XM omikronrekombinantti BA.1.1/BA.2

XM

Germany 30.0%, United Kingdom 23.0%, Denmark 20.0%, Netherlands 13.0%, Croatia 3.0%

2022-02-14

22

30

Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, European lineage, from pango-designation issue #472

Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant in the Germany, Netherlands and beyond, with likely breakpoint at NSP13-15 (50 Seqs as of 2022-03-31) #472

https://cov-spectrum.org/explore/Netherlands/AllSamples/Past6M/variants?nucMutations=C15240T%2CC2470T%2CA18163G%2CC19955T%2CA20055G 

Tämä rekombinantti muodostuu sars-2 viruksen  alalinjojen BA.1.1 ja BA.2 kesken.   Sitä kuvattiin aluksi seuraavalla tavalla: Alle asetan sitaatin  mutaatioista. Kun oli tehty haku rakenteen  6 nukleotidin avulla, saatiin seuraava tulos: (165  tulosta): Havaittiin   jakaumassa seuraavat kaltaisuudet:  Määrittämätöntä 58,13%,

 BA.1.1 (1,82%) ,

XM (19,39%), 

BA.2.10 (1,2%

 BA.1 (18,7%) 

 BA.1.1.14 (0,61%).

 

Ensimmäiset näytteet alkoivat tulla Saksasta lopulta., siten Hollannista, sitten Tanskasta. Linjan selvittelyn jälkeen päädyttiin uuteen linjaan XM, jonka  määritelmä (designation) lyötiin lukkoon 19 päiväa sitten.

 

 Ensimmäinen  kuvauys viruksesta on siteerattu tähän alle.

Description

Recombinant between: BA.1.1 & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/21 (NL-NH)
Most recent sequence: 2022/3/04 (NL-NH)
Countries circulating: Netherlands (NH)
Likely breakpoint: between 17410 and 19995 (NSP13 or NSP14 or NSP15, ORF1b).
Cov-spectrum query: C15240T, C2470T, A18163G, C19955T, A20055G
https://cov-spectrum.org/explore/Netherlands/AllSamples/Past6M/variants?nucMutations=C15240T%2CC2470T%2CA18163G%2CC19955T%2CA20055G
Genomes:
hCoV-19/Netherlands/NH_AUMC-004734/2022 EPI_ISL_10925473 2022-03-04
hCoV-19/Netherlands/NH_AUMC-004178/2022 EPI_ISL_10925492 2022-02-21

Evidence

Output from Lena’s great tool, which can be found here:
https://github.com/lenaschimmel/sarscov2recombinants

(Etsintäkombinaatioitten  jälkeen  jälkeen  tarkentui  linjat.  Mutaatiokokoomus on alla: ORF1b- kohdalle  asettui muutoksia, jotka heijastuivat  virusproteiinien rakenteisiin, jos  ne olivat ORF1b-alueelta koodattuja.

 SITAATTI  mutaatioista, joista suurin osa on  yleistä omikronrakennetta ja BA.2 sekä BA.1.1.  linjatyyppistä.

Show amino acid and nucleotide mutations separated | Show amino acid and nucleotide mutations together

The following amino acid mutations are present in between of the sequences of this variant.

Sort by position | Sort by proportion | Sort by Jaccard similarity

• •E:T9I (100.00%, 0.00)
• •M:Q19E (97.47%, 0.00)
•  
•  
  
•  
  
• •M:A63T (100.00%, 0.00)
•  
• •N:P13L (100.00%, 0.00)
• •N:E31- (100.00%, 0.00)
• •N:R32- (100.00%, 0.00)
• •N:S33- (100.00%, 0.00)
• •N:R203K (100.00%, 0.00)
• •N:G204R (100.00%, 0.00)
• •N:S413R (100.00%, 0.00)
• •ORF1a:K856R (100.00%, 0.00)
• •ORF1a:S2083- (97.55%, 0.00)
• •ORF1a:L2084I (97.55%, 0.00)
• •ORF1a:A2710T (99.39%, 0.00)
• •ORF1a:T3255I (100.00%, 0.00)
• •ORF1a:P3395H (99.36%, 0.00)
• •ORF1a:L3674- (95.65%, 0.00)
• •ORF1a:S3675- (100.00%, 0.00)
• •ORF1a:G3676- (98.76%, 0.00)
• •ORF1a:I3758V (100.00%, 0.00)
• •ORF1b:P314L (100.00%, 0.00)
• •ORF1b:R1315C (7.88%, 0.00)
• •ORF1b:I1566V (100.00%, 0.00)
• •ORF1b:T2163I (88.54%, 0.00)
• •ORF3a:T223I (97.58%, 0.00)
• •ORF6:D61L (100.00%, 0.00)
• •ORF9b:P10S (100.00%, 0.00)
• •ORF9b:E27- (100.00%, 0.00)
• •ORF9b:N28- (100.00%, 0.00)
• •ORF9b:A29- (100.00%, 0.00)
• •S:T19I (93.04%, 0.00)
• •S:L24- (93.29%, 0.00)
• •S:P25- (93.29%, 0.00)
• •S:P26- (93.29%, 0.00)
• •S:A27S (93.29%, 0.00)
• •S:A67V (5.92%, 0.00)
• •S:H69- (5.92%, 0.00)
• •S:V70- (5.92%, 0.00)
• •S:T95I (7.27%, 0.00)
• •S:G142D (96.32%, 0.00)
• •S:V213G (96.93%, 0.00)
• •S:G339D (100.00%, 0.00)
• •S:S371F (95.60%, 0.00)
• •S:S373P (99.38%, 0.00)
• •S:S375F (99.37%, 0.00)
• •S:T376A (95.57%, 0.00)
• •S:D405N (96.32%, 0.00)
• •S:R408S (95.68%, 0.00)
• •S:K417N (98.73%, 0.00)
• •S:N440K (97.84%, 0.00)
• •S:S477N (100.00%, 0.00)
• •S:T478K (100.00%, 0.00)
• •S:E484A (100.00%, 0.00)
• •S:Q493R (100.00%, 0.00)
• •S:Q498R (99.30%, 0.00)
• •S:N501Y (99.30%, 0.00)
• •S:Y505H (99.29%, 0.00)
• •S:D614G (100.00%, 0.00)
• •S:H655Y (100.00%, 0.00)
• •S:N679K (100.00%, 0.00)
• •S:P681H (98.79%, 0.00)
• •S:N764K (100.00%, 0.00)
• •S:D796Y (100.00%, 0.00)
• •S:Q954H (100.00%, 0.00)
• •S:N969K (100.00%, 0.00)