Leta i den här bloggen

lördag 17 september 2022

XBB, Sars-CoV-2 viruksen rekombinantti BJ.1 & BM.1.1.1linjojen kesken . Myös XBB.1 alalinja määritelty.



https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1058#top

Tarkennus parent- linjan  BA.2.75  alalinjan  BM.1.1.1 rekombinoituma  BJ.1 linjan kanssa,joka taas on BA.2.10.1:n  alalinja .

Sittemmin havaittiin rekombinanteja joisa oli veilä lisää mutaatioita ja ne erotettiin XBB.1  linajksi. Sillä tulee vielä olemaan  alahaaroja arveltavasti.  Tsoin näytteiden kertymä on vielä pieniä määriä  eri puolita maailmaa, jtoen mitään PANGO-linjojen suurta globaalia käyrää ei  näy, niiden totaalimäärät ovat niin vähäisiä. Ajan mytöä näkee jos  Assigned - kolumniin tulee jotain  lisäystä taulukkoon.Lisäkset tehdään kun  jokin tietty määrä on saatu kokoon.  Lisäkset nötetään tehtävän myös  aikavälein, eikä se ole mikään huokseva joka päivä täyttyvä pylväs. Ei kai sellaiseen riitä henkilökuntaa. GITHUB-palstoilta  voi huomata, minkälaisia määriä löytyy,  jos asiassa on jotain  uuden aukaisemisen tarvetta tai syytä.   Mitä tulee rekombinanteihin, ne eivät varsinaisesti ole mitään puuntekijöitä. Frecombinant really do not  belong  in trees. We are just  making do what we have got, kirjoittaa GITHUB-palstalla tämän asian yhteydessä eräs  sekvenssien  asiantuntijoista.  Kts. linkki .

Vasemmalla olevat linkit vievät PANGO-virusluetteloiden  valmiiseen  (covlineages)   listaan, tuloksiin  tiedemiesten päätöksistä. jotta  voidaan alkaa  paremmin monitoroida  varianttilinjaa. Oikealla oelvat olevat  linkit johtavat  tiedemiesten keskeiseen  keskustelupalstaan GITHUB, jossa raportoidaan  uusein  tutkimusten alaisten sekenssien  analysoinnista  ja linjanmäärittelystä. 

.

Lineage Most common countries Earliest date # designated # assigned Description WHO Name
XBB

3 0 Recombinant lineage of BJ.1 and BA.2.75 with breakpoint in S1, found in USA and Singapore, from issue #1058
XBB.1

85 0 Mostly Bangladesh and Singapore, defined by S:G252V, from issue #1088

XBB lisätietoa:

 https://outbreak.info/compare-lineages?pango=XBB&gene=S&gene=ORF10&gene=N&gene=ORF8&gene=ORF7b&gene=ORF7a&gene=ORF6&gene=M&gene=E&gene=ORF1b&gene=ORF1a&threshold=75&nthresh=1&sub=false&dark=false

 XBB,1 lisätietoa. Tällä on 38 aminohappomutaatiota Spike-proteiinissa eli yksi enemmän kuin XBB rekombinantilla. Lisä on G252V. Orf1b on samanlainen ((LSPCVI) , mutta Orf1a on hieman yksinkertaisemmin muutettua. (Tyypilliset mutaatiot   vallitsevissa omikroneissa on  "RISFIFIHdel tai RISFIIHdel  tyyppisiä orf1a:ssa. Orf1b:ssä LCVI-tyyppisiä. Ne menestyvät kovin hyvin).
XBB.1:llä on tyyppiä RDRISFIFIH del. Tällä alaryhmällä  XBB.1 on RRISFIFIH del. 
Alaryhmä menestyy paremmin. Sillä on kyllä Orf8 jaksossa stop kodoni G8*.
 Molempien prevalenssikäyrät ovat alkaneet  taittua laskusuuntaan joulukuussa.
 

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar