Omicron BA:5 alalinjojen määrittelyä tehdään edelleen. BA.5.5 on määritelty n. viikko sitten.

BA.5 sublineage with S:T76I circulating in the USA (544 seq. c 57 % of USA and c. 10 % of global BA.5 as of 06.06.22) #656

Tämä alalinja on BA.5 variantin  viidestä isommasta alalinjasta ainoa, joka määritellään ainoastaan  yhden S-piikiproteiinimutaation  avulla.  Treoniini (T) muuttuu isoleusiiniksi (I)  viruksen S-proteiinin  T76 aminohapon kohdalla.  Tätä varianttia kiertelee lähinnä USA:ssa,  mutta sitä löytyy muualtakin. 

 

Tällä viikolla   WHO- taulukoista huomaa, että WHO  on  supistanut  VOC-varianttiluetteloa ja  delta on siirretty siitä entisten  VOC-varianttein joukkoon (jossa on  alfa, beta, gamma ja nyt myös  delta).  Nyt sitten on jäljellä VOC ruudussa vain Omicron ja sen  kaikki alalinjat, joita kehoitetaan monitoroimaan ja tarkkaamaan,  samoin  omikronlinjojen keskeisiä rekombinaatioita.   Vielä viime viikolla niitti pandemia 7000 potilasta maailmasta, joten ei voi sanoa, että pandemia olisi vielä ohi, vaikka yleiskäyrä laskee edelleen. Virus osoitaa vielä vaihtelutkykyjänsä monien nukleotidiensä ja aminohappojensa runsauden ollessa sille hyvä  resurssi. Sitten vain stoikkastista  kokeilua. Monet sen  kokeilut tosin eivät johda mitenkään pitkälle. Mutta koska joukossa voi päästä kehittymään vaarallinekin variantti, WHO toivoo edelleen  analyyseja ja sekventoimisia.

 BA.5 linja ja sen  alalinjat.  määrittelyasteeseen vaaditaan  ainakin 50 korkeatsoista  uutta linjaehdokasta, ennekuin asia ilmenee tähän luetteloon. vain poikkeustapauksisa voidaan nähdä  luetteloa alle 50 sekvenssistä.  Kun  variantti on saanut sen  Milestone- merkintänsä, ja ilmentynyt tähän luetteloon,  jatkuvasta monitoroinnista saadut tulokset asetetaan toiseen ruutuun  ( assignated)  määräajoin.   Siitä luvusta näkee, miten variantti leviää maailmassa. Toiset saattavat jäädä heti  määrittelyn jälkeen häviävään haaraan. ( Silloin näkyy vain 0 viikko viikolta). Kestää tietty aikansa kun  ehditään täyttää näitä ruutuja.  GITHUB:ista ja GISAIDISTA  päin . Yleensä heti maanantaina pyhän jälkeen  ei näy mitään muutosta.  Loppuviikosta on niitä odotettavissa. 

BA.5	United States of America 26.0%, South_Africa 18.0%, Germany 17.0%, United Kingdom 11.0%, Denmark 5.0%	2022-01-05	199 design..	3422 assign..	Alias of B.1.1.529.5, from pango-designation issue #517	Omicron
BA.5.1	Portugal 38.0%, Denmark 11.0%, Germany 8.0%, United Kingdom 6.0%, France 5.0%	2022-03-08	77 design.	1974 assign.	Alias of B.1.1.529.5.1, Portugal lineage
BA.5.2			3 design.	0 assign.	Alias of B.1.1.529.5.2, mainly found in South Africa, England and USA, from pango-designation issue #551
BA.5.2.1			173 design.	0 assign.	Alias of B.1.1.529.5.2.1, mainly found in South Africa, England and USA, from pango-designation issue #657
BA.5.3			120 design.	0 assign.	Alias of B.1.1.529.5.3, mainly found in Germany and South Africa, from pango-designation issue #550
BA.5.3.1			27 design.	0 assign.	Alias of B.1.1.529.5.3.1, mainly found in South Africa, Austria, and England, from pango-designation issue #625
BA.5.5			145 design.	0 assign.	Alias of B.1.1.529.5.5, mainly found in USA, from pango-designation issue #656