Alalinjojen tavattoman moninaisten haaroittumien runsaus on otettu huomioon ja koetetaan välttää turhaa monitorointia . Koetetaan selvittää, mitkä mutaatiot ovat niin merkitseviä, että niiden monitorointi on aiheellista. Esimerkeiksi on annettu mm. BF.7, BQ.1 ja BQ.1.1 linjat, jotka on kyllä määritelty (designated), mutta niihin ei erityistä sen jälkeen ole ilmentynyt (assignated- kolumniin), sen sijaan on ilmentynyt GITHUB-tietueisiin niiden alalinjoja moninaisin , yksittäisen tai useamman aminohapposusbtituution kera,vanhan tai uuden ilmenemän , jotka taas saattavat olla merkityksellisiä ihmisen terveyden kannalta. Nämä substituutiot , tärkeiksi arvioidut, on seulottu taulukkoon.
Varsinaisessa VOC- taulukossa ei ole nähdäkseni muutosta.
Koska variantteja ilmenee erittäin paljon, on syytä tällainen monitoroinnin optimoiminen laboratorioiden resursseja ajatellen.
Siteeraan ensiksi VOC-taulukon. Kuten näkyy, on "Omikronin aika" edelleen. Alla on valitut monitorointisuositukset VUM-taulukossa. Monitorointi on sikälikin tärkeää, että jokin variantti saattaa muutta omikronille definioidun mutaation toiseksi, jolloin pitää pohtia, onko se vielä omikron vai ei. Pitää voida määrittää miten pitkälle omikron on laadullisesti omikron ja siksi monitorointi on periaatteessa tarpeellinen, vaikka se vaatii valtavasti resursseja mielestäni. Eikä pandemiaa vielä ole julistettu ohittuneeksi, vaikka sen aallot toistaiseksi näyttävät muistuttavan ruohokentän kasvua enemmän kuin alppimaisemaa.
- VOC-taulukko
Currently circulating variants of concern (VOCs):
WHO label | Pango lineage• | GISAID clade | Nextstrain clade | Additional amino acid changes monitored° | Earliest documented samples | Date of designation |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Omicron* | B.1.1.529 | GR/484A | 21K, 21L, 21M, 22A, 22B, 22C, 22D
| +S:R346K +S:L452X +S:F486V | Multiple countries, Nov-2021 | VUM: 24-Nov-2021 VOC: 26-Nov-2021 |
* Includes BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5 and descendent lineages. It also includes BA.1/BA.2 circulating recombinant forms such as XE. WHO emphasizes that these descendant lineages should be monitored as distinct lineages by public health authorities and comparative assessments of their virus characteristics should be undertaken.The full list of Pango lineages can be found here: https://cov-lineages.org/lineage_list.html; for FAQ, visit: https://www.pango.network/faqs/° Only found in a subset of sequences.
- VUM-taulukko:
Omicron subVariants Under Monitoring (as of 12 October 2022)
| Pango lineage# (+ mutation) | GISAID clade | Nextstrain clade | Relationship to circulating VOC lineages | Spike genetic features | Earliest documented samples |
|---|---|---|---|---|---|
| BA.5** (+R346X or +K444X or +V445X or +N450D or +N460X) | GRA | 22B | BA.5 sublineages (e.g. BF.7, BF.14, BQ.1) | BA.5 + one or more of these mutations: S:R346X, S:K444X, S:V445X , S:N450D or S:N460X | 07-02-2022 |
BA.2.75*** | GRA | 22D | BA.2 sublineage | BA.2.75: BA.2 + S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, S:Q493R reversion BA.2.75.2: BA.2.75 + S:R346T, S:F486S, S:D1199N | 31-12-2021 |
| BJ.1**** | GRA | 21L | BA.2 sublineage (B.1.1.529.2.10.1.1) | BA.2+S:V83A, S:Y144-, S:H146Q, S:Q183E, S:V213E, S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S:V483A, S:F490V, S:G798D, S:S1003I | 06-09-2021 |
| BA.4.6 | GRA | 22A | BA.4 sublineage | BA.4+S:R346T, S:N658S | 20-07-2020 |
| XBB$ | recombinant | Recombinant of BA.2.10.1 and BA.2.75 sublineages, i.e. BJ1 and BM.1.1.1, with a breakpoint in S1 | BA.2+ S:V83A, S:Y144-, S:H146Q, S:Q183E, S:V213E, S:G252V, S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S:N460K, S:F486S, S:F490S | 13-08-2022 | |
| BA.2.3.20§ | GRA | 21L | BA.2 sublineage | BA.2+ S:M153T, S:N164K, S:H245N, S:G257D, S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K, S:E484R | 15-08-2 |
* these subvariants are tracked under Omicron unless/until sufficient evidence arises that the virus characteristics are substantially different from what is known about the VOC they belong to. If this evidence arises, WHO will decide, in consultation with the TAG-VE, if designation of the emerging variant warrants a separate WHO label.
# includes descendent lineages
** additional mutations outside of the spike protein: N:G30-, N:S33F, N:E136D, ORF1a:Q556K, ORF1a:L3829F, ORF1b:Y264H, ORF1b:M1156I, ORF9b:P10F, ORF9b:D16G, ORF9b:M26-, ORF9b:A29I, ORF9b:V30L.
*** additional mutation outside the spike protein: ORF1a:S1221L, ORF1a:P1640S, ORF1a:N4060S; ORF1b:G662S; E:T11A
**** additional mutations outside of the spike protein: Mutations: M:D3Y, N:T282I, ORF1a:K47R, ORF1b:G662S, ORF1b:S959P, ORF7a:I110T
$ additional mutations outside of the spike protein: E:T11A, ORF1a:K47R, ORF1b:G662S, ORF1b:S959P, ORF8:G8*
§ additional mutations outside of the spike protein: ORF1a:T727I, ORF1a:I1714T, ORF1a:M2169V, ORF1a:T2174I, ORF1a:T2648I, ORF1a:A2909V, ORF1a:Q3922R, ORF1b:T1404M, ORF3a:L140F, ORF9b:D89E
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar