Omicronvariantti BA.1.1. (B.1.1.529.1.1) ja (+)R346K-substituution esiintymän runsautta

BA.1.1, (B.1.1.529.1.1),  Tämä on  BA.1 alalinja.

Tämä variantti on omikron BA.1-viruksen alalinjaa BA.1.1  ja erot BA.1:n kanssa ovat pieniä. En löydä  kuin muutamia aminohappoeroja.  Tästä variantista  katsotaan ensimmäiset  juuret löytyneiksi  jo marraskuussa 2020, mutta  käyrä on  matanut aivan näkymättömiä  pohjalukemia viime aikoihin asti, jolloin  variantti rehahti niin, että siitä on  saatu katsottua  223 324 sekvenssiä.  Tämänkin  käyrä nousi terävänä piikkinä, mutta on jo  kääntänyt  huippunsa  nousun yhtä terävään laskusuuntaan, Korkeimmillaan huippu on käväissyt yli 30 prosentissa  kumulatiivisen prevalenssin kartoilla.  Tuohon  sekvenssijoukkoon laskettu viimeinen näyte on päivältä 27.1. 2022.

Orf1a ja Orf1b substituutiot ja deletiot: Vaikuttavat  samanlaiselta  kokoomukselta kuin BA.1:ssä.

R, deletio, I, T, I, H, deletio,V_L V. (motiivi)

Myös  muiden struktuuriproteiinien (E, M, ORF8, N)  substituutio ja  deletioprofiili  vaikuttaa samanlaisestla kuin BA.1:llä.

I; GET; L; L del; KR (motiivi)  joten  en tässä toista sitä. Jos havaitsen myöhemmin eroja BA.1:n  näihin orf-muutoksiin, niin korjaan sitten tiedon. 

Spike (S)  proteiinin aminohapot:  

 

S-proteiinin (OrF2)  substituutio-ja deletioprofiili näyttää tällaiselta aminohappojen kasvavassa numerojärjestyksessä:

 

V, deletio (-H,-V) , I, D,deletio (-V,-Y,-Y), I, deletio (-L) ,(ins.+EPE), 

D,  K L, P, F,

N,K,S,

N,K, A,R,S,R,

Y, H, K,

G,Y,K,H,  (Furiinipilkkoutumiskohta tässä lähistöllä)

K,Y,

H, K.

F.

 

Vastaavat substituutiot yksityiskohtqaisesti:

A67V, (-H69,-V70), T95I,

 G142D,  (-V143,-Y144,-Y145), 

N211I, (-L212), ( insertio +EPE215),

G339D,  (+)R346K  ( 98,1%:ssa), S371L,  S373P, S375F,

K417N (60,1%:sa),N440K 64,8 5:ssa) , G446S (65,9 %:ssa) 

S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S (87,6%:ssa) , Q498R, 

N501Y, Y505H, T547K,

D614G, H655Y, N679K, P681H,

N764K, D796Y,

 Q954H, N969K.

 L981F (98%:ssa)

 Muistiin  31.1.2022. Näyttää siltä että näihin kokoomuksiin voi tulla  lisämutoksia ja lisää voi tulla alalinjojakin esiin.

12.2. 2022 asetan lisää ne substituutiot, joiden  frekvenssi on yli  50%:sta  näytteistä.  Esimerkiksi on  mutaatio R346K ilmoitettu VOC-virusluettlossa seurattaviin  Omicron (+) R346K  mutaatioihin.  Varsinaisessa omicron variantissa BA.1  sen esiintyvyys on alle 0,5% ja tapauksina  alle 3000, sillä  BA.1 varianttia on esiintynyt näiohin aikoihin  yli 655,000, kun taas  BA.1.1 varianttia on  jonkin verran yli 300 000. , joten  + varianttia on runsaasti, Sen kliinistä merkitystä on jo ehditty  tutkia Syyrian hamsterissa ja todettu, että sitä sisältävistä viruksista tulee tulehdusta  alempiin hengitysteihin, joten  arvio on että variantista tulee hankaluuksia.