BT.1 alalinja sai määrittelynsä. Se on BA.5.1.21.1

 

BA.5.1 alalinja BA.5.1.21 ja sen alalinja BT.1

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/958

BT.1 linjan määritelyä edelsi sen päälinjan BA.5.1.21 määrittely.

Eräs BA.5.1 variantti omaa insertion spikeproteiinin intraviraalisti sijainneessa (spike-häntä)osassa.

 Spikeproteiinin se osa, joka on virionin sisäpuolella on hyvin cysteiinipitoista ja tietysti  kerää sinkkiä, joka stabiloi struktuureja. Tähän cysteiinien joukkoon on lisäytynyt  yksi kysteiini (koodi: Cys, C) aminohappo kohtaan  1264; Kysteiiniaminohappolisän  aiheuttaa   kolmen nukleotidin (TGC) insertio 

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/991

"Proposal for a sublineage of BA.5.1
Earliest sequence: 2022-07-11 (France)
Countries detected: France, Belgium, Israel, Denmark

Defining mutation:
G16975A = ORF1b:V1170I
ins25300:TGC = S:1246:C

Subvariant is defined by an insertion in the cytoplasmic tail of spike (ins25300:TGC = S:1246:C) as well as ORF1b:V1170I

 

Pieni klusteri tekee hypyn deltaryhmään

 Asetan muistiin tämän  harvinaisen  löydyn monitoroinneissa:

 1 kpl Itävallasta ja 4 kpl Filippiineiltä. 

Olin  juuri käymässä  päivän Github Issue (35 kpl)  listaa läpi, kun huomasin  listassa olevankin  numeron 36,  joten  tarkistin listan  alkupään uudestaan ja 21 minuuttia aiemmin oli  tullut  pieni näyte Delta saltation  hypyn tehneistä  varianteista, pikku klusterista joukkoon Se sai  aihenumeroksi . GITHUB issue #1100.

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1100

Tällaisten löytöjen takia pienienkin määrien monitorointi maailmassa  on sitä  pandemian vastaisen kestävyyskilpailun loppumaratonia, josta WHO puhui viime konferenssissaan. 

 

 

Sars-CoV-2 alalinja BS.1 alias BA.2.3.2.1

 alias B.1.1.529.2.3.2.1

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1052

A.2.3.2 with 7 extra S1 mutations detected in 4 travellers in Japan coming from Vietnam [4 seq as of 2022-09-08] #1052

 

 

Muista lisäkoodin saaneista  saa tietoa  esim  linkistä:  https://github.com/cov-lineages/pango-designation/commits/master/pango_designation

Olen löytänyt ainakin BT.1, BU.1, BV.1, BW.1, BY,1 merkintöjä jo tuon BS.1 jälkeenkin. 

 

Sars--CoV-2 viruksen translaation initiaation salat

 https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2117198119

PICORNAVIRALES, Picornaviridae, Enterovirus species. Springer-link 2017.

 https://link.springer.com/content/pdf/10.1134/S0006297917130041.pdf

Lasten uudesta enteroviruksesta THL artikkeli. Epidemian aiheuttajavirukset EV-D68 ja CVA6.

 2022. syysk.20 päivä sitaatti THL- nettisivulta.

Varsinais-Suomessa enterovirusten aiheuttamien infektioiden määrä on lyhyessä ajassa lisääntynyt epidemian lailla. Kesällä tapauksia oli vain yksittäisiä, mutta viime viikkoina tartunnat ovat saaneet vauhtia.

LUE MYÖS

Enteroviruksella yhteys tyypin 1 diabeteksen syntyyn – Tampereella on kehitetty tämän oivalluksen pohjalta diabetesrokote

Enterovirustutkimukseen lähetetyistä näytteistä enimmillään lähes 40 prosenttia on ollut positiivisia.

”Tänä vuonna elokuun alusta 18. syyskuuta asti enterovirusdiagnooseja Tyksin laboratoriossa oli 103 kappaletta, kun viime vuonna samaan aikaan oli vain yksi tapaus”, sanoo Tyksin molekyylimikrobiologian ja virologian ylilääkäri Tytti Vuorinen tiedotteessa.

Tyksin kliinisen mikrobiologian laboratorio on todennut käynnissä olevan epidemian aiheuttajiksi enteroviruksen tyypit EV-D68 ja CVA6.

CVA6 aiheuttaa enterorokkoa, jossa käsiin, jalkoihin, suun limakalvolle ja suun ympäristöön syntyy kivuliaita rakkuloita. Myös kynsien irtoaminen on tavallista. EV-D68 on Tyksin mukaan aiheuttanut lapsilla vaikeita hengitystieoireita, joihin on liittynyt sairaalahoitoa vaativia hengenahdistuskohtauksia.

Lasten halvaantumisia Yhdysvalloissa

Mitä Tyksin tiedotteessa ei mainita on seikka, josta New York Times kirjoitti viime viikolla. Lehti kertoi, että Yhdysvalloissa EV-D68-tyyppisen enteroviruksen epäillään aiheuttaneen pienillä lapsilla poliota muistuttavia, halvauksenkaltaisia oireita.

Kyseessä on akuutiksi velttohalvauksen oireyhtymäksi (AFM, acute flaccid myelitis) kutsuttu, sairaalahoitoa vaativa neurologinen tila, jossa yksi tai useampi raaja menettää toimintakykynsä.

Eri puolilla Yhdysvaltoja raportoitiin heinä-elokuussa lapsilla EV-D68-enterovirusta poikkeuksellisen paljon, mikä on herättänyt pelon sinänsä harvinaisten AFM-tapausten lisääntymisestä.

LUE MYÖS

Käänteentekeviä tuloksia suomalaistutkimuksesta – Enterovirusinfektio saa buustia isäntäsolusta itsestään

Terveysviranomainen (CDC) antoi 9. syyskuuta ohjeistuksen, jossa se kehotti terveydenhuollon ammattilaisia olemaan tarkkana ja epäilemään enterovirusta tilanteissa, joissa lapsilla on sairaalahoitoa vaativia hengityselinten sairauksia. Terveydenhuollossa on CDC:n mukaan lähiviikkoina varauduttava myös siihen, että AFM-tapaukset saattavat lisääntyä.

”Pyydämme, että erityisesti elokuun ja marraskuun välisenä aikana harkitsette vakavasti AFM:n mahdollisuutta potilailla, joilla on akuutti veltto raajojen heikkous hengityselinten sairauden tai kuumeen jälkeen", CDC neuvoi.

AFM:ään ei ole olemassa rokotetta tai parantavaa lääkettä, mutta lääkärit suosittelevat hoidoksi fysioterapiaa tai toimintaterapiaa.

”AFM on todella harvinainen, mutta se on jotakin, mitä et halua jättää diagnosoimatta”, sanoo New York Timesissa tohtori Amy Arrington Texasin Children´s Hospitalista.

”Näiden neurologisten oireiden kanssa vastaanotolle saapuvien lasten toipumisen kannalta on hyvin kriittistä päästä hoitoon ja kuntoutukseen heti varhaisessa vaiheessa”, Arrington sanoo.

116 enterovirustyyppiä

Koronapandemian rajoitustoimien vähentyessä enterovirusten aiheuttamien infektioiden määrä on lisääntynyt maailmanlaajuisesti kuluvan syksyn aikana.

Tyksin alueella lasten sairaalahoidon tarve ei sen vuoksi kuitenkaan ole lisääntynyt.

”Tällä hetkellä ei ole yhtään todettua enterovirustapausta osastolla”, lasten infektiotautiopin professori, lasten ja nuorten vuode-osaston osastonylilääkäri Ville Peltola Tyksistä sanoo tiedotteessa.

Viime viikkoina Tyksissä on muutoin koko ajan ollut muutamasta noin viiteen enteroviruspotilasta osastolla samaan aikaan.

Tytti Vuorisen mukaan enteroviruksia tunnetaan 116 virustyyppiä. Ne aiheuttavat tyypillisesti hengitystieinfektioita ja erilaisia rokkotauteja.

”Myös keskushermostoinfektiot, kuten aivokalvojen tulehdus ja aivotulehdus ovat mahdollisia", Vuorinen sanoo.

Ville Peltolan titteliä tarkennettu 20.9.2022 klo 14:22.

LUE MYÖS:

THL:n tilastot: Enterovirus liikehtii Suomessa tavanomaista aikaisemmin

Väitös: Enterovirusten aiheuttama infektio voidaan parantaa viruslääkkeillä – Avaa uusia mahdollisuuksia diabeteksen hoitoon

XBB, Sars-CoV-2 viruksen rekombinantti BJ.1 & BM.1.1.1linjojen kesken . Myös XBB.1 alalinja määritelty.

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1058#top

Tarkennus parent- linjan  BA.2.75  alalinjan  BM.1.1.1 rekombinoituma  BJ.1 linjan kanssa,joka taas on BA.2.10.1:n  alalinja .

Sittemmin havaittiin rekombinanteja joisa oli veilä lisää mutaatioita ja ne erotettiin XBB.1  linajksi. Sillä tulee vielä olemaan  alahaaroja arveltavasti.  Tsoin näytteiden kertymä on vielä pieniä määriä  eri puolita maailmaa, jtoen mitään PANGO-linjojen suurta globaalia käyrää ei  näy, niiden totaalimäärät ovat niin vähäisiä. Ajan mytöä näkee jos  Assigned - kolumniin tulee jotain  lisäystä taulukkoon.Lisäkset tehdään kun  jokin tietty määrä on saatu kokoon.  Lisäkset nötetään tehtävän myös  aikavälein, eikä se ole mikään huokseva joka päivä täyttyvä pylväs. Ei kai sellaiseen riitä henkilökuntaa. GITHUB-palstoilta  voi huomata, minkälaisia määriä löytyy,  jos asiassa on jotain  uuden aukaisemisen tarvetta tai syytä.   Mitä tulee rekombinanteihin, ne eivät varsinaisesti ole mitään puuntekijöitä. Frecombinant really do not  belong  in trees. We are just  making do what we have got, kirjoittaa GITHUB-palstalla tämän asian yhteydessä eräs  sekvenssien  asiantuntijoista.  Kts. linkki .

Vasemmalla olevat linkit vievät PANGO-virusluetteloiden  valmiiseen  (covlineages)   listaan, tuloksiin  tiedemiesten päätöksistä. jotta  voidaan alkaa  paremmin monitoroida  varianttilinjaa. Oikealla oelvat olevat  linkit johtavat  tiedemiesten keskeiseen  keskustelupalstaan GITHUB, jossa raportoidaan  uusein  tutkimusten alaisten sekenssien  analysoinnista  ja linjanmäärittelystä. 

.

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
XBB			3	0	Recombinant lineage of BJ.1 and BA.2.75 with breakpoint in S1, found in USA and Singapore, from issue #1058
XBB.1			85	0	Mostly Bangladesh and Singapore, defined by S:G252V, from issue #1088

XBB lisätietoa:

 https://outbreak.info/compare-lineages?pango=XBB&gene=S&gene=ORF10&gene=N&gene=ORF8&gene=ORF7b&gene=ORF7a&gene=ORF6&gene=M&gene=E&gene=ORF1b&gene=ORF1a&threshold=75&nthresh=1&sub=false&dark=false

 XBB,1 lisätietoa. Tällä on 38 aminohappomutaatiota Spike-proteiinissa eli yksi enemmän kuin XBB rekombinantilla. Lisä on G252V. Orf1b on samanlainen ((LSPCVI) , mutta Orf1a on hieman yksinkertaisemmin muutettua. (Tyypilliset mutaatiot   vallitsevissa omikroneissa on  "RISFIFIHdel tai RISFIIHdel  tyyppisiä orf1a:ssa. Orf1b:ssä LCVI-tyyppisiä. Ne menestyvät kovin hyvin).

XBB.1:llä on tyyppiä RDRISFIFIH del. Tällä alaryhmällä  XBB.1 on RRISFIFIH del. 

Alaryhmä menestyy paremmin. Sillä on kyllä Orf8 jaksossa stop kodoni G8*.

 Molempien prevalenssikäyrät ovat alkaneet  taittua laskusuuntaan joulukuussa.

 

JPost tietoa Covid-lääkkeistä (sitaatti)

Lähde: JPost 16.9. 2022.

 Two COVID-19 antibody therapies are no longer recommended by the World Health Organization (WHO), on the basis that Omicron and the variant's latest offshoots have likely rendered them obsolete.

The two therapies - which are designed to work by binding to the spike protein of SARS-CoV-2 to neutralize the virus' ability to infect cells - were some of the first medicines developed early in the pandemic.

The virus has since evolved, and mounting evidence from lab tests suggests the two therapies - sotrovimab as well as casirivimab-imdevimab - have limited clinical activity against the latest iterations of the virus. As a result, they have also fallen out of favor with the US health regulator.

What are the two therapies WHO advises against in COVID-19 patients? 

On Thursday, WHO experts said they strongly advised against the use of the two therapies in patients with COVID-19, reversing previous conditional recommendations endorsing them, as part of a suite of recommendations published in the British Medical Journal.

GSK GSK.L and partner Vir Biotechnology's VIR.O sotrovimab - which has generated billions in sales and became one of the British drugmaker's top sellers last year - was pulled off the US market by the US Food and Drug Administration (FDA) in April. 

Given the United States had begun to question sotrovimab's clinical effectiveness against Omicron as early as February, the WHO's realization is coming a little late, said Penny Ward, visiting professor in pharmaceutical medicine at King's College London.

"Now WHO has issued this recommendation, it will be interesting to see how many other countries align with it," she said.

Regeneron  and partner Roche'antibody cocktail casirivimab-imdevimab has also generated billions in sales and was one of the US drugmaker's top sellers last year.

Back in January, the FDA revised its stance on the treatment, limiting its use to a smaller group of patients, citing its diminished potency against the Omicron variant.

Both therapies continue to be recommended for use by the European drugs regulator.

Another COVID therapy that emerged early in pandemic was Gilead's antiviral remdesivir. The WHO narrowed its conditional recommendation for the drug, advising it only be used in patients with severe COVID due to its "modest" benefit.

There are a handful of existing COVID therapeutics that remain useful in the fight against the virus, and others in development that are expected to also benefit patients.

 

Vähenevien ja katoavien Sars-CoV-2 virusvarianttien de-eskalaatiosta luettelo ECDC listan lopussa.

 https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Tästä ECDC linkistä saa kaikki VOC, VOI, VUM ja de-eskaloidut variantit.

 

ECDC linkki:: Sars-CoV-2 Variants of Interest (VOI) and Variants under Monitoring (VUM) . 8th September 2022

https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Variants of Interest (VOI)

For these variants, evidence is available on genomic properties, epidemiological evidence or in-vitro evidence that could imply a significant impact on transmissibility, severity and/or immunity, realistically having an impact on the epidemiological situation in the EU/EEA. However, the evidence is still preliminary or is associated with major uncertainty. In addition, all the criteria for variants under monitoring outlined below apply.

WHO label	Lineage + additional mutations	Country first detected (community)	Spike mutations of interest	Year and month first detected	Impact on transmissibility	Impact on immunity	Impact on severity	Transmission in EU/EEA
Omicron	BA.2 + L452X (x)	n/a	L452X	n/a	No evidence	Increased (7)	No evidence	Detected (a)
Omicron	BA.2.75	India	(y)	May 2022	No evidence	Increased (9, 10)	No evidence	Detected (a)

 

x: Any amino-acid substitution

y: W152R, F157L, I210V, G257S, D339H, G446S, N460K, Q493 (reversion)

Variants under monitoring (VUM)

These additional variants of SARS-CoV-2 have been detected as signals through epidemic intelligence, rules-based genomic variant screening, or preliminary scientific evidence. There is some indication that they could have properties similar to those of a VOC, but the evidence is weak or has not yet been assessed by ECDC. Variants listed here must be present in at least one outbreak, detected in a community within the EU/EEA, or there must be evidence that there is community transmission of the variant elsewhere in the world.

WHO label	Lineage + additional mutations	Country first detected (community)	Spike mutations of interest	Year and month first detected	Impact on transmissibility	Impact on immunity	Impact on severity	Transmission in EU/EEA
Omicron	XAK	Germany	(y)	June 2022	No evidence	No evidence	No evidence	Detected (a)
Omicron	BA.4 + R346X (x)	n/a	R346X	n/a	No evidence	No evidence	No evidence	Detected (a)
Omicron	BA.5 + R346X (x)	n/a	R346X	n/a	No evidence	No evidence	No evidence	Detected (a)

 

x: Any amino-acid substitution

y: K147E, N460K, G339D, Δ69

 

ECDC: Sars-2 Cov Variants of Interest (VOI) , 8.9.2022

 https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Variants of Interest (VOI)

For these variants, evidence is available on genomic properties, epidemiological evidence or in-vitro evidence that could imply a significant impact on transmissibility, severity and/or immunity, realistically having an impact on the epidemiological situation in the EU/EEA. However, the evidence is still preliminary or is associated with major uncertainty. In addition, all the criteria for variants under monitoring outlined below apply.

WHO label	Lineage + additional mutations	Country first detected (community)	Spike mutations of interest	Year and month first detected	Impact on transmissibility	Impact on immunity	Impact on severity	Transmission in EU/EEA
Omicron	BA.2 + L452X (x)	n/a	L452X	n/a	No evidence	Increased (7)	No evidence	Detected (a)
Omicron	BA.2.75	India	(y)	May 2022	No evidence	Increased (9, 10)	No evidence	Detected (a)

 

x: Any amino-acid substitution

y: W152R, F157L, I210V, G257S, D339H, G446S, N460K, Q493 (reversion)

ECDC: Sars-CoV-2 : Variants of Concern (VOC) 8.9.2022

https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Variants of Concern (VOC)

For these variants, clear evidence is available indicating a significant impact on transmissibility, severity and/or immunity that is likely to have an impact on the epidemiological situation in the EU/EEA. The combined genomic, epidemiological, and in-vitro evidence for these properties invokes at least moderate confidence. In addition, all the criteria for variants of interest and under monitoring outlined below apply.

WHO label	Lineage + additional mutations	Country first detected (community)	Spike mutations of interest	Year and month first detected	Impact on transmissibility	Impact on immunity	Impact on severity	Transmission in EU/EEA
Omicron	BA.2	South Africa	(y)	November 2021	Increased (v) (1, 2)	Increased (v) (3)	Reduced (v) (4, 5)	Community
Omicron	BA.4	South Africa	L452R, F486V, R493Q	January 2022	No evidence	Increased (6, 7)	No evidence	Community
Omicron	BA.5	South Africa	L452R, F486V, R493Q	February 2022	No evidence	Increased (6, 7)	Unclear (8)	Dominant

 

y: G142D, N211I, Δ212, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H, N969K

All sub-lineages of the listed lineages are also included in the variant, e.g., BA.1.1 is included in Omicron BA.1 as it is a sub-lineage of BA.1.