Leta i den här bloggen

tisdag 26 april 2022

ZIKV ja stem loop A pohdintaan

 

. 2021 Jun 9;13(6):1107.
doi: 10.3390/v13061107.

The Role of the Stem-Loop A RNA Promoter in Flavivirus Replication

Affiliations
Free PMC article
Abstract

An essential challenge in the lifecycle of RNA viruses is identifying and replicating the viral genome amongst all the RNAs present in the host cell cytoplasm. Yet, how the viral polymerase selectively recognizes and copies the viral RNA genome is poorly understood. In flaviviruses, the 5'-end of the viral RNA genome contains a 70 nucleotide-long stem-loop, called stem-loop A (SLA), which functions as a promoter for genome replication. During replication, flaviviral polymerase NS5 specifically recognizes SLA to both initiate viral RNA synthesis and to methylate the 5' guanine cap of the nascent RNA. While the sequences of this region vary between different flaviviruses, the three-way junction arrangement of secondary structures is conserved in SLA, suggesting that viruses recognize a common structural feature to replicate the viral genome rather than a particular sequence. To better understand the molecular basis of genome recognition by flaviviruses, we recently determined the crystal structures of flavivirus SLAs from dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV). In this review, I will provide an overview of (1) flaviviral genome replication; (2) structures of viral SLA promoters and NS5 polymerases; and (3) and describe our current model of how NS5 polymerases specifically recognize the SLA at the 5' terminus of the viral genome to initiate RNA synthesis at the 3' terminus.

Keywords: Dengue virus; Zika virus; flavivirus; polymerase NS5; stem-loop A (SLA); viral RNA promoter; viral replication.

Conflict of interest statement
The author declares no conflict of interest.
 
Show Figures

Figure 1

 

Sars-2 viruksen koodauskapasiteetista (2020 ja kaikkien VOC varianttein mutaatioista (2022)

 

Artikkeleita Sars-2 viruksen Stem-loop-topografiasta: alternatiivisuuden taustaa

 

Structural dynamics of single SARS-CoV-2 pseudoknot molecules reveal topologically distinct conformers

Discussion

These results confirm the suggestion from simulations and cryo-EM imaging that the SARS-CoV-2 frameshift signal can form a variety of different structures. The state N, which was by far the most common conformation under physiological-like conditions (handle far from stimulatory structure, with Mg2+ but without oligos), unfolded through the full length of the pseudoknot at moderately high force. This conformation was suppressed significantly by occlusion of the 5′ end by the duplex handle, precisely as would be expected for a 5′-end threaded structure such as those seen in cryo-EM images on and off the ribosome10,15 or predicted from simulations18. In contrast, the conformation unfolding at lower force, N′, while occurring ten-fold less frequently than N under normal conditions, increasingly replaced N as occlusion of the 5′ end suppressed the occupancy of N, as would be expected for a conformation in which the 5′ end remains unthreaded. Unthreaded conformers have been predicted computationally18 but not yet characterized structurally in experiments, although some individual cryo-EM images show the straight morphology expected for unthreaded conformers, in contrast to the bent shape of threaded conformers10.

The picture of the pseudoknot folding and unfolding that emerges from this work is illustrated in Fig. 5. Stem 1 always folds first, followed by sequential folding of stem 3 and then stem 2. The orientation of the 5′ end at the moment of stem 2 formation leads to two distinct fold topologies that cannot interconvert: 5′-threaded or -unthreaded. These two topologies give rise to distinct unfolding behaviors: higher forces for the threaded fold, lower forces for the unthreaded fold. The partitioning of the folding at the point when stem 2 forms—depending on whether or not the 5′ end is lying across the stem 1/stem 3 junction, as required for threading—ensures the presence of both threaded and unthreaded conformers, with the minority unthreaded state populated at some finite level, similar to what was seen in the folding of the Zika exoribonuclease-resistant RNA (xrRNA)21. This folding mechanism is dependent on stem 2 folding last; as it happens, stem 2 is also predicted by mfold47 to be the least stable thermodynamically, whereas stem 1 is expected to be the most stable, so that the folding is ordered by the relative stabilities of the stems as seen previously for two-stem pseudoknots34,48. Intriguingly, this order is also the same one in which the stems would refold co-translationally as the ribosome leaves the frameshift signal: stem 1 is at the 5′ end and would be expected to refold first, whereas stem 2 is at the 3′ end and would not be able to refold until after the whole pseudoknot emerged from the ribosome. Notably absent from this picture of the folding, however, is a third fold that was predicted computationally with the 3′ threaded through the stem 2/stem 3 junction18, which makes sense given that this fold requires stem 1 to form last instead of first.

söndag 24 april 2022

Kitukasvuinen BA.3 Omikron on saanut myös yhden alalinjan vastikään BA.3.1 Muuten sitä versoo kuin ruohoa keväälläuusia kombinaatioita ja mutaatioitakin.

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/milestone/276

Tässä omikronlinjassa on  tavallisesti  sitä gammatyypistä K417N substituutiota,  muTta muutamissa  tapahtuu aminohapon muuttuminen T:ksi, K417T ja  niistä muodostuu tämäuusi alalinja BA.3.1. Siinäon vielä  eräs kaksoismutaatio  jonka heijastuksena Orf1a saa aminohapon  vaihtumisen A1176N. kasvukäyurä muistuttaa lähinnä etananvarjoa, ei mikään  erityisen nopea.   (#571). 

Linkitä löytyi 55 aihetta auki. Kirjoitin mustiin vihkoon,  29,4, 2022 aamuyöllä. Tarkastelen päivällä sitten mutaatiosaalista tästä muistiinpanosta. 

lördag 23 april 2022

Omikronlinja BA.2.18 on merkattu. omaksi alalinjakseen, jossa on S:N417T

 
Potential sub-lineage of BA.2 with S:K417T and nuc:C23248T in UK/Ireland (900 seq) #528
 
Olias(nimimerkki) ilmoittaa 17 päivää sitten Britanniassa kiertävästä virusvariantista, jolla on mutaatio  N217 ( gammasta  jo tunnettu. Sillä voi olla  immunoevaasiovaikutusta,  mainitaan tiedemiesten keskustelussa: 

ub lineage of BA.2 with 517 sequences in UK
Contains
S:K417T
A22812C, C23248T
Earliest sequence 2022-02-19 England/ALDP-37C4703/2022

Edit by (nimimerkki  cornelius. ):  70% contains ORF7a:S83L, but there's significant circulation without this mutation

Fairly large potential growth advantage at this stage. 
...

"Oh interesting, convergent evolution with #540 which is a really successful BA.3 lineage with S:417T (Gamma mutation!)

Thanks (nimimerkki olias)  this is a good find - especially the combination of RBD mutation and growth.

.. could you please  use the advanced growth advantage against a BA.2* background? Any BA.2* will have 30% growth advantage simply because it's BA.2*. Also please filter to the country with the highest share - in this case UK. " 

(Nimim. FedeQuei reminds about Orf7a::83L 14 days ago)
Remember that B.1.617.2 (Delta) carry Orf7a:V82A just near that AA. I wouldnt dismiss that mutation as influential (for sure i agree on the designation starting from the nuc you found) and also AY.122 had orf7a:45L and it became the only AY. to reach top ten of more sequenced delta sub- lineages in more than 3 continents.
But maybe, you know, it is just that i am biased versus Orf3a Orf7ab and N mutations ;) 

(Nimim cornelius 6 days ago) 

I just rediscovered this lineage. Was about to propose but then found it again.  (Nimim) Chris R.  could you have a look at designating this one? It has now also been imported into the US and France and keeps growing. It is reasonable that S:417T could help with immune escape.

 (Chris R) Added new lineage BA.2.18 from #528 with 960 new sequence designations

chrisruis  added this to the BA.2.18 milestone 4 days ago

Thanks @olias120676 We've added this as BA.2.18 to start on the branch with A22812C (S:N417T) which is likely the first nonsynonymous mutation in this introduction(s) into the UK

fredag 22 april 2022

Pari päivää sitten merkattu uudeksi asia #541 eräässä BA.2* variantissa ilmennyt Spikemutaatio : K417T. Linjaa selvitellään.

 

BA.2 (+ C25416T) lineage with S:K417T common in India [>5%] and growing in UK [140 seq] #541

Open
corneliusroemer opened this issue 13 days ago · 2 comments 
Ennestään tunentaan K417T  spike-mutaatio gammavariantista P.1. 

(Cornelius sanoo):

It's plausible that BA.2 + S:K417T has a growth advantage. So I went and checked out all the global lineages. There are multiple, which again points to growth advantage.

This is a lineage that appears smaller than the UK one #528, but in fact I think it's bigger because it makes up 2% in India - which has many more cases than UK for sure. It also looks like there's been import into UK from India. There are now 100 sequences from UK.

I think it's definitely worth designating this one.

I checked whether it's clean. It is, it lies on the big BA.2 branch with C25416T (chrisruis- nijmimerkki)  you remember I wanted to give this one a label, but unfortunately it's synonymous). Anyways, this will help show that C25416T is a big branch. The other lineage on it is #499 (BA.2.12(.1)).

 

torsdag 21 april 2022

Omikronlinjasta BA.2 muodostunut alalinja BA.2.9 ( Aihe #432) ja sille alalinja BA.2.9.1 (#530).

 Katson  BA.2  omikronlinjan  edustajat.

 

 Kaksi niistä näyttää olevan merkattuja aivan omiksi linjoikseen. Otan esiin tähän blogiin   euroopan linjan BA.2.9, koska  siitä on ilmennyt  runsaasti sekvenssejä ja sitä on tavattu   90 eri maasta. Sekvenssien  ilmoitettu määrä  18. huhtikuuta on ollut 311,421.  Tarkistin käyrän ja se on ilmeisesti saanut yhden terävän huipun ja on  juuri nyt laskusuunnassa, mutta  tietysti terävä lasku voi olla sellaista sahanterää.  Katson  jonkin ajan kuluttua uudestaan käyrän.  Tanskan  positiivisista testeistä tätä  virusttyyppiä on ollut  neljännes analysoiduista näytteistä.  Ruotsin näytteistä  vain 7% on tätä.

 Tähän linjaan  BA.2.9 luetaan eräs sen  alaryhmä, jossa esiintyy " kolme hiljaista mutaatiota" ja josta on keskustelstu #492 koodilla merkittynä asiana. Myös  #390 koodilla merkattuna asiana.  Tuolle  löytölinjalleei annettu  oman linjaa, vaan lopulta  laskettiin  se sisältyväksi  juuri aiemin  nimettyyn laajaan  BA.2 linjaan  BA.2.9 jolle  on tyypillistä  haaroittuma  C25624A, (ORF3a H78Y). Muutamia  sitaatteja  tieteellisestä pohdinnasta ja linjan vahvistamiseen vaadittavista  tiedoista.

Large sublineage of BA.2 with Orf3a:H78Y (10000+ Sequences) circulating in Europe and globally #432

(Alkuvaiheen tietoja tästä linjasta  helmikuussa kuudennella viikolla).

Number of sequences: 10598
List of Sequences: contributors (4).csv
First sequence: 49/2021 Denmark
Country circulating:
Denmark ( 9000+ seqs)
Sweden (500+ seqs)
It has been sequenced in 4 continents: Europe, Asia, Oceania, North America,Central&South America

In comparison to BA.2* baseline Its relative growth advantage is estimated in 6%(CI:5%-7%

(RajLabn- nimimerkki   mainitsee:)

orf3a:H78Y is found in several BA.1 and BA.1.1 sequences as well.

omicron w/ orf3H78Y mutation in
Denmark -9559 sequences [BA.2 (99.93%); BA.1 (0.05%); BA.1.1 (0.02%)]
UK - 385 sequences [ BA.2 (62.08%); BA.1 (24.42%); BA.1.1 (13.51%)]
USA - 141 sequences [BA.1 (60.28%); BA.1.1 (31.91%); BA.2 (7.80%)]

(Silcn- nimimerkki:  mainitun mutaation  orf3aH78Y arviointia)

 Not clear what this mutation does, but it appeared on top of many different Delta lineages and may have had a very slight transmission advantage. This may be why SSI chose to single out this lineage despite the lack of an obvious growth advantage on a BA.2 background (yes, cov-spectrum gives a 5-7% advantage, but its claims of small advantages should be taken with a pinch of salt, recall AY.33 last year).

(Cornelius.nimimerkki  oli helmikuussa  tätä mieltä: )

This is a sub-lineage of the lineage proposed in #390

So that issue should be resolved first, then this one here, since otherwise we're getting into trouble with renaming.

I think I am still in favour of #390 defining a lineage of its own, because it is very clearly associated with the growth of BA.2 in Denmark and spread from there to neighbouring countries (Sweden, Germany, ...). About 60% of all global BA.2 sequences have nuc:C22792T, however, this is largely because Denmark (and Germany and Sweden) sequence so much and BA.2 is very common there.

This lineage is very uncommon outside of Central/Northern Europe. The ORF3a:78Y mutation appeared within that lineage, but makes up only 25% of the lineage proposed here.

Furthermore, the ORF3a mutation does not seem to provide any further growth advantage. Neither in Denmark, nor globally.

So overall, I think it's better to designate this lineage in #390, not the ORF3a:78Y one here for now.

( FedeGuel-imimerkki  kommentoi asiaa 12. helmikuuta  ja  toistaiseksi asia jätettiin vielä hautumaan).

Ok , Cornelius,  thank you! i close this one waiting for when #390 would be resolved. Sorry i hurried up a bit it after seeing growing % in the SSI. Ready to re-open if requested or something new will pop up.

(FedeGuel  sulki asiankäsittelyn):
   Closed  12.2. 2022.
 
17.2. tulee käyräkuva eri viruslaatuijen  osuuksista. Käyrässä havaitaan  mainittuna BA.2* variantti, jossa esiintyy mutaatio H78Y ja joka on lisääntymään päin
 
Nyt  asia tuli jälleen pintaan ja uudelleen arvio on välttämättömämpää.
Oli myös todettu  3 hiljaista mutaatiota assosiaatiota tuohon mutaatioon oli.  Tulee  kuvaus Liettuasta.
 
Evogytis- nimimerkki kirjoittii  22 päivää sitten:
 
 New  lineage proposal
by Gytis Dudas (IBT, Life Sciences Center, Vilnius University)

Description
Sub-lineage of: BA.2
Earliest sequence: hCoV-19/Denmark/DCGC-298591/2022|EPI_ISL_8465418|2022-01-02
Most recent sequence: hCoV-19/England/LSPA-3BAEAE4/2022|EPI_ISL_11448007|2022-03-21
Countries circulating: Lithuania (306 genomes, ~10-20% of recent cases), Denmark (643 genomes), UK (370), Poland (50), elsewhere in Europe (total of 1421 genomes so far)

BA.2 lineage bearing silent mutations C20371T, C21054T, and C22570T. Lineage is largely restricted to Europe and sequenced in appreciable numbers in Denmark and UK but does not comprise a significant proportion (<0.2%) of cases in either. This lineage is notably prevalent in Lithuania, making up ~13% of cases in March so far and seemingly rising in frequency, presumably stochastically. Parental clade carries C25624T (ORF3a: H78Y) with recent ~10% prevalence in Europe (~30% in Lithuania, Poland, Sweden, and Denmark).

 
Cornelius:  (aukaisee asian  jälleen asian ( #390)  kolme viikkoa sitten)
"  reopened this 21 days ago". 

 (Tällä  kertaa  päästään  ratkaisuun onko kyse uudesta linjasta vai jonkin linjan  osasta, alalinjasta). 

Cornelius  jatkaa: kun kolme hiljaista mutaatiotakin on löytynyt..

Thanks! I think Pango currently requires amino acid mutations to delineate lineages Given that this lineage is a child of the yet undesignated ORF3a:78Y lineage, it would be good to first designate that parent lineage. Otherwise there would be need for renaming with ensuing confusion. I should close #390 and reopen #432 so that that one gets designated.

 Egogytis  vastaa:

I didn't know about the amino acid change requirement and it doesn't seem to be in the pango docs yet either. My understanding was that the nomenclature isn't just meant for VOC candidates but also for epi purposes (here, a geographically confined lineage). If I recall Q.1 was designated with synonymous mutations too. But entirely fair point re: #432.

 Chrisruis- nimimerkki tekee yhteenvedot:

Thanks (ecogytis)  We have recently introduced a requirement for at least one nonsynonymous mutation for a Pango lineage, apologies that hasn't made it into the documentation yet

Just looking at this clade and it doesn't look like there's a suitable nonsynonymous mutation going upstream from the clade either. These sequences will be in the newly designated BA.2.9 which starts on the branch with C25624T (Orf3a:H78Y)

crisruis:  closed this (#390) 20 days ago.
crisruis: added the nonaccepted  20 days ago. 
 
 Tällä tavalla   tutkittu  virusvarianttirakenne asetettiin    ryhmään BA.2.9 , eikä se saa omaa linjaa.  lSe kuuluu niihin viruksiin, jotka  ovat "BA.2.9 suurta alalinjaryhmää BA.2.9 (#432)".

BA.2.9 Denmark 43.0%, United Kingdom 20.0%, Germany 13.0%, Sweden 7.0%, France 3.0%2021-11-24(4815;
313869)Alias of B.1.1.529.2.9, European lineage, from pango-designation issue #432
BA.2.9.1
(
99 ;
0)Alias of B.1.1.529.2.9.1, UK lineage, from pango-designation issue #530

Alempana mainittu BA.2.9.1   on oman linjansa saanut toinen  muunnos.

Deltavarianttien "driving mutations" -linkki ja XT-omikronvariantin tutkinnasta: (S: G75V)

 Seuraan tiedemiesten kirjeenvaihtoa , joka johti sitten   tämän uuden  rekombinantin  (XT)  linjan määrittelyyn.

XT

120Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, South Africa lineage, from pango-designation issue #478

 

 

Tiedemies, jonka  nimimerkki on cornelius, antaa tässä yhteydessä  linkin  AY.s  driving-mutation- kohdista vastauksena erääseen  kysymykseen.  Otan talteen linkin.  Tämä linkki on siitä  keskustelusta, jota tiedemiehet kävivät  XT- rekombinantin suhteen, sillä siinä on  osanen, aminohappomuutos,   joka on joissain   deltavartiantin sekvensseissa ja lambdassa nimittäin   S:G75V, siis spike-proteiinissa glysiini  (G75)   on vaihtunut valiiniksi (V) .  Vertailemalla  erilaisia AY-deltavirusvariantteja joissa  on esiintynyt tuo aminohappomuutos sellaisiin, joissa sitä ei esiintynyt, havaittiin, että virus saa kasvuetua tuosta mutaatiosta. 

SITAATTI  koskien  mutaatiota S: G75V. :

( look at this one:
https://github.com/ucscGenomeBrowser/kent/blob/master/src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/pango.clade-mutations.tsv
here there are mutations driving to each of the AY.s lineages

If i understood well what you were asking for )

 

 XT-omikron variantista on seuraava alkukuvaus:

 SITAATTI

South African BA.2/BA.1* Recombinant with S:75V and breakpoint at ORF3a/M Protein (11 Seqs as of 2022-04-10) #478

Recombinant between: BA.2 & BA.1*
Earliest sequence: 2021/12/13 (South Africa)
Most recent sequence: 2022/2/21 (South Africa)
Countries circulating: South Africa (Gauteng, Limpopo and North-West)
Likely breakpoint: between 26062 and 26528 (from ORF3a to M protein).
Conserved Nuc mutations (those in red frames are likely from the donor from the BA.1* side): 

 Cov-spectrum query: ORF1a:G1307S, ORF1a:S135R, ORF1a:T842I, S:G75V, M:D3G

(Chrisruis kysyy)  can you have a look at this one? It's from South Africa, which means there are probably many more of this recombinant than 9.

It's interesting for a couple of reasons:

  • Very early recombinant, earliest sample from early December
  • Sustained circulation into March
  • BA.1 breakpoint after BA.2 spike
  • It has S:G75V which was part of Lambda
  • Recombinant from South Africa
  • Common throughout South Africa
  • Seems to be growing, now at almost 1%?

(Corneliusroeamer vastaa)  I noticed S:75V also increased in proportion in Delta. It seems to have provided a 1%/day growth advantage, which is not insignificant.

(Deltan avulla on katsottu  S:G75V-mutaation  merkitystä   viruksen kasvuun. Se on edullinen viruksen kasvulle).

 https://cov-spectrum.org/explore/United%20Kingdom/AllSamples/Y2021/variants?pangoLineage=B.1.617.2*&aaMutations1=S%3A75V&pangoLineage1=B.1.617.2*&analysisMode=CompareToBaseline&

(Corneliusroemar  noteeraa):  I agree that the circulation across multiple regions of South Africa over several months supports designation in this case. We've added this as XT,

 

Koronaviruksen käytännön impaktin puolelta uutinen 21.4. 2022 Suomen STM:stä ja THL:stä

 

STM ja THL tiedottavat

Kolmesti koronarokotetuista 80 vuotta täyttäneistä alle puolet on saanut neljännen annoksen – sairaalahoidon tarve painottuu iäkkäämpiin

Sosiaali- ja terveysministeriö 21.4.2022 10.01
Tiedote 105/2022

Erikoissairaanhoidossa ja perusterveydenhuollossa hoidettavien koronapotilaiden määrä on laskenut hieman. Rokotukset suojaavat vakavammilta tautimuodoilta edelleen hyvin. Neljänsiä koronarokoteannoksia suositellaan 12 vuotta täyttäneille voimakkaasti immuunipuutteisille sekä 80 vuotta täyttäneille ja kaikille hoivakodeissa asuville iäkkäille.

Viikkojen 14–15 (4.–17.4.) aikana erikoissairaanhoitoon tuli runsaat 700 uutta koronapotilasta. Valtakunnallisesti erikoissairaanhoidon uusien potilaiden määrä on pysytellyt korkeahkolla tasolla. Tehohoidon tarve on kuitenkin kääntynyt laskuun: viikkojen 14–15 aikana tehohoitoon tuli 55 uutta koronapotilasta, kun kahdella edeltävällä viikolla (21.3.–3.4.) tehohoitoon päätyi 84 potilasta.

Keskiviikkona 20.4.2022 sekä teho-osastoilla että muilla erikoissairaanhoidon vuodeosastoilla olevista koronapotilaista noin kolmannes oli hoidossa ensisijaisesti muun syyn kuin koronavirustaudin vuoksi.

Keskiviikkona 20.4.2022 perusterveydenhuollon vuodeosastoilla oli yhteensä 505 koronapotilasta. Perusterveydenhuollossa olevien potilaiden määrä kasvoi jyrkästi vuodenvaihteen 2021−2022 aikana. Tammi-helmikuussa potilaiden määrä pysyi korkealla tasolla, ja on maaliskuun aikana kasvanut entisestään. Keskiviikkona 20.4. päälle kolmannes perusterveydenhuollon osastoilla hoidettavista koronapotilaista oli hoidossa ensisijaisesti muusta syystä.

Koronavirustartuntaan liittyviä kuolemia oli sunnuntaihin 17.4.2022 mennessä ilmoitettu Tartuntatautirekisteriin yhteensä 3 589. Viimeisen kahden kalenteriviikon aikana (4.–17.4.) menehtyneitä on kirjattu 337, kun edeltävän kahden viikon aikana kuolemia kirjattiin 406. Koko epidemian aikana menehtyneiden keski-ikä (mediaani) on 83 vuotta. Koronaan liittyvien kuolemien määrä heijastelee tartuntojen laajaa leviämistä koko väestössä omikron-aallon aikana
Arvioitu tehollinen tartuttavuusluku on 0,80–0,90 (90 prosentin todennäköisyysväli). Edellisellä raportointikerralla luku oli 0,85–0,95. Hieman alle yhden arvio antaa viitettä epidemian mahdollisesta kääntymisestä laskuun koko väestön tasolla. Eri ikäryhmissä epidemia voi kuitenkin edetä eri tahtiin. Viime viikkoina erikoissairaanhoidon tarpeen kasvu on painottunut vanhempiin ikäluokkiin. 

Viime viikolla (10–11.4.2022) kerättyjen jätevesinäytteiden perusteella koronaviruksen RNA:n kokonaismäärä Suomen jätevesissä on edelleen korkealla tasolla, mutta viidellä viimeisellä mittauskerralla tulokset ovat pysyneet tasaisina eivätkä ole nousseet. Tällä viikolla (18.–19.4.2022) kerättyjen näytteiden RNA-lukumäärät julkaistaan perjantaina klo 12.00 THL:n verkkosivuilla.
Suomessa 18 vuotta täyttäneistä 87,4 prosenttia on saanut vähintään kaksi koronarokoteannosta ja 63,8 prosenttia kolme rokoteannosta. 60 vuotta täyttäneistä 85,8 prosenttia on saanut kolme rokoteannosta. Yli 80-vuotiaista kolme rokoteannosta saaneista 44 prosenttia on saanut myös neljännen annoksen.  Rokotukset suojaavat vakavammilta tautimuodoilta edelleen hyvin. 

Neljänsiä koronarokoteannoksia suositellaan 12 vuotta täyttäneille voimakkaasti immuunipuutteisille sekä 80 vuotta täyttäneille ja kaikille hoivakodeissa asuville iäkkäille. THL on julkaissut  neljänsistä rokteannoksista työpaperin, johon on koottu rokotuksia koskevaa taustatietoa päätöksenteon tueksi. Erikoissairaanhoitoa vaatineiden koronatartuntojen ilmaantuvuus on edelleen suurin rokottamattomien, ikääntyneiden henkilöiden keskuudessa. Tehohoitoon joutumisen riski oli kolme rokoteannosta saaneilla maaliskuussa noin kymmenesosa rokottamattomien riskistä joutua tehohoitoon.

Terveyden ja hyvinvoinnin laitos on koostanut keskeiset koronaepidemian seurantatiedot  verkkosivuilleen.

Lisätietoja

osastopäällikkö,STM

johtava asiantuntija,  STM, 

johtaja, THL, 

onsdag 20 april 2022

Espanjasta tulee artikkeli rekombinanteista

 Olen odotellut tieteellisiä artikkeleja ja käytäntöön projisoituvia yhteenvetoja  tästä rekombinanttiryöpytstä, mikä tässä kevään kuluessa on ilmennyt, mutta asiasta saa vain tehdä omia johtopäätöksiä ja odotella  statistisia köyriä  taudin ilmenemisistä  ja kerätä   tiedemiesten  keskusteluista ja uuden linjan  päätöksistä jotain  tiedonmuruja. Nyt löysin Espanjasta   tällaiset reaktiot, joista syntyi artikkeleitakin yleiseen mediaan. Tosin tämönkin jälkeen on ehtinyt jo tulla  yksi rekombinantti lisää XT. Artikkeli ei heijasta rekombinanttien  impaktia  väestössä;  sitä  tietoa saa vielä odotella toista tietä. Toisaalta  pandemiasuitset on juuri hellennetty  miltei kaikkialla ja  virus on  merkattu  pois yleisvaarfallisten virusten  asemasta.  Luulisi , että lähiviikkoina  kävisi  ilmi, onko näistä rekombinanteista suurempaa  yleisvaaraa.

https://sciencemediacentre.es/en/reaction-three-new-recombinant-sars-cov-2-variants-detected

Sonia Vázquez-Morón

Researcher at the Reference Laboratory for Influenza and Respiratory Viruses
National Microbiology Centre - Carlos III Institute of Health
Science Media Centre Spain

The UK Health Security Agency's publication of the three recombinant forms of SARS-CoV-2 recombinants XE, XD and XF has made the emergence of recombinants more popular. However, they are not the only ones. A total of 17 Pangolin-designated recombinants are currently described: XA, XB and XC, which predate the recombinants included in that report and originated from recombination of the alpha variant and other lineages, but also other non variant-associated lineages.

The most recent ones described are XD and XF (delta and BA.1 recombinants)
XE XG, XH, XJ, XK, XL and XN (BA.1 and BA.2 recombinants);
 XM, XP, XQ, XR (BA.1.1 and BA.2 recombinants)
 and XS (delta and BA.1.1 recombinant). 

The emergence of recombinants is not an isolated event, as it has been previously described in other viruses, including coronaviruses. It has been observed that these viruses are prone to evolve genetically by accumulating point mutations or swapping parts of their genome, so their emergence was to be expected, and even more so at a time of high prevalence of cases. Increased circulation can lead to an increase in the probability of being infected by two different viruses, a prerequisite for recombination to occur.

In this sense, and taking into account viral evolution, surveillance of SARS-CoV-2 is necessary to be able to detect any genetic changes, such as recombinations, that may be associated with changes at epidemiological level and require any intervention at public health level. However, the emergence of recombinant viruses does not necessarily imply a change in the behaviour of the virus compared to circulating viruses (parents of the recombinant). However, time and studies are needed to better understand the possible implications of these recombinations, as well as the possible establishment of one of the new viruses as the predominant virus, as we have seen previously.

 

XR omikronrekombinantti BA.1.1 /BA.2

 

XR United Kingdom 100.0%2022-02-136578Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #469

Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (43 Seqs in Wales as of 2022-03-11) #469

Description

Recombinant between: BA.1.1* & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/13 (UK-Wales)
Most recent sequence: 2022/3/1 (UK-Wale)
Countries circulating: UK (Wales)
Likely breakpoint: between 4322 and 4891 (NSP3).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1.1 side)

 

XQ omikronrekombinantti BA.1.1 /BA.2


XQ United Kingdom 98.0%, Netherlands 2.0% 2022-02-12 56 58 Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #468

 

Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (49 Seqs in England and Wales as of 2022-03-27) #468

Description

Recombinant between: BA.1.1* & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/13 (UK-England)
Most recent sequence: 2022/2/28 (UK-England)
Countries circulating: UK (England and Wales)
Likely breakpoint: between 4322 and 5385 (NSP3).
Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1 side)

Cov-spectrum query: A17615G, C2470T, ORF3a:T223I, ORF1a:K856R, ORF1a:L3027F,

"Thanks (nimi)  We've added this as XQ in v1.2.141"

chrisruis added this to the XQ milestone 19 days ago 

Katselin tämän rekombinantin spikeproteiinin aminohappomutaatioita. 28 niitä on listattuna  nettilähteeseen  ja niissä  on   mukana  kaikki joka omikronille  yleiset  21 aminohappoa. . Niiden  lisäksi  XQ-rekombinantissa on BA.2 tyyppisiä 5 kpl ja  yksi on BA.3 tunnus. A27S substituutio esiityy jo  AY.53  deltavariantisssa. BA.1 linjan aminohappotunnuksia einäy.
ORF1a omaa   BA.2 tyyppisiä muutoksia  useimmat,  mutta on myös yksi  BA.1 tyyppinen  ensiksi (K856R) sekä sen jälkeen  uusi muutos: Orf1a: M1014 I
ORF1b  näyttää samantapaiselta kuin jossain variantissa aiemminkin. OrF3a on BA.2 tyyppiä,samoin E, M, ORF6, ORF9b.
Nukleokapsidissa N ilmenee yksi uusi mutaatio     N:T49P  entisten BA.2 tyyppisten joukossa.  
 
Ne 21 aminohappoa, jotka ovat  kaikille omikroneille S (spike)-piikissä  yleisiä ja joiden mutaatioita virusvariantit  rekombinaatioissakin  useimmiten valitsevat mukaan melkein jokaiseen versioon,  ovat nämä ja niihin ei tapaa  enää tulla uusia mutaatoita.
  1. G142D,
  2. G339D,
  3. S373P,
  4. S375F,
  5. K417N,
  6. N440K,
  7. S477N,
  8. T478N,
  9. E484A,
  10. Q493R,
  11. Q498R,
  12. N501Y,
  13. Y505H,
  14. D614G,
  15. H655Y,
  16. N679K,
  17. P681H,
  18. N764K,
  19. D796Y,
  20. Q954H
  21. N969K. 
 


 


Suomen THL uutiset hengityssuojaimen käytöstä pandemian alkaessa olla ehkä loppuvaiheissaan

THL:n yleinen maskisuositus poistuu, mutta maskia voi oman harkinnan mukaan edelleen käyttää
14.4.2022

THL:n yleinen kasvomaskisuositus kansalaisille poistuu kolmea poikkeusta lukuun ottamatta.

THL suosittelee maskin käyttöä edelleen julkisissa sisätiloissa ja liikennevälineissä

  • niille, jotka hakeutuvat koronaepäilyn vuoksi hoitoon tai testiin
  • niille, joilla on hengitystieinfektion oireita, mutta kodin ulkopuolella liikkuminen on välttämätöntä
  • niille, jotka tietävät altistuneensa koronavirukselle (esim. perheessä on todettu tartuntoja) ja kodin ulkopuoliset lähikontaktit eivät ole vältettävissä.

Oireisille suositellaan aina ensisijaisesti pysymistä kotona oireiden väistymiseen saakka.

Suosituksen päivityksestä huolimatta jokainen voi oman harkintansa mukaan edelleen käyttää maskia esimerkiksi sellaisissa sisätiloissa, joissa lähikontaktien välttäminen on vaikeaa.

”Erityisesti rokottamattomien 12 vuotta täyttäneiden sekä kaikkien, joilla on riski saada vaikea koronatauti rokotuksista riippumatta, kannattaa harkita sellaisen maskin käyttöä, joka suojaa myös kantajaansa tehokkaasti”, sanoo THL:n ylilääkäri Otto Helve.

Koko väestön tasolla maskien käytölle ei ole vaikuttavuusperusteita vallitsevassa epidemiatilanteessa, jossa niiden laajakaan käyttö ei yksittäisenä toimena merkittävästi estä viruksen leviämistä.

Rokotukset ovat paras keino suojautua koronalta

Koronarokotukset ovat ylivoimaisesti tehokkain keino suojautua koronalta. Vaikka rokotukset eivät kokonaan estä tartunnan saamista, ne suojaavat erittäin hyvin vakavalta tautimuodolta.

THL:n maskisuositus ei koske työpaikkoja ja työskentelytilanteita, joissa maskien käyttö perustuu työsuojeluun ja asiakasturvallisuuteen. Näistä vastaa työnantaja ja ohjeistaa Työterveyslaitos.

Lisäksi eri alueilla voi olla voimassa paikallisia maskisuosituksia. Jokaisen kannattaa seurata oman kunnan tai sairaanhoitopiirin viestintää maskien käytöstä alueella.

Sosiaali- ja terveydenhuollossa on omat suosituksensa ja ohjeensa suojainten käytöstä.

XP omikronrekombinantti, jossa akseptori on BA.1.1 ja donori BA.2.

Tämän variantin XP  s-piikin ( spike) mutaatiokirjoon  BA.1.1  varianttityyppinen ja mutatoituneita aminohappoja S-proteiinissa  on  ainakin 31 tyypillisine   BA.1.1 linjan mukaan.  Siinä merkitään   linjan deletiokohdat  substituutiomalleina Y145D, L212I. Orf1a ja Orf 1b ovat linjatyypilliset. Samoin  Orf3a. M-proteiinissa on  tavallisten  linjaan kuuluvien mutaatioiden lisäksi L120I.  Sitten esiintyy Orf9b mutaatio   P10S ja N on BA.2 tyyppiä eli  siinä on lisänä S413R, jota nähdään BA.2 ja BA.3 - linjoissa.  Nukleotiditasossa on jokin pieni   muutos , kaksi nukleotidimuutosa, joita ilmenee myös  gammassa (P.1) ja C37.1- linjassa ( C37 on lambda). Skotlannissa tätä varianttia on ilmennyt 57 sekvenssiä 27.3. 2022 mennessä.  Linjan selvitelyjen jälkeen lisättiin tämä  rekombinantti nimellä XP uutena linjana tietueisiin ja sen asian käsitelly on  PANGO.linjoissa # 481 numerolla.

Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (57 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-27) #481

Description

Recombinant between: BA.1.1 & BA.2
Earliest sequence: 2022/2/26 (UK-Scotland)
Most recent sequence: 2022/3/14 (UK-Scotland)
Countries circulating: UK
Likely breakpoint: between 27385 and 29509 (from ORF6 to N).

 Sitaatti tiedemiesten keskustelusta

" Also, big thanks to     ( name)  for conforming the S2M deletion as an evidence that this cluster is more likely a potential recombinant than BA.1.1 convergently gaining an additional A29510C (N:S413R) mutation."

" That is an interesting little branch. Scotland/QEUH-3880993/2022 has A28877T and G28878C which apparently got that little branch (with A29510C and private mutations A24190C and C26880A) placed on a very large branch with those two mutations in BA.1.1. But then all the rest of the sequences do not have A28877T and G28878C, so UShER placed those on a little branch with two back-mutations/reversions. Here is a view of the proposed recombinants with Scotland/QEUH-3880993/2022 all by itself and all other sequences after reversions on 28877 and 28878:"

"Could that imply a different breakpoint for Scotland/QEUH-3880993/2022 (after 28878) vs. the rest of the sequences (before 28877)?"

"Also, very nice to have that deletion as a confirmation that this wasn't just a chance mutation at 29510"

"There might be 2 recombination events where the breakpoint for most of above sequences are before 28877."

"I've also noticed this just now. That's why (nimi)  thinks some BA.1 in Greece/Russia are recombinants with Gamma :D

 24 päivää sitten:

"(Nimi)   changed the title Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (48 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-22) Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (57 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-27)"

(Nimi)    19 päivää sitten:

 

Tämän hetken rekombinantit XD, XE, XF, XG, XH, XJ, XK, XL, XM, XN, XP, XQ, XS, XT

XD France 68.0%, Denmark 28.0%, Netherlands 4.0%2022-01-032225Recombinant lineage of Delta and BA.1, France and Denmark lineage, from pango-designation issue #444
XE United Kingdom 99.0%, United States of America 1.0%, Ireland 0.0%, Denmark 0.0% 2022-01-19 225 469 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #454 Omicron
XF United Kingdom 100.0% 2022-01-07 34 33 Recombinant lineage of Delta and BA.1, UK lineage, from pango-designation issue #445
XG Denmark 96.0%, Germany 2.0%, United Kingdom 1.0%, Spain 1.0%, United States of America 1.0% 2022-01-11 140 179 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Denmark lineage, from pango-designation issue #447
XH Denmark 98.0%, United Kingdom 2.0% 2021-12-30 42 54 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Denmark lineage, from pango-designation issue #448
XJ Finland 88.0%, Sweden 6.0%, France 3.0%, United Kingdom 3.0% 2022-01-19 17 34 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Finland lineage, from pango-designation issue #449
XK Belgium 100.0% 2022-02-10 15 15 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, Belgium lineage, from pango-designation issue #460
XL United Kingdom 100.0% 2022-02-06 38 51 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #464
XM Germany 30.0%, United Kingdom 23.0%, Denmark 20.0%, Netherlands 13.0%, Croatia 3.0% 2022-02-14 22 30 Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, European lineage, from pango-designation issue #472
XN United Kingdom 99.0%, Denmark 1.0% 2022-02-13 76 93 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #480
XP United Kingdom 100.0% 2022-02-22 54 57 Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #481
XQ United Kingdom 98.0%, Netherlands 2.0% 2022-02-12 56 58 Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #468
XR United Kingdom 100.0% 2022-02-13 65 78 Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #469
XS United States of America 100.0% 2021-12-21 36 40 Recombinant lineage of Delta and BA.1.1, USA lineage, from pango-designation issue #471
XT

120Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, South Africa lineage, from pango-designation issue #478