Ebola virus Fuusiopeptidi (FP) kohta ja HR1-HR2-alue.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=197367
Ebolan Gp-geenin prosessoinnista tulee  mielenkiintoisia tuoteita, joitten käsittämiseen  kyllä saa panostaa aikaa.

Ebolan  negatiivissäikeinen  genomi  on yhtäjaksoinen kuten Mononegales viruksilla  ja sen pituus nukleotideina on 1- 18 875, josta sitten kun virus on kyennyt  monivaiheisesti ujuttamaan geneettisen materiaalinsa ihmisen  tai muun isännän solujen sytosoliin (, missä on  mRNA:ta lukeva ribosomilaitteisto ja  proteiinia tuottava endoplasmaattinen verkosto), se  sitten  isäntäsolun ja omien eväsproteiinien alkuavulla yhteistyönä  virionin  RNP partikkelin   varjellusti pakatusta  sytosoliin päästetystä negatiivisesta pitkästä jouhestaan  (johon on 7 geeniä koodattuna peräkanaa)  antaa  transkriboida antigenomiaan, replikoida genomiaan ja ,transkriboida  mRNA:ta, joka sitten  translatoituu  proteiineiksi. vRNA- käsittely  tapahtunee  sytosolin  inkluusioissa perinukleaarisesti hyvin suojatussa miljöössä.  .
 Solun ribosomijärjestelmässä luetaan viruksen  mRNA proteiinimuotoon: koodin kolmea nukleotidia tunnistavat  tRNA-muodot tuovat sitten joka  koodia vastaavan aminohapon toisensa jälkeen Ribosomille yhteenliitettäväksi viruspeptidiksi.  Kun  mRNA:t  kirjoittautuvat   tuosta  pitkästä genomisesta vRNA:sta soluissa  vRNA  omaa    tarkat  alku ja loppukohdat näille  7 peräkkäiselle mRNA-sanomalle,  joten tuloksena on ainakin  seitsemän  eri mRNA:ta  ja  ne voidaan  translatoida, kääntää, proteiinikielelle ja saadaan  seitsemän proteiinia, mutta  Ebolalla on  yhden geenin (GP) luennassa  poikkeusjärjestelmä ja siitä geenistä voi lukeutua  kahta eri mRNA- muotoa. Molemmat ovat geenikohdasta 5883-8241 ( pituus 2389)
 Toinen muoto tuottaa  lyhempää  nonstrukturaalista proteiinia joka erittyy liukoisena ja
toinen tuottaa  sitä rakenne  glykoproteiinia joka asettuu  piikkeinä virionin pintaan.peplomeereinä
Jälkimmäisessä tapauksessa RNA:n editoinnista tapahtuu ilmiö (Ribosomal slippage), jotta pitempää  GP proteiinia  syntyy.  (1-676). Se  prosessoituu furiinilla kahteen osaan ja muodostaa G1-G2-heterodimeerin, joista peplomeeri koostuu ja asettuu virionin kalvoon transmembraanilla osalla.

GP geenistä tulee siis   monikirjoisempaa   proteiinimateriaalia. 
 Molemmat  muodostuneet proteiinit  käsitellään entsymaattisessti furiinilla.  joten
Nonstrukturellista  liukoisesta  tulee  SGP partikkeleita: Sen mRNA tuottaa pieniä liukoisia proteiineja( 372 aminohappoa), jotka   linkkiytyvät dimeeriksi paralleelisti asettuen ja niissä on -ss-  sidos välillä. Furiini prosessoi sen ja tuloksena on SGP ja pieni deltapeptidi..

Strukturelli GP, jonka furiini on  prosessoinut  GP1,2 muotoon heterodimeeriksi muodostaa  kalvoon ankkuroituneita trimeerejä (peplomeerejä), jonka GP1 osa ei ole liittynyt virioninkalvoon vaan GP2 osaan, joka ankkuroituu transmembraaniosalla  kalvoon.  Kalvosta  viruksen jo ollessa infektoimisen   endosomaalissa  vaiheessa ADAM17  endogeninen entsyymi irrottaa  GP1,2 delta osan joka erittyy ja jäljelle jää kalvoon GP2 transmebraanista osaa, josa on mielenkiintoisia  yksityiskohtia, sillä se vaikuttaa asemallaan  lopuksi  pääsyn endosomista  solun sytoplasman puolelle ja on strateginen viruksen  sisäänpääsyn viime vaiheen tekijä - mutta tietysti  sen takia että siinä on kohtia joiden kautta  vaikuttuu infektion eteneminen.- Infektoimsita  edistävä  systeeminen  immuunisuppressio   taas on osaltaan erittyneiten  GP proteiinimateriaalien  monipuolista  ja monivaheista  vaikutusta---

Mikä on ebolan kaltainen HR1-HR2?
 Heptad Repeart 1- heptad repeat 2.alue
Filoviruksissa EBOV ja MARV   transmembraanissa alayksikössä esiintyy  tällaiset  alueet ja vastaavat domeenit.
Tällainen domaanialaperhe  käsittää  molemmat HR alueet  useissa  endogeenisten retrovirusten (ERV) ja  infektiöösien retrovirusten  (niihin luettuna Ebolavirus gp2, Marburg virus gp ja  useiden ERV endogeenisten retrovirusten gp/transmembraanialyksikkö

cd09850: Ebola-like_HR1-HR2 

heptad repeat 1-heptad repeat 2 region of the transmembrane subunit of Filoviridae viruses (Location  557-629, length 73), Ebola virus and Marburg virus, and related domains

This domain subfamily spans 

 both heptad repeats of the glycoprotein (gp)/transmembrane subunit of 

• various endogenous retroviruses (ERVs)
•  and infectious retroviruses, including Ebola virus gp2, Marburg virus gp,
•  and the envelope proteins of various ERVs, including human HERV-R_c7q21.2 (ERV-3).

 This domain includes an N-terminal heptad repeat,

a CKS17-like immunosuppressive region,

 a CX6C motif that forms an intrasubunit disulfide bond,

 and a C-terminal heptad repeat.

 N-terminal to HR1-HR2 region is a fusion peptide (FP), 

 and C-terminal, is a membrane-spanning region (MSR). 

Viral infection involves the formation of a trimer-of-hairpins structure (three HR1s helices, buttressed by three HR2 helices lying in antiparallel orientation). 

In this structure, the FP (inserted in the host cell membrane) 

and MSR (inserted in the viral membrane) are in close proximity. 

ERVs are likely to originate from ancient germ-line infections by active retroviruses.

 Some ERVs play specific roles in the host. 

However, it is unclear whether ERV-3 has a critical biological role: it is expressed in the placenta, but is not fusogenic, has an immunosuppressive domain, but lacks a fusion peptide.

 Filoviridae, the family of viruses including Ebola and Marburg, may have acquired this domain via horizontal transfer from retroviruses.
Mien  sijoittuvat alueet  GP-proteiiniessa
the transmembrane subunit of Filoviridae viruses (Location  557-629, length 73)
Homotrimer interphase ,polypeptide binding location 557-629
HR1-GP1 interphase ( polypeptide bining 557-594
Immunosuppressive region 584-600 (Span 17)
HR1A 557-565 (9 span)
HR1C 576-582 (7 span)
Cl binding site (583-586 (4 span)

 HR1D 583-598  (16 span)

CX(6,7)C motif 601-608 ( 8 span)