XH, omikronlinjojen BA.1&BA.2 rekombinantti

 

Potential BA.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP5/NSP6 (43 Sequences in Denmark) #448

XH

42

0

Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Denmark lineage, from pango-designation issue #448

Description

Recombinant between: BA.1 & BA.2
Earliest sequence: 2021/12/30 (Denmark)
Most recent sequence: 2022/2/13 (Denmark)
Countries circulating: Denmark (43 sequences)

Likely breakpoint: between 10448 and11287 (NSP5 or NSP6).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1 side):

Likely breakpoint: between 10448 and11287 (NSP5 or NSP6).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor the BA.1 side):

Private mutations: ORF1a:C213R, ORF1a:G327S, Nuc T902C

Tässä löytyi BA.2 mallinen spike-sekvenssi, paitsi S: D1260Y ilmenee vain 43.40 %:ssa ja sitä esiityy myös AY.81 deltavariantissa ja joissain muissa tietysti, joita en ole huomannut tai katsonut.

ORF1a omaa sekä BA1 että BA.2 tyyppisiä mutaatioita. Mutaatioita on 7 ja deleetioita kahdessa kohtaa koskien neljää aminohappoa: del (3675/3677) sekä del (S2083 -) .

XH rekombinantin omia substituutioita ovat ORF1a:ssa : C213 ja G327S.

ORF1b on samanlainen kuin BA.2 (4 mutaatiota) ja sisältää niissä kaksi BA.1 mutaatiota.

ORF3a omaa BA.2 tyyppisen mutaation T223I ja oman H78V mutaation.

Orf6, E ja M ovat kuten BA.2:ssa. ORF9b omaa BA.2:n tapaisen deleetion ja P10S mutaation sekä oman P51L mutaation.

N-proteiini on samanlainen kuin BA.2:ssa.

https://user-images.githubusercontent.com/86835836/154919667-d767f861-0228-48d5-8927-5fcc927445b6.png

Muistiin 14.4. 2022.