Leta i den här bloggen

fredag 29 juli 2022

Tärkeä permalink niistä sars-2 varianttidefinitioista, joilla on erityinen koodilyhennys olemassa. Myös rekombinaattien nimet ovat listassa

 Aktuelli permalinkki: Nämä koodit ovat olennaisia niille, jotka haluavat seurata  viruksen evoluutiotilannetta ja "pysyä kärryillä" koodinimien merkityksestä. Jokaisella VOC variantilla ei ole ollut tarvetta  lyhennyskoodille, kuten beeta (VOC)  variantilla ( B.1.351,  jonka  alalinjakirjo jäi kohtalaisen  helpoksi käsitellä.mutta  esim.  delta (AY) ja omikron(BA) ovat hyvin  runsaasti versonneet.  Tällä hetkellä omikron poimii rekombinaateissaan esiin jopa  joitain   aiempiakin sekvenssejä, joita selvitellään. Sentakia on hyvä muistutella  PANGO-listan muitakin koodeja ja systematiikkaa eddellisvuosilta. Omikronin  päärekombinaantit kuitenkin ovat sen omien uudehkojen alalinjojen kesken ja ne ovat listassa mainittuna.  Luettelo on suorastaan ihana!  Alkuvirus on "A".  Jos  jokin virus tuli yleisvaaralliseksi, se sai erityisen VOC nimen WHO:ssa ja se on kreikkalainen kirjain, mutta   tämä ei permalink  ole  VOC-luettelo, vaan perustava PANGO-NIMITYS systeemi, jolla on tarpeen mukaan  mahdollisuutta  laajeta systemaattisesti  vaikka kuinka paljon.Tämä ei sinänsä kerro variantin vaaroista.  Vaarallisuustaulukko on taas se VOC, VOI, VUM, ja siinä taulukossa  jokin variantti saa  jonkin helpon  maailmankansalaisille tarkoitetun   käyttökelpoisen kutsumanimen kielenkäyttöön kreikkalaisesta aakkostosta. Miten helppo se siten on kiinalaisille, thamaalaisille ja niille joilla ei ole eurooppalainen kielikulttuuri perustana? en vain tiedä miten kiinaksi näitä VOC-varianteja  kirjoitettaisiin ja erotettaisiin. Onneksi meille on tuo  kreikka tuttua jo koulumattesta.

   Systemaattinen taulukko tarvitaan  monitoroinnin  yhtenäistämiseksi ja tehostamiseski ja   se helpottaa yleisvaaran  varhaista havaitsemista.

https://raw.githubusercontent.com/cov-lineages/pango-designation/master/pango_designation/alias_key.json

{   
    "A": "",
    "B": "",
    "C": "B.1.1.1",
    "D": "B.1.1.25",
    "G": "B.1.258.2",
    "K": "B.1.1.277",
    "L": "B.1.1.10",
    "M": "B.1.1.294",
    "N": "B.1.1.33",
    "P": "B.1.1.28",
    "Q": "B.1.1.7",
    "R": "B.1.1.316",
    "S": "B.1.1.217",
    "U": "B.1.177.60",
    "V": "B.1.177.54",
    "W": "B.1.177.53",
    "Y": "B.1.177.52",
    "Z": "B.1.177.50",
    "AA": "B.1.177.15",
    "AB": "B.1.160.16",
    "AC": "B.1.1.405",
    "AD": "B.1.1.315",
    "AE": "B.1.1.306",
    "AF": "B.1.1.305",
    "AG": "B.1.1.297",
    "AH": "B.1.1.241",
    "AJ": "B.1.1.240",
    "AK": "B.1.1.232",
    "AL": "B.1.1.231",
    "AM": "B.1.1.216",
    "AN": "B.1.1.200",
    "AP": "B.1.1.70",
    "AQ": "B.1.1.39",
    "AS": "B.1.1.317",
    "AT": "B.1.1.370",
    "AU": "B.1.466.2",
    "AV": "B.1.1.482",
    "AW": "B.1.1.464",
    "AY": "B.1.617.2",
    "AZ": "B.1.1.318",
    "BA": "B.1.1.529",
    "BB": "B.1.621.1",
    "BC": "B.1.1.529.1.1.1",
    "BD": "B.1.1.529.1.17.2",
    "BE": "B.1.1.529.5.3.1",
    "BF": "B.1.1.529.5.2.1",
    "BG": "B.1.1.529.2.12.1",
    "XA": ["B.1.1.7","B.1.177"],
    "XB": ["B.1.634","B.1.631"],
    "XC": ["AY.29","B.1.1.7"],
    "XD": ["B.1.617.2*","BA.1*"],
    "XE": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XF": ["B.1.617.2*","BA.1*"],
    "XG": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XH": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XJ": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XK": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XL": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XM": ["BA.1.1*","BA.2*"],
    "XN": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XP": ["BA.1.1*","BA.2*"],
    "XQ": ["BA.1.1*","BA.2*"],
    "XR": ["BA.1.1*","BA.2*"],
    "XS": ["B.1.617.2*","BA.1.1*"],
    "XT": ["BA.2*","BA.1*"],
    "XU": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XV": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XW": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XY": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XZ": ["BA.2*","BA.1*"],
    "XAA": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XAB": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XAC": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"],
    "XAD": ["BA.2*","BA.1*"],
    "XAE": ["BA.2*","BA.1*"],
    "XAF": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XAG": ["BA.1*","BA.2*"],
    "XAH": ["BA.2*","BA.1*"],
    "XAJ": ["BA.2.12.1*","BA.4*"],
    "XAK": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"]
}

 

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar