Leta i den här bloggen

onsdag 8 juni 2022

PANGO-listalta "kadonnut" omikronlinja BA.5.4 oli epälooginen nimitykseltään ja sen sekvenssit ovat nyt BF.1 linjassa.

 Koska BA.5.2 alalinja muodosti pitkää puuta, sen latvaa  ensin merkattiin BA5.4, mutta  nyt tehtiin siten että nimettiin  se haara kuitenkin varsinaiseen  BA.5.2 linjaan  kuten  tiedettiinkin jo alusta.  Koska  nimi tulisi taas hyvin pitkäksi ( B.1.1.529.5.2.1.1 eli BA.5.2.1.1), niin  se on lyhennetty siten. että  tuon BA.5.2.1 alalinjan koodiksi asetetaan F-kirjain, joten   saadaan kätevä BF.1 nimi sen alalinjan alalinjalle.

Omikron  on PANGOkoodilta B.1.1.529.   Tämä voidaan merkata myös BA.

BA. 5 linja on   omikronin  viides päälinja. Se on siis alkunimeltä B.1.1. 529.5.

Tällä linjalla taas on  alalinjoja, joita nykyään  tutkitaan.  Alalinjojakin sillä  on ainakin   viisi isohkoa ryhmää ja niillä alkaa olla  omia alalinjoja.

 Alalinja BA.5.2   (sama kuin B.1.1.529.5.2)  tekee pitkää  fylogeneettista puuta ja paljon haaroja. Sen ensimmäinen  alalinja on BA.5.2.1 = B.1.1.529.5.2.1. Jos tämä sitten tarvitsee vielä omalle  alalinjalle merkin, on kätevää  lyhentää sen ylälinjan symboliksi  vaikka  F-kirjain kuten  näyttää tehdyn:

Omikronin viidennen variantin BA.5 alalinjan (BA.5.2.)  alalinjan (BA.5.2.1.) alalinja (BA.5.2.1.1.)  näyttää nyt sievästi tällaiselta:

BF.1

Tämä BF.1   muodostaa oman kladin, sillä siinä on mutaatioita nsp16 peptidissä (V288F) ja nsp6 peptidissä  (V289L).  Tätä  VOC-LUM  varioanttia on  löytynyt  154 ja  niiden sekvenssien perusteella  linja on  määritelty ja se esiintyy PANGO-listoissa ja sitä monitoroidaan. Siitä kertoo asia #618. 

LineageMost common countriesEarliest date# designated# assignedDescriptionWHO Name
BF.1

1540Alias of B.1.1.529.5.2.1.1, mainly found in England, Denmark, Spain and Scotland, from pango-designation issue #618

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar