Leta i den här bloggen

tisdag 19 april 2022

Episodi pandemian ajalta. Rekombinantti delta & alfa ( XC) omaa historiansa

 Kun katselee omikronrekombinanttienluetteloa , huomaa että siitä puuttuu rekombinanttimerkintä XC. Herää kysymys, john tosiaan ei ehdi hakea vastausta. Vastaus kuitenkin popsahtaa esiin aivan sattumoisin tänään. Nyt on helpotettu pandemian ajan määritelmiä  valltisevasta tilanteesta. Nyt ei katsota sars-2 virusta enää  yleisvaaralliseksi ja sen kaikki esiintmiskäyrätkin osoittavat  laskua ellei nyt sitten eräs varintti vielä hieman aaltoile (BA.2.9) hetken verran ylös ja alas ennen kuin suostuu  laskemaan lopullisesti.  Sen kumulatiivinen prevalenssi on nyt  kokomaailman tasossa 3% .  Se  on jarruttamassa  kaikkien sars-2 virusten esiintymäkäyrän  suoraa tippumista  alas.

Katsoin tänään silmäyksen kaikista  AY varianteista ja listan lopussa  mainitaan rekombinantti XC, joka todellakin kiinnosti nyt.  Se on deltaviruksen  rfekombinaatio alfaviruksen kanssa.  Sinänsä luonnollista, että sellainenkin on muodostunut, muta  huomaan erään seikan, mikä nyt  kiinnostaa. Tuo alfarekobinaatio muodostui myös marraskuussa 2021, kun maailma oli ymmällään siitä omikronin esiintymästä. 

 Näitä deltan ja alfan rekombinaatioita oli  samoihin aikoihin  omikronin muodostuman  kanssa popahtanut esiin muutama yksilö kautta maailman, joten sillä Sars-2:lla lie   ollut  toteutettavissa  oleva mahdollisuutta   jatkaa  deltan elinpäiviään  alfan kanssa rekombinoituna. Tämän lie tehnyt  mahdottomaksi se "omikronzunami" - ehkä.

 Kuitenkin tutkijat katsoivat tarpeelliseksi kirjata  vhäisistä löydöistä  rekombinaation  esiin 29.11. 2021. Sitä luultiin ensin artefaktaksikin ( "None" linja  annettiin  asian otsikoksi ja  merkattiin että siinä on jotain problemaattista ja todellista.  Linjajuuria  selvitettiin ja päädyttiin siirtämään None  X* rekombinaatioksi ja sitten lopulta  annettiin  nimi XC. Asian käsisttely on linkissä #236.

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/263

XC Japan 100.0%2021-08-121725Recombinant lineage with parental lineages AY.29 and B.1.1.7, Japan lineage, from pango-designation issue #263
Rekombinaation XC  osallistuvat variantit ovat Delta AY.29 ja Alfa B.1.1.7.
Syntyneessä rekombinaatiossa havaitaaan seuraavat mutaatiolinjat . Uusi  kombinaatio on mm. ORF8 alueessa ja Orf1A omaa myös epätavallisessa kohdassa aminohappomuutoksen. Asetan vahvan mustan  niihin tunnuksiin, joita on AY.29.1 deltavariantilla.
ORF1a: A1306S, V1750A, T3255I, T3646A, A6319V
S:T19R, T95I, Q173H (tunnus AY.29.1)
M:I82T,
Orf7a:A82V,  I120T.
Orf 8:Q27, R52I, Y73C

 Maininta  AY.29 variantista olympialaisten ja paraolympialaisten ajalta:

 https://outbreak.info/resources/2021.10.31.21265711

 


Inga kommentarer:

Skicka en kommentar