Potential BA.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (38 Seqs in UK as of 2022-03-16) #464
| XL | 38 | 0 | Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #464 |
Tämä omikronrekombinantti muodostuu linjoista BA.1 ja BA.2 rekombinoitumalla. Varhaisin löytö tapahtui 6.2. tänä vuonna Englannista. Rekombinantin katkoskohta on NSP3-virusporteiinia vastaavassa kohdassa ( 6518- 8392 alueella). Rakenteessa on konservoituneita nukleotidimutaatioita ja aminohappomuutoksia Linkkiin liittyy kuva, jossa on punaisella kehiöllä ympäröity ne mutaatio ja aminohappomuutoskohdat, joiden arvellaan tulevan donorista BA.1. En havaitse tässä variantissa uusia spike-mutaatioita. Runko S-proteiinissa on BA.2 tyyppinen. Sen sijaan Orf1a on muuntunutta. ja heijastuu NSP-proteiineihin alkupäässä kuten .
ORF1a-ORf1b-Spike-OrF3a-E-M-ORF6-N aminohappomuutosluettelo
IRIIFIFIH-LCV (Spike BA.2-type) -I-I-ET-L-LKRR.
Description
Recombinant between: BA.1* & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/6 (UK-England)
Most recent sequence: 2022/3/16 (UK-England)
Countries circulating: UK-England
Likely breakpoint: between 6518 and 8392 (NSP3).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1 side):
https://nextstrain.org/fetch/hgw1.soe.ucsc.edu/trash/ct/subtreeAuspice1_hgw1_2ba44_2dad30.json?c=gt-nuc_875&label=nuc%20mutations:T22792C
Cov-spectrum query: C875T, G14229A, T5386G, A29510C
GISAID query: NS3_T223I, NSP2_L24F, NSP3_K38R, NSP3_L1266I, NSP3_V1069I, NSP4_T492I.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar