Kun sars-2 viruksesta puhutaan , kiinnitetään päähuomio sen piikkiproteiiniin S (Spike) ja siinä ilmeneviin mutaatioihin. Viruksella on useampikin rakenneproteiini. Ne merkitään kirjaimin S, E, M ja N. nämä tarkoittavat: Spike, Envelope, Membrane , Nucleocapside. siis piikkiproteiini, vaippaproteiini, kalvoproteiini ja nukleokapsidiproteiini.
Aluksi mutaatiot näyttivät ilmenevän lähinnä piikkiproteiinissa ja hyvin harvoin noissa muissa rakenneproteiineissa. Ajan mittaan kuitenkin niihin on alkanut kertyä eri alalinjoissa joitain mutaatioita, joten summana niidenkin mutaatioitten määrä alkaa olla jo sikäli merkittävä, että niihin on kiinnitettävä huomiota, koska virus on jollain tavalla tehostanut piikkiproteiininsa jo sellaiseen hahmoon, että sen muutokset eivät selitä viruksen funktion, tarttumistapojen ja patologisuuden muuttumisia. Tämän takia aletaan kiinnittää huomiota myös muihin rakenneproteiinimuutoksiin enemmän.
Tänään koetan kerätä muistiinpanoistani muutoksia, joita on merkattu nukleokapsidiproteiinissa (N) tapahtuneen viime vuosina variantista toiseen. Asian tärkeydestä löytyy artikkelikin viime kuulta. Siinä mainitaan omikronin päämutaatiot, jotka ilmenevät N-proteiinissa ( nukleokapsidiproteiinissa). Nukleokapsidiproteiinissa on 419 aminohappoa.
PLoS Pathog
2022 Jun 21;18(6):e1010627.
doi: 10.1371/journal.ppat.1010627. Online ahead of print.
Nucleocapsid mutations in SARS-CoV-2 augment replication and pathogenesis
Bryan A Johnson 1 , Yiyang Zhou et al.
Free article Abstract
While SARS-CoV-2 continues to adapt for human infection and transmission, genetic variation outside of the spike gene remains largely unexplored. This study investigates a highly variable region at residues 203-205 in the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein. Recreating a mutation found in the alpha and omicron variants in an early pandemic (WA-1) background, we find that the R203K+G204R mutation is sufficient to enhance replication, fitness, and pathogenesis of SARS-CoV-2. The R203K+G204R mutant corresponds with increased viral RNA and protein both in vitro and in vivo. Importantly, the R203K+G204R mutation increases nucleocapsid phosphorylation and confers resistance to inhibition of the GSK-3 kinase, providing a molecular basis for increased virus replication. Notably, analogous alanine (A) substitutions at positions 203+204 also increase SARS-CoV-2 replication and augment phosphorylation, suggesting that infection is enhanced through ablation of the ancestral 'RG' motif. Overall, these results demonstrate that variant mutations outside spike are key components in SARS-CoV-2's continued adaptation to human infection.
Tämä artikkeli keskittyy yhden hyvin variaatioalttiin kohdan kuvaamiseen. Se kohta on N-proteiinin aminohappojen R203, G204, T205 kohdalla. Sitä kohtaa ovat muutelleet omikronin lisäksi myös lambda ja mu-variantti. Beeta ja Mu-variantti tekivät mutaation T205I (threoniini vaihtui isoleusiiniin). Omikron vaihtaa arginiinin R ja Glysiinin G muotoon KR, lysiini (K) ja arginiini (R). Niin teki jo Lambda-variantti. Kaikki nykyomikronit suosivat tuota samaa muutosta, jossa RG muutetaan KR muotoon.
Lisäksi on ilmentynyt seuraavanlaisiakin substituutioita. Nämä olen poiminut linjoja definioivista mutaatioista, joiden lista annettiin viime kuussa.
Ensinnäkin omikronit pyrkivät deletoimaan kolme aminohappoa ERS (Del 31/33) verrattuna omikronia edeltävään virusrakenteeseen.
(Linjoista mainitaan määrittelevät mutaatiot. Lyhennykset S, E, M, ja N tarkoittavat rakenneproteiineja. muut geenit annetaan Orf nimillään Orf1a, Orf1ab, Orf 3a, Orf6, Orf7a, Orf7b, Orf8,Orf9b, Näkyypä joukossa Orf5, tarkoittanee kuitenkin M proteiinia. ( Varsinaisesti S on Orf2, E on Orf4, ja N on Orf9. Jos geeni lukeutuu vaihtoehtoisesti, näkyy joskus Orf9b, Orf9a. Orf9c voi olla myös. Orf10 mainitaan myös joukossa muutaman kerran, jos siinä on mutaatio). Virus järjestelee deleetioilla rakennettaan, mutta deleetioita ei tästä luettelosta näy suoranaisesti erikseen).Muuten , jos silloin tällöin arkistaa tuon viruspäivityksen linkistä, huomaa uudet linjat.
Nyt huomaan, että BA.2 alalinjojen joukkoon on tullut uusia: BA.2.75 jälkeenkin: BA.2.76, Intian ja USA:n linja; BA.2.77, Irlannin, Englannin ja USA:n linja; BA.2.78, Intian ym linja; BA.2.79 , Kuwaitin ja Israelin linja, BA.2.79.1, Intian linja; BA.2. 80, Tanskan linja. Näiden joukossa ei mainittu kuitenkaan uusia N-proteiinin mutaatioita.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar