Katsahdus tavalliisiin koronaviruksiin, HE domeeni HKU1 viruksessa 2017.

• Common human CoVs: HCoV-OC43, and HCoV-HKU1 (betaCoVs of the A lineage); HCoV-229E, and HCoV-NL63 (alphaCoVs). They can cause common colds and self-limiting upper respiratory infections in immunocompetent individuals. In immunocompromised subjects and the elderly, lower respiratory tract infections can occur.
• Other human CoVs: SARS-CoV, SARS-CoV-2, and MERS-CoV (betaCoVs of the B and C lineage, respectively). These cause epidemics with variable clinical severity featuring respiratory and extra-respiratory manifestations. Concerning SARS-CoV, MERS-CoV, the mortality rates are up to 10% and 35%, respectively.
  
  Ylläoleva sitaatti on päivän  trending artikkelista PubMed linkistä ensimmäisen artikkelin johdannosta.  Katson tänään , minkälainen oli yhden  tavallisen koronaviruksen   " ehkä ORF2 a" joka sijaitsi ORF1 ja Spike  geenin välillä.   Kyse siinä on HE- domeenista. Tämä kesän 2017  tavallinen koronavirus  HKU1 on mielenkiintoinen ja katson siitä seuraavassa erikseen sen S-piikkirakenteen. Kohdassa selitetään, mirwn koronavirus sen tappinsa pinnalle tekee , peplomeerinsä.  Tämän nykyisen  S-piikkin  selvittely ehkä tulee helpommaksi kun katselee ensin tuota 3 vuoden takaisen tavallisen  koronaviruksen tapintekotouhut taustalle. Siinä selvitetään asioita,jotka ovat jo ennestään tiedossa eivätkä uuden viruksen dynamiikkaa sinänsä.  Näitä kahta  sekvenssiä katsellessani huomaan että  virus ikäänkuin on viitta vaille saamassa useita LLxxL- motiiveja, mutta ei vielä 2017 ilman muutamien   leusiinien (L)  vaihtumista  sen aikaisten aminohappojen sijaan.
  
  ehkä ORF2a kohtaa on tämä HE.
  
  Tämä  allaoleva sitaatti koskee  vuoden 2017  kesäkuista alfa-koronavirusta  Human CoV  HKU1. Sillä on tämä HE domeeni ennen Spike domeenia.  ORF1ab pituus on 7152 aminohappoa.
  Tämä HE taas katsotaan lisäproteiiniksi joka on glykoproteiini viruspinnalla.
  Sitaatti:
  

  • NCBI

  hemagglutinin-esterase glycoprotein [Human coronavirus HKU1]

  GenBank: AYN64560.1

  Identical Proteins FASTA Graphics

  
  

  Go to:

  LOCUS       AYN64560                 385 aa            linear   VRL 29-OCT-2018
  DEFINITION  hemagglutinin-esterase glycoprotein [Human coronavirus HKU1].
  ACCESSION   AYN64560
  VERSION     AYN64560.1
  DBSOURCE    accession MH940245.1
  KEYWORDS    .
  SOURCE      Human coronavirus HKU1 (HCoV-HKU1)
    ORGANISM  Human coronavirus HKU1
              Viruses; ssRNA viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA
              stage; Nidovirales; Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus.
  REFERENCE   1  (residues 1 to 385)
    AUTHORS   Joyjinda,Y., Rodpan,A., Chartpituck,P., Yaemsakul,S., Suthum,K.,
              Cheun-Arom,T., Bunprakob,S., Hemachudha,T. and Wacharapluesadee,S.
    TITLE     First complete genome sequence of Human Coronavirus HKU1
              (HCoV-HKU1) from a non-ill bat guano miner, Thailand
    JOURNAL   Unpublished
  REFERENCE   2  (residues 1 to 385)
    AUTHORS   Joyjinda,Y., Rodpan,A., Chartpituck,P., Yaemsakul,S., Suthum,K.,
              Cheun-Arom,T., Bunprakob,S., Hemachudha,T. and Wacharapluesadee,S.
    TITLE     Direct Submission
    JOURNAL   Submitted (22-SEP-2018) Thai Red Cross Emerging Infectious Disease
              - Health Science Centre, Rama IV Rd., Pathumwan, Bangkok 10330,
              Thailand
  FEATURES             Location/Qualifiers
       source          1..385
                       /organism="Human coronavirus HKU1"
                       /isolate="SI17244"
                       /host="Homo sapiens"
                       /db_xref="taxon:290028"
                       /country="Thailand"
                       /collection_date="04-Jun-2017"
       Protein         1..385
                       /product="hemagglutinin-esterase glycoprotein"
       Region          16..350
                       /region_name="Hema_esterase"
                       /note="Hemagglutinin esterase; cl28016"
                       /db_xref="CDD:332837"
       CDS             1..385
                       /gene="HE"
                       /coded_by="MH940245.1:21686..22843"
  ORIGIN      
          1 mliiflffnf cygfneplnv vshlnhdwfl fgdsrsdcnh innlkiknyg yldihpslcn
         61 ngkisssagd sifksyhftr fynytgegdq iifyegvnfn phhrfkcffn gsndvwifnk
        121 vrfyralysn malfryltfv dilynfsfsi kanicnsnil slnnpifist nyskdvyftl
        181 sgcslylvpl clfksnfsqy yynmdtgfay gysnfvssdl dctyislkpg sykifstgfv
        241 lsiptkalcf nkskqfvpvq vvdsrwnnlr asdtslsdac qlpycyfrns sgnyvgkydi
        301 nhgdngftsi lsgllynvsc isyygsflyd nftsiwprfs fgncptsayi klncfydplp
        361 iilqgillfl allfivfllf lvyhg
  //

  (Zincfinger CHCH  paikkaa löytyy rakenteesta. Huomaa miten pienillä 

  L-lisämuutoksilla tulisi  LLxxL motiiveja, jotia nyt ei ole. 

  Löysin kuvan missä on ylärivissä  ihmisen HKU1 koronavirusdomeenit ORF1 jälkeen. Siinä on merlkattu tämän A-linjan   betakoronaviruksen (embecovirus) hemaglutaniiniesteraasi-domeeni HE näkyviin.  Se on lisäproteiinina.  Alla olevassa hiiren hepatiittiviruksessa MHV on  vielä senkin lisäksi pieni domeeni ORF1:n jälkeen ja se kai on se 2a domeeni, jota nykyisin ilmenevässä COVID-19 viruksessa ei  kai ole , kuten ei myös HE-domeenia. ORF5 kyllä näkyy.  Hiiren ja lepakon  viruksissa   tuon ensimmäisen alla näkyy sekä 4 että 54 domeenit, joita muuten MERS omasi, mutta nykyiset SARS-virukset eivät omaa. Niillä on muuta rekvisiittaa  apoproteiineina , kuten nykyisellä  ORF6, ORF 7a/b, ORF8 ja ORF10.( S  tarkoittaa spike, piikkiproteiinia . E = envelope, pientä kalvoproteiinia, M= pääasiallista membraaniproteiinia, N= nukleokapsidiproteiinia,, jotka neljä  ovat  päärakenteet kaikissa virioneissa)
  
   https://ars.els-cdn.com/content/image/3-s2.0-B9780123846846000689-f68-06-9780123846846.jpg