EBOV L-proteiinin aminohappojärjestys( 1-2212) , polymeraasi

Ebolaviruksen RNA:sta riippuva polymeraasikompleksi käsittää L-polymeraasin  katalyyttisen alayksikön ja sen kofaktorin VP35. 

Tiedemiehet kartoittivat  VP35 proteiinin sen kohdan, joka kiinnittyy L-polymeraasiin.

Sitoutumiskohdan ytimenä on  L-proteiinin aminohapot  280- 370 ja se alue riitti välittämään heikkoa interaktiota VP35  kofaktorin kanssa, kun taas koko N-terminaalinen pääty  aminohappoon 380 asti  vaadittiin, jotta VP35- L interaktio olisi vahva. 

On mielenkiintoista,  että  VP35- sitoutumiskohta  kattaa N-terminaalisen L-homo-oligomerisaatiodomaanin  non- kompetitiivisella tavalla.

N-terminaalinen L-deleetiomutantti joka sisälsi VP35 proteiinia sitovan kohdan, kykeni tehokkaasti  blokeeraamaan EBOV-replikaation ja transkription minigenomijärjestelmässä, mikä viittaisi siihen, että VP35-sitoutumiskohta L-proteiinilla on mahdollinen  kohde antiviruslääkekehittelysyn. 

 LÄHDE:

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682213001530

Abstract

The Ebola virus (EBOV) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complex consists of the catalytic subunit of the polymerase, L, and its cofactor VP35. Using immunofluorescence analysis and coimmunoprecipitation assays, we mapped the VP35 binding site on L. A core binding domain spanning amino acids 280–370 of L was sufficient to mediate weak interaction with VP35, while the entire N-terminus up to amino acid 380 was required for strong VP35–L binding. Interestingly, the VP35 binding site overlaps with an N-terminal L homo-oligomerization domain in a non-competitive manner. N-terminal L deletion mutants containing the VP35 binding site were able to efficiently block EBOV replication and transcription in a minigenome system suggesting the VP35 binding site on L as a potential target for the development of antivirals.

L polymeraasin aminohappojärjestys.Zaire EBOLAVIRS

COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. The reference sequence is identical to AAD14589.
            Method: conceptual translation.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..2212
                     /organism="Zaire ebolavirus"
                     /isolate="Ebola
                     virus/H.sapiens-tc/COD/1976/Yambuku-Mayinga"
                     /db_xref="taxon:186538"
     Protein         1..2212
                     /product="RNA-dependent RNA polymerase"
                     /function="synthesis of viral RNAs; transcriptional RNA
                     editing"
                     /note="polymerase"
                     /calculated_mol_wt=252595
     CDS             1..2212
                     /gene="L"
                     /locus_tag="ZEBOVgp7"
                     /coded_by="NC_002549.1:11581..18219"
                     /citation=[1]
                     /db_xref="GeneID:911824"
ORIGIN      
        1 matqhtqypd arlsspivld qcdlvtracg lyssyslnpq lrncklpkhi yrlkydvtvt
       61 kflsdvpvat lpidfivpvl lkalsgngfc pveprcqqfl deiikytmqd alflkyylkn
      121 vgaqedcvde hfqekilssi qgneflhqmf fwydlailtr rgrlnrgnsr stwfvhddli
      181 dilgygdyvf wkipismlpl ntqgiphaam dwyqasvfke avqghthivs vstadvlimc
      241 kdlitcrfnt tliskiaeie dpvcsdypnf kivsmlyqsg dyllsilgsd gykiikflep
      301 lclakiqlcs kyterkgrfl tqmhlavnht leeitemral kpsqaqkire fhrtlirlem
      361 tpqqlcelfs iqkhwghpvl hsetaiqkvk khatvlkalr pivifetycv fkysiakhyf
      421 dsqgswysvt sdrnltpgln syikrnqfpp lpmikellwe fyhldhpplf stkiisdlsi
      481 fikdratave rtcwdavfep nvlgynpphk fstkrvpeqf leqenfsien vlsyaqkley
      541 llpqyrnfsf slkekelnvg rtfgklpypt rnvqtlceal ladglakafp snmmvvtere
      601 qkesllhqas whhtsddfge hatvrgssfv tdlekynlaf ryeftapfie ycnrcygvkn
      661 vfnwmhytip qcymhvsdyy npphnltlen rdnppegpss yrghmggieg lqqklwtsis
      721 caqislveik tgfklrsavm gdnqcitvls vfpletdade qeqsaednaa rvaaslakvt
      781 sacgiflkpd etfvhsgfiy fgkkqylngv qlpqslktat rmaplsdaif ddlqgtlasi
      841 gtafersise trhifpcrit aafhtffsvr ilqyhhlgfn kgfdlgqltl gkpldfgtis
      901 lalavpqvlg glsflnpekc fyrnlgdpvt sglfqlktyl rmiemddlfl pliaknpgnc
      961 taidfvlnps glnvpgsqdl tsflrqivrr titlsaknkl intlfhasad fedemvckwl
     1021 lsstpvmsrf aadifsrtps gkrlqilgyl egtrtllask iinnntetpv ldrlrkitlq
     1081 rwslwfsyld hcdnilaeal tqitctvdla qilreyswah ilegrpliga tlpcmieqfk
     1141 vfwlkpyeqc pqcsnakqpg gkpfvsvavk khivsawpna sriswtigdg ipyigsrted
     1201 kigqpaikpk cpsaalreai elasrltwvt qgssnsdlli kpflearvnl svqeilqmtp
     1261 shysgnivhr yndqysphsf manrmsnsat rlivstntlg efsgggqsar dsniifqnvi
     1321 nyavalfdik frnteatdiq ynrahlhltk cctrevpaqy ltytstldld ltryreneli
     1381 ydsnplkggl ncnisfdnpf fqgkrlniie ddlirlphls gwelaktimq siisdsnnss
     1441 tdpissgetr sftthfltyp kigllysfga fvsyylgnti lrtkkltldn flyylttqih
     1501 nlphrslril kptfkhasvm srlmsidphf siyiggaagd rglsdaarlf lrtsissflt
     1561 fvkewiinrg tivplwivyp legqnptpvn nflyqivell vhdssrqqaf kttisdhvhp
     1621 hdnlvytcks tasnffhasl aywrsrhrns nrkylardss tgsstnnsdg hiersqeqtt
     1681 rdphdgtern lvlqmsheik rttipqenth qgpsfqsfls dsacgtanpk lnfdrsrhnv
     1741 kfqdhnsask reghqiishr lvlpfftlsq gtrqltssne sqtqdeisky lrqlrsvidt
     1801 tvycrftgiv ssmhykldev lweiesfksa vtlaegegag allliqkyqv ktlffntlat
     1861 essieseivs gmttprmllp vmskfhndqi eiilnnsasq itditnptwf kdqrarlpkq
     1921 vevitmdaet teninrskly eavyklilhh idpsvlkavv lkvflsdteg mlwlndnlap
     1981 ffatgylikp itssarssew ylcltnflst trkmphqnhl sckqviltal qlqiqrspyw
     2041 lshltqyadc elhlsyirlg fpslekvlyh rynlvdskrg plvsitqhla hlraeirelt
     2101 ndynqqrqsr tqtyhfirta kgritklvnd ylkfflivqa lkhngtwqae fkklpelisv
     2161 cnrfyhirdc nceerflvqt lylhrmqdse vklierltgl lslfpdglyr fd