Nyt tulee vaikea ja sekava artikkeli.

Compare H5N1 and Pandemic H1N1 PB2 aminoacids

November 25, 2009

Tässä vertailen vanhaa A H5N1 lintuinfuenssan PB2 aminohapposekvenssiä nykynorjalaiseen ihmisten pandemisen viruksen PB2 proteiinin aminohappojärjestykseen. Erot ovat hyvin suuria. (PubMed lähde)

source          1..759
                  /organism="Influenza A virus
                  (A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1))"
                  /strain="A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)"
                  /db_xref="taxon:93838"
                  /segment="segment 1"
  Protein         1..759
                  /product="polymerase"
                  /calculated_mol_wt=85842
  Region          1..759
                  /region_name="Flu_PB2"
                  /note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2;
                  pfam00604"
                  /db_xref="CDD:109652"
ORIGIN      LINTUUN tarttunut  H5N1
     1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamKypitad
    61 krimemiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
   121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdInpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
   181 sqlTitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtSsvyie vlhltqgtcw
   241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Tvsadplasl lemchstqig gIrmvdilrq
   301 npteeqavdi ckaaMglris ssfsfggftf krtNgssvkK eeevltgnlq tlkiKvhegy
   361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
   421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iePidnvmgm igilpdmtps AemslrgVrv
   481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqQgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
   541 gpesvlvnty qwiirnweTv kiqwsqdptm lynkmefeSf qslvpkaArs Qysgfvrtlf
      601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappePsr mqfssltvnv rgsgMrilvr gnspvfnynk
   661 atkrltvlgk dagaltedpd egtAgvesav lrgflilgRe dkrygpalsi nelsnlakge
  721 kanvliMqgd vvlvmkrkrd Fsiltdsqta tkrirmain

NORJALAINEN ( em artikkelissa mainitun viruksen PB2 aminohapot)

ORIGIN      IHMISEEN tarttunut pandeminen virus H1N1
        1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamRypitad
    61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
   121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdTnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
   181 sqlAitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtGsvyie vlhltqgtcw
   241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Avsadplasl lemchstqig gVrmvdilrq
 301 npteeqavdi ckaaIglris ssfsfggftf krtSgssvkN eeevltgnlq tlkiRvhegy
   361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
   421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg ieSidnvmgm igilpdmtps TemslrgIrv
  481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqRgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
   541 gpesvlvnty qwiirnweIv kiqwsqdptm lynkmefePf qslvpkaTrs Rysgfvrtlf
   601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeQsr mqfssltvnv rgsgLrilvr gnspvfnynk
   661 atkrltvlgk dagaltedpd egtSgvesav lrgflilgKe dkrygpalsi nelsnlakge
   721 kanvliGqgd vvlvmkrkrd Ssiltdsqta tkrirmain

Kovin paljon on eroja lintuinfluenssan H5N1 PB2 ja ihmisiin tuleen pandemisen H1N1 PB2 proteiinin aminohappojärjestyksen kesken. Havaitsen näin yhden kerran katsomalla , että

linnusta ihmisen influenssavirukseen on tapahtunut seuraavat mutaatioaskeleet norjalaiseen virukseen nähden:

K54R, (I) isoleusiini147 T, S125G, T271A, (I)isoleusiini292V,

M 315 isoleusiini(I), N 334S, K340N, K355R, P453S, A471T, V477(I),

Q508R, T534X , T559(I), S579P, A588T, Q591R, P628 Q, M655 L,

A684 S, R699 K, M727 G, F741 S.

627 on molemmissa jo E. joten tämä kuvattu lintuvirus on sen osalta jo lajirajan ylittävässä muodossaan.

Aika paljon eroja on kuitenkin tuon vanhan lintuviruksen AH5 N1 ja ihmisissä liikkuvan pandemisen sikainfluenssan kesken.

http://labvirus.wordpress.com/2009/09/05/co-transmission-of-h5n1-with-pandemic-h1n1-in-egypt/