https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/449
Potential BA.1/BA.2 recombinant lineage in Finland [66 seq as of 2022-03-25] #449
Suomen Tornin ja Kemin tienoosta oli saatu alkuvuodesta muutamia kymmeniä koronavirusnäytteitä, jotka eivät vaikuttaeet aivan samanlaisilta kuin mitkä jo edeltä tunnistettiin. Kansainvälisessä tieteellisesssä punninnassa päädyttiin lopulta havaitsemaan joitain selviä piirteitä, joiden perusteella saatiin hahmotettua tämä Suomen linjaksi. Sitä oli ehtinyt ilmetä jo muutamia kappaleita muuallakin, kuten Ruotsisa, UK:ssa, Ranskassa ja Israelissa.
Viruksen spike- S-proteiini noudatti tavallista BA.2 viruslinjan substituutiokirjoa. Ainakin 28 aminohapposubstituutiota ja deleetio (24/26) on havaittavissa.
BA.2-variantille tyypillistä kokoomusta olivat myös ORF1b, ORF3a, ORF6 ja muut struktuuriproteiinit piikkiproteiinin lisäksi: E, M ja N.
Kuitenkin nukleotiditasossa havaittiin privaattimutaatioita 21 kpl. Tämä vaikuttaa viruksen työproteiinien, non-strukturellien proteiinien (nsp) rakenteisiin.
Varsinkin ORF1a omaa rakennemosaiikkaa, jossa tunnistan BA.1:lle tyypillisiä substituutioita Tosin esim.yksi BA.1:n L2084 deleetio on substituutiona: 2084I, ja sen viereinen aminohappo S2083 deleetiona. Tulos on mutaatioitten kohdasta isoleusiini (I).
XJ:n deleetio 3674/78 on pidempi deleetio kuin BA.1:ssä ( 3674/3676). (Sitä paitsi pienessä prosentissa voi esiintyä enemmänkin deleetiota, mikä on näille rekombinaatiosekvensseille kai tyypillistä).
(Tässä rekombinantissa esiintyy stop kodoni ORF8 Q'. Se vaikuttaa viruksen rakenteelliseen sisäisen järjestäytymiseen ja funktioonkin tiedetään sillä olevan vaikutusta aiemmeista Sars-2 VOC-viruksista).
21 päivää sitten tämä rekombinanttiryhmä sai otsikkonsa , jossa on " Lineage of Finland" nimen lisukkeena, siinä vaiheessa oli määritelmä perustunut 66 sekvenssiin. Sitten rekombinantti lisättiin uutena linjana tästä tietolähteestä ja tiedemiesten prosessista #449XJ vahvistgettuihin tietueisiin ja asian käsittely lukittiin.
Nyt voi sitten odottaa, jos siitä alkaa ilmestyä purkauksia jossain puolilla maailmaa. Niitä saa sitten monitoroituna netistä hakusanana: XJ.
Jos katson subsituutiojonon, jota virus muokkaa työkalulaatikkonaan. Välillä se lisää piikkimutaatioita tai vähentää tai muuttaa piikkistruktuuriaan, ja välillä keskittyy lähinnä työkaluproteiinien uudelleenjärjestelyyn. Aivan aaltomaisesti.
ORF1a-ORF1b- (SPIKE)-ORF3a- E- M-ORF6-ORF8-ORF9b-N
se on XJ-rekombinantilla tällainen ( del tarkoittaa deleetiota).
RIITIH V-LCVI-(Spike BA.2 type)-I-I-ET-L-(StopkodonQ18)-S-LKRR.
Jos vertaan tätä kirjoa BA2. virukseen, se on tällainen:
RISFIFIH del-LCVI -(Spike BA.2 type)-I-I-ET-L-L-L-del-KRR
Ja BA.1 viruksella on seuraavanlainen:
RI del TIH del V -LV- (Spike BA.1 type)- I-GET-L-L del KR .
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar