BA.5 näyttää saavan alalinjoilleenkin jonkin alalinjan. (Uusimpia asiankäsittelynumeroita on #656).

 Eräs näitä uusia alalinjkandidaatteja on sellainen BA.5 rakenne, jossa ilmenee  muuan lambda tunnusmutaatio piikkiproteiinin alueella: S: T61I. Tämän variantin  kasvuetuja on punnittu muiden BA.5 varianttien suhteen.  Tämä tuli keskustelupintaan 15 päivää sitten ja  sitä seurataan. Se ei näy vielä PANGO-listassa, koska se ei ole vielä saanut varmaa leimaansa eikä  riittävää sekvenssimäärää Otan tästä väliaikatiedotuksesta  sitaatin:  Asian aukaisia on   tunnusmerkiltään  "Agamedilab".

commented 15 days ago •

Proposal for a sublineage of BA.5 Earliest sequence: 2022-03-22 South Africa) Countries detected: South Africa (2), USA (99), United Kingdom (1), France (1), Mexico (1) Defining mutations: C21789T = S:T76I This variant defined by S:T76I was first detected in South Africa but has managed to spread to multiple other countries (USA, Mexico, UK and France). Within the USA it is currently the dominant BA.5 variant (c. 66%, 104/158 GISAID) and was detected in 23 states (Michigan, Oklahoma, Missouri, North Carolina, Mississippi, Illinois, Tennessee, Florida, Maryland, Kansas, Virginia, Minnesota, New York, Texas, Indiana, Nevada, Arizona, Wisconsin, New Jersey, California, Massachusetts, Nebraska, Utah). The variant is apparently distinct from variants defined by  N:E136D (#550),  ORF1ab:Q556K (#550),  Orf9b:D16G (#551),  ORF10:L37F (#621),  ORF1b:M1156I (#625)  and S:V1230A, ORF1a:P2685S, C2338T (#652)."  (Kommenttia:  Variantin havaitseva laboratorio toteaa, että  tämä uusi ( vielä ilman määritelmää oleva) löytö BA.5-linjaa eroaa selvästi aiemmin määritellyistä BA.5-linjoista, joita mainitaan niiden asiankäsittelynumeron avulla ja tunnusmutaatioilla yllä).  Linja BA.5.1  sai määritelmänsä  allaolevan  alkukeskustelun ´päätteeksi:( Sitaatti asiasta  #621): "silcn commented 25 days ago Proposal for a sublineage of BA.5 Earliest sequence: 2022-03-08 (South Africa) Countries detected: mainly Portugal (136 seq), with spread to various other European countries Defining mutations: C29666T = ORF10:L37F, T27438C I'm assuming here that ORF10 is counted as a coding protein and thus this lineage can be designated. Please correct me if I'm mistaken and this is why the lineage hasn't already been proposed! FedeGueli commented 24 days ago Great catch @silcn i suggest to follow the evolution of this one on the fantastic INSAFLU weekly update report page: https://insaflu.insa.pt/covid19/ corneliusroemer commented 22 days ago Good catch, I agree. This one stands out very well as a Portugese introduction. Let's hope ORF10 counts ;) FedeGueli commented 18 days ago I saw a BA.5.1 designated from Portugal  is this one? Yeah, it is, well spotted. It was actually added less than a day after I started this issue so was likely already going to be designated. I'll close and let someone with the necessary powers add the tags. FedeGueli commented 16 days ago • Thx @silcn .I have checked the growth advantage of BA.5.1 since you proposed and it seems higher than other BA.4/BA.5 in other European countries. lets see if it changes with time and settles down a bit. ( .... Tiedemiehet tässä keskustelevat siitä Portugalin  BA.5-alalinjasta, josta nyt on lehdessä uutisia. tämä alalinja BA.1 on sikäli muista  näistä alalinjoista poikkeava, että siinä esiintyy tuo  harvinainen Orf10 mutaatio Sen kasvuetuja muihin BA.4 / BA.5 linjoihin  verrataan).  Muita linjojakin  mainitaan vertailtaessa tähän uuteen löytöön, joka on  todella poikkeava niistä, mutta sen esiintymä on vielä  vähäinen, joten  tiedemiehet   sanoivat, että on odotettava pari viikkoa sen määrittelyn suhteen.    Toinen esimerkki: BA.5.2 linja on saanut jo määrittelynsä aiemmin:   Määrittävä mutaatio on Orf9b:D16G. Sitaatti:  InfrPopGen commented 10 days ago Thanks for submitting. We've added lineage BA.5.2 with 3 newly designated sequences, and 62 updated designations from BA.5. Defining mutation(s) A28330G (ORF9b:D16G). Kolmas esimerkki on BA.5.3 linjasta  Sitaatti:  N:E136D (#550), ORF1ab:Q556K (#550), Neljäs esimerkki edellisen alalinjasta BA.5.3.1 Tämä alalinja on saanut alalinjan BA.5.3.1 viime päivinä: sillä on löytynyt vielä yksi  ala-alalinjan tunnusmerkki  Orf1b: M1156I. Sitaatti:  InfrPopGen.Added new lineage BA.5.3.1 from cov-lineages#625 with 63 new sequence designations, and 19 updated designations from BA.5.3