Leta i den här bloggen

torsdag 5 mars 2020

COVID-19, nsp12 on sinkkisormiproteiini

YP_009725307.1 (932 residues)RNA-directed RNA polymerase (Pol/RdRp): Responsible for replication and transcription of the viral RNA genome.


High quality models are available.

(VERTAA: Sars CoV. vaikutaa olevan samassa kohtaa  sinkkisormia. Asetan  vain muutaman tässä näkyviin. niitä on monta.
 Zinc coordinating  (HCCC-type)  interface.
Sars CoV  Niran domain and  interface, HCCHC,  (H295, C301, C306, H309, C310)
Fingers motif "G"   (CHCH)
Fingers motif "F" (C799, H810, C813, H816)
Fingers motif  "A"
Fingers motif, Palm, Motif B Xinc coordinating, tähän asti teksti koskee SArs CoV)
----

Alla oleva kuva on Sveitsin mallista nsp4, COVID-19.
ORIGIN
 1 sadaqsflnr vgvsaarlt pcgtgtstdv vyrafdiynd kvagfakflk tnccrfqekd
 61 eddnlidsyf vvkrhtfsny qheetiynll kdcpavakhd ffkfridgdm vphisrqrlt
 121 kytmadlvya lrhfdegncd tlkeilvtyn ccdddyfnkk dwydfvenpd ilrvyanlge
 181 rvrqallktv qfcdamrnag ivgvltldnq dlngnwydfg dfiqttpgsg vpvvdsyysl
 241 lmpiltltra ltaeshvdtd ltkpyikwdl lkydfteerl klfdryfkyw dqtyhpncvn
 301 ClddrCilHC anfnvlfstv fpptsfgplv rkifvdgvpf vvstgyhfre lgvvHnqdvn
 361 lhssrlsfke llvyaadpam haasgnllld krttcfsvaa ltnnvafqtv kpgnfnkdfy
 421 dfavskgffk egssvelkhf ffaqdgnaai sdydyyrynl ptmcdirqll fvvevvdkyf
 481 dcydggcina nqvivnnldk sagfpfnkwg karlyydsms yedqdalfay tkrnviptit
541 qmnlkyaisa knrartvagv sicstmtnrq fhqkllksia atrgatvvig tskfyggwhn
601 mlktvysdve nphlmgwdyp kcdrampnml rimaslvlar khttccslsh rfyrlaneca
 661 qvlsemvmcg gslyvkpggt ssgdattaya nsvfnicqav tanvnallst dgnkiadkyv
 721 rnlqhrlyec lyrnrdvdtd fvnefyaylr khfsmmilsd davvcfnsty asqglvasik
 781 nfksvlyyqn nvfmseakCw tetdltkgpH efCsqHtmlv kqgddyvylp ypdpsrilga
 841 gcfvddivkt dgtlmierfv slaidayplt khpnqeyadv fhlylqyirk lhdeltghml
 901 dmysvmltnd ntsrywepef yeamytphtv lq //

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar