Omikronlinjasta BA.2 muodostunut alalinja BA.2.9 ( Aihe #432) ja sille alalinja BA.2.9.1 (#530).

 Katson  BA.2  omikronlinjan  edustajat.

 

 Kaksi niistä näyttää olevan merkattuja aivan omiksi linjoikseen. Otan esiin tähän blogiin   euroopan linjan BA.2.9, koska  siitä on ilmennyt  runsaasti sekvenssejä ja sitä on tavattu   90 eri maasta. Sekvenssien  ilmoitettu määrä  18. huhtikuuta on ollut 311,421.  Tarkistin käyrän ja se on ilmeisesti saanut yhden terävän huipun ja on  juuri nyt laskusuunnassa, mutta  tietysti terävä lasku voi olla sellaista sahanterää.  Katson  jonkin ajan kuluttua uudestaan käyrän.  Tanskan  positiivisista testeistä tätä  virusttyyppiä on ollut  neljännes analysoiduista näytteistä.  Ruotsin näytteistä  vain 7% on tätä.

 Tähän linjaan  BA.2.9 luetaan eräs sen  alaryhmä, jossa esiintyy " kolme hiljaista mutaatiota" ja josta on keskustelstu #492 koodilla merkittynä asiana. Myös  #390 koodilla merkattuna asiana.  Tuolle  löytölinjalleei annettu  oman linjaa, vaan lopulta  laskettiin  se sisältyväksi  juuri aiemin  nimettyyn laajaan  BA.2 linjaan  BA.2.9 jolle  on tyypillistä  haaroittuma  C25624A, (ORF3a H78Y). Muutamia  sitaatteja  tieteellisestä pohdinnasta ja linjan vahvistamiseen vaadittavista  tiedoista.

Large sublineage of BA.2 with Orf3a:H78Y (10000+ Sequences) circulating in Europe and globally #432

(Alkuvaiheen tietoja tästä linjasta  helmikuussa kuudennella viikolla).

Number of sequences: 10598
List of Sequences: contributors (4).csv
First sequence: 49/2021 Denmark
Country circulating:
Denmark ( 9000+ seqs)
Sweden (500+ seqs)
It has been sequenced in 4 continents: Europe, Asia, Oceania, North America,Central&South America

In comparison to BA.2* baseline Its relative growth advantage is estimated in 6%(CI:5%-7%

(RajLabn- nimimerkki   mainitsee:)

orf3a:H78Y is found in several BA.1 and BA.1.1 sequences as well.

omicron w/ orf3H78Y mutation in
Denmark -9559 sequences [BA.2 (99.93%); BA.1 (0.05%); BA.1.1 (0.02%)]
UK - 385 sequences [ BA.2 (62.08%); BA.1 (24.42%); BA.1.1 (13.51%)]
USA - 141 sequences [BA.1 (60.28%); BA.1.1 (31.91%); BA.2 (7.80%)]

(Silcn- nimimerkki:  mainitun mutaation  orf3aH78Y arviointia)

 Not clear what this mutation does, but it appeared on top of many different Delta lineages and may have had a very slight transmission advantage. This may be why SSI chose to single out this lineage despite the lack of an obvious growth advantage on a BA.2 background (yes, cov-spectrum gives a 5-7% advantage, but its claims of small advantages should be taken with a pinch of salt, recall AY.33 last year).

(Cornelius.nimimerkki  oli helmikuussa  tätä mieltä: )

This is a sub-lineage of the lineage proposed in #390

So that issue should be resolved first, then this one here, since otherwise we're getting into trouble with renaming.

I think I am still in favour of #390 defining a lineage of its own, because it is very clearly associated with the growth of BA.2 in Denmark and spread from there to neighbouring countries (Sweden, Germany, ...). About 60% of all global BA.2 sequences have nuc:C22792T, however, this is largely because Denmark (and Germany and Sweden) sequence so much and BA.2 is very common there.

This lineage is very uncommon outside of Central/Northern Europe. The ORF3a:78Y mutation appeared within that lineage, but makes up only 25% of the lineage proposed here.

Furthermore, the ORF3a mutation does not seem to provide any further growth advantage. Neither in Denmark, nor globally.

So overall, I think it's better to designate this lineage in #390, not the ORF3a:78Y one here for now.

( FedeGuel-imimerkki  kommentoi asiaa 12. helmikuuta  ja  toistaiseksi asia jätettiin vielä hautumaan).

Ok , Cornelius,  thank you! i close this one waiting for when #390 would be resolved. Sorry i hurried up a bit it after seeing growing % in the SSI. Ready to re-open if requested or something new will pop up.

(FedeGuel  sulki asiankäsittelyn):

   Closed  12.2. 2022.

 

17.2. tulee käyräkuva eri viruslaatuijen  osuuksista. Käyrässä havaitaan  mainittuna BA.2* variantti, jossa esiintyy mutaatio H78Y ja joka on lisääntymään päin) 

 (https://files.ssi.dk/covid19/tendensrapport/rapport/ugentlige-tendenser-covid19-andre-luftvejs-uge7-2022-5l9s).

 

Nyt  asia tuli jälleen pintaan ja uudelleen arvio on välttämättömämpää.

Oli myös todettu  3 hiljaista mutaatiota assosiaatiota tuohon mutaatioon oli.  Tulee  kuvaus Liettuasta.

 

Evogytis- nimimerkki kirjoittii  22 päivää sitten:

 

 New  lineage proposal
by Gytis Dudas (IBT, Life Sciences Center, Vilnius University)

Description
Sub-lineage of: BA.2
Earliest sequence: hCoV-19/Denmark/DCGC-298591/2022|EPI_ISL_8465418|2022-01-02
Most recent sequence: hCoV-19/England/LSPA-3BAEAE4/2022|EPI_ISL_11448007|2022-03-21
Countries circulating: Lithuania (306 genomes, ~10-20% of recent cases), Denmark (643 genomes), UK (370), Poland (50), elsewhere in Europe (total of 1421 genomes so far)

BA.2 lineage bearing silent mutations C20371T, C21054T, and C22570T. Lineage is largely restricted to Europe and sequenced in appreciable numbers in Denmark and UK but does not comprise a significant proportion (<0.2%) of cases in either. This lineage is notably prevalent in Lithuania, making up ~13% of cases in March so far and seemingly rising in frequency, presumably stochastically. Parental clade carries C25624T (ORF3a: H78Y) with recent ~10% prevalence in Europe (~30% in Lithuania, Poland, Sweden, and Denmark).

 

Cornelius:  (aukaisee asian  jälleen asian ( #390)  kolme viikkoa sitten)

"  reopened this 21 days ago". 

 (Tällä  kertaa  päästään  ratkaisuun onko kyse uudesta linjasta vai jonkin linjan  osasta, alalinjasta). 

Cornelius  jatkaa: kun kolme hiljaista mutaatiotakin on löytynyt..

Thanks! I think Pango currently requires amino acid mutations to delineate lineages Given that this lineage is a child of the yet undesignated ORF3a:78Y lineage, it would be good to first designate that parent lineage. Otherwise there would be need for renaming with ensuing confusion. I should close #390 and reopen #432 so that that one gets designated.

 Egogytis  vastaa:

I didn't know about the amino acid change requirement and it doesn't seem to be in the pango docs yet either. My understanding was that the nomenclature isn't just meant for VOC candidates but also for epi purposes (here, a geographically confined lineage). If I recall Q.1 was designated with synonymous mutations too. But entirely fair point re: #432.

 Chrisruis- nimimerkki tekee yhteenvedot:

Thanks (ecogytis)  We have recently introduced a requirement for at least one nonsynonymous mutation for a Pango lineage, apologies that hasn't made it into the documentation yet

Just looking at this clade and it doesn't look like there's a suitable nonsynonymous mutation going upstream from the clade either. These sequences will be in the newly designated BA.2.9 which starts on the branch with C25624T (Orf3a:H78Y)

crisruis:  closed this (#390) 20 days ago.

crisruis: added the nonaccepted  20 days ago. 

 

 Tällä tavalla   tutkittu  virusvarianttirakenne asetettiin    ryhmään BA.2.9 , eikä se saa omaa linjaa.  lSe kuuluu niihin viruksiin, jotka  ovat "BA.2.9 suurta alalinjaryhmää BA.2.9 (#432)".

BA.2.9	Denmark 43.0%, United Kingdom 20.0%, Germany 13.0%, Sweden 7.0%, France 3.0%	2021-11-24	(4815;	313869)	Alias of B.1.1.529.2.9, European lineage, from pango-designation issue #432
BA.2.9.1		(	99 ;	0)	Alias of B.1.1.529.2.9.1, UK lineage, from pango-designation issue #530

Alempana mainittu BA.2.9.1   on oman linjansa saanut toinen  muunnos.