Tänään katson tietoja XG omikronrekombinantista (BA.1 & BA.2)

 Tästä BA.2 linjan ja BA.1 linjan rekombinatiosta alkoi tulla tietoja 11 tammikuuta tänä vuonna Tanskasta. Kun sekvenssejä oli koossa 53 kpl, siitä tuli kirjeenvaihtoa tiedemiesten kesken.  Tätä teteellistä keskustelua voi seurata nettilähteestä. Katkeamakohdaksi arveltiin  virusproteiinin NSP3:n kohtaa Sitten alkoi kertyä tietoa sekvenssistä myös  Englannista, Skotlannista, US:sta ja Saksasta, mutta selvästi eniten Tanskasta. Myös suomalaisia sekvenssejä ilmoitettiin tutkittavaksi.  Kun  sekvenssejä oli  punnittu,  tehtiin  tälle  rekombinaatiolle oma määritelmänsä ja se asetettiin  tietueisiin merkattuna XG nimellä 3.3. 2022  102 sekvenssin perusteella. Vielä seuraavana päivänä lisättiin viisi sekvenssiä, joten otsikossa ilmeni 107 sekvenssiä aluksi määritelmän perustana.  Muunnoksen rakenteesta oli peräisin 33.71 %  BA.2  linjasta ja 66.29%  oli XG tyyppiä.. 

Varsinaisia  Spike-mutaatioita  ei katsota  olevan suurimmassa osassa  tätä rekombinanttia, mutta nt mutaatioitten luetteloa läpikäydessäni havaitsin pienen maininnan, että 6 %;ssa  (prosentissa) voi olla Spike E96D, jota myös on variantissa B.1.640, jot tarkkaillaan. ja 16 %;ssa (prosentissa) saattaa olla A262S, jota  olen huomannut myös esim. AY.41 variantissa. 

 Tämän rekombinantin tunnusmutaatioita ovat ORF1a:ssa   K856R ( sama esiintymä kuin BA.1:ssä) ja sitten  XG:n oma P1803S ja V1887I.  ORF1a mutaatioita mainitaan 8 kpl ja deleetioita kolme.

ORF1b:ssä mainitaan viisi aminohappomuutosta, joista  neljä on tavallista  BA.2:lle ja yksi on XG:n oma T2163V. Vieä esiintyy 7 prosentissa versiota H604Y. 

ORF3a omaa kolme mutaatiota, joista yksi on tyypillinen BA.2:lle ja kaksi on XG:n omaa: L94F ja G224R. 

E(envelope), M(membraaniproteiini)   ja ORF6 -mutaatiot ovat samat kuin BA.2:ssa. Membraaniproteiinimutaatiot (2) esiintyvä myös BA.1:ssä. Orf9b omaa P10S ja  del(27/29) kuten  usea  muunnos. N-proteiinissa on  muuten BA.2:n mutaatiot ja deleetio , paitsi lisäksi Q289H.

 

Verrattuna BA.2:een  tämän rekombinantin ( transmissibility)  tarttuvuus on 25% kasvanut.   Sekvenssejä on katsottu 264. Arvioituja tapauksia lienee 2117 (737-6067).

Määritelmän ja leiman  asetuksen jälkeen ei ole ilmennyt toistaiseksi taulukoituja  tapauksia vielä tavallisten  taulukoitten puolelle. 

 

Erityisiä kliinisiä tietoja  tämän   varsin uuden rekombinaatiovariantin XG aiheuttamasta taudinkuvasta ihmisissä   minulla ei ole tähän  lisätietoa saatavilla. 

 

Hakutieto, jossa on käytetty yhteenvetojen tekemiseen, prustsuu hakuun 3 nukleotidimerkintää ja 3 ORF-merkintää seuraavasti:

C5672T, G10447A,C12880T+ORF1aK856R,  ORF1aV18871&ORF1bI2130V,

antaa käyrät sekvensseistä ajan funktiona ja kansainvälisen vertailun käyrän  samoin ajan funktiona, ja  luettelona tapaukset  lukumäärinä  esiintymäalueissa:

Baden-Wuertemburg 1 tapaus (prevalenssi 0,00%),

Enlanti, 1 tapaus (0.00%),

Hesse, 1  (0,01%),

Kööpenhamina, 56 (0,05%),

Keski-Jyllanti, 9 (0,02%),

Pohjois-Jyllanti,8 (0,01%),

Westphalen,4 (0,01%),

Skotlanti, 1 (0,00%),

Sellanti, 26 (0,06%,

Etelä-Tanska, 155 (0,27%). 

Muistiin 14.4. 2022.