Leta i den här bloggen

måndag 9 mars 2020

COVID-19 nsp10 (4254..4392), 139 aminohappoa. Aiemmin tunnettu GFL kasvutekijän kaltainen proteiiniii Sinkkiproteiini

     mat_peptide     4254..4392
                     /product="nsp10"
                     /note="formerly known as growth-factor-like protein (GFL);
                     produced by both pp1a and pp1ab"              /collection_date="17-Jan-2020"
     Protein         <1 ..="">139
                     /product="orf1ab polyprotein"
     mat_peptide     1..139
                     /product="nsp10"
                     /note="formerly known as growth-factor-like protein (GFL);
                     produced by both pp1a and pp1ab"
     CDS             1..4405
                     /gene="orf1a"
                     /coded_by="MT049951.1:266..13483"
                     /note="pp1a"
ORIGIN      
        1 agnatevpan stvlsfCafa vdaakaykdy lasggqpitn CvkmlCtCtg tgqaitvtpe
       61 anmdqesfgg asCClyCrCH idHpnpkgfC dlkgkyvqip ttCandpvgf tlkntvCtvC
      121 gmwkgygCsC dqlrepmlq 
(CxxxCxxxCxCxxxCCxxCxCHxDHxxCDxxxCxxxCxxCxxxCxC,  sinkkisormikonfiguraatiot  muuttueet)
//https://swissmodel.expasy.org/interactive/3xFkkB/models/03 kertoo tarkemmin. 
4254         agnatev
     4261 panstvlsfc afavdaakay kdylasggqp itncvkmlct htgtgqaitv tpeanmdqes
     4321 fggascclyc rchidhpnpk gfcdlkgkyv qipttcandp vgftlkntvc tvcgmwkgyg
     4381 cscdqlrepm lq 
 
Vanha SARS 2003  vain 119 aminohappoa pitkä. Siis 20 aminohappoa lyhempi kuin 
nykyinen nsp10. lyhennystä
 on sekä alusta että lopusta. 
Region 4242..4361  nsp10, RNA synthesis protein , 2 Zn++ binding motifs (CCHCC CCHCC)
 
4242     tvlsfcafa vdpakaykdy
     4261 lasggqpitn CvkmlCtHtg tgqaitvtpe anmdqesfgg asCClyCrCH idHpnpkgfC
     4321 dlkgkyvqip ttCandpvgf tlrntvctvc g
 
 Alkupäästä ja loppupäästä  uudempi versio on pitempi. ja sinkkisormirakenne  myös monimutkaisempi.
löydän keskivaiheilta yhden aminohapon muutoksen arginiinista lysiiniksi.
SARS  4343 R arginiini vaihtunut  uudessa  COVID-19  viruksessa lysiiniksi  4366K.

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar