NSP10 kirjoitautuu nukleotideistä 13025-13441 .
Todellakaan sillä aluella ei havaitse montaa Orf1ab mutaatiota. Yhden kuitenkin löysin luettelosta. variantilla BA.1.1.9 löytyy ORF13421 mutaatio, josta seuraa polypeptidin aminohapon(Orf1ab) L4386 vaihtuminen F aminohapoksi.. Se vastaa lopputuotteessa, sen peptidissä NSP10 (jonka monomeerin pituus on 139 aminohappoa sars-cov-2 viruksella) aivan sen loppupään alueella L133F nutaatiota.https://outbreak.info/situation-reports?pango=BA.1.1.9
|
NSP10 on epäkonventionelli , LIM-tyyppinen sinkkisormiproteiini. Siinä on kahta eri laatua sinkkisormimuodostumaa:(CCCH ja CCCC). Eräässä tutkimuksessa Znf1 määriteltynä: C74-x2-C77-x5-H83-x6-C90. Sen jälkeinen sinkkisormi Znf2 olisi kohdassa C117-x2-C120-x7-C128-x-C130.
Itse asiassa monomeerirakenne tarjoaa mielestäni enemmänkin mahdollisuuksia sinkkisormen tekoon, mutta kun a-helikaalinen ja beta-tuppeja sisältävä rakenne on kiteytettynä, nuo esiintyvät niin että voitiin määrittää LIM-tyyppistä hahmoa esiin. Sinkkirakenne on funktiota stabiloiva ja ilman sinkkejä toiminta olisi kyseenalaista. Mutta sinkkiä on ihmisen omissakin rakenteissa tuhansissa proteiineissa, joten sitä lie saatavilla aina saatavilla "ihmisskehon proteiineista poiskelaamalla viruksen tarpeisiin", esim normaalina ACE2 on sinkkiä sitova),
Tällä nsp10:llä koronaviruksissä hyvin tyypillinen konseratiivinen rakenne ja ehkä sen vuoksi harvemmin esiintyy mutaatioita. Sars1 ja Sars2 välillä on vain pari aminohappoeroa Ne ovat 99%;sti samanlaisia Molempien ero taas Mersiin päin on paljon suurempi. Tosin tämä artikkeli näyttää mers-C-terminaalissa olevan muutamia samoja aminohappoja kuin sars-2:ssa, joita puuttuu sars-1:stä. Ja juuri tuollaiseen leusiiniin BA.1.1.7 on sijoittanut fenylalaniinin (F) yhden leusiiniin (L) sijaan.
(NSP10:n loppupääty on olennainen koska siihen liittyy NSP11 alku siinä vaiheessa , kun se on liittymssä NSP12 rakenteeseen ja frameshift luenta koko pitkään malliin on alkanut toimia. Nsp11 on myös sisäiseen järjestäytymättömyyteensä (IDP) ottanut mallia järjestyksestä, joka nsp10:ssä mitä tarkimmin vallitsee. Ilman domaanijärjestystä ollut nsp11 on tässä välivaiheessa muuttunut coiled coil-alfa-helix-coiled coil-domaanit omaavaan järjestykseen.
Lopulta kun pitkää peptidiä muodostuu ja siten nsp12 esiintyy lopputuoteenaan, nsp11 alkuaminohapot ( noin 9 aminohappoa 13:sta). sijaitsevat nsp12 alkuna.
Orf1a alkupään peptidejä muodostuu paljon runsaammin kuin Orfab loppupään proteiineja. Useat NSP10 proteiinit voivat esiityä monomeereinä ja dimeereinä, sekä trimeerien muodostamina tetrameereinä NSP11:n kanssa Ne voivat muodostaa trimeereistä koostuneen tetrameerin joka on tetrahedraalinen dodecameeri. Ilmeisesti tätä resurssiainesta infektoituneessa solussakin luonnossakin eikä vain synteettisissä kristalloivissa olosuhteissa ja tämä resurssi odottaa mahdollisuutta käynnistää framsehiftin ja tuottaa kaikkia muitakin työkaluja koronavirusten genomiseen toteutumiseen.
Olen koettanut selvittää näitä frameshiftin muodostukseen osallistuvia kolmea aminohappopeptidiä nsp10, nsp11 ja nsp12 nyt viime päivinä. Koetan myös löytää mihin varianttiin sisältyy näihin kohtiin ilmestyviä mutaatioita ja mikä sitten on mutaation kliininen merkitys, esim purkausten aj sekvenssien määrä sellaisissa linjoissa. osa proteiineista on iso peptidi monomeerina, muta jos se on pieni, sen kompleksinmuodostuskyky on suurenmoinen.
Nyt tosin on havainnut vasta yhden sars-2 omikronlinjan , jossa on nsp10 alueen nukleotidimutaatio ja sitä vastaava aminohappomutaatio mainittuna valmiissa PANGOluettelossa. Varmaan niitä voisi löytä tarkassa seulonnassa useammankin tietokoneohjelman avulla.
LÄHTEITÄ:
Asetan löytämiäni valaisevia lähdeartikkeleita nsp10 virusproteiinista linkiksi:
https://www.nature.com/articles/s41392-022-00884-5#ref-CR125
Rogstam, A. et al. Crystal structure of non-structural protein 10 from severe acute respiratory syndrome coronavirus-2. Int. J. Mol. Sci. 21, 7375 (2020
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7583907/
Laajempiartikkeli, jonka referaattina oli ylläoleva artikkeli ajalta ennen omikronviruksen ilmenemistä.
https://www.nature.com/articles/s41392-022-00884-5#ref-CR125
BA.1.1.9 linja on omikronlinja, jota esiintyi omikron muidenkin BA.2-linjojen aallon aikaan. https://outbreak.info/situation-reports?pango=BA.1.1.9
Orf1a alueen muut mutaatiot tässä variantissa ovat BA.1.1 linjalle tyypillisiä, mutta tämän linjan (BA.1.1.9) definitioon kuuluu tuo viimeinen muuton, variantin NSP10-proteiinin alueeseen sijoittuva L>F muutos:
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar