XQ omikronrekombinantti BA.1.1 /BA.2

XQ

United Kingdom 98.0%, Netherlands 2.0%

2022-02-12

56

58

Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #468

 

Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (49 Seqs in England and Wales as of 2022-03-27) #468

Description

Recombinant between: BA.1.1* & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/13 (UK-England)
Most recent sequence: 2022/2/28 (UK-England)
Countries circulating: UK (England and Wales)
Likely breakpoint: between 4322 and 5385 (NSP3).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1 side)

Cov-spectrum query: A17615G, C2470T, ORF3a:T223I, ORF1a:K856R, ORF1a:L3027F,

"Thanks (nimi)  We've added this as XQ in v1.2.141"

chrisruis added this to the XQ milestone 19 days ago 

Katselin tämän rekombinantin spikeproteiinin aminohappomutaatioita. 28 niitä on listattuna  nettilähteeseen  ja niissä  on   mukana  kaikki joka omikronille  yleiset  21 aminohappoa. . Niiden  lisäksi  XQ-rekombinantissa on BA.2 tyyppisiä 5 kpl ja  yksi on BA.3 tunnus. A27S substituutio esiityy jo  AY.53  deltavariantisssa. BA.1 linjan aminohappotunnuksia einäy.

ORF1a omaa   BA.2 tyyppisiä muutoksia  useimmat,  mutta on myös yksi  BA.1 tyyppinen  ensiksi (K856R) sekä sen jälkeen  uusi muutos: Orf1a: M1014 I. 

ORF1b  näyttää samantapaiselta kuin jossain variantissa aiemminkin. OrF3a on BA.2 tyyppiä,samoin E, M, ORF6, ORF9b.

Nukleokapsidissa N ilmenee yksi uusi mutaatio     N:T49P  entisten BA.2 tyyppisten joukossa.  

 

Ne 21 aminohappoa, jotka ovat  kaikille omikroneille S (spike)-piikissä  yleisiä ja joiden mutaatioita virusvariantit  rekombinaatioissakin  useimmiten valitsevat mukaan melkein jokaiseen versioon,  ovat nämä ja niihin ei tapaa  enää tulla uusia mutaatoita.

1. G142D,
2. G339D,
3. S373P,
4. S375F,
5. K417N,
6. N440K,
7. S477N,
   
8. T478N,
9. E484A,
10. Q493R,
11. Q498R,
12. N501Y,
13. Y505H,
14. D614G,
15. H655Y,
16. N679K,
17. P681H,
18. N764K,
19. D796Y,
20. Q954H
21. N969K.