XD rekombinaatio muodostuu Deltan Ja BA.1:n kesken.

 

XD

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/444

Sitaatti netistä: 

Delta (AY.4) and BA.1 recombinant in France/Denmark [~30 seqs, isolated/passaged in Vero] #444

SVN-PhD opened this issue on 16 Feb · 30 comments

Potential Delta (AY.4) and Omicron recombinant

Description

Sub-lineage of: AY.4
Earliest sequence: 2022-01-17 (France | EPI_ISL_9959921 | EPI_ISL_9879436)
Most recent sequence: 2022-02-05 (Netherlands | EPI_ISL_9863764)
Countries circulating: Denmark / France / Netherlands
Proposed Lineage: If this is real, XD or whatever is next on the PANGO recombinant designations.

I don't have access to the raw sequencing reads to these strains so unsure if this is a real recombinant. However, these strains are highly related and are present in 3 countries in Europe. Additionally, these strains were sequenced in different laboratories with different sequencing platforms (Illumina: EPI_ISL_9879436, EPI_ISL_9879437, EPI_ISL_9857381, EPI_ISL_9449070, EPI_ISL_9166910) and (Nanopore MinION: EPI_ISL_9863764, EPI_ISL_9791275). NextClade identifies these strains as 21J (Delta) and Pangolin v3.1.20 in UShER mode classifies these as AY.4.NextClade Alignment of these sequences with some complete/high coverage genomes of Delta and a BA.1 (PHEC-5P0B7ZEF) and BA.2 (ALDP-35D5DD2): Genomes accessions_list.txt

Additional Mutations

Gene	AA Changes
NSP2	E172D

This small cluster shares this mutation in addition to characteristics of Omicron spike mutations.

Phylogenetic Tree

 

 

 

 

6.4. 2022 

Tarkistan muistiinpanoistani  tämän uuden XD mutaation  mosaiikan tekijöitä ja mistä omikronvarianteista ja deltavarianteista löytyy vastaavia koostumuksia. Minulla on muistiinpanoja vihkoissani Orf1a ja Orf1b  rakenteista Deltassa ja AY-alalinjoissa.  . 

ORF1a

XD  rekombinantilla on seitsemän ORF1a mutaatiota. A1306S, P2046L, P2287S, P2529V, V2930L,  T3255I.  Niistä ainakin 6 löytyy muistiinpanoistani  eri Delta-varianteista.  Yhtä en löydä (L2820V). Moni löytyy parent deltasta, B.1.617.2. , jota merkitään koodilla AY.

A1306S löytyy Deltasta B.1.617.2 (AY) sekä monista  alalinjoista AY.1, AY.3, AY.4, ja sen alalinjoita. Samoin AY.5, .6, .7,AY.12, AY,20, -AY.25, AY.31, AY.37. Alalinjoissa esiintyy  kombinaatioita näiden Orf1a ja Ib substituutioitten ja mutaatioitten suht. Se yleinen klusteri, jossa A1306S esiintyy, sisältää myös seuraavat, jota on parent deltassa (AY) myös:  P2046L, P2287S, V2930L T3255I ( tämä viimeksi mainittu  on hyvin yleinen omikroneissakin).  AY.4: ssä alkaa esiintyä P2529V (mm. AY.4, AY.4.2, AY.4.4, AY.4.5).' Seitsemäs substituutiomutaatio L2820V ei oikein löydy muistiinpanoistani deltoista , mutta en kirjottanutkaan jokaista orf1a:ta muistiin , kun deltavariantteja alkoi ilmetä ylen runsaasti. 

XD rekombinantin ORF1b  viisi mutaatiota P314F, G662S, P1000, A1918V ja R2189C. 

Näistä kolme keskimmäistä esiintyvät yleisesti Deltassa ja AY-varianteissa havaintojeni mukaan. Myös P314 on deltoissa mutatoitunut, mutta muotoon P314L, eikä kuten tässä XD-variuantissa muotoon P314F, jota en ole aiemmin edes havainnut missään. En löydä myöskään, mistä tulee R2189C.  (Muutama AY-laji kyllä muuttaa R:n C:ksi Orf1b:ssä kuten AY.11 ja AY.32, joilla muuten on samanlaista kokoomusta XD:n  kolmen muun  Orf.1b substituution kanssa). 

 XD rekombinantin  struktuuriproteiineista (S, E, M, N)  ja  lisäproteiineista  (3a, 6, 7a, 7b, 8, 9b):

XD rekombinantin ORF3a  kaksi mutaatiota

S92L ja D155Y eivät  tunnu tutuilta  deltoissa. En kyllä itse ole löytäny vaikka useimmin  deltoilla  eräs seriini (S) muuttuu yleensä leusiiniksi (S26L)  tässä Orf3a:ssa. ). Omikronit eivät mutatoi ORF3a:ta BA.1 linjassa (Sen sijaan BA.2 linjassa esiintyy T223I, joka näkyy eräissä muissa rekombinanteissa BA.2:n kanssa , kuten XE rekombinantissa).

XD rekombinantin ORF4 eli E-proteiini Envelope. Ei näytä olevan mutaatiota merkattuna.

XD rekombinantin ORF5 eli M-proteiini:

Havaitaan I82T mutaatio, joka on myös tyypillinen deltalinjoissa.

XD rekombinantin ORF6, ORF7a, ORF7b, ORF8. ORF9b: Orf6  ja Orf8-aluetta ei  erityisemmin mainita. Sen sijaan havaitaan ORF7a mutaatio T120I, jota esiintyy deltalinjoissa sekä ORF7b mutaatio  ORF9b tunnistetaan: Siinä esiintyy T60A, liekö uusi mutaatiokohta.  Tämä ORF9b kirjoittautunee alternatiivilla luennalla ORF9:n alueen  keskeltä. Sillä tietty tulee joitan  kykyjä  lisää. Se harvoin kirjoirtautuu  esiin, muta mainitaan  proteiini-proteiini-interaktioluettelossa  vaikutavana tekijänä. 

Rekombinantin ORF9 N-proteiini, nukleokapsidi,   omaa  kolme mutaatiota. D63G, R203M, G215C. Nämä kaikki ovat tyypillisiä Delta-linjan varianttien N-proteiinin perusmutaatioita. 

Spike proteiini (ORF2) myötäilee  BA.1 linjaa.,  sillä on kyllä joitain omia piirteitä.  

Rekombinantin ORF9 N-proteiini, nukleokapsidi: Kolme mutaatiota.

D63G, R203M, G215C. Nämä kaikki ovat tyypillisiä Delta-linjan varianttien N-proteiinin perusmutaatioita.

XD rekombinantin S-proteiinin mutaatioarsenaali:Asetan ne mainohappomuaatiot, jotka  netissä annetaan XD:lle ja sulkuihin sen tiedon, mitä minulla nyt sattuu olemaan niistä.   Deleetioista tai insertioissa ei tässä ole tietoa.  Vasa kun varfiantin purkauksesta tulee   enenmmn analysoituja sekvenssejä saa sitten lisötietojakin siitä miten tämä on muodostunut. 

A27S. (A27 ei mutatoidu BA.1 tai BA.1.1 variantissa. Se on BA.2 variantissa deletoitunut, AY.53 variantissa).

T95I (esiintyy myös joissain deltoissa kuten AY.4.4 ja AY.4.5, ja BA.1 ja BA.3 linjoissa).

G142D ( esiintyy omikroneilla ja joillain deltoilla , esim.AY.57)

R158G ( R158 on deltalinjoissa deletoitunut, EFR- aluetta. Omikroneissa ei mutatoitunut).

L212T (BA.1, BA.1.1 ja BA.3 linjoissa deletoitunut L212).

G339D ( Esiintyy BA.1, BA:1.1 ja BA:2 linjoissa).

S371L ( BA.1, BA.1.1 linjoissa).

S375F ( Omikroneille tyypillinen).

K417N (BA.2:lle tyypillisin 95,3%, Myös BA.1:SSÄ: 53,4%).

N440K (usein omikroneissa: BA.2: 84%, BA.1: 55,6%,BA1.1: 64%).

G446S ( eaiintyy BA:1:ssä: 56%, BA.1.1: 69%).

S477N esiintyy BA.1, BA1.1 ja BA.2 linjoissa).

T478K ( esiintyy omikroneissa ja deltoissa).

E484A ( Omikroneille tyyppillinen)

G496S (Esiintyy BA.1 ja BA.1.1 linjoissa).

Q498R ( Omikroneille tyypillinen)

N501Y(Beetavariantin tunnus, esiintyy omikroneissa).

Y505H (Esiintyy omikroneissa)

T547K (BA.1 ja BA.1.1 linjoissa)

D614G (Sars-2- virukselle tyypillinen)

H655Y (Gammatunnus. Esiintyy omikroneissa).

N679K (omikroneille tyypillinen; myös C.1.2-tunnus)

P681H (kaikilla omikroneilla, myös Alfa , Theeta ja Mu varianteilla)

N764K (kaikilla omikroneilla).

D796Y(kaikilla omikroneilla).

N856K (BA.1 ja BA.1.1 linjassa).

Q954H (Kaikilla omikroneilla).

N969K (kaikilla omikroneilla)

L981F (BA.1. linjassa, Myös BA.1.1 ).

Päivitän spike-substituutiot aamulla, koska olin yällä asettanut  S371  värin. Se muuttuu BA:1:n tapaan leusiiniksi eikä BA.2:n tapaan  fenylalaniiniksi).  

KAikenkaikkiaan:  Spike on kuin  BA:1, patisi että siinä on  päädyssä joitain  rekombinanteille tyyppisiäuusia modulaaitoita.  Työkalupakit ovat delta A.4 tyyppisesti koostuj muta uudelleen järjestelyä ja pieniä modifikaatioita on. 

Työkalupakkia olen kuvannut rimpsuina, jotka muodostuvat  mutaatioista ja deleetioista, joita variantti on tehnyt.

 Esim. AY.4.2 työpakki

SLSVLIA-LSLV- (Spike AY.4.2)- L-T-AI-I-L-(del)-GMCY.

Tähän verraattuna XD rimpsu, XD työpakki:

SLSVVLI-FSLVC-(Spike BA.1)-LY-T-T-I-A-GMC.

Muistiin 7.4. 2022.  Arvelinkin, että  omikronvaihe oli sars-2 viruksen robusti  lisääntymisvauhdin  nostoyritys- hämmästyttävällä määrällä  S-mutaatioita  ja nyt sitten se koettaa hankkia takaisin Deltan hyvät työkalut.  Ne olivat vähitellen muuttuneet niin sofistisiksi,minimalisitisiksi, että  virus oli menettänyt kykynsä levitä siinä työakalulaatikon erikoistamisessa. Nyt siis on tehty  rekombinaatioyritys  virusaivosta päin.  

XD- lähdetietolinkki (#444) asetettu tänään FB-sivulle  otsikkonimellä  ja sitaattina. Ei mitäöän omia  päättelyitä FB-sivulle.