XK omikronvariantti BA.2-BA.1.1 linjoista

XK

15

0

Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Belgium lineage, from pango-designation issue #460

 

Belgiasta havaittiin pieni määrä omikronviruksia, joita ei suoralta kädeltä voitu sijoittaa mihinkään aiemmin määriteltyyn linjaan.   Tästä linjasta  tulikin sijoitetuksi aluksi joitain  sekvenssejä toiseen rekombinanttilinjaan XE, kunnes oli tarkemmin saatu selville tälle linjalle aivan  ominaiset   mutaationsa.  tässä rekombiantissa on runkorakenne BA.2  tyyppiä (S, proteiini, OrF3a, M, ORF6. ORF1a mutaatio Q866R ja ORF1b-mutaatio  R1628C  ovat  XK-rekombinantille ominaiset. Toisaalta  eräät BA.1.1:lle tyyppiset ORF1a jaORF1b -mutaatiot puolestaan selvittivät rekombinaation  donoriosan   BA.2 on akseptori ja BA.1 on donori. Tietoja  tämän rekombinantin löytymisestä ja  täsmentymisestä saa netistä   #460  linkistä. 

Potential recombined BA.2-BA.1.1 lineage in 22 (1.4%) sequences in Roeselare, Belgium characterized by ORF1b:Q866R and ORF1a:R1628C with BA.2 background and ORF1a (2832-10029) and ORF1b  (sequence )  from BA.1.1 (ORF1b:Q866R) #460

 https://user-images.githubusercontent.com/93787799/157726799-1906411e-9b85-4301-9eb5-c8637f38f09d.png  

The other genes are either not informative for BA.1/BA.2 or compatible with BA.2 suggesting that part of BA.1.1 combined into a background of BA.2

Summary

As of 11 April 2022 09:26 AM, 0 sequences in the XK lineage have been detected since the lineage was identified: