XBA: Eräs pieni klusteri ( 4 kpl) eteläafrikkalaista omikron/delta rekombinanttia saa loogisen nimensä XBA

Added new recombinant lineage XBA from #844 with 4 new sequence designations, and 0 updated designations

#1068 merged 20 hours ago.  (Kirjoitan klo 13:36, 15.9.2022)

GITHUB asia (#844)  joitain aikoja sitten  käsitti kaksi pientä ryhmää  omikron/delta-variantteja  Etelä-Afrikasta. Toisessa ryhmässä oli 4 kpl sekvenssejä ja toisessa 3 kpl.  Ne näyttivät koostuneen kolmesta eri linjasta. virttyneestä deltalinjasta   AY.45 , jostain  BA.4/5 johdannaisesta ja BA.2 linjasta  omikroneja alkusilmäyksessä.  Molemmissa variantissa esiintyi runsaasti  katkoskohtia ( break points), varsinkin jälkimmäinen  klusteri (2)  oli  erittäin vaikeaselkoinen ja siinä vaihteli edes takaisin miltei joka mutaatio. Pelkästään N-proteiini vaihteli tähän tapaan: omikron/delta/ omikron/delta/. 

 Ensimmäistä konstellaatiota  oli 4 kpl ( ja toista konstellaatiota 3 kpl.) Tämä 4:n  sekvenssin  variantti ei ole saanut lisää ryhmäänsä. Se on ilmeisesti tuo merkattu  rekombinantti XBA.  Siinä on piirteitä  jostain omikronlinjasta  ja   USHER kartassa   asettumista XD-linjan lähelle käsittääkseni. 

Yhteisiä mutaatioita  ryhmillä olivat vihkomuistiinpanojeni mukaan   S477D, L18F, T19R, W152L, E156 del,  F157del,R158G,F186L,G446D,T1117I  ja niistä heijastuu myös  jotain BA.4/5 sukua.

TÄMÄ XBA on saanut virstanpylväänsä 20 tuntia sitten.

 15.9.2022 

(Huom. XBA ei ole vielä PANGO-linjojen listojen puolella netissä eikä  asia 844# ole  auki, joten  otan vain vihkosta nämä  muistiinpanot.) Auki oleva asia (#1068)  on yhtenveto ja Milestone tästä   neljän sekvenssin varianttikonstellaatiosta XBA.  Jos  tutkii suljettuja  asioita (Closed Issues) , niistä löytyisi kyllä tuo entinen alkuselvitys, mutta nyt en pääse sille kanvavalle).