Leta i den här bloggen

onsdag 8 juni 2022

Mainintani ystäville facebooksivulleni uusista nCov linjamäärityksistä

Muutamia päiviä sitten tuli Omikronrekombinanttien joukkoon yksi uusi lisää: BA.2*/BA.1*rekombinantti nimeltä XZ. Sitä kiertelee Amerikassa lähinnä muutamia kymmeniå. PANGO-listaan se asetettiin 61 sekvenssin perusteella ("Designated") tehdyn määritelmän mukaan ja nyt sitä voi seurata. Tällä hetkellä taulukko näyttää lisäsekvensseille 0-lukua, mutta se numero (Assigned") lisätään sitten tarvittaessa viikottain , mitä nyt seurannassa maailmalta tietoa GISAIDiin tulee.
Cov Lineage:
XZ; 61 ; 0 Recombinant lineage of BA.2 and BA.1, USA lineage, from pango-designation issue #636. Tarkempia tietoa saa Github-lähteestä, kun käyttää koodinumeroa #636.
Myös Omikron BA.2-varianttien PANGO-lista on saanut lisämääritelmiä Viimeinen, jonka FB:ssä mainitsin, oli BA.2.44 ja nyt niitä on BA.2. 55 asti.
Kaiken kaikkiaan näitä BA.2 variantteja on summattuna niin paljon että voi sanoa BA.2 VOC-ryhmän olevan vielä vallitseva maailmassa. Mikä niistä ei ole suuri erityinen vallitsija.
Niissa uusissa linjoissa BA.4* ja BA.5* on , voi sanoa, hiljaista keväistä luomistyötä ja kokeilua menestymisestä , jokaisessa on jotain pienen pientä haaran hakua kuin jossain pajupuussa tunkee oksaa ja virpiä ja nuppua ojan vierellä. BA.4* linja on näyttänyt pysyvän näissä muodoissaan jo monta päivää BA.4 ja BA.4.1. Sen sijaan BA.5* puolella on ainakin viisi isompaa päähaaraa havaittavissa ja niistä saa PANGO-listan puolella näkyviin tarkemmin määriteltynä neljä isoa haaraa ja yksi on Github-keskustelujen puolella. Tänään näkyy nämä BA.5* päälinjat ja niiden valmiiksi määritetyt alalinjat yleisölle: BA.5.1, BA.5. 2 ja BA.5.2.1 ; BA.5.3. ja BA.5.3.1; BA.5.5. ( Välistä näyttää vielä peruutetun tai olevan uudessa pohdinnassa uudestaan tuo BA.5.4. On eräs vähän erikoisempi haaroittuma, jolle tulee parissa viikossa tarkennus). ( Siis isot BA.5*päälinjat tässä ovat .1, .2, .3 ja .5 ja sitten yksi ilmennetään pelkän nukleotidin avulla toistaiseksi. Se on C1627T; tämä on selviteltävä linja juuri. Githubkeskustelu!). Samanaikaisesti tutkijaryhmä on tarkemmin asettamasa Deltan AY alalinjoja kaikkein oikeimpiin ryhmiinsä. Yksi delta vielä kiertää tällä hetkelläkin Salomonin saarella. AY.127.3)

 

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar