Tarkemmin PB2 polymeraasialayksikön rakenteesta

PB2 polymerase subunit. Aminoacid sequences. November 25, 2009
Vertaan nyt NORJASSA olevaa virusta ja keväällä HOUSTONISSA ollutta pandemista virusta H1N1(2009). Löydän 2 eroavaisuutta niiden PB2-proteiinin kesken.

Influenza A virus (A/Norway/3364-2/2009(H1N1))”
Protein 1..>759
/product="polymerase PB2"
CDS 1..759
/gene="PB2"
/coded_by="CY051995.1:12..>2289"
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkN eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain

Vertaan tätä johonkin varhaiseen amerikkalaiseen Houstonin virukseen.
Influenza A virus (A/Houston/1OS/2009(H1N1))"
13-May-2009"
Protein 1..759
/product="polymerase PB2"
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkK eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain

Kommenttini:

NORJALAINEN on myöhempi, joten asetan sen aminohapon paikanumeron jälkeen ja Houstonin viruksen aminohapon eteen.
K340N, T524X

Houstonin lysiini (K) 340 on norjalaisessa asparagiini (N).
Norjalaisessa on merkintä X, mikä tarkoitaa että siinä kohtaa voi olla ”mikä tahansa aminohappo”. Houstonilaisessa toukokuussa oli threoniini (T) asemassa 524.

LISÄNÄ VANHEMPI HAVAINTO:

REASSORTEMENT, uudelleen järjstäytyminen on havaittu yleisesti tapahtuvan PB2-proteiinin aminohapossa 627 ja sen on havaittu olevan tärkeä determinantti heterospesifisten kompleksien replikaation tehokkuudessa.

E627 on jo näissä molemmissa pandemisisisa H1N1 viruksissa ( Houston ja Norja)

Aiemmin lintuviruksessa oli lysiini(K) ja nyt näyttää sikainfluensaviruksessa olevan glutamiinihappo(E). Siis K627E on tapahtunut aikanaan ja samalla lajirajan ylitys on virukselle helpottunut nykyiseen tilanteeseen.

Lähteenä ovat PubMed uutisten virus sekvenssit.

Keskiviikko, 25. marraskuuta 2009