NSP1 proteiini on 180 aminohappoa pitkä. Sen geeni alue on 5´UTR alueen (1..265) jälkeen : 266..21555. Tämä proteiini pystyy vaikutamaan ribosomaaliseen järjestelmään ja mRNA translaatioon ja valikoiden se pystyy pysäyttämään ihmisen mRNA:n translaation, mutta ei haittaa viruksen oman RNA:n translaatiota. Se toimii yhteistyössä muutamien muiden nsp-proteiinien (nsp8, nsp9, nsp16) kanssa häiriten ihmisen mRNA:n kääntämistä proteiinimuotoon.
250 000 virusgenomin avulla on selvitetty tämän yhden nonstruktuuriproteiini mutaatiotiheyttä, mutatoituvan aminohappokohteen valintaa ja mutaatioiden funktionaalista merkitystä nsp1 rakenteelle ( flexibiliteettihyötyä vai rigiditeettihyötyä). Vertailukohteena on käytetty wild type viruksen mutaatioalttiutta . Löytyi 933 nonsynonyymistä mutaatiota. Näistä 529 oli destabiloivaa ja 642 tuotti flexibiliteettiin hyötyä. Tiheimmin mutaatioita esiintyi lenkkirakenteissa(loop). Mutaatiotutkimuksesta saatua tietoa voidaan hyödyntää luotaessa lääkkkeitä viruksen patogeenisuudedn vähentämiseksi.
Emerging Mutations in Nsp1 of SARS-CoV-2 and Their Effect on the Structural Stability.
Mou K, Mukhtar F, Khan MT, Darwish DB, Peng S, Muhammad S, Al-Sehemi AG, Wei DQ. Pathogens. 2021 Oct 6;10(10):1285. doi: 10.3390/pathogens10101285. PMID: 34684233 Free PMC article.
The sequences harbored 933 mutations in the entire coding region of Nsp1. The most frequently occurring mutation in the 180-amino-acid Nsp1 protein was R24C (n = 1122), followed by D75E (n = 890), D48G (n = 881), H110Y (n = 860), and D144A (n = 648). . …
Front. Cell. Infect. Microbiol., 22 April 2022 | https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.881749
Tie Zhao1,2, Yi Ren1, Jianguo Wu1,3*† and Qiwei Zhang1,3,4*†
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar