An essential challenge in the lifecycle of RNA viruses is
identifying and replicating the viral genome amongst all the RNAs
present in the host cell cytoplasm. Yet, how the viral polymerase
selectively recognizes and copies the viral RNA genome is poorly
understood. In flaviviruses, the 5'-end of the viral RNA genome contains
a 70 nucleotide-long stem-loop, called stem-loop A (SLA), which
functions as a promoter for genome replication. During replication,
flaviviral polymerase NS5 specifically recognizes SLA to both initiate
viral RNA synthesis and to methylate the 5' guanine cap of the nascent
RNA. While the sequences of this region vary between different
flaviviruses, the three-way junction arrangement of secondary structures
is conserved in SLA, suggesting that viruses recognize a common
structural feature to replicate the viral genome rather than a
particular sequence. To better understand the molecular basis of genome
recognition by flaviviruses, we recently determined the crystal
structures of flavivirus SLAs from dengue virus (DENV) and Zika virus
(ZIKV). In this review, I will provide an overview of (1) flaviviral
genome replication; (2) structures of viral SLA promoters and NS5
polymerases; and (3) and describe our current model of how NS5
polymerases specifically recognize the SLA at the 5' terminus of the
viral genome to initiate RNA synthesis at the 3' terminus.
This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited
These
results confirm the suggestion from simulations and cryo-EM imaging
that the SARS-CoV-2 frameshift signal can form a variety of different
structures. The state N, which was by far the most common conformation
under physiological-like conditions (handle far from stimulatory
structure, with Mg2+ but without oligos), unfolded through
the full length of the pseudoknot at moderately high force. This
conformation was suppressed significantly by occlusion of the 5′ end by
the duplex handle, precisely as would be expected for a 5′-end threaded
structure such as those seen in cryo-EM images on and off the ribosome10,15 or predicted from simulations18.
In contrast, the conformation unfolding at lower force, N′, while
occurring ten-fold less frequently than N under normal conditions,
increasingly replaced N as occlusion of the 5′ end suppressed the
occupancy of N, as would be expected for a conformation in which the 5′
end remains unthreaded. Unthreaded conformers have been predicted
computationally18
but not yet characterized structurally in experiments, although some
individual cryo-EM images show the straight morphology expected for
unthreaded conformers, in contrast to the bent shape of threaded
conformers10.
The picture of the pseudoknot folding and unfolding that emerges from this work is illustrated in Fig. 5.
Stem 1 always folds first, followed by sequential folding of stem 3 and
then stem 2. The orientation of the 5′ end at the moment of stem 2
formation leads to two distinct fold topologies that cannot
interconvert: 5′-threaded or -unthreaded. These two topologies give rise
to distinct unfolding behaviors: higher forces for the threaded fold,
lower forces for the unthreaded fold. The partitioning of the folding at
the point when stem 2 forms—depending on whether or not the 5′ end is
lying across the stem 1/stem 3 junction, as required for
threading—ensures the presence of both threaded and unthreaded
conformers, with the minority unthreaded state populated at some finite
level, similar to what was seen in the folding of the Zika
exoribonuclease-resistant RNA (xrRNA)21. This folding mechanism is dependent on stem 2 folding last; as it happens, stem 2 is also predicted by mfold47
to be the least stable thermodynamically, whereas stem 1 is expected to
be the most stable, so that the folding is ordered by the relative
stabilities of the stems as seen previously for two-stem pseudoknots34,48.
Intriguingly, this order is also the same one in which the stems would
refold co-translationally as the ribosome leaves the frameshift signal:
stem 1 is at the 5′ end and would be expected to refold first, whereas
stem 2 is at the 3′ end and would not be able to refold until after the
whole pseudoknot emerged from the ribosome. Notably absent from this
picture of the folding, however, is a third fold that was predicted
computationally with the 3′ threaded through the stem 2/stem 3 junction18, which makes sense given that this fold requires stem 1 to form last instead of first.
Tässä omikronlinjassa on tavallisesti sitä gammatyypistä K417N substituutiota, muTta muutamissa tapahtuu aminohapon muuttuminen T:ksi, K417T ja niistä muodostuu tämäuusi alalinja BA.3.1. Siinäon vielä eräs kaksoismutaatio jonka heijastuksena Orf1a saa aminohapon vaihtumisen A1176N. kasvukäyurä muistuttaa lähinnä etananvarjoa, ei mikään erityisen nopea. (#571).
Linkitä löytyi 55 aihetta auki. Kirjoitin mustiin vihkoon, 29,4, 2022 aamuyöllä. Tarkastelen päivällä sitten mutaatiosaalista tästä muistiinpanosta.
Potential sub-lineage of BA.2 with S:K417T and nuc:C23248T in UK/Ireland (900 seq)#528
Olias(nimimerkki) ilmoittaa 17 päivää sitten Britanniassa kiertävästä virusvariantista, jolla on mutaatio N217 ( gammasta jo tunnettu. Sillä voi olla immunoevaasiovaikutusta, mainitaan tiedemiesten keskustelussa:
ub lineage of BA.2 with 517 sequences in UK
Contains S:K417T
A22812C, C23248T
Earliest sequence 2022-02-19 England/ALDP-37C4703/2022
Edit by (nimimerkki cornelius. ): 70% contains ORF7a:S83L, but there's significant circulation without this mutation
Fairly large potential growth advantage at this stage.
...
"Oh interesting, convergent evolution with #540 which is a really successful BA.3 lineage with S:417T (Gamma mutation!)
Thanks (nimimerkki olias) this is a good find - especially the combination of RBD mutation and growth.
.. could you please use the advanced growth advantage against a BA.2* background? Any
BA.2* will have 30% growth advantage simply because it's BA.2*. Also please filter to the country with the highest share - in this case UK. "
(Nimim. FedeQuei reminds about Orf7a::83L 14 days ago)
Remember that B.1.617.2 (Delta) carry Orf7a:V82A just near that AA. I wouldnt
dismiss that mutation as influential (for sure i agree on the designation
starting from the nuc you found) and also AY.122 had orf7a:45L and it
became the only AY. to reach top ten of more sequenced delta sub-
lineages in more than 3 continents.
But maybe, you know, it is just that i am biased versus Orf3a Orf7ab and N mutations ;)
(Nimim cornelius 6 days ago)
I just rediscovered this lineage. Was about to propose but then found it again. (Nimim) Chris R.
could you have a look at designating this one? It has now also been
imported into the US and France and keeps growing. It is reasonable that
S:417T could help with immune escape.
Thanks @olias120676
We've added this as BA.2.18 to start on the branch with A22812C
(S:N417T) which is likely the first nonsynonymous mutation in this
introduction(s) into the UK
It's plausible that BA.2 + S:K417T has a growth advantage.
So I went and checked out all the global lineages. There are multiple,
which again points to growth advantage.
This is a lineage that appears smaller than the UK one #528,
but in fact I think it's bigger because it makes up 2% in India - which
has many more cases than UK for sure. It also looks like there's been
import into UK from India. There are now 100 sequences from UK.
I think it's definitely worth designating this one.
I checked whether it's clean. It is, it lies on the big BA.2 branch with C25416T (chrisruis- nijmimerkki)
you remember I wanted to give this one a label, but unfortunately it's
synonymous). Anyways, this will help show that C25416T is a big branch.
The other lineage on it is #499 (BA.2.12(.1)).
Kaksi niistä näyttää olevan merkattuja aivan omiksi linjoikseen. Otan esiin tähän blogiin euroopan linjan BA.2.9, koska siitä on ilmennyt runsaasti sekvenssejä ja sitä on tavattu 90 eri maasta. Sekvenssien ilmoitettu määrä 18. huhtikuuta on ollut 311,421. Tarkistin käyrän ja se on ilmeisesti saanut yhden terävän huipun ja on juuri nyt laskusuunnassa, mutta tietysti terävä lasku voi olla sellaista sahanterää. Katson jonkin ajan kuluttua uudestaan käyrän. Tanskan positiivisista testeistä tätä virusttyyppiä on ollut neljännes analysoiduista näytteistä. Ruotsin näytteistä vain 7% on tätä.
Tähän linjaan BA.2.9 luetaan eräs sen alaryhmä, jossa esiintyy " kolme hiljaista mutaatiota" ja josta on keskustelstu #492 koodilla merkittynä asiana. Myös #390 koodilla merkattuna asiana. Tuolle löytölinjalleei annettu oman linjaa, vaan lopulta laskettiin se sisältyväksi juuri aiemin nimettyyn laajaan BA.2 linjaan BA.2.9 jolle on tyypillistä haaroittuma C25624A, (ORF3a H78Y). Muutamia sitaatteja tieteellisestä pohdinnasta ja linjan vahvistamiseen vaadittavista tiedoista.
Large sublineage of BA.2 with Orf3a:H78Y (10000+ Sequences) circulating in Europe and globally#432
(Alkuvaiheen tietoja tästä linjasta helmikuussa kuudennella viikolla).
Number of sequences: 10598
List of Sequences: contributors (4).csv
First sequence: 49/2021 Denmark
Country circulating:
Denmark ( 9000+ seqs)
Sweden (500+ seqs)
It has been sequenced in 4 continents: Europe, Asia, Oceania, North America,Central&South America
(Silcn- nimimerkki: mainitun mutaation orf3aH78Y arviointia)
Not clear what this mutation does, but it appeared on top of many
different Delta lineages and may have had a very slight transmission
advantage. This may be why SSI chose to single out this lineage despite
the lack of an obvious growth advantage on a BA.2 background (yes,
cov-spectrum gives a 5-7% advantage, but its claims of small advantages
should be taken with a pinch of salt, recall AY.33 last year).
(Cornelius.nimimerkki oli helmikuussa tätä mieltä: )
This is a sub-lineage of the lineage proposed in #390
So that issue should be resolved first, then this one here, since otherwise we're getting into trouble with renaming.
I think I am still in favour of #390
defining a lineage of its own, because it is very clearly associated
with the growth of BA.2 in Denmark and spread from there to neighbouring
countries (Sweden, Germany, ...). About 60% of all global BA.2
sequences have nuc:C22792T, however, this is largely because Denmark (and Germany and Sweden) sequence so much and BA.2 is very common there.
This lineage is very uncommon outside of Central/Northern
Europe. The ORF3a:78Y mutation appeared within that lineage, but makes
up only 25% of the lineage proposed here.
Furthermore, the ORF3a mutation does not seem to provide any further growth advantage. Neither in Denmark, nor globally.
So overall, I think it's better to designate this lineage in #390, not the ORF3a:78Y one here for now.
( FedeGuel-imimerkki kommentoi asiaa 12. helmikuuta ja toistaiseksi asia jätettiin vielä hautumaan).
Ok , Cornelius, thank you! i close this one waiting for when #390
would be resolved. Sorry i hurried up a bit it after seeing growing %
in the SSI. Ready to re-open if requested or something new will pop up.
(FedeGuel sulki asiankäsittelyn):
Closed 12.2. 2022.
17.2. tulee käyräkuva eri viruslaatuijen osuuksista. Käyrässä havaitaan mainittuna BA.2* variantti, jossa esiintyy mutaatio H78Y ja joka on lisääntymään päin)
Nyt asia tuli jälleen pintaan ja uudelleen arvio on välttämättömämpää.
Oli myös todettu 3 hiljaista mutaatiota assosiaatiota tuohon mutaatioon oli. Tulee kuvaus Liettuasta.
Evogytis- nimimerkki kirjoittii 22 päivää sitten:
New lineage proposal
by Gytis Dudas (IBT, Life Sciences Center, Vilnius University)
Description
Sub-lineage of: BA.2
Earliest sequence: hCoV-19/Denmark/DCGC-298591/2022|EPI_ISL_8465418|2022-01-02
Most recent sequence: hCoV-19/England/LSPA-3BAEAE4/2022|EPI_ISL_11448007|2022-03-21
Countries circulating: Lithuania (306 genomes, ~10-20% of recent cases),
Denmark (643 genomes), UK (370), Poland (50), elsewhere in Europe
(total of 1421 genomes so far)
BA.2 lineage bearing silent mutationsC20371T, C21054T,
and C22570T. Lineage is largely restricted to Europe and sequenced in
appreciable numbers in Denmark and UK but does not comprise a
significant proportion (<0.2%) of cases in either. This lineage is
notably prevalent in Lithuania, making up ~13% of cases in March so far
and seemingly rising in frequency, presumably stochastically. Parental clade carries C25624T (ORF3a: H78Y) with recent ~10% prevalence in
Europe (~30% in Lithuania, Poland, Sweden, and Denmark).
Cornelius: (aukaisee asian jälleen asian ( #390) kolme viikkoa sitten)
" reopened this 21 days ago".
(Tällä kertaa päästään ratkaisuun onko kyse uudesta linjasta vai jonkin linjan osasta, alalinjasta).
Cornelius jatkaa: kun kolme hiljaista mutaatiotakin on löytynyt..
Thanks! I think Pango currently requires amino acid mutations to delineate lineages Given that this lineage is a child of the yet undesignated
ORF3a:78Y lineage, it would be good to first designate thatparent
lineage. Otherwise there would be need for renaming with ensuing
confusion. I should close #390and reopen #432so that that one gets designated.
Egogytis vastaa:
I didn't know about the amino acid change requirement and
it doesn't seem to be in the pango docs yet either. My understanding was
that the nomenclature isn't just meant for VOC candidates but also for
epi purposes (here, a geographically confined lineage). If I recall Q.1
was designated with synonymous mutations too. But entirely fair point re: #432.
Chrisruis- nimimerkki tekee yhteenvedot:
Thanks (ecogytis) We have recently introduced a requirement for at least one
nonsynonymous mutation for a Pango lineage, apologies that hasn't made
it into the documentation yet
Just looking at this clade and it doesn't look like
there's a suitable nonsynonymous mutation going upstream from the clade
either. These sequences will be in the newly designated BA.2.9 which
starts on the branch with C25624T (Orf3a:H78Y)
crisruis: closed this (#390) 20 days ago.
crisruis: added
the nonaccepted20 days ago.
Tällä tavalla tutkittu virusvarianttirakenne asetettiin ryhmään BA.2.9 , eikä se saa omaa linjaa. lSe kuuluu niihin viruksiin, jotka ovat "BA.2.9 suurta alalinjaryhmää BA.2.9 (#432)".
Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, South Africa lineage, from pango-designation issue #478
Tiedemies, jonka nimimerkki on cornelius, antaa tässä yhteydessä linkin AY.s driving-mutation- kohdista vastauksena erääseen kysymykseen. Otan talteen linkin. Tämä linkki on siitä keskustelusta, jota tiedemiehet kävivät XT- rekombinantin suhteen, sillä siinä on osanen, aminohappomuutos, joka on joissain deltavartiantin sekvensseissa ja lambdassa nimittäin S:G75V, siis spike-proteiinissa glysiini (G75) on vaihtunut valiiniksi (V) . Vertailemalla erilaisia AY-deltavirusvariantteja joissa on esiintynyt tuo aminohappomuutos sellaisiin, joissa sitä ei esiintynyt, havaittiin, että virus saa kasvuetua tuosta mutaatiosta.
South African BA.2/BA.1* Recombinant with S:75V and breakpoint at ORF3a/M Protein (11 Seqs as of 2022-04-10)#478
Recombinant between: BA.2 & BA.1* Earliest sequence: 2021/12/13 (South Africa) Most recent sequence: 2022/2/21 (South Africa) Countries circulating: South Africa (Gauteng, Limpopo and North-West) Likely breakpoint: between 26062 and 26528 (from ORF3a to M protein). Conserved Nuc mutations (those in red frames are likely from the donor from the BA.1* side):
(Chrisruis kysyy) can you have a look at this one? It's from South Africa, which means there are probably many more of this recombinant than 9.
It's interesting for a couple of reasons:
Very early recombinant, earliest sample from early December
Sustained circulation into March
BA.1 breakpoint after BA.2 spike
It has S:G75V which was part of Lambda
Recombinant from South Africa
Common throughout South Africa
Seems to be growing, now at almost 1%?
(Corneliusroeamer vastaa) I noticed S:75V also increased in proportion in Delta. It seems to have
provided a 1%/day growth advantage, which is not insignificant.
(Deltan avulla on katsottu S:G75V-mutaation merkitystä viruksen kasvuun. Se on edullinen viruksen kasvulle).
(Corneliusroemar noteeraa): I agree that the circulation across multiple regions of South Africa
over several months supports designation in this case. We've added this
as XT,
Kolmesti koronarokotetuista 80 vuotta täyttäneistä alle puolet on
saanut neljännen annoksen – sairaalahoidon tarve painottuu iäkkäämpiin
Sosiaali- ja terveysministeriö21.4.2022 10.01 Tiedote105/2022
Erikoissairaanhoidossa ja perusterveydenhuollossa
hoidettavien koronapotilaiden määrä on laskenut hieman. Rokotukset
suojaavat vakavammilta tautimuodoilta edelleen hyvin. Neljänsiä
koronarokoteannoksia suositellaan 12 vuotta täyttäneille voimakkaasti
immuunipuutteisille sekä 80 vuotta täyttäneille ja kaikille
hoivakodeissa asuville iäkkäille.
Viikkojen 14–15 (4.–17.4.)
aikana erikoissairaanhoitoon tuli runsaat 700 uutta koronapotilasta.
Valtakunnallisesti erikoissairaanhoidon uusien potilaiden määrä on
pysytellyt korkeahkolla tasolla. Tehohoidon tarve on kuitenkin kääntynyt
laskuun: viikkojen 14–15 aikana tehohoitoon tuli 55 uutta
koronapotilasta, kun kahdella edeltävällä viikolla (21.3.–3.4.)
tehohoitoon päätyi 84 potilasta.
Keskiviikkona 20.4.2022 sekä
teho-osastoilla että muilla erikoissairaanhoidon vuodeosastoilla
olevista koronapotilaista noin kolmannes oli hoidossa ensisijaisesti
muun syyn kuin koronavirustaudin vuoksi.
Keskiviikkona 20.4.2022
perusterveydenhuollon vuodeosastoilla oli yhteensä 505 koronapotilasta.
Perusterveydenhuollossa olevien potilaiden määrä kasvoi jyrkästi
vuodenvaihteen 2021−2022 aikana. Tammi-helmikuussa potilaiden määrä
pysyi korkealla tasolla, ja on maaliskuun aikana kasvanut entisestään.
Keskiviikkona 20.4. päälle kolmannes perusterveydenhuollon osastoilla
hoidettavista koronapotilaista oli hoidossa ensisijaisesti muusta
syystä.
Koronavirustartuntaan liittyviä kuolemia oli sunnuntaihin
17.4.2022 mennessä ilmoitettu Tartuntatautirekisteriin yhteensä 3 589.
Viimeisen kahden kalenteriviikon aikana (4.–17.4.) menehtyneitä on
kirjattu 337, kun edeltävän kahden viikon aikana kuolemia kirjattiin
406. Koko epidemian aikana menehtyneiden keski-ikä (mediaani) on 83
vuotta. Koronaan liittyvien kuolemien määrä heijastelee tartuntojen
laajaa leviämistä koko väestössä omikron-aallon aikana. Arvioitu
tehollinen tartuttavuusluku on 0,80–0,90 (90 prosentin
todennäköisyysväli). Edellisellä raportointikerralla luku oli 0,85–0,95.
Hieman alle yhden arvio antaa viitettä epidemian mahdollisesta
kääntymisestä laskuun koko väestön tasolla. Eri ikäryhmissä epidemia voi
kuitenkin edetä eri tahtiin. Viime viikkoina erikoissairaanhoidon
tarpeen kasvu on painottunut vanhempiinikäluokkiin.
Viime
viikolla (10–11.4.2022) kerättyjen jätevesinäytteiden perusteella
koronaviruksen RNA:n kokonaismäärä Suomen jätevesissä on edelleen
korkealla tasolla, mutta viidellä viimeisellä mittauskerralla tulokset
ovat pysyneet tasaisina eivätkä ole nousseet. Tällä viikolla
(18.–19.4.2022) kerättyjen näytteiden RNA-lukumäärät julkaistaan
perjantaina klo 12.00 THL:n verkkosivuilla. Suomessa 18 vuotta
täyttäneistä 87,4 prosenttia on saanut vähintään kaksi
koronarokoteannosta ja 63,8 prosenttia kolme rokoteannosta. 60 vuotta
täyttäneistä 85,8 prosenttia on saanut kolme rokoteannosta. Yli
80-vuotiaista kolme rokoteannosta saaneista 44 prosenttia on saanut myös
neljännen annoksen. Rokotukset suojaavat vakavammilta tautimuodoilta
edelleen hyvin.
Neljänsiä koronarokoteannoksia suositellaan 12
vuotta täyttäneille voimakkaasti immuunipuutteisille sekä 80 vuotta
täyttäneille ja kaikille hoivakodeissa asuville iäkkäille. THL on
julkaissut neljänsistä rokteannoksista työpaperin,
johon on koottu rokotuksia koskevaa taustatietoa päätöksenteon tueksi.
Erikoissairaanhoitoa vaatineiden koronatartuntojen ilmaantuvuus on
edelleen suurin rokottamattomien, ikääntyneiden henkilöiden keskuudessa.
Tehohoitoon joutumisen riski oli kolme rokoteannosta saaneilla
maaliskuussa noin kymmenesosa rokottamattomien riskistä joutua
tehohoitoon.
Terveyden ja hyvinvoinnin laitos on koostanut keskeiset koronaepidemian seurantatiedot verkkosivuilleen.
Olen odotellut tieteellisiä artikkeleja ja käytäntöön projisoituvia yhteenvetoja tästä rekombinanttiryöpytstä, mikä tässä kevään kuluessa on ilmennyt, mutta asiasta saa vain tehdä omia johtopäätöksiä ja odotella statistisia köyriä taudin ilmenemisistä ja kerätä tiedemiesten keskusteluista ja uuden linjan päätöksistä jotain tiedonmuruja. Nyt löysin Espanjasta tällaiset reaktiot, joista syntyi artikkeleitakin yleiseen mediaan. Tosin tämönkin jälkeen on ehtinyt jo tulla yksi rekombinantti lisää XT. Artikkeli ei heijasta rekombinanttien impaktia väestössä; sitä tietoa saa vielä odotella toista tietä. Toisaalta pandemiasuitset on juuri hellennetty miltei kaikkialla ja virus on merkattu pois yleisvaarfallisten virusten asemasta. Luulisi , että lähiviikkoina kävisi ilmi, onko näistä rekombinanteista suurempaa yleisvaaraa.
The UK Health Security Agency's publication of
the three recombinant forms of SARS-CoV-2 recombinants XE, XD and XF has
made the emergence of recombinants more popular. However, they are not
the only ones. A total of 17 Pangolin-designated recombinants are
currently described: XA, XB and XC, which predate the recombinants
included in that report and originated from recombination of the alpha
variant and other lineages, but also other non variant-associated
lineages.
The most recent ones described are XD and XF (delta and BA.1
recombinants);
XE XG, XH, XJ, XK, XL and XN (BA.1 and BA.2
recombinants);
XM, XP, XQ, XR (BA.1.1 and BA.2 recombinants)
and XS
(delta and BA.1.1 recombinant).
The emergence of recombinants is not an
isolated event, as it has been previously described in other viruses,
including coronaviruses. It has been observed that these viruses are
prone to evolve genetically by accumulating point mutations or swapping
parts of their genome, so their emergence was to be expected, and even
more so at a time of high prevalence of cases. Increased circulation can
lead to an increase in the probability of being infected by two
different viruses, a prerequisite for recombination to occur.
In this sense, and taking into account viral evolution, surveillance
of SARS-CoV-2 is necessary to be able to detect any genetic changes,
such as recombinations, that may be associated with changes at
epidemiological level and require any intervention at public health
level. However, the emergence of recombinant viruses does not
necessarily imply a change in the behaviour of the virus compared to
circulating viruses (parents of the recombinant). However, time and
studies are needed to better understand the possible implications of
these recombinations, as well as the possible establishment of one of
the new viruses as the predominant virus, as we have seen previously.
Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #469
Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (43 Seqs in Wales as of 2022-03-11)#469
Description
Recombinant between: BA.1.1* & BA.2 Earliest sequence: 2022/2/13 (UK-Wales) Most recent sequence: 2022/3/1 (UK-Wale) Countries circulating: UK (Wales) Likely breakpoint: between 4322 and 4891 (NSP3). Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1.1 side)
Recombinant lineage of BA.1.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #468
Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant Lineage with Likely Breakpoint at NSP3 (49 Seqs in England and Wales as of 2022-03-27)#468
Description
Recombinant between: BA.1.1* & BA.2 Earliest sequence: 2022/2/13 (UK-England) Most recent sequence: 2022/2/28 (UK-England) Countries circulating: UK (England and Wales) Likely breakpoint: between 4322 and 5385 (NSP3). Conserved Nuc mutations and AA changes (those in red frames are likely from the donor from the BA.1 side)
Katselin tämän rekombinantin spikeproteiinin aminohappomutaatioita. 28 niitä on listattuna nettilähteeseen ja niissä on mukana kaikki joka omikronille yleiset 21 aminohappoa. . Niiden lisäksi XQ-rekombinantissa on BA.2 tyyppisiä 5 kpl ja yksi on BA.3 tunnus. A27S substituutio esiityy jo AY.53 deltavariantisssa. BA.1 linjan aminohappotunnuksia einäy.
ORF1a omaa BA.2 tyyppisiä muutoksia useimmat, mutta on myös yksi BA.1 tyyppinen ensiksi (K856R) sekä sen jälkeen uusi muutos: Orf1a: M1014 I.
ORF1b näyttää samantapaiselta kuin jossain variantissa aiemminkin. OrF3a on BA.2 tyyppiä,samoin E, M, ORF6, ORF9b.
Nukleokapsidissa N ilmenee yksi uusi mutaatio N:T49P entisten BA.2 tyyppisten joukossa.
Ne 21 aminohappoa, jotka ovat kaikille omikroneille S (spike)-piikissä yleisiä ja joiden mutaatioita virusvariantit rekombinaatioissakin useimmiten valitsevat mukaan melkein jokaiseen versioon, ovat nämä ja niihin ei tapaa enää tulla uusia mutaatoita.
Erä Janssenin koronarokotteita on vedetty varotoimena pois käytöstä –
rokotteen tehossa tai turvallisuudessa ei ole havaittu puutteita
19.4.2022
THL:n tartuntatautirekisteriin kirjautuu
takautuvasti runsaasti uusia koronatapauksia – tiedot eivät vaikuta
epidemian kokonaiskuvaan
THL:n tartuntatautirekisteriin kirjautuu takautuvasti 25 000 uutta
koronatapausta. Tapaukset ajoittuvat helmikuun puolesta välistä
maaliskuun loppuun. Takautuvat tiedot on saatu yhdestä suuresta
laboratoriosta. Epidemian kokonaiskuvaan takautuvilla tiedoilla ei ole
vaikutusta, sillä tartunnat ovat tasaisesti eri päiviltä.
Takautuvasti ilmoitetut tautitapaukset tulevat näkyviin torstaina 21.4.2022 päivittyviin koronalukuihin.
Lisäksi ne näkyvät koronarokotusten vaikuttavuuden aineistossa, joka on päivitetty tänään 19.4.2022.
Aineisto sisältää tietoja tartunnoista ja hoidon tarpeesta
rokotussuojan mukaan. Päivityksen jälkeen aineistossa näkyvät maaliskuun
2022 tiedot. Lisäksi aineistoon on lisätty tehosteannoksen eli
kolmannen ja/tai neljännen rokotteen vaikutuksen tarkastelu.
THL:n yleinen maskisuositus poistuu, mutta maskia voi oman harkinnan mukaan edelleen käyttää
14.4.2022
THL:n yleinen kasvomaskisuositus kansalaisille poistuu kolmea poikkeusta lukuun ottamatta.
THL suosittelee maskin käyttöä edelleen julkisissa sisätiloissa ja liikennevälineissä
niille, jotka hakeutuvat koronaepäilyn vuoksi hoitoon tai testiin
niille, joilla on hengitystieinfektion oireita, mutta kodin ulkopuolella liikkuminen on välttämätöntä
niille, jotka tietävät altistuneensa koronavirukselle (esim.
perheessä on todettu tartuntoja) ja kodin ulkopuoliset lähikontaktit
eivät ole vältettävissä.
Oireisille suositellaan aina ensisijaisesti pysymistä kotona oireiden väistymiseen saakka.
Suosituksen päivityksestä huolimatta jokainen voi oman harkintansa
mukaan edelleen käyttää maskia esimerkiksi sellaisissa sisätiloissa,
joissa lähikontaktien välttäminen on vaikeaa.
”Erityisesti rokottamattomien 12 vuotta täyttäneiden sekä kaikkien,
joilla on riski saada vaikea koronatauti rokotuksista riippumatta,
kannattaa harkita sellaisen maskin käyttöä, joka suojaa myös kantajaansa
tehokkaasti”, sanoo THL:n ylilääkäri Otto Helve.
Koko väestön tasolla maskien käytölle ei ole vaikuttavuusperusteita
vallitsevassa epidemiatilanteessa, jossa niiden laajakaan käyttö ei
yksittäisenä toimena merkittävästi estä viruksen leviämistä.
Rokotukset ovat paras keino suojautua koronalta
Koronarokotukset ovat ylivoimaisesti tehokkain keino suojautua
koronalta. Vaikka rokotukset eivät kokonaan estä tartunnan saamista, ne
suojaavat erittäin hyvin vakavalta tautimuodolta.
THL:n maskisuositus ei koske työpaikkoja ja työskentelytilanteita,
joissa maskien käyttö perustuu työsuojeluun ja asiakasturvallisuuteen.
Näistä vastaa työnantaja ja ohjeistaa Työterveyslaitos.
Lisäksi eri alueilla voi olla voimassa paikallisia maskisuosituksia.
Jokaisen kannattaa seurata oman kunnan tai sairaanhoitopiirin viestintää
maskien käytöstä alueella.
Sosiaali- ja terveydenhuollossa on omat suosituksensa ja ohjeensa suojainten käytöstä.
Tämän variantin XP s-piikin ( spike) mutaatiokirjoon BA.1.1 varianttityyppinen ja mutatoituneita aminohappoja S-proteiinissa on ainakin 31 tyypillisine BA.1.1 linjan mukaan. Siinä merkitään linjan deletiokohdat substituutiomalleina Y145D, L212I. Orf1a ja Orf 1b ovat linjatyypilliset. Samoin Orf3a. M-proteiinissa on tavallisten linjaan kuuluvien mutaatioiden lisäksi L120I. Sitten esiintyy Orf9b mutaatio P10S ja N on BA.2 tyyppiä eli siinä on lisänä S413R, jota nähdään BA.2 ja BA.3 - linjoissa. Nukleotiditasossa on jokin pieni muutos , kaksi nukleotidimuutosa, joita ilmenee myös gammassa (P.1) ja C37.1- linjassa ( C37 on lambda). Skotlannissa tätä varianttia on ilmennyt 57 sekvenssiä 27.3. 2022 mennessä. Linjan selvitelyjen jälkeen lisättiin tämä rekombinantti nimellä XP uutena linjana tietueisiin ja sen asian käsitelly on PANGO.linjoissa # 481 numerolla.
Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (57 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-27)#481
Description
Recombinant between: BA.1.1 & BA.2 Earliest sequence: 2022/2/26 (UK-Scotland) Most recent sequence: 2022/3/14 (UK-Scotland) Countries circulating: UK Likely breakpoint: between 27385 and 29509 (from ORF6 to N).
Sitaatti tiedemiesten keskustelusta
" Also, big thanks to ( name) for conforming the S2M deletion as an evidence that this cluster is
more likely a potential recombinant than BA.1.1 convergently gaining an
additional A29510C (N:S413R) mutation."
" That is an interesting little branch. Scotland/QEUH-3880993/2022 has
A28877T and G28878C which apparently got that little branch (with
A29510C and private mutations A24190C and C26880A) placed on a very
large branch with those two mutations in BA.1.1. But then all the rest
of the sequences do not have A28877T and G28878C, so UShER placed those
on a little branch with two back-mutations/reversions. Here is a view
of the proposed recombinants with Scotland/QEUH-3880993/2022 all by
itself and all other sequences after reversions on 28877 and 28878:"
"Could that imply a different breakpoint for Scotland/QEUH-3880993/2022
(after 28878) vs. the rest of the sequences (before 28877)?"
"Also, very nice to have that deletion as a confirmation that this wasn't just a chance mutation at 29510"
"There might be 2 recombination events where the breakpoint for most of above sequences are before 28877."
"I've also noticed this just now. That's why (nimi) thinks some BA.1 in Greece/Russia are recombinants with Gamma :D
24 päivää sitten:
"(Nimi) changed the title
Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (48 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-22)
Potential BA.1.1/BA.2 Recombinant with Likely Breakpoint at ORF6/N Protein (57 Seqs in UK-Scotland as of 2022-03-27)"
Ok , Cornelius, thank you! i close this one waiting for when #390 would be resolved. Sorry i hurried up a bit it after seeing growing % in the SSI. Ready to re-open if requested or something new will pop up.