COVID-19 nsp7(3860-3942), 83 aminohappoa ( yhden aminohapon ero entiseen SARSiin)

  mat_peptide     3860..3942
                     /product="nsp7"
                     /note="produced by both pp1a and pp1ab"

FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..83
                     /organism="Severe acute respiratory syndrome coronavirus
                     2"
                     /isolate="SARS-CoV-2/Yunnan-01/human/2020/CHN"
                     /isolation_source="sputum"
                     /host="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:2697049"
                     /country="China: Yunnan"
                     /collection_date="17-Jan-2020"
     Protein         <1 ..="">83
                     /product="orf1ab polyprotein"
     mat_peptide     1..83
                     /product="nsp7"
                     /note="produced by both pp1a and pp1ab"
     CDS             1..4405
                     /gene="orf1a"
                     /coded_by="MT049951.1:266..13483"
                     /note="pp1a"
ORIGIN      
        1 skmsdvkcts vvllsvlqql rvesssklwa qcvqlhndil lakdtteafe kmvsllsvll
       61 smqgavdink lceemldnra tlq
//

Vertailu: samanlaiset sekvenssit.  

 ORF1a kiinalainen  COVID-19 sekvenssi

3860    s kmsdvkctsv vllsvlqqlr vesssklwaq cvqlhndill
     3901 akdtteafek mvsllsvlls mqgavdinkl ceemldnrat lq

COVID-19 segmentti Helsingistä 

 3860   s kmsdvkctsv vllsvlqqlr vesssklwaq cvqlhndill
     3901 akdtteafek mvsllsvlls mqgavdinkl ceemldnrat lq

ENSIN koetan löytää tähän vanhan SARS CoV  vastaavan nsp7 tai ainakin 

jakson 3860-3942, koska epäilen että  virus on

 voinut vaihtaa alkupään  nukletidejä tai asettaa jotain väliin

 joten koko  pituus luentaa  on uusi järjestys pahimmillaan. 

Sen pituus 83 ja sama kohta on . kuitenkin onnistun löytämään 

juuri tältä jaksolta jotain vastaavaa palapeliä. Asetan tummalla. 

Mutta tämä jakso  mikä nimetään nyt nsp7 jaksoksi, ei ollut 

 juuri saman niminen. ja numerot eivät ole samat. 

Siis vanhan SARS:in  3860-3920  kohta on uuden COVID-19

 viruksen 3883-3919 , 

ja siinäkin jaksossa on yksi aminohappomuutos 

arginiini r3906 on muuttunut lysiiniksi k3929 kSiis palapeliä ja 

aminohappojen vaihtamista ja jossain on aminohappolisää, koska pituus

 1ORfa propeptidillä 4405 ja aiemmalla SARS 1ORFa propeptidillä

 4382 aminohappoa . Ero on 23 aminohappoa, jotka sijaitsevat jossain. 

3860 s ssklwaqcvq lhndillakd tteafekmvs llsvllsmqg
     3901 avdinrlcee mldnratlqa iasefsslps yaayataqea ye.

TOISEKSI katson minkä proteiinin merkkinä oli nsp7 edellisessä

SARS:issa.  j a missä se silloin sijaitsi. Se sijaitsi asemassa 3837..3919 ja

 sen pituus oli sama 83 aminohappoa. Ja nyt huomaa että se on melkein täsmälleen sama.

 vain yksi aminohappomuutos, tuo arginiinista lysiiniksi, kuten yllä,

 mutta sen asema ja mikä sen kohdalla nyt on R3906.Aseman sekventiaalinen 

 numeerinen siirtymä on  kuitenkin säilyttänyt molemmissa kaksi

 tumareseptorikohtaa LLxxL Jos  sekvenssinumero olisi ollut sama, yksi

 tumareseptori olisi poissa. 

VANHA nsp7:   Region          3837..3919
                     /region_name="nsp7"
                     /note="nsp7 replicase; pfam08716"
                     /db_xref="CDD:285878"

                   /collection_date="April 21, 2003"
     Protein         <1 ..="">83
                     /product="orf1a polyprotein"
     Region          1..83
                     /region_name="nsp7"
                     /note="nsp7 replicase; pfam08716"
                     /db_xref="CDD:285878"
     CDS             1..4382
                     /coded_by="DQ182595.1:249..13397"
ORIGIN      
        1 skmsdvkcts vvllsvlqql rvesssklwa qcvqlhndil lakdtteafe kmvsllsvll
       61 smqgavdinr lceemldnra tlq
//