Katsoin tänään Orf7b proteiinirakenteen ( sekvenssin). Siinä on 43 aminohappoa Swissmodel kuvassa.
Orf7b merkityksestä on artikkeli viime vuoden elokuulta. Nyt huomasin GITHUB uutisista, että BA.4 variantti tekee alalinjoja ja niissä esiintyy mutaatio Orf7b:sä L11F. Se on proteiinin transmembraanista (TM) aluetta (9-29 aminohapot käsittävä jakso)
Nyt on alkanut esiintyä spike-mutaatiota eri linjoissa: R346T, joilla on kasvuetua. Tähän mutaatioon liittyy - ehkä konsekventisti?- 8nt deletio ORF7b:ssä ja siitä seura iso frameshift-ilmiö, joka aiheuttaa miltei koko transmembraanisen (TM)jakson tilalle 18 aivan uuden aminohaponsekvenssin j ja typistää loppuproteiinin sen jälkeen, joten Orf7b proteiini lyhenee samalla 43 aminohaposta vain 29 aminohappoa käsittäväksi.
Katsoin Swiss modellin selittämän peptidisekvenssin. Teen sitten uuden peptidin kaavan sen alle tästä GITHUB-selvityksestä /#741).
Swissmodell ei tarjonnut Orf7b proteiinille hahmomallia.
Trasnmembraanijakso (9 FY LCFLAFLLFL VLIMLIIFW 29) tummennettuna
Orf7bWuhan sekvenssi:
1 MIELSLIDFY LCFLAFLLFL VLIMLIIFWF SLELQDHNET CHA 43
Orf7b omaa mutaation BA.4 linjassa: 11 asemassa : L11F.
Spikemutaatioon R346T assosioituu Orf7b 8nt deletio, luennan muutos ja aivan uuden aminohappojakson asetus Orf7b peptiidiin sen asemasta 10 ja sitten loppuosan päättäminen siihen uuden jakson päätyyn, joten tulos lie seuraava: Uudet aminohapot vinolla kirjoituksella ja viiva alla.
1 MIELSLIDFY FSLSVIPCFN YAYYLLVLT (En ole varma jos FY jotka ovat 9 ja 10 asemassa ovat säilyneet siten että Y ei poistu kun L11F tapahtuu).
2021 Aug 13;12:654709.
doi: 10.3389/fmicb.2021.654709. eCollection 2021.
SARS-CoV-2 Accessory Protein ORF7b Mediates Tumor Necrosis Factor-α-Induced Apoptosis in Cells
Ruiping Yang 1 2 , Qiong Zhao 1 , Jingjing Rao 1 , Feng Zeng 1 , Shengren Yuan 1 , Manshan Ji 1 , Xiaoguang Sun 1 , Jian Li 1 , Jing Yang 1 2 , Jingwen Cui 1 , Zhixiong Jin 1 3 , Long Liu 1 2 3 , Zhixin Liu 1 2 3
Affiliations
PMID: 34484133
PMCID: PMC8414645
Free PMC article Abstract
The accessory proteins of coronaviruses are essential for virus-host interactions and the modulation of host immune responses. It has been reported that accessory protein ORF3a encoded by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can induce apoptosis, and accessory protein ORF6 and ORF8 could be inhibitors of the type-I interferon (IFN) signaling pathway. However, the function of accessory protein ORF7b is largely unknown. We investigated the apoptosis-inducing activity of ORF7b in cells. Cytokine levels and host innate immune responses, including expression of interferon regulatory transcription factor (IRF)-3, signal transducer and activator of transcription (STAT)-1, interferon (IFN)-β, tumor necrosis factor (TNF)-α, and interleukin (IL)-6, were also investigated. We found that ORF7b promoted expression of IFN-β, TNF-α, and IL-6, activated type-I IFN signaling through IRF3 phosphorylation, and activated TNFα-induced apoptosis in HEK293T cells and Vero E6 cells. These results could provide deeper understanding about the pathogenicity of SARS-CoV-2 as well as the interaction between the accessory protein ORF7b with host immune responses.
Keywords: ORF7b; SARS-CoV-2; apoptosis; immune responses; interferon.
Copyright © 2021 Yang, Zhao, Rao, Zeng, Yuan, Ji, Sun, Li, Yang, Cui, Jin, Liu and Liu.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar