- Niiden netissä mainitun 332 interaktioproteiinin joukossa on useita , joilla on jokin merkitys glykosylaatioissa. joko virus hyödyntää niitä tai järjestelee niin että ihmisen proteiinien glykosylaatio jää sivuseikaksi. Summana se hankkii kyllä itselleen laskostumisen ja runsaasti glykosylaatioita.
- Otan luettelosta geenin toisensa jälkeen ja katson jos siitä selviää yhteyttä glykosylaatiokoneistoon.
- Ensimmäinen esimerkki: ORF8 interaktioproteiini UGGT2
UGGT2, https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=UGGT2&keywords=UGGT2
Aliases for UGGT2 Gene: UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase 2
2
3
5
UDP-Glucose Ceramide Glucosyltransferase-Like 1 and 2
UDP--Glc:Glycoprotein Glucosyltransferase..
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase
(UGT) is a soluble protein of the endoplasmic reticulum (ER) that
selectively re-glucosylates unfolded glycoproteins, thus providing
quality control (ERQC) for protein transport out of the ER.[supplied by OMIM,
Oct 2009]
GeneCards Summary for UGGT2 Gene
UGGT2 (UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase 2) is a Protein Coding gene.
Diseases associated with UGGT2 include Anhidrosis.
Among its related pathways are Metabolism of proteins and Calnexin/calreticulin cycle.
Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include transferase activity, transferring glycosyl groups and UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity.
An important paralog of this gene is UGGT1.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for UGGT2 Gene: Recognizes glycoproteins with minor folding
defects. Re-glucosylates single N-glycans near the misfolded part of the
protein, thus providing quality control for protein folding in the
endoplasmic reticulum. Reglucosylated proteins are recognized by
calreticulin (chaperone) for recycling to the endoplasmic reticulum (ER) and refolding or
degradation (ERAD) UGGG2_HUMAN,Q9NYU1
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09752-3
ALG11(13q14.3) , https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ALG11&keywords=ALG11
- (Huom. tässä pitää muistaa että tämä entsyymi toimii ERQC kohdassa siinä missä on calnexiini- ja calretikuliini kaitsijoiden syklikohta ja lievästi viallisesti laskostunut palautetaan takaisin päin, jolloin chaperone (katisija) kalretikuliini tunnistaa sen jälleen ja voi vielä koettaa johtaa laskostumisvikaa korjaantumaan. Mutta SARS-CoV epätasapainottaa tämän kalretikuliini/kalneksiinisyklin syklin ja vaikuttaa muihinkin chaperone- molekyyleihin kuten EDEM3 (ORF8 interaktioproteiini) ja yhteisvaikutuksena se tekee evaasiota laadunkontrollista ja hankkii kuitenkin glykosylaation)
- (EDEM3 on alfa-mannosidaasin kaltainen proteiini 3. Se on ERAD järjestelmää ja sen tehtävänä on kiihdyttää degradaatiota ERAD- järjstelmässä, jos proteiinin laskostumisvikaa ei saatu korjaantumaan. Virus käyttää kalneksiiniä omaan glykosylaatioon, ja välttää kalretikuliinia.
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22915798/
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09752-3
ALG11(13q14.3) , https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ALG11&keywords=ALG11
Aliases for ALG11 Gene
ALG11 Alpha-1,2-Mannosyltransferase
2
3
5
GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dolichol Alpha-1,2-Mannosyltransferase 2 3
GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dol Alpha-1,2-Mannosyltransferase 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation Protein 11 Homolog 3 4
Glycolipid 2-Alpha-Mannosyltransferase 3 4
GT8 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation 11 Homolog (S. Cerevisiae, Alpha-1,2-Mannosyltransferase) 2
Asparagine-Linked Glycosylation 11, Alpha-1,2-Mannosyltransferase Homolog (Yeast) 2
Asparagine-Linked Glycosylation 11, Alpha-1,2-Mannosyltransferase Homolog 3
EC 2.4.1.131 4
EC 2.4.1 52
CDG1P 3
GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dolichol Alpha-1,2-Mannosyltransferase 2 3
GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dol Alpha-1,2-Mannosyltransferase 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation Protein 11 Homolog 3 4
Glycolipid 2-Alpha-Mannosyltransferase 3 4
GT8 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation 11 Homolog (S. Cerevisiae, Alpha-1,2-Mannosyltransferase) 2
Asparagine-Linked Glycosylation 11, Alpha-1,2-Mannosyltransferase Homolog (Yeast) 2
Asparagine-Linked Glycosylation 11, Alpha-1,2-Mannosyltransferase Homolog 3
EC 2.4.1.131 4
EC 2.4.1 52
CDG1P 3
ALG11 Gene: This gene encodes a
GDP-Man:Man3GlcNAc2-PP-dolichol-alpha1,2-mannosyltransferase which is
localized to the cytosolic side of the endoplasmic reticulum (ER) and
catalyzes the transfer of the fourth and fifth mannose residue from
GDP-mannose (GDP-Man) to Man3GlcNAc2-PP-dolichol and
Man4GlcNAc2-PP-dolichol resulting in the production of
Man5GlcNAc2-PP-dolichol.
ALG8 Gene: This gene encodes a member of the ALG6/ALG8 glucosyltransferase family. The encoded protein catalyzes the addition of the second glucose residue to the lipid-linked oligosaccharide precursor for N-linked glycosylation of proteins.
GeneCards Summary for ALG11 Gene
ALG11 (ALG11 Alpha-1,2-Mannosyltransferase) is a Protein Coding gene.
Diseases associated with ALG11 include Congenital Disorder Of Glycosylation, Type Ip and Congenital Disorders Of N-Linked Glycosylation And Multiple Pathway.
Among its related pathways are Metabolism of proteins and Transport to the Golgi and subsequent modification.
Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include GDP-Man:Man3GlcNAc2-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase activity.
An important paralog of this gene is ALG2.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for ALG11 Gene
Mannosyltransferase involved in the last steps
of the synthesis of Man5GlcNAc(2)-PP-dolichol core oligosaccharide on
the cytoplasmic face of the endoplasmic reticulum. Catalyzes the
addition of the 4th and 5th mannose residues to the dolichol-linked
oligosaccharide chain. ALG11_HUMAN,Q2TAA5- ESIMERKKI 3 SARS-2 CoV tekee interaktioon myös toiseen ALG entsyymiin ORF9c tekijänsä avulla. Kyse on ALG8 entsyymistä, joka on alfa-1,3 glukosyylitransferaasi.
- Tälläkin ALG entsyymeillä on tavattoman monta synonyyminimeä:
Aliases for ALG8 Gene
ALG8 Alpha-1,3-Glucosyltransferase
2
3
5
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Homolog (Yeast, Alpha-1,3-Glucosyltransferase) 2 3
Dolichyl-P-Glc:Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dolichol Alpha- 1->3-Glucosyltransferase 2 3
Probable Dolichyl Pyrophosphate Glc1Man9GlcNAc2 Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3 4
Dol-P-Glc:Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dolichyl Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3 4
Dolichyl-P-Glc:Glc1Man9GlcNAc2-PP-Dolichyl Glucosyltransferase 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation Protein 8 Homolog 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Homolog (S. Cerevisiae, Alpha-1,3-Glucosyltransferase) 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8, Alpha-1,3-Glucosyltransferase Homolog (S. Cerevisiae) 2
Dolichyl-P-Glucose:Glc1Man9GlcNAc2-PP-Dolichyl-Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Alpha-13-Glucosyltransferase-Like Protein 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8, Alpha-1,3-Glucosyltransferase Homolog 3
Dolichyl Pyrophosphate Glc1Man9GlcNAc2 Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3
EC 2.4.1.265 4
HUSSY-02 3
EC 2.4.1 52
CDG1H 3
PCLD3 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Homolog (Yeast, Alpha-1,3-Glucosyltransferase) 2 3
Dolichyl-P-Glc:Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dolichol Alpha- 1->3-Glucosyltransferase 2 3
Probable Dolichyl Pyrophosphate Glc1Man9GlcNAc2 Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3 4
Dol-P-Glc:Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dolichyl Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3 4
Dolichyl-P-Glc:Glc1Man9GlcNAc2-PP-Dolichyl Glucosyltransferase 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation Protein 8 Homolog 3 4
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Homolog (S. Cerevisiae, Alpha-1,3-Glucosyltransferase) 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8, Alpha-1,3-Glucosyltransferase Homolog (S. Cerevisiae) 2
Dolichyl-P-Glucose:Glc1Man9GlcNAc2-PP-Dolichyl-Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8 Alpha-13-Glucosyltransferase-Like Protein 3
Asparagine-Linked Glycosylation 8, Alpha-1,3-Glucosyltransferase Homolog 3
Dolichyl Pyrophosphate Glc1Man9GlcNAc2 Alpha-1,3-Glucosyltransferase 3
EC 2.4.1.265 4
HUSSY-02 3
EC 2.4.1 52
CDG1H 3
PCLD3 3
ALG8 Gene: This gene encodes a member of the ALG6/ALG8 glucosyltransferase family. The encoded protein catalyzes the addition of the second glucose residue to the lipid-linked oligosaccharide precursor for N-linked glycosylation of proteins.
GeneCards Summary for ALG8 Gene
ALG8 (ALG8 Alpha-1,3-Glucosyltransferase) is a Protein Coding gene.
Diseases associated with ALG8 include Congenital Disorder Of Glycosylation, Type Ih and Polycystic Liver Disease 3 With Or Without Kidney Cysts.
Among its related pathways are Metabolism of proteins and N-Glycan biosynthesis.
Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include transferase activity, transferring hexosyl groups and dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase activity.
An important paralog of this gene is ALG6.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for ALG8 Gene: Adds the second glucose residue to the
lipid-linked oligosaccharide precursor for N-linked glycosylation.
Transfers glucose from dolichyl phosphate glucose (Dol-P-Glc) onto the
lipid-linked oligosaccharide Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol before it is
transferred to the nascent peptide (By similarity). Required for
PKD1/Polycystin-1 maturation and localization to the plasma membrane of
the primary cilia (By similarity) ALG8_HUMAN,Q9BVK2
- (KUVASSA näkyy ALG 8 paikka: vähän ennen kuin siirto vastasyntyneen proteiinin asparagiiniin (N) tapahtuu-. Asparagiini on N vastasyntyneessä proteiinissa Edessä päin näkyy myös kalretikuliini/ kalnexiinisyklin kohta, kun alkaa olla laadun kontrollin viime vaiheet ennen kuin jatkokehittely tapahtuu Golgin puolella. Kuvassa näkyvä "hiirihahmo") on ribosomi ja sen häntä on sitä uutta syntyvää proteiinia. Otettava huomioon, että SARS-2 on muokannut nämä ribosomit tuottamaan virusproteiineja) .
- Täytyy kuitenkin muistaa, että ihmisessä on paljon soluja ja viruksen myyräntyö tässä prosessissa koskee vain niitä soluja, jotka se on infektoinut ja kaapannut, ellei se sitten pysty systeemisesesti tuottamaan joitain solutoksisia tekijöitä kauemmaksi). Glykosylaatio on virukselle hyvin tärkeä asia: se saa suojaavia kilpiä itselleen näistä sokeritelineistä, joten se käyttää häikäilemättömästi hyväksi tätä järjestelmää.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar