XS rekombinaatio muodostuu BA.1.1 Omikron linjasta ja joistain Delta-linjan osista

 

XS Deltan ja BA.1.1:n rekombinaatio. Katsottu 7.4.2022.

Potential Delta/BA.1.1 Recombinant with Likely Breakpoint at NSP4 or NSP5 (37 Seqs in US as of 2022-03-27) #471 https://github.com/cov-lineages/pango-designation

Description

Recombinant between: AY.x & BA.1.1
Earliest sequence: 2022/1/19 (US-CO)
Most recent sequence: 2022/2/26 (US-DC)
Countries circulating: US (CO, ND, DC, OH)
Likely breakpoint: between 9055 and 10447 (NSP4 or NSP5).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the Delta side).

Kommenttiani:

Tämä rekombinantti muodostuu omikronin BA.1.1 rakenteesta ja joistain   Delta-linjoista peräisin olevista  osatekijöistä. Katkeamiskohdan arvellaan asettuvan NSP4 tai NSP5 tienoisiin ( alueelle 9055 ja 10447 välillä). 

Tulkitsen asiaa  seuraavasti aminohappomutaatioluetteloista: 

ORF1a rakentuu siten, että Parent-Deltan tyyppisistä seitsemästä mutaatiosta viisi ensimmäistä ilmenee ja omikronin BA.1.1- tyyppisiä Orf1a mutaatioita seuraa niiten jälkeen kolme, mutta sitten että “ankkurimutaatio” on yhteinen ( Siis molemmissa on T3255I, joka on hyvin pinttynyt mutaatio sekä deltoissa että omikroneissa, joten tapaan kustua sitä ankkuriksi tai kompassiksi virukselle.

Orf1b rakentuu samalla tavalla siten, että on yksi mutaatio, joka on sama sekä deltoilla että omikroneilla P314L ja sitten on BA.1.1 tyyppinen mutaatio I1566V.

Orf2 eli Spike rakentuu myös päädystä modifioidusti. En tiedä onko siinä omikronien deleetioita tai insertioita matkan varrella. Ei ilmene deltoille eikä omikroneille tyypillistä G142D mutaatiota. Parentdeltassa ja alkuvaiheen deltoissa ei ollut G142D-mutaatiota, joten XS rakenteeseen on palautunut yksi wt G takaisin. Sitten XS omaa oman mutaationsa N211R. Sen jälkeen aminohappoketju onkin tyypillistä BA.1.1 S-rakennetta loppuu asti. Selvät BA.1.1. linjan tunnukset ja vahvistukset esiintyvät kuten R346K.Omikroneiden kaikille yleisistä aminohapoista (21) tällä rekombinantilla on 20. Yhteensä luettelossa on ainakin  29 aminohappomutaatiota. S-proteiinissa.

A67V,    T95I,      N211R,  G339D, R346K, S371L  S373P,

S375F,    N440K. G446S,  S477N, T478K,  E484A, Q493R, 

G496S,´ Q498R, N501Y. Y505H, T547K , D614G, H655Y,

 N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H  N969K,

 L981F

Muut rakenneproteiinit ja lisäproteiinit

ORF3a: ei mainintaa mutaatioista.

ORF4/E-proteiini: Yksi mutaatio, joka on omikrontyyppinen. T9I.

ORF5/M-proteiini: Kolme tyypillistä BA.1.1 linjan mutaatiota: D3G, Q19E ja A63T.

ORF6: Ei mainintaa muaatioista.

ORF7a ja 7b sekä ORF8: Ei mainintaa mutaatioista.

ORF9b: Mutaatio P10S. Rekombinaatiolle XS ominainen.

ORF9/N-proteiini: Kolme BA.1.1-linjalle tyypillisiä mutaatioita. Ei mainintaa deleetiosta. P13L, R203K, G204R.

Mutaatiorämpsy:

SLSLIHV-LV- (Spike G142, N211R)-I-GET-S-LKR.

Muistiin 7.4. 2022

 

21.4. 2022 . Kirjoitin tästä  rekombinantista vielä toisen kerran muistiin sillä siinä on selvä pätkä delttojen puolelta, ei niinkään itse  sike proteiiniessa tai muissa rakenneproteiineissa, vaan  sen työkalupuolella, joka muodostaa  alkuvaihen infektoimiseen tarvittavat  tekijät., muta  tässä on vain fragmentti  kummankin  aallontekijäön  työkalusta.  Miten lie sittten käytännössä juottuu  yhteen, sen näkee kliiniseltä puolelta.  raami on  ainakin hyvä  (B.1.1-tyyppinen).