonnollisesti  koetetaan ajan myötä saada tehtyä. Näitä löytyy kyllä internetistä. Tärkeää on havaita, mikä merkitys kullakin  anelloviruksella on ihmiselle. Ja ylipäätänä onko tämä Anelloviridae- järjestelmä  jotakin ihmiskunnalle essentielliä, koska sitä on 90%.ssa aikuisista. Lapsi syntyessään ei tuo mukanaan  mitään äidiltä perittyä  anellovirusta, vaan niitä sitten alkaa ilmetä.
http://jid.oxfordjournals.org/content/early/2013/09/11/infdis.jit423.abstract




Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter:

Eräs Anellovirus, SEN- virus

 SEN- VIRUS.  "VERENSIIRTOVÄLITTEISEN VIRUKSEN"  EPIDEMIOLOGIAA JA LUONNEHDINTAA. Otan tämän erikseen, jota saa jonkinlaista käsitystä tällaisestakin  viraalista geneettisestä materiaalista.

Transfusion. 2005 Jul;45(7):1084-8. SEN virus: epidemiology and characteristics of a transfusion-transmitted virus.Akiba J, Umemura T, Alter HJ, Kojiro M, Tabor E. Author information

  • SEN- virus tarttuu verestä. . Se on vaipaton ja sillä on   yksisäikeinen DNA. Vaikka sen prevalenssi vaihtelee alueittain, niin sitä on havaittu  jopa 30%.lla leikkauksen jälkeisen  verensiirron  saaneista potilaista verrattaessa niihin potilaihin (3%)  jotka eivät  tarvinneet postoperatiivista verensiirtoa.

SEN virus (SEN-V) is a blood-borne, single-stranded, nonenveloped DNA virus. Although its prevalence varies by geographic region, it has been detected in as many as 30 percent of postoperative transfusion recipients, compared to 3 percent of postoperative patients who did not receive transfusions.
  •  Merkitsevää assosiaatiota on myös havaittu verensiirtovolyymin ja SEN-virusinfektion kesken. Tarttuminen verensiirron välityksellä on vahvistunut myös siitä havainnosta, että  verenluovuttajan ja veren siirron saajan  seerumien  SEN-virusten  keskeinen homologian aste  on 99%.
A significant association has been observed between transfusion volume and the occurrence of SEN-V infection. Transmission by transfusion also has been confirmed by the detection of greater than 99 percent homology between SEN-V in donor and recipient sera.
  •  On dokumentoitu myös kilpailevia infektioita    kuten SEN- viruksen, hepatiitti B-viruksen, hepatiitti C- viruksen ja  HIV- 1-virusten aiheuttamia infektioita.  Tällaiset havainnot viittaavat  näitten virusten kuten SEN- viruksenkin välittyvän  verensiirron kautta. 
 Concurrent infections with SEN-V and hepatitis B virus, hepatitis C virus, or human immunodeficiency virus type 1 have been documented, and these observations probably reflect the blood-borne transmission of these viruses as well as SEN-V. 
  • Vaikka SEN-virus alunperin löydettiinkin etsittäessä  syitä verensiirron jälkeiseen  hepatiittiin , ei ole kuitenkaan mitään näyttöä siitä, että SEN-virus aiheuttaisi hepatiittia tai pahentaisi samanaikaisen maksasairauden kulkua. Siitä huolimatta SEN- virus näyttää välittyvän verensiirrossa ja  sen tulevaisesta roolista tarvitaan  tutkimuksilla saatavaa lisävalaistusta.
Although SEN-V was discovered as part of a search for causes of posttransfusion hepatitis, there is no firm evidence so far that SEN-V infection either causes hepatitis or worsens the course of coexistent liver disease. Nevertheless, SEN-V appears to be transmitted by transfusion, and further studies may reveal more about its role in the future.

KOMMENTTI: Katsokaapa Anellovirusten tarkkaa systeemiä, jonne tämä SEN- virus sijoittuu. :http://eol.org/pages/11605601/names



NCBI Taxonomy
view in classification 		Species
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , , ,

CIRCOVIRIDAE, Vuoden 2013 tietoa systematiikasta . Huomaa TTV ja TTMV sijoitus Anellovirus-sukuun.

http://de.wikipedia.org/wiki/Circoviridae
Wikipedian saksalainen versio  esittää taxonomista nykysysteemiä  laajemmin.
vorläufige Spezies innerhalb der Gattung:
nicht-klassifiziert innerhalb der Familie:
vorläufige Spezies innerhalb der Gattung:
Literatur
  • C.M. Fauquet, M.A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2004
  • David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (eds.): Fields´ Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001
Weblinks
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , , ,
Prenumerera på: Inlägg (Atom)